genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  196  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59285683--59285713	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
59287409--59287481	25	3.0	25	74	18	73	38	2	8	50	1.47
59295192--59295216	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
59301058--59301094	18	2.1	18	100	0	74	35	21	10	32	1.88
59302001--59302049	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
59310373--59310422	11	4.3	11	80	12	55	52	2	0	46	1.12
59317251--59317301	22	2.3	23	80	19	63	29	3	1	64	1.22
59318360--59318403	13	3.4	13	75	12	54	38	11	18	31	1.86
59319900--59319995	50	1.9	50	87	4	140	34	18	29	17	1.94
59319900--59319995	25	3.8	25	83	0	120	34	18	29	17	1.94
59320142--59320188	22	2.1	23	84	11	62	48	23	0	27	1.51
59323854--59323902	24	2.1	23	88	7	73	36	0	2	61	1.08
59333004--59333107	30	3.3	29	84	10	118	70	2	3	23	1.17
59333553--59333586	10	3.5	10	88	8	52	29	0	5	64	1.17
59337566--59337621	11	5.2	11	71	2	51	23	5	3	67	1.27
59338598--59338658	11	5.8	11	70	24	51	63	0	1	34	1.04
59338601--59338634	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
59338565--59338707	41	3.4	41	89	3	196	63	0	3	32	1.11
59338675--59338699	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
59338702--59338727	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
59338738--59338769	5	6.2	5	92	7	55	0	43	56	0	0.99
59340979--59341011	7	4.7	7	92	0	57	60	27	9	3	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59347866--59347905	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
59349843--59349922	22	3.6	22	93	0	124	32	12	26	28	1.93
59354419--59354446	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
59364808--59364847	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
59364780--59364832	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
59364920--59364956	9	4.3	9	86	13	60	32	0	10	56	1.34
59364917--59364954	16	2.4	16	95	0	67	34	0	10	55	1.34
59365747--59365772	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59366182--59366587	202	2.0	201	96	1	751	40	17	12	29	1.86
59368964--59369009	22	2.1	22	83	0	56	67	10	8	13	1.42
59371710--59371770	28	2.1	29	82	8	72	59	4	4	31	1.40
59371734--59371832	18	5.7	18	70	20	68	59	5	5	30	1.40
59371825--59371865	18	2.3	18	82	0	55	70	2	4	21	1.18
59371845--59371906	29	2.1	29	82	5	72	64	1	3	30	1.19
59390503--59390557	29	1.9	29	92	3	94	34	0	3	61	1.13
59396599--59396673	37	2.0	37	97	0	141	29	12	12	46	1.77
59397816--59397847	15	2.0	17	88	11	50	6	6	21	65	1.38
59402304--59402341	6	6.7	6	90	3	53	86	0	13	0	0.56
59402821--59403558	183	4.0	183	92	1	1196	18	19	26	35	1.94
59404412--59404934	259	2.0	259	98	0	1010	21	17	29	31	1.96
59420051--59420123	37	2.0	37	100	0	146	41	21	16	20	1.90
59420876--59420925	22	2.3	22	89	0	73	18	22	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59420876--59420932	22	2.6	22	85	0	69	21	22	26	29	1.99
59426076--59426134	28	2.1	27	84	3	73	37	11	25	25	1.90
59427420--59427476	22	2.6	22	80	0	69	19	22	31	26	1.98
59432421--59432467	22	2.1	23	84	4	60	6	17	19	57	1.60
59437367--59437549	50	3.6	50	80	2	188	30	26	18	25	1.98
59448049--59448157	57	1.9	57	83	7	141	34	21	18	25	1.96
59449920--59450145	67	3.4	67	85	4	296	32	19	23	24	1.98
59452777--59452808	4	7.8	4	96	3	55	28	0	0	71	0.86
59455536--59455638	42	2.5	42	83	0	125	41	19	22	16	1.90
59460287--59460436	57	2.6	57	95	1	266	34	20	22	24	1.97
59462751--59462795	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
59467052--59467085	10	3.4	10	83	0	50	52	0	0	47	1.00
59469760--59469788	14	2.1	14	100	0	58	31	6	6	55	1.53
59475286--59475320	5	6.8	5	87	6	52	40	0	0	60	0.97
59475286--59475329	21	2.0	22	95	4	81	40	0	0	59	0.98
