genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17803261--17803298	10	3.9	10	80	19	53	18	0	7	73	1.06
17807259--17807305	19	2.3	20	82	10	60	55	0	0	44	0.99
17808018--17808055	7	5.4	7	87	0	58	39	28	0	31	1.57
17811197--17811314	27	4.3	27	69	6	85	11	5	44	38	1.64
17813114--17813166	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
17813270--17813305	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17816813--17817144	163	2.0	164	86	0	468	27	23	18	30	1.98
17817112--17817436	29	11.3	29	82	3	370	35	21	15	27	1.94
17817112--17817436	86	3.8	85	78	4	328	35	21	15	27	1.94
17817117--17817436	144	2.2	144	86	2	448	35	20	15	27	1.94
17819067--17819284	42	5.0	42	85	8	296	34	19	20	25	1.96
17819067--17819284	90	2.5	83	87	7	301	34	19	20	25	1.96
17819775--17819848	21	3.5	21	86	0	94	8	43	14	33	1.75
17825378--17825672	9	33.7	9	71	15	208	32	1	21	45	1.60
17825444--17825494	28	1.9	26	77	18	52	31	0	21	47	1.51
17825479--17825668	79	2.4	79	96	1	348	31	0	21	47	1.55
17825567--17825702	70	1.9	68	81	14	161	29	2	20	47	1.62
17825779--17825828	16	3.4	16	73	21	63	34	2	18	46	1.60
17825777--17825845	28	2.4	28	90	2	111	34	2	15	46	1.61
17825626--17826047	157	2.7	156	90	5	590	37	2	15	44	1.60
17825936--17825982	16	3.2	16	71	22	57	36	2	17	44	1.60
17825934--17826002	28	2.4	28	87	2	102	34	4	14	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17825689--17826047	157	2.3	156	94	2	619	39	2	14	43	1.59
17826165--17826263	13	7.5	13	76	6	92	46	4	10	39	1.56
17826129--17826225	27	3.6	27	78	8	117	47	4	9	39	1.55
17826139--17826273	53	2.5	52	90	2	198	47	3	9	39	1.54
17826325--17826450	9	14.9	9	68	12	70	37	1	18	42	1.60
17826383--17826426	23	1.9	23	95	0	79	34	0	20	45	1.51
17829143--17829207	22	3.0	21	81	2	76	46	36	0	16	1.48
17829471--17829505	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
17829528--17830545	114	8.9	114	87	2	1224	25	23	18	32	1.97
17832042--17832085	23	1.9	23	85	0	61	54	9	0	36	1.32
17832763--17832828	35	1.9	34	81	6	80	66	6	19	7	1.38
17836744--17836791	22	2.2	22	85	7	62	8	10	2	79	1.02
17837628--17837717	40	2.3	39	86	9	128	38	1	6	53	1.35
17843504--17843616	29	3.8	29	76	12	106	55	1	0	41	1.16
17843470--17843765	10	30.6	10	67	14	70	58	3	1	36	1.25
17843473--17843801	19	17.2	19	68	17	105	58	3	1	35	1.25
17843568--17843786	105	2.1	105	80	13	247	58	4	1	35	1.29
17843611--17843795	29	6.4	29	68	20	77	59	4	1	34	1.28
17845343--17845368	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
17850122--17850406	134	2.1	134	79	3	297	31	17	13	37	1.89
17850863--17857311	568	11.4	571	80	4	6332	32	16	16	34	1.92
17857918--17857955	20	1.9	20	94	0	67	39	15	2	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17858509--17858552	20	2.2	20	95	0	79	56	6	13	22	1.61
17858821--17858864	20	2.2	20	88	8	63	61	6	11	20	1.52
17858339--17859122	312	2.5	312	91	1	1248	35	14	17	32	1.90
17858926--17861120	571	3.9	570	79	6	2160	32	17	15	34	1.91
17865051--17865092	14	3.1	14	93	6	77	28	14	14	42	1.84
17865052--17865095	13	3.3	13	96	3	79	29	13	15	40	1.86
17868076--17868141	29	2.3	29	89	5	98	33	9	28	28	1.88
17868129--17868285	30	5.3	29	73	8	120	42	12	23	21	1.87
17868103--17868296	90	2.2	88	85	1	253	39	12	24	23	1.89
17868129--17868320	90	2.1	89	83	2	242	40	12	24	22	1.88
17870881--17872640	896	2.0	898	85	3	2443	33	17	16	33	1.92
17872406--17873951	513	3.0	509	81	5	1697	32	16	16	34	1.91
17874352--17874442	35	2.6	35	71	16	80	32	21	12	32	1.90
17878154--17879617	485	3.0	476	74	10	1380	33	17	16	33	1.92
17882235--17882512	134	2.1	133	80	9	307	32	20	9	37	1.84
17883166--17884158	529	1.9	528	80	5	1175	33	16	16	33	1.92
