genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  59  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16709277--16709309	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
16711142--16711200	21	2.8	22	80	10	61	15	8	5	71	1.28
16711149--16711183	16	2.2	16	89	0	52	17	5	0	77	0.96
16711753--16711795	22	2.0	22	85	0	59	39	18	0	41	1.51
16712021--16712105	25	3.2	25	67	20	73	43	8	16	31	1.77
16712012--16712123	55	2.0	55	100	0	224	39	8	17	33	1.81
16715842--16716032	41	4.6	41	94	0	328	24	27	19	28	1.99
16723625--16723815	41	4.6	41	94	0	328	24	27	19	28	1.99
16724341--16724368	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16727511--16727580	5	14.0	5	100	0	140	20	0	0	80	0.72
16730198--16730270	17	4.2	17	73	16	78	68	0	0	31	0.90
16730204--16730282	34	2.3	33	77	12	88	64	0	0	35	0.94
16730202--16730305	33	3.4	30	73	20	92	64	0	0	35	0.94
16730248--16730321	27	3.0	24	82	9	62	59	0	0	40	0.97
16730215--16730331	58	2.0	62	83	13	156	61	0	0	38	0.96
16734917--16734970	23	2.4	23	96	3	101	25	11	9	53	1.66
16737946--16738002	19	3.1	19	80	7	64	56	3	0	40	1.17
16738688--16738726	15	2.6	15	95	0	69	30	38	20	10	1.86
16738745--16739036	84	3.5	84	86	3	390	31	20	23	24	1.98
16738745--16739038	43	7.0	42	89	4	405	31	20	23	24	1.98
16738747--16739014	127	2.1	127	89	1	412	32	20	23	23	1.98
16739471--16739539	21	3.3	21	89	0	111	2	40	18	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16741631--16741805	9	19.1	9	81	3	206	33	2	16	48	1.58
16741631--16741781	27	5.6	27	95	0	257	33	0	15	50	1.50
16741869--16741919	21	2.4	21	90	6	77	39	7	15	37	1.77
16741774--16742014	116	2.1	116	95	3	432	38	5	12	43	1.66
16741864--16741911	21	2.4	19	83	12	69	39	8	14	37	1.76
16742003--16742066	16	3.9	16	76	8	56	34	0	20	45	1.51
16741980--16742066	9	9.8	9	67	16	56	34	2	19	43	1.64
16742138--16742175	16	2.4	16	91	4	60	52	5	0	42	1.24
16742168--16742204	17	2.2	17	100	0	74	54	5	5	35	1.47
16746969--16747027	29	2.0	30	83	3	75	50	6	5	37	1.51
16750195--16750248	26	2.1	26	82	0	63	40	0	1	57	1.09
16763376--16763444	22	3.1	22	87	0	102	31	27	1	39	1.66
16763397--16763502	52	2.1	51	85	1	140	32	31	2	33	1.72
16763535--16763592	29	2.0	29	90	6	91	39	0	1	58	1.08
16763537--16763599	29	2.1	30	85	8	85	39	0	1	58	1.07
16769502--16769904	125	3.2	125	89	5	588	32	22	15	30	1.94
16769907--16770061	51	3.0	51	85	6	215	38	28	9	24	1.86
16772790--16772844	28	2.0	28	89	7	85	56	1	9	32	1.41
16773687--16773740	11	4.8	12	84	15	71	25	31	0	42	1.55
16773802--16773832	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
16774941--16774966	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
16776113--16776236	64	1.9	64	98	0	239	33	5	12	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16779241--16779590	124	2.8	124	93	0	610	33	22	15	28	1.94
16803336--16803384	18	2.5	20	81	15	59	16	16	40	26	1.89
16806851--16806904	28	2.0	27	85	10	74	16	22	27	33	1.95
16817379--16817406	10	2.8	10	100	0	56	42	0	21	35	1.53
16821812--16821905	12	8.2	11	70	15	57	73	4	15	6	1.20
16825475--16825507	12	2.8	12	90	9	50	75	0	15	9	1.03
16825536--16825570	17	1.9	18	88	11	54	71	0	28	0	0.86
16826426--16826544	37	3.1	39	73	16	113	26	15	21	36	1.93
16840421--16840447	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
16840618--16840648	3	10.3	3	92	0	53	3	29	0	67	1.06
16841194--16841228	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
16844336--16844404	22	3.1	22	79	8	86	43	17	21	17	1.88
16846863--16846895	13	2.6	13	90	4	50	69	0	3	27	1.03
16846927--16846968	22	1.9	22	90	0	66	50	2	7	40	1.43
16848647--16848671	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
16848669--16848693	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
