genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141635--2141762	38	3.3	38	85	4	184	36	1	0	61	1.05
2141685--2141751	11	6.4	11	75	20	72	38	2	0	58	1.14
2141639--2141760	40	3.1	40	90	2	194	36	1	0	62	1.05
2141734--2141773	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
2141733--2141791	22	2.8	21	80	14	59	40	1	3	54	1.27
2151587--2151650	31	2.1	31	96	0	119	40	6	10	42	1.65
2151948--2152014	30	2.2	30	84	7	82	46	2	4	46	1.38
2160084--2160117	12	2.8	12	81	0	50	67	11	0	20	1.21
2163991--2164020	12	2.4	13	88	11	53	40	0	0	60	0.97
2164145--2164274	32	4.3	31	70	14	94	24	18	11	45	1.82
2164205--2164274	31	2.2	32	84	2	88	24	20	12	42	1.86
2164233--2164345	59	1.9	60	83	5	149	22	11	13	53	1.71
2164806--2164857	26	2.0	26	100	0	104	53	11	7	26	1.63
2164718--2164845	58	2.2	58	80	4	143	47	12	13	26	1.78
2164811--2164871	26	2.3	26	88	2	86	55	13	6	24	1.61
2165085--2165153	11	6.4	11	72	25	58	59	0	2	37	1.12
2165071--2165144	30	2.4	31	84	15	100	58	0	2	39	1.13
2165095--2165128	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
2165084--2165172	42	2.1	42	91	4	144	62	0	3	33	1.11
2171155--2171193	20	2.0	20	84	0	51	48	12	0	38	1.42
2175277--2175333	29	2.0	29	82	3	71	35	0	5	59	1.20
2177282--2177334	17	3.1	17	100	0	106	7	16	30	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177633--2177718	40	2.2	40	95	0	154	37	18	8	36	1.81
2179185--2179295	36	3.1	36	97	0	213	30	26	18	24	1.98
2186501--2186631	65	2.0	65	95	0	235	41	6	6	45	1.55
2195969--2196020	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
2199900--2199928	14	2.0	15	93	6	51	41	0	10	48	1.37
2209930--2210007	17	4.5	17	71	15	70	50	2	2	44	1.29
2211315--2211381	29	2.3	29	76	0	71	49	11	2	35	1.55
2211938--2211977	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
2217099--2217154	28	2.0	28	100	0	112	25	10	21	42	1.85
2218905--2218929	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2223976--2224023	15	3.2	15	78	0	51	39	2	2	56	1.23
2224564--2224718	83	1.9	83	81	5	188	25	25	29	20	1.99
2226608--2226660	22	2.4	22	67	0	52	16	11	13	58	1.63
2227711--2227746	15	2.3	16	90	4	56	25	8	25	41	1.83
2229933--2229957	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2231001--2231028	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
2240330--2240374	16	2.7	17	86	6	65	44	0	0	55	0.99
2240358--2240424	11	6.4	11	75	18	54	35	2	0	61	1.12
2240341--2240425	40	2.1	40	93	0	143	36	2	0	61	1.09
2240407--2240446	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
2240406--2240460	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
2240761--2240792	11	2.9	11	95	0	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241521--2241580	28	2.1	28	84	0	75	40	13	20	26	1.89
2252910--2252947	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2253143--2253245	45	2.3	45	83	8	138	39	17	21	21	1.92
2254994--2255042	19	2.6	19	84	15	59	30	2	0	67	1.02
2260003--2260308	51	6.2	51	82	8	380	31	15	23	30	1.95
2259999--2260308	102	3.1	101	89	6	449	31	15	23	30	1.95
2260205--2260306	43	2.3	44	90	6	163	31	13	25	29	1.94
2263003--2263044	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
2268751--2268801	2	25.5	2	87	0	66	3	45	0	50	1.20
2269070--2269101	17	1.9	16	93	6	55	43	6	31	18	1.75
2278820--2278953	2	68.5	2	71	7	69	50	1	7	41	1.40
2280293--2280344	21	2.6	22	77	17	60	38	5	5	50	1.51
2285654--2285725	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
2286590--2286654	31	2.1	31	85	5	87	24	4	6	64	1.36
2287591--2287632	20	2.0	21	86	9	59	50	4	0	45	1.23
2288408--2288573	91	1.8	91	86	2	244	22	13	19	43	1.86
