genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  60  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16962110--16962196	44	1.9	43	82	13	104	45	19	14	19	1.85
16962367--16962393	14	1.9	14	100	0	54	70	7	0	22	1.12
16967828--16967891	27	2.4	27	84	5	85	28	21	18	31	1.97
16969291--16969408	36	3.3	36	74	7	114	22	25	18	33	1.97
16969328--16969520	36	5.4	36	75	2	154	23	23	19	33	1.97
16969291--16969526	72	3.3	72	84	0	292	24	23	18	33	1.97
16975338--16975374	15	2.3	17	86	9	51	10	21	0	67	1.21
16978290--16978344	25	2.2	25	83	0	65	54	14	21	9	1.68
16979369--16979529	42	3.8	42	79	3	171	16	35	26	21	1.95
16979275--16979639	188	2.0	186	80	3	410	19	31	23	24	1.98
16979586--16979675	42	2.1	42	87	0	126	13	31	31	24	1.93
16980724--16980785	30	2.1	30	81	6	72	48	0	32	19	1.49
16981702--16981786	39	2.2	37	85	4	116	37	4	3	54	1.39
16981705--16981768	19	3.3	19	68	12	58	39	6	1	53	1.36
16981839--16981880	21	2.0	21	86	9	59	35	0	0	64	0.94
16984602--16984626	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
16993259--16993453	107	1.8	108	86	1	284	35	6	16	41	1.75
16996733--16996776	18	2.5	17	82	10	52	36	2	0	61	1.09
16996796--16996836	17	2.4	16	84	11	55	26	0	2	70	0.99
16998884--16998929	24	1.9	24	95	0	83	54	0	0	45	0.99
16998884--16998938	24	2.2	24	83	6	65	50	1	1	45	1.22
16999354--16999445	22	4.2	22	85	0	103	30	26	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16999354--16999445	44	2.1	44	83	4	114	30	26	0	43	1.55
17012115--17012140	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
17029029--17029067	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
17029202--17029253	22	2.4	22	96	0	95	25	0	21	53	1.45
17029532--17029606	26	2.9	25	78	7	78	17	22	22	37	1.94
17029599--17029664	23	2.8	24	77	13	73	21	24	19	34	1.96
17029659--17029742	24	3.5	24	75	3	71	15	23	23	36	1.93
17029599--17029724	48	2.6	48	79	9	123	17	24	23	34	1.96
17032976--17033001	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17034128--17034172	22	2.0	22	86	4	63	33	17	6	42	1.76
17034154--17034195	19	2.3	19	84	8	52	33	14	14	38	1.86
17034877--17034997	51	2.4	51	90	0	179	31	26	18	23	1.97
17035208--17035261	19	2.8	19	97	0	99	33	16	11	38	1.84
17041617--17041983	69	5.3	68	81	3	322	16	21	22	38	1.92
17041622--17041983	138	2.6	138	83	0	418	16	21	22	38	1.93
17046839--17046879	19	2.1	20	90	4	66	41	19	0	39	1.52
17046846--17046885	19	2.1	19	86	9	55	47	20	0	32	1.50
17065722--17066204	129	3.5	139	74	12	390	26	9	9	53	1.65
17072091--17072171	21	3.7	23	77	12	91	38	22	22	17	1.93
17077655--17077697	21	1.9	21	86	13	59	58	0	0	41	0.98
17086798--17086832	17	2.1	17	94	0	61	45	17	14	22	1.84
17089519--17089582	32	2.0	32	100	0	128	46	15	6	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17089559--17089656	51	1.9	52	93	6	173	44	17	8	29	1.77
17089657--17089694	18	2.1	18	90	0	58	47	26	0	26	1.52
17089719--17089782	33	1.9	33	87	0	92	40	18	10	29	1.85
17092848--17092934	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
17092991--17093420	143	2.9	144	87	7	560	47	4	3	44	1.40
17093145--17093179	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17093145--17093199	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
17093301--17093334	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
17093305--17093343	13	2.9	14	80	7	53	46	0	0	53	1.00
17093314--17093354	14	2.7	16	82	17	52	43	0	2	53	1.13
17093121--17093440	155	2.1	156	94	0	570	46	6	3	43	1.44
17093571--17093606	16	2.2	16	95	0	63	41	33	0	25	1.55
17099826--17100068	50	4.7	50	87	6	301	27	23	27	22	1.99
17103625--17103649	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
17107466--17107495	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