17886846--17887153	134	2.3	134	81	4	327	32	21	11	34	1.89
17887761--17888726	535	1.8	535	82	3	1255	33	16	15	33	1.91
17888796--17889136	134	2.6	134	80	6	345	29	18	12	38	1.88
17889586--17889903	134	2.4	133	76	5	336	32	18	10	38	1.84
17889171--17890678	706	2.1	703	81	4	1711	33	17	15	34	1.91
17890255--17890609	134	2.6	134	83	2	419	30	21	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17897003--17897354	134	2.6	134	79	2	341	32	19	11	36	1.87
17898234--17898581	133	2.6	134	79	7	384	32	18	11	37	1.87
17898951--17899226	134	2.1	133	86	2	383	30	21	12	36	1.90
17899133--17899313	97	1.9	98	89	3	285	30	22	11	35	1.89
17899897--17900102	98	2.1	98	87	0	286	27	22	13	36	1.91
17902474--17902533	17	3.6	17	76	12	54	30	0	0	70	0.88
17902483--17902531	8	5.6	9	83	9	57	30	0	0	69	0.89
17914622--17914675	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
17914674--17914715	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
17914981--17915015	18	1.9	18	88	11	54	31	5	0	62	1.18
17914978--17915012	16	2.1	17	89	5	54	31	5	0	62	1.18
17915040--17915189	2	74.5	2	73	9	99	42	7	1	49	1.39
17920390--17920432	6	6.8	6	85	15	52	83	0	16	0	0.64
17921991--17922108	44	2.7	44	81	5	132	29	20	24	25	1.99
17923604--17923683	3	26.7	3	87	5	117	28	0	5	66	1.13
17923604--17923692	18	4.9	18	75	22	80	28	0	6	65	1.18
17923945--17923985	18	2.2	19	87	12	59	31	4	0	63	1.15
17923942--17923976	16	2.1	17	89	5	54	31	5	0	62	1.18
17926155--17926218	32	2.1	30	85	5	83	28	3	10	57	1.48
17940796--17941434	44	14.7	44	69	13	265	28	18	23	28	1.98
17940794--17941473	216	3.1	215	89	2	1022	28	18	23	29	1.98
17940796--17941435	89	7.4	87	69	15	222	28	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17943062--17943106	10	4.5	10	83	8	56	33	0	0	66	0.92
17949445--17949477	2	17.5	2	87	12	52	48	0	0	51	1.00
17952576--17952750	96	1.8	96	98	0	341	25	8	20	45	1.79
17953548--17953583	9	4.0	9	88	0	54	36	13	38	11	1.81
17956447--17956540	47	2.0	46	93	2	161	44	4	4	46	1.42
17959528--17959945	126	3.3	126	87	1	579	28	18	16	35	1.93
17960166--17960531	41	8.9	41	85	1	439	22	19	27	30	1.98
17960918--17960950	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
17961160--17961199	7	5.7	7	84	0	53	17	0	50	32	1.47
17961196--17961239	15	3.0	15	83	3	54	29	0	31	38	1.58
17966216--17966329	43	2.7	43	86	5	144	22	14	29	32	1.94
17966255--17966338	43	2.0	43	97	0	159	21	15	34	28	1.94
17966479--17966802	98	3.4	98	89	5	463	37	20	1	40	1.62
17969382--17969411	13	2.2	14	94	5	53	76	0	10	13	1.01
17970164--17970321	44	3.6	43	76	7	129	25	25	22	26	2.00
17978771--17978810	21	2.0	20	85	5	53	15	22	12	50	1.77
17988064--17988097	6	5.3	6	86	13	50	0	20	0	79	0.73
17988065--17988095	14	2.3	14	94	5	55	0	16	0	83	0.64
17988064--17988097	13	2.7	12	86	13	50	0	20	0	79	0.73
17988102--17988137	16	2.3	16	90	4	56	11	2	11	75	1.16
17988110--17988153	9	5.1	9	86	10	56	11	0	6	81	0.86
17988110--17988144	16	2.2	16	94	0	61	11	0	8	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17988114--17988173	25	2.4	25	88	5	86	10	0	8	81	0.87
17989456--17989507	19	2.7	20	82	5	63	46	11	17	25	1.81
17991180--17991205	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17992754--17992786	17	1.9	17	93	0	57	78	0	6	15	0.93
17993632--17993664	13	2.5	13	90	9	50	45	0	0	54	0.99
17994146--17994188	22	2.0	22	95	0	77	55	11	2	30	1.48
17994839--17994883	23	2.0	23	87	8	67	33	2	0	64	1.06
17994880--17994970	28	3.2	28	71	22	73	34	0	6	59	1.23
17994836--17995091	9	27.0	9	69	18	103	35	1	3	59	1.26
17994993--17995053	29	2.1	29	84	6	79	27	1	4	65	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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