2288475--2288858	105	3.8	100	80	7	425	26	11	20	40	1.87
2288809--2288914	56	1.9	56	88	3	160	24	8	22	44	1.80
2294654--2294680	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
2305127--2305178	26	2.0	26	100	0	104	38	11	26	23	1.89
2307414--2307457	21	2.1	21	91	0	70	29	0	0	70	0.88
2311102--2311166	9	7.2	9	75	0	67	36	23	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311102--2311166	18	3.6	18	85	0	76	36	23	13	26	1.92
2311257--2311502	125	2.0	125	99	0	483	23	4	25	46	1.70
2312308--2312378	3	23.7	3	83	0	61	35	21	38	5	1.77
2312467--2312529	9	6.7	9	73	10	54	31	22	36	9	1.86
2312476--2312528	15	3.5	15	78	0	52	32	22	37	7	1.82
2313277--2313319	3	14.3	3	82	0	50	55	2	37	4	1.33
2313536--2313562	13	2.1	13	100	0	54	92	7	0	0	0.38
2313835--2313875	3	13.7	3	100	0	82	34	0	31	34	1.58
2320815--2320973	60	2.7	57	80	11	176	47	14	15	22	1.81
2326712--2326739	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
2330362--2330397	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2338225--2338270	21	2.3	21	88	7	69	34	2	6	56	1.37
2338232--2338270	21	1.9	21	94	5	71	33	0	5	61	1.18
2338643--2338700	30	1.9	29	83	13	73	51	0	0	48	1.00
2342792--2342852	25	2.5	25	97	2	115	59	0	3	37	1.14
2356515--2356548	17	2.0	17	88	11	52	26	0	0	73	0.83
2363764--2363790	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2364582--2364620	20	1.9	21	85	15	55	74	2	10	12	1.17
2364723--2364756	16	2.1	16	94	0	59	35	17	20	26	1.95
2366826--2366855	10	3.0	10	90	0	51	36	0	13	50	1.42
2371090--2371124	17	2.0	18	94	5	63	85	11	0	2	0.69
2375452--2375488	19	1.9	20	94	5	67	70	0	0	29	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376101--2376177	19	4.1	19	73	20	72	33	0	5	61	1.19
2376098--2376199	29	3.6	28	76	15	102	33	0	6	58	1.31
2376211--2376259	18	2.6	19	90	6	73	28	2	0	69	1.00
2376191--2376267	18	3.9	20	74	17	72	33	1	1	63	1.11
2376388--2376424	16	2.3	17	86	13	60	37	0	0	62	0.96
2376490--2376530	21	2.0	21	95	0	73	24	19	14	41	1.89
2377242--2377355	54	2.1	55	93	3	194	21	34	14	28	1.94
2381328--2381395	29	2.3	30	80	16	79	32	11	5	50	1.63
2382043--2382085	17	2.6	17	88	3	70	53	9	0	37	1.33
2385757--2385781	13	1.9	13	100	0	50	64	8	4	24	1.38
2390024--2390055	17	2.0	17	88	11	50	43	6	0	50	1.27
2402848--2402904	27	2.1	27	90	0	87	29	3	0	66	1.08
2409800--2409852	26	2.0	26	85	7	72	45	15	9	30	1.77
2420844--2420882	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2424047--2424116	31	2.2	32	80	12	83	50	7	14	28	1.69
2427311--2427382	31	2.4	30	81	4	81	43	12	9	34	1.76
2442607--2442641	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
2458500--2458526	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2459706--2459752	21	2.1	23	88	7	71	59	4	0	36	1.17
2462127--2462169	12	3.6	11	81	12	50	34	13	16	34	1.88
2476146--2476182	13	2.8	13	83	0	56	35	27	0	37	1.57
2478664--2478729	30	2.2	31	83	2	80	25	4	6	63	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480102--2480133	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2481122--2481148	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2486748--2486778	8	3.9	8	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2486749--2486784	16	2.2	16	90	0	54	61	0	0	38	0.96
2491257--2491299	20	2.2	20	100	0	86	34	0	18	46	1.50
2493584--2493625	12	3.8	12	87	12	63	33	0	4	61	1.17
2493697--2493775	21	3.7	23	76	10	78	15	21	24	39	1.91
2509441--2509465	11	2.3	11	100	0	50	40	0	24	36	1.55
2509490--2509531	14	3.1	14	77	16	52	35	4	9	50	1.56
2510022--2510049	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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