genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  78  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22257180--22257346	29	5.9	28	71	14	103	25	22	19	32	1.97
22257259--22257336	28	2.8	28	74	16	70	29	24	15	30	1.95
22257488--22257666	53	3.4	53	79	3	207	30	21	13	34	1.92
22262486--22262746	43	6.1	43	77	3	204	28	27	16	27	1.97
22262486--22262670	86	2.2	86	84	2	228	26	28	17	28	1.97
22263013--22263103	43	2.1	43	83	2	112	45	10	9	34	1.73
22267222--22267252	7	4.4	7	91	0	53	32	48	0	19	1.49
22269002--22269132	41	3.2	41	83	2	174	32	29	19	18	1.96
22269002--22269152	82	1.8	82	87	5	225	35	29	17	17	1.94
22269013--22269157	41	3.6	40	75	13	145	36	31	16	15	1.91
22270019--22270063	22	2.0	22	100	0	90	28	0	31	40	1.57
22272471--22272692	45	5.0	45	79	4	209	35	22	15	26	1.94
22281011--22281111	33	3.1	33	94	0	157	31	14	14	38	1.87
22283593--22283634	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
22284247--22284293	23	2.0	24	87	8	69	36	0	0	63	0.94
22286723--22286757	10	3.3	10	92	8	52	65	8	0	25	1.21
22289716--22289768	27	2.0	27	96	0	97	24	18	28	28	1.98
22290054--22290095	21	2.0	21	85	0	57	47	2	2	47	1.28
22294332--22294357	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
22299958--22300152	29	6.8	29	79	5	182	35	21	16	26	1.95
22300029--22300158	28	4.6	28	82	4	145	34	23	17	23	1.96
22307270--22307326	22	2.6	22	91	0	87	22	26	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22311783--22311835	25	2.1	25	83	13	65	24	18	15	41	1.89
22319686--22319732	23	2.0	23	100	0	94	48	21	0	29	1.50
22319685--22319737	23	2.4	22	90	9	90	49	20	0	30	1.50
22320882--22320926	6	7.5	6	94	0	63	57	28	0	13	1.36
22320894--22320935	18	2.3	18	87	0	57	47	38	0	14	1.44
22324876--22324932	30	1.9	30	96	0	105	40	3	36	19	1.69
22327735--22327776	20	2.1	20	100	0	84	52	9	4	33	1.55
22329556--22329759	42	4.9	42	83	4	243	27	21	21	29	1.98
22329556--22329767	84	2.5	84	81	0	280	26	21	21	30	1.98
22337658--22337712	28	1.9	28	82	10	67	36	0	45	18	1.49
22337763--22337799	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
22338539--22338577	21	1.9	20	84	5	51	33	7	12	46	1.71
22341023--22341075	23	2.2	25	86	13	92	39	3	0	56	1.17
22341028--22341074	23	2.0	23	100	0	94	42	0	0	57	0.98
22351400--22351527	43	3.0	43	82	2	141	31	14	22	31	1.94
22351857--22352023	75	2.2	74	89	1	253	45	10	11	32	1.75
22355190--22355214	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22356078--22356130	25	2.1	25	85	0	70	32	13	20	33	1.91
22357715--22357804	25	3.6	25	79	4	94	32	18	25	23	1.97
22366141--22366376	48	4.9	48	84	0	274	25	27	19	27	1.98
22369359--22369440	42	2.0	42	80	9	96	30	21	14	32	1.94
22380716--22380796	22	3.7	22	89	0	108	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22389930--22390048	61	2.0	61	85	6	163	40	10	15	33	1.81
22390212--22390258	20	2.3	20	85	7	60	23	6	2	68	1.24
22391750--22391805	3	18.7	3	85	7	78	33	1	0	64	1.04
22395745--22395789	19	2.4	19	88	7	65	33	0	4	62	1.15
22395869--22395941	21	3.6	19	78	12	65	54	0	4	41	1.19
22395849--22395944	10	9.3	10	69	18	63	52	0	5	42	1.24
22395962--22395997	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
22396392--22396472	31	2.6	31	81	9	112	48	14	6	30	1.69
22398579--22398734	40	3.9	40	88	3	217	49	6	19	25	1.71
22398567--22398737	80	2.1	81	87	6	249	47	5	21	25	1.72
22400877--22400915	16	2.4	16	91	0	60	51	2	7	38	1.44
22400848--22400899	23	2.3	23	86	3	70	53	1	1	42	1.23
22400982--22401162	53	3.3	52	71	14	166	40	6	7	45	1.59
22400946--22401162	112	1.9	112	95	1	391	40	7	8	44	1.62
22401085--22401169	19	4.7	19	64	21	56	40	2	9	48	1.48
22401003--22401169	37	4.5	38	68	11	112	41	6	7	44	1.59