16852276--16852468	98	2.0	98	89	0	296	29	11	23	36	1.90
16863896--16864328	45	9.7	46	70	15	216	29	21	22	26	1.99
16863983--16864103	44	2.8	43	80	6	120	31	21	19	28	1.97
16864087--16864278	95	2.0	95	92	2	323	29	20	23	26	1.99
16864294--16864462	66	2.6	66	96	0	311	29	21	24	24	1.99
16866366--16866559	98	2.0	98	91	0	316	27	8	24	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16874063--16874130	12	5.6	12	77	6	57	61	4	5	27	1.38
16874689--16874746	21	2.6	24	81	10	70	41	15	6	36	1.74
16874689--16874735	23	2.0	23	87	4	67	38	17	6	38	1.75
16879149--16879200	11	4.6	11	85	2	68	23	30	1	44	1.64
16879148--16879222	33	2.2	33	81	9	89	25	30	1	42	1.63
16879148--16879224	22	3.5	22	80	18	88	25	29	1	42	1.63
16879186--16879283	51	1.9	51	85	4	135	26	25	3	44	1.68
16888480--16888517	15	2.3	16	82	17	51	63	0	0	36	0.95
16888485--16888516	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
16888934--16888985	25	2.0	28	88	11	83	34	11	0	53	1.37
16889157--16889227	19	3.8	19	83	5	101	38	9	0	52	1.35
16889163--16889233	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
16889449--16889518	19	3.7	19	78	3	88	38	8	0	52	1.32
16889454--16889524	37	1.9	37	97	0	133	40	9	0	49	1.36
16889088--16889787	291	2.4	291	96	0	1285	32	14	9	44	1.76
16889740--16889792	19	2.8	18	82	5	52	39	9	0	50	1.35
16889784--16889880	18	5.2	19	80	6	99	49	0	10	40	1.37
16889784--16889880	37	2.6	37	91	1	149	49	0	10	40	1.37
16889819--16889880	19	3.3	19	81	4	90	50	0	9	40	1.35
16890081--16890121	19	2.1	19	90	4	64	51	0	9	39	1.35
16890187--16890264	27	2.9	27	92	0	129	16	32	21	29	1.96
16899083--16899139	18	3.2	18	72	18	64	45	14	1	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16899068--16899139	36	2.0	36	100	0	144	44	13	2	38	1.59
16903043--16903108	22	3.0	21	87	10	89	24	30	0	45	1.53
16903036--16903098	10	5.6	11	78	14	58	23	30	0	46	1.53
16905127--16905167	13	3.2	13	86	6	57	51	21	0	26	1.48
16905106--16905348	29	8.3	29	74	15	216	46	26	0	26	1.59
16905092--16905370	87	3.2	87	84	6	309	46	25	0	26	1.58
16905215--16905255	13	3.2	13	74	19	50	51	26	0	21	1.48
16905215--16905268	25	2.2	24	90	9	83	46	29	0	24	1.53
16905282--16905330	24	2.0	24	84	0	62	42	26	2	28	1.66
16905316--16905379	23	2.8	23	80	0	74	46	21	1	29	1.61
16905376--16905594	117	1.9	117	88	1	332	38	9	10	42	1.70
16908625--16908990	126	2.9	125	89	0	552	31	23	15	29	1.95
16918154--16918188	16	2.1	18	89	10	56	54	0	2	42	1.15
16920574--16920708	40	3.4	39	75	7	130	31	25	18	23	1.97
16920574--16920709	41	3.5	40	73	10	127	32	25	18	23	1.97
16921538--16921596	21	2.8	21	71	2	55	1	20	8	69	1.23
16922006--16922119	59	1.9	60	85	7	160	21	18	14	44	1.86
16922602--16922675	28	2.5	28	82	6	85	40	8	21	29	1.82
16923879--16923912	2	17.5	2	87	6	52	55	0	0	44	0.99
16924067--16924127	26	2.3	26	91	0	95	60	3	4	31	1.34
16924146--16924185	21	1.9	21	84	0	53	57	2	7	32	1.40
16924248--16924308	2	31.5	2	90	6	90	52	1	0	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16924236--16924310	16	4.6	16	86	8	89	53	1	2	42	1.23
16930357--16930424	29	2.3	31	82	12	81	47	7	13	32	1.70
16932013--16932060	24	2.1	21	88	11	69	70	6	0	22	1.09
16932344--16932450	51	2.1	51	82	6	128	30	4	2	61	1.30
16932979--16933012	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
16944284--16944314	13	2.5	13	94	5	55	35	0	19	45	1.51
16948333--16948374	15	3.2	13	78	15	50	57	0	2	40	1.12
16950118--16950621	44	11.6	44	71	11	306	27	22	20	29	1.98
16950118--16950795	217	3.1	217	94	0	1158	27	21	20	29	1.98
16950118--16950710	44	13.6	43	70	15	301	27	22	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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