59475297--59475331	13	2.6	13	86	4	52	45	0	0	54	0.99
59475380--59475405	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
59475578--59475609	12	2.6	13	85	14	50	34	0	25	40	1.56
59476529--59476684	24	6.5	24	89	5	228	16	22	22	39	1.92
59485089--59485170	41	2.0	41	95	0	146	39	1	15	43	1.55
59489696--59489726	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
59490497--59490530	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59491299--59491334	10	3.8	9	92	7	54	66	0	2	30	1.06
59513752--59513922	88	1.9	88	81	9	206	28	19	24	28	1.98
59513655--59513910	132	1.9	132	89	3	399	26	20	24	28	1.99
59513662--59513957	132	2.2	132	85	3	355	26	21	25	26	2.00
59515469--59515525	3	19.0	3	96	0	105	33	1	0	64	1.04
59515576--59515630	16	3.4	16	76	13	51	30	5	0	63	1.17
59515758--59515791	16	2.1	16	88	0	50	38	2	14	44	1.61
59518909--59518933	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
59521902--59522054	48	3.2	47	82	3	198	41	16	15	26	1.88
59521949--59522032	25	3.4	25	73	12	84	42	15	14	27	1.85
59521926--59522054	23	5.4	23	65	14	73	40	17	15	27	1.89
59524670--59524695	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
59530559--59530601	22	1.9	23	90	4	70	23	6	6	62	1.45
59530568--59530617	22	2.2	23	86	10	68	22	8	6	64	1.43
59541586--59541614	10	3.0	10	95	5	51	51	0	6	41	1.28
59542579--59542622	22	2.0	22	100	0	88	45	9	4	40	1.56
59548788--59549058	107	2.5	106	80	6	314	30	16	18	33	1.94
59550456--59550900	107	4.2	106	83	6	476	35	19	17	27	1.95
59550456--59550875	215	2.0	214	82	6	512	35	18	17	27	1.94
59550847--59550950	49	2.1	48	84	5	138	45	16	22	16	1.85
59550718--59550926	105	2.0	105	87	4	305	41	17	16	23	1.89
59550756--59551062	151	2.0	153	86	3	431	41	18	18	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59562219--59562244	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
59568490--59568532	20	2.2	20	83	8	52	58	2	2	37	1.24
59569450--59569548	20	5.0	19	68	8	72	39	9	15	36	1.79
59569450--59569585	40	3.4	40	78	7	125	36	8	16	37	1.80
59569617--59569741	20	6.2	21	75	9	93	41	4	16	36	1.70
59569839--59569926	20	4.4	20	72	14	65	42	6	11	39	1.68
59569821--59569930	40	2.8	40	77	0	112	42	5	12	39	1.66
59569605--59569910	158	1.9	158	83	6	388	41	4	16	37	1.69
59569957--59570011	20	2.8	19	75	8	56	45	1	10	41	1.50
59571698--59571745	25	1.9	25	86	0	69	31	18	12	37	1.88
59574626--59574671	10	4.8	10	73	10	51	39	2	2	56	1.24
59576194--59576235	17	2.5	17	80	3	50	57	0	2	40	1.12
59580829--59580879	4	12.8	4	95	0	93	25	1	49	23	1.61
59587005--59587048	21	2.1	21	100	0	88	45	13	9	31	1.75
59588325--59588392	33	2.1	33	100	0	136	23	5	23	47	1.73
59593330--59593404	19	4.0	19	70	20	68	36	1	26	36	1.65
59593652--59593751	41	2.6	37	73	6	92	22	20	30	28	1.98
59595903--59596041	23	5.6	24	69	15	79	60	5	2	31	1.33
59599641--59599778	68	2.0	69	83	9	176	45	23	8	22	1.80
59603201--59603243	21	2.0	22	90	4	70	51	4	2	41	1.35
59604310--59604423	57	2.0	55	81	10	131	17	18	12	51	1.75
59607269--59607324	29	2.0	29	85	3	78	44	3	5	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59607269--59607325	28	2.0	28	83	6	71	45	3	5	45	1.43
59608764--59608818	21	2.6	22	85	8	78	25	9	36	29	1.87
59619022--59619052	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59627070--59627105	18	2.0	18	94	0	63	50	5	2	41	1.40
59632890--59632922	14	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
59634903--59634936	17	2.0	17	100	0	68	52	23	11	11	1.70
59636844--59637405	92	6.1	92	91	0	863	32	5	17	44	1.72
59638797--59638850	2	27.0	2	85	7	74	50	0	3	46	1.19
59638772--59638850	22	3.6	22	84	6	90	50	2	2	44	1.29
59638797--59638860	22	2.8	24	79	9	64	50	1	4	43	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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