22401236--22401281	21	2.2	20	85	11	58	56	4	2	36	1.31
22410067--22410102	17	2.1	17	100	0	72	52	0	5	41	1.24
22410433--22410477	15	2.9	16	83	9	67	26	11	4	57	1.52
22416026--22416081	23	2.4	22	85	11	76	57	0	41	1	1.09
22429900--22429990	25	3.6	25	75	12	89	37	24	14	24	1.92
22429920--22429998	25	3.2	24	72	13	70	35	21	15	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22435828--22435862	18	1.9	18	88	0	52	74	5	2	17	1.14
22439295--22439446	41	3.7	41	81	2	171	21	17	26	34	1.95
22440818--22441113	28	10.5	29	80	5	247	23	23	19	33	1.97
22440835--22441113	113	2.5	111	81	6	310	23	23	19	33	1.97
22441563--22441604	21	2.0	21	100	0	84	38	23	4	33	1.76
22443253--22443305	24	2.2	24	86	6	72	13	43	5	37	1.67
22443561--22443603	12	3.6	12	93	6	70	37	25	11	25	1.90
22451515--22451631	25	4.8	24	76	8	105	12	17	23	46	1.82
22457771--22457946	89	2.0	89	95	0	316	36	18	13	31	1.90
22460934--22460985	21	2.5	22	75	9	54	34	17	3	44	1.67
22461793--22461834	20	2.1	20	100	0	84	45	26	0	28	1.54
22466146--22466263	44	2.7	45	81	8	122	32	26	12	28	1.93
22466529--22466617	21	4.2	21	78	5	99	3	42	14	39	1.62
22472089--22472320	9	26.0	9	72	13	142	32	1	18	46	1.58
22472093--22472198	34	3.3	34	73	17	127	33	0	17	48	1.54
22472089--22472218	61	2.1	61	91	0	215	32	2	19	46	1.62
22472230--22472347	55	2.1	55	85	3	157	35	1	17	44	1.59
22473531--22473571	8	5.4	8	80	11	50	48	0	9	41	1.36
22473538--22473571	12	3.0	12	91	8	54	50	0	8	41	1.34
22473538--22473564	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
22473568--22473605	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
22473797--22473899	50	2.0	53	83	9	133	65	1	7	25	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22473864--22473902	18	2.2	18	85	0	51	58	5	7	28	1.47
22473794--22473869	3	24.7	3	75	10	55	68	0	6	25	1.13
22474542--22474588	23	2.0	23	95	0	85	40	36	6	17	1.75
22475221--22475333	9	12.4	9	71	9	77	35	0	15	48	1.46
22475650--22475687	20	1.9	20	88	0	58	63	5	0	31	1.17
22475793--22475824	15	2.1	16	94	5	57	53	0	15	31	1.43
22475844--22475888	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
22476094--22476185	19	4.8	19	94	0	166	38	16	8	36	1.79
22476071--22476185	38	2.9	38	93	5	185	39	16	7	36	1.78
22476436--22476547	28	4.1	29	76	12	110	52	10	4	32	1.56
22476492--22476556	28	2.3	27	80	12	78	49	13	4	32	1.63
22477906--22477968	33	2.0	32	84	6	83	58	7	22	11	1.58
22478509--22478555	21	2.2	21	85	7	60	29	4	0	65	1.11
22478714--22478894	7	25.4	7	68	13	84	39	38	1	20	1.60
22478839--22479134	135	2.2	135	83	2	371	41	31	2	24	1.67
22479001--22479049	21	2.3	21	78	0	53	40	34	2	22	1.66
22479031--22479078	7	6.7	7	80	4	51	41	39	0	18	1.51
22479017--22479078	21	2.9	22	80	7	65	43	37	0	19	1.51
22485253--22485287	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
22487922--22488059	68	2.0	71	87	5	201	48	5	4	41	1.47
22501926--22501985	30	1.9	32	86	6	88	30	1	5	63	1.25
22502809--22502875	33	2.1	32	83	13	84	23	0	20	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22502877--22502953	29	2.7	28	85	4	91	41	5	18	35	1.73
22502875--22502963	29	3.1	29	81	3	90	39	5	23	31	1.78
22506805--22506830	9	2.9	9	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22512239--22512711	157	3.0	157	92	1	768	29	14	17	38	1.89
22513921--22513959	20	2.0	20	90	10	62	66	7	2	23	1.30
22514378--22514455	30	2.7	30	78	4	88	48	33	1	16	1.55
22526092--22526149	24	2.3	24	76	5	62	25	3	5	65	1.29
22526317--22526357	16	2.6	17	82	17	54	73	4	0	21	1.02
22526325--22526357	16	2.1	16	94	0	57	72	6	0	21	1.05
22528270--22528313	21	2.1	21	82	0	52	36	18	20	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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