genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  96  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28000793--28000826	16	2.1	17	88	5	52	38	20	5	35	1.77
28000908--28000965	29	2.0	29	96	0	107	37	27	15	18	1.92
28005068--28005101	2	17.0	2	93	0	59	47	2	50	0	1.16
28006467--28006535	35	2.0	35	91	0	111	24	20	26	28	1.99
28042655--28042685	16	1.9	16	93	0	53	38	22	0	38	1.54
28044284--28044334	21	2.4	21	86	3	66	21	9	27	41	1.84
28044777--28044821	24	2.0	22	83	12	56	26	2	15	55	1.52
28054152--28054202	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
28070721--28070776	27	2.1	27	100	0	112	51	23	0	25	1.48
28073258--28073307	25	2.0	25	100	0	100	36	24	16	24	1.94
28079413--28080800	27	51.3	27	82	5	1434	40	19	15	24	1.90
28080992--28081068	26	3.0	26	83	7	102	15	16	25	41	1.88
28082289--28082413	35	3.5	35	82	1	142	16	10	33	40	1.82
28086204--28086252	25	2.0	25	88	8	73	57	2	4	36	1.30
28086902--28086960	30	2.0	30	86	3	84	47	10	8	33	1.68
28093868--28093919	21	2.4	22	87	9	72	59	0	1	38	1.08
28093869--28093917	16	3.1	15	81	16	55	57	0	2	40	1.10
28094052--28094091	11	3.7	11	86	3	55	67	0	0	32	0.91
28104071--28104153	27	3.1	27	83	0	103	36	10	24	28	1.89
28107448--28107494	17	2.8	17	84	9	62	46	0	2	51	1.13
28107448--28107494	12	4.1	12	74	20	55	46	0	2	51	1.13
28107529--28107580	20	2.8	18	78	21	63	51	1	3	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28108892--28108924	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
28110012--28110067	28	2.0	28	100	0	112	32	25	21	21	1.98
28110431--28110761	27	12.3	27	82	1	367	19	15	25	39	1.90
28110431--28110761	54	6.1	54	84	1	412	19	15	25	39	1.90
28110432--28110749	81	3.9	81	84	1	404	19	15	25	38	1.91
28110973--28111021	19	2.6	19	93	3	82	28	42	16	12	1.84
28113933--28114062	60	2.2	59	81	5	161	42	12	5	40	1.65
28114671--28114797	61	2.1	61	83	2	157	37	7	13	40	1.74
28117736--28117778	18	2.4	19	80	11	54	51	0	9	39	1.34
28118010--28118057	20	2.4	21	86	6	64	35	0	43	20	1.52
28118319--28118353	18	1.9	18	94	0	61	37	25	11	25	1.90
28119330--28119372	21	2.0	21	90	0	68	41	16	20	20	1.90
28123096--28123167	27	2.7	26	91	8	119	43	9	0	47	1.36
28123235--28123311	27	2.9	27	96	0	136	27	29	27	15	1.96
28123463--28123501	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
28123571--28123611	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
28130197--28130322	4	31.0	4	71	21	77	0	29	0	69	0.94
28130171--28130304	44	3.1	44	85	8	159	0	28	0	70	0.92
28130170--28130321	18	8.6	18	71	20	74	1	28	0	69	0.96
28130171--28130304	39	3.2	45	83	10	151	0	28	0	70	0.92
28130251--28130333	18	4.4	18	77	15	69	1	33	0	65	1.01
28130366--28130432	27	2.5	27	90	0	107	16	25	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28130510--28130579	27	2.6	28	95	4	126	48	0	10	41	1.36
28134986--28135138	73	2.1	73	93	1	261	44	10	20	24	1.83
28135430--28135461	14	2.1	16	88	11	50	56	0	31	12	1.37
28141453--28141518	32	2.0	33	82	8	82	33	18	22	25	1.97
28141979--28142008	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
28148051--28148084	11	3.2	11	91	8	61	35	8	20	35	1.84
28154010--28154297	84	3.5	84	84	7	421	36	25	16	21	1.94
28154114--28154264	76	2.0	76	93	0	257	38	26	15	19	1.91
28154189--28154282	43	2.2	43	81	9	113	34	29	15	20	1.94
28154014--28154297	42	7.0	41	72	16	214	37	25	15	21	1.93
28154302--28154494	51	3.8	52	80	4	223	32	27	16	23	1.95
28154304--28154488	101	1.8	101	85	3	264	32	27	16	23	1.96
28159868--28160138	42	6.5	42	73	13	211	39	23	15	21	1.92
28159864--28160157	84	3.5	83	91	2	446	38	23	15	22	1.92
28160164--28160340	51	3.5	51	76	6	171	31	27	15	25	1.96
28175864--28176015	35	4.3	34	80	8	144	18	10	28	42	1.83