17108402--17108436	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17108672--17108709	16	2.4	16	100	0	76	36	39	0	23	1.55
17109563--17109604	20	2.1	20	91	8	68	59	11	0	28	1.33
17112352--17112388	19	1.9	19	89	10	58	59	5	0	35	1.20
17112809--17112858	20	2.7	19	80	20	61	42	2	2	54	1.23
17112900--17112946	12	4.1	12	74	20	55	46	2	0	51	1.13
17112903--17112946	17	2.6	18	78	10	56	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17128226--17128333	30	3.6	30	82	2	128	31	20	4	43	1.72
17139395--17139936	75	7.2	75	91	2	849	25	18	21	34	1.96
17140214--17140322	30	3.7	29	81	7	121	34	22	1	41	1.64
17140213--17140332	59	2.0	60	83	4	154	35	20	2	42	1.65
17140831--17140885	24	2.2	24	87	9	76	72	0	27	0	0.85
17140831--17140882	23	2.4	21	84	12	61	71	0	28	0	0.87
17140998--17141064	1	67.0	1	72	0	53	86	0	13	0	0.57
17141008--17141061	7	7.9	7	84	12	67	85	0	14	0	0.61
17141007--17141062	8	6.9	8	77	18	62	85	0	14	0	0.59
17149528--17149633	45	2.4	45	87	4	153	50	11	20	16	1.76
17153579--17153614	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17154637--17154671	15	2.3	15	95	0	61	31	0	5	62	1.18
17155509--17155550	20	2.1	20	90	0	66	76	0	23	0	0.79
17159788--17159961	45	3.9	45	80	3	188	41	14	20	22	1.89
17159784--17159947	90	1.8	89	85	1	229	43	14	20	21	1.87
17160977--17161044	34	2.0	34	88	0	100	42	19	10	27	1.83
17162241--17162461	45	4.9	44	77	3	199	44	14	18	23	1.86
17162243--17162461	90	2.4	90	80	4	219	44	14	18	23	1.86
17162534--17162565	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
17167170--17167268	38	2.6	37	77	4	108	38	4	8	49	1.51
17176266--17176352	45	1.9	45	92	0	147	34	22	16	26	1.95
17176352--17176549	51	3.9	50	78	6	229	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17176361--17176545	101	1.8	101	89	3	291	31	26	17	24	1.97
17176356--17176579	101	2.2	101	81	4	272	30	27	16	25	1.97
17182696--17182754	22	2.7	21	77	12	57	30	0	5	64	1.15
17187453--17187489	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
17187507--17187569	31	2.0	31	81	6	74	52	12	1	33	1.49
17198201--17198243	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
17199874--17199900	14	1.9	14	100	0	54	0	70	0	29	0.88
17209282--17209311	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
17216406--17216491	24	3.6	24	85	3	102	43	24	15	17	1.87
17216423--17216493	24	3.0	24	89	0	106	42	28	15	14	1.86
17219002--17219065	29	2.2	30	82	2	76	23	12	10	53	1.70
17227218--17227244	12	2.2	12	100	0	54	25	7	0	66	1.17
17227443--17227481	18	2.1	18	85	4	51	66	2	17	12	1.35
17229487--17229520	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
17230554--17230656	41	2.5	41	95	0	179	31	24	17	27	1.97
17231080--17231104	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
17232197--17232237	18	2.3	18	100	0	82	41	19	0	39	1.52
17241821--17241858	15	2.5	15	87	8	51	42	2	5	50	1.39
17242868--17242951	37	2.3	37	87	0	123	39	13	9	38	1.77
17243137--17243186	24	2.1	24	84	0	64	54	2	0	44	1.11
17243117--17243148	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17243936--17243969	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17243936--17243969	18	1.9	17	88	5	50	50	0	2	47	1.16
17246228--17246281	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
17249550--17249609	22	2.7	22	75	10	59	50	13	3	33	1.58
17252873--17252940	30	2.3	30	82	12	86	38	5	27	27	1.80
17257832--17257877	24	1.9	24	86	0	65	13	26	10	50	1.74
17258754--17258785	13	2.5	13	89	0	55	50	0	3	46	1.17
17263226--17263302	36	2.1	36	97	0	145	25	20	15	37	1.92
17267537--17267562	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
17268581--17268653	27	2.8	25	80	8	74	17	20	23	38	1.93
17268600--17268661	25	2.4	27	84	7	76	17	17	22	41	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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