28186039--28186067	11	2.6	11	100	0	58	27	24	10	37	1.88
28188531--28188587	28	2.0	28	96	0	105	21	15	21	42	1.89
28189183--28189218	17	2.1	17	89	0	54	22	2	13	61	1.46
28191248--28191289	11	3.8	11	84	9	50	73	2	7	16	1.15
28193338--28193405	35	1.9	35	93	0	118	25	25	20	29	1.99
28194590--28194822	50	4.6	50	80	7	177	28	22	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28194644--28194829	50	3.8	48	81	5	178	27	23	27	21	1.99
28198187--28198263	36	2.1	36	100	0	154	48	23	5	23	1.71
28201402--28201426	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
28216484--28216724	48	4.8	49	75	10	188	24	26	20	28	1.99
28222845--28223085	41	5.8	41	82	7	238	26	17	26	29	1.97
28231026--28231055	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
28243513--28243575	21	3.0	21	79	4	74	49	19	20	11	1.78
28258254--28258335	42	2.0	42	83	9	105	31	23	14	30	1.94
28260887--28261044	43	3.7	43	82	5	196	35	26	16	21	1.94
28260849--28261041	85	2.3	84	91	0	305	34	24	17	23	1.95
28261645--28261677	12	2.8	12	100	0	66	69	15	0	15	1.19
28269377--28269425	22	2.2	22	89	10	82	26	2	2	69	1.10
28273036--28273081	23	2.0	22	83	4	56	39	2	2	56	1.24
28275404--28275625	107	2.1	107	94	1	392	31	18	20	29	1.96
28277565--28278057	132	3.7	132	89	1	713	27	23	18	30	1.98
28277766--28278057	44	6.7	44	67	6	146	27	23	19	28	1.99
28277570--28278057	263	1.9	263	88	2	748	27	23	18	29	1.98
28278047--28278071	7	3.6	7	100	0	50	28	28	0	44	1.55
28277962--28278160	103	1.9	102	88	1	299	28	26	17	28	1.97
28277833--28278292	235	2.0	234	90	2	726	28	25	18	28	1.98
28278064--28278555	132	3.7	132	89	2	747	27	24	19	28	1.98
28278129--28278783	44	14.7	44	63	10	188	27	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28277610--28278783	498	2.4	491	93	1	1958	27	24	18	29	1.98
28278331--28278881	228	2.4	228	94	0	953	27	25	18	27	1.98
28278456--28278651	96	2.1	95	91	0	311	28	27	17	27	1.98
28278684--28278864	96	1.9	95	90	1	290	29	25	17	27	1.98
28278901--28279009	44	2.4	46	80	13	145	22	22	23	30	1.99
28278964--28279349	87	4.4	87	91	1	596	24	22	23	29	1.99
28279033--28279169	43	3.2	43	62	13	100	24	19	24	31	1.98
28279556--28279627	22	3.3	22	94	0	117	25	27	16	30	1.97
28279780--28279975	108	1.8	108	89	2	313	46	10	17	25	1.80
28279949--28280036	45	1.9	47	83	4	117	48	9	14	27	1.74
28279941--28280041	45	2.3	43	80	10	112	51	8	13	25	1.70
28280312--28280365	20	2.9	18	79	15	56	1	16	3	77	1.00
28280308--28280370	32	2.1	29	82	14	74	1	19	3	76	1.01
28280805--28280879	1	75.0	1	70	0	51	1	1	12	85	0.73
28280804--28280879	11	6.8	11	76	18	77	1	1	13	84	0.76
28280805--28280880	17	4.4	17	74	18	68	1	1	13	84	0.76
28280823--28280880	9	6.7	9	92	5	84	0	0	15	84	0.62
28280804--28280876	24	3.0	24	84	11	87	1	1	13	83	0.78
28280814--28280876	15	4.5	15	80	15	73	1	0	14	84	0.71
28283702--28283921	107	2.1	107	95	0	395	32	19	19	29	1.96
28286361--28286398	16	2.4	17	82	13	53	81	2	15	0	0.80
28291920--28292068	74	2.0	75	94	3	266	44	8	14	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28292044--28292600	138	4.1	138	87	3	804	41	8	6	43	1.60
28299737--28299784	23	2.1	22	81	11	53	37	8	12	41	1.73
28304450--28304508	25	2.4	25	88	0	82	22	20	22	35	1.96
28305151--28305198	20	2.4	20	77	19	55	64	4	14	16	1.43
28310337--28310409	25	2.9	26	76	13	80	26	24	20	28	1.99
28314333--28314663	50	6.6	50	80	7	307	29	13	25	30	1.94
28314333--28314672	101	3.4	102	85	2	418	30	13	25	30	1.94
28329474--28329626	52	2.9	52	96	0	270	20	22	13	44	1.85
28339048--28339286	50	4.8	50	83	2	268	21	29	20	28	1.98
28347704--28347845	75	1.9	75	89	5	225	44	9	15	30	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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