genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  66  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18630523--18630579	30	1.9	29	82	10	71	54	1	7	36	1.38
18631082--18631127	23	1.9	23	82	8	56	23	4	0	71	1.03
18631657--18631892	41	5.8	40	89	2	328	19	21	28	29	1.98
18635135--18635195	22	2.8	22	73	12	63	32	11	21	34	1.89
18636296--18636353	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
18638344--18638408	27	2.3	29	86	7	98	27	21	30	20	1.98
18639070--18639117	15	3.2	15	81	0	60	37	0	0	62	0.95
18641984--18642015	15	2.1	15	100	0	64	43	6	6	43	1.54
18647692--18647736	11	4.3	10	86	8	54	4	13	6	75	1.15
18649422--18649480	30	2.0	30	96	0	109	30	25	3	40	1.72
18649826--18649888	32	1.9	33	87	3	92	63	3	0	33	1.10
18649838--18649993	40	3.8	40	85	9	192	62	0	1	35	1.06
18651006--18651037	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
18652055--18652114	24	2.5	22	82	17	75	43	0	3	53	1.17
18654415--18654808	126	3.1	124	86	2	513	29	17	16	36	1.92
18654842--18654874	14	2.4	14	95	5	59	45	33	0	21	1.52
18655030--18655064	15	2.4	14	90	4	52	57	34	0	8	1.29
18663512--18663566	16	3.4	16	89	0	83	38	5	23	32	1.78
18667401--18667475	39	1.9	39	97	0	141	30	32	10	26	1.90
18674916--18674962	16	2.8	17	80	6	60	34	4	4	57	1.38
18674962--18674988	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
18675690--18675724	14	2.3	16	90	9	56	65	2	0	31	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680224--18680256	17	1.9	17	88	11	50	63	0	9	27	1.24
18681004--18681028	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
18685099--18685144	20	2.2	20	84	3	65	26	2	4	67	1.21
18691050--18691104	7	7.6	7	77	22	60	72	0	14	12	1.12
18691042--18691093	9	6.6	8	80	14	56	75	0	13	11	1.06
18691051--18691104	22	2.5	22	93	6	92	74	0	14	11	1.08
18692310--18692738	128	3.4	128	91	1	684	31	20	23	24	1.98
18692789--18692950	44	3.7	44	88	3	209	28	21	22	27	1.99
18693081--18693348	50	5.3	50	69	5	198	34	22	18	24	1.96
18693065--18693308	51	4.8	50	70	8	181	34	21	20	23	1.97
18693066--18693442	101	3.8	100	86	3	456	33	21	20	24	1.97
18695016--18695060	20	2.2	20	88	0	72	26	2	4	66	1.22
18695105--18695130	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18697840--18697901	27	2.3	27	85	0	79	17	32	32	17	1.94
18697957--18698060	4	25.8	4	71	23	60	70	0	27	1	0.98
18697964--18698016	19	2.8	19	78	13	56	69	0	26	3	1.05
18697954--18698091	10	12.9	10	68	21	50	69	0	28	1	0.97
18697957--18698092	44	3.3	40	84	10	168	69	0	29	1	0.98
18697992--18698095	44	2.4	43	93	4	174	70	0	29	0	0.88
18698014--18698097	20	4.0	21	75	15	84	70	0	29	0	0.88
18700907--18700938	15	2.1	15	100	0	64	34	18	15	31	1.93
18702058--18702108	26	2.0	26	84	7	68	21	3	9	64	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18702517--18702545	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18715070--18715161	46	2.0	47	89	2	141	34	18	18	28	1.95
18715710--18715760	26	1.9	27	92	4	86	43	39	1	15	1.58
18716017--18716044	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
18716973--18717038	28	2.4	27	80	7	78	34	6	3	56	1.40
18720031--18720415	44	8.3	44	68	17	125	25	20	19	34	1.96
18719980--18720408	142	3.0	142	90	0	671	25	19	19	35	1.95
18734449--18734477	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
18738494--18738623	40	3.1	40	75	12	120	51	11	4	32	1.58
18738888--18738950	27	2.3	27	88	0	90	14	31	33	20	1.92
18748059--18748096	19	2.0	19	85	10	51	13	18	44	23	1.85
18748330--18748401	26	2.7	27	81	10	94	48	16	15	19	1.81
18748408--18748513	27	3.9	27	87	0	149	41	20	17	19	1.90
18748401--18748527	54	2.4	54	82	7	159	39	22	16	22	1.92
18750796--18751035	80	3.0	80	87	5	317	32	10	9	47	1.70
18750723--18751035	82	3.8	82	85	4	362	31	12	9	46	1.74
18750733--18751035	162	1.8	166	83	4	400	31	12	9	46	1.74
18754899--18754931	12	2.6	13	85	9	50	78	3	18	0	0.87
18760718--18760781	6	10.8	6	81	8	51	81	4	6	7	0.99
18761601--18761642	8	5.6	8	88	11	63	78	0	9	11	0.96
18761602--18761650	21	2.3	22	96	3	91	75	0	10	14	1.04
18761610--18761634	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18763055--18763709	50	13.1	50	70	8	438	32	22	20	24	1.98
18763044--18763709	100	6.7	100	89	2	874	32	22	20	24	1.98
18763054--18763706	301	2.2	301	89	2	983	32	23	20	24	1.98
18766700--18766740	21	1.9	22	95	5	75	80	9	0	9	0.91
18768012--18768070	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
18768464--18768502	18	2.2	18	100	0	78	46	5	15	33	1.68
18768517--18768551	13	2.7	13	86	13	54	17	0	0	82	0.66
18768517--18768556	17	2.4	17	88	12	64	17	0	0	82	0.67
18768518--18768556	9	4.6	9	90	9	64	17	0	0	82	0.68
18773265--18773289	10	2.5	10	100	0	50	44	0	32	24	1.54
18779021--18779116	42	2.3	42	88	0	138	32	12	26	29	1.93
18780244--18780538	44	6.8	44	75	7	208	31	18	23	26	1.98
18780238--18780616	44	8.7	44	71	10	197	32	18	22	27	1.97
18780240--18780729	218	2.2	218	93	0	836	32	18	22	26	1.97
18780489--18781113	188	3.5	172	83	9	770	31	18	22	27	1.97
18780745--18780979	44	5.4	44	68	10	151	31	19	21	28	1.97
18780724--18781113	174	2.3	174	86	3	529	30	18	22	27	1.97
18781312--18781352	18	2.3	17	91	8	64	80	7	0	12	0.90
18781568--18781859	148	2.0	149	91	0	478	25	29	23	21	1.99
18784163--18784206	20	2.2	20	84	8	54	31	0	15	52	1.44
18786201--18786247	16	2.8	17	81	15	53	63	4	2	29	1.25
18786637--18786671	9	3.9	9	100	0	70	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18786746--18786956	114	1.9	113	92	3	361	27	9	17	45	1.78
18787262--18787302	18	2.3	18	83	8	57	46	17	0	36	1.48
18793252--18793346	45	2.1	45	90	3	147	26	51	3	18	1.61
18793972--18794001	15	2.0	15	93	0	51	40	43	6	10	1.64
18799192--18799236	22	2.0	22	86	0	63	51	15	26	6	1.68
18799846--18799908	30	2.1	30	85	11	85	47	6	1	44	1.38
18832804--18832865	25	2.4	25	83	2	79	33	6	11	48	1.65
18838396--18838998	316	1.9	306	82	5	728	37	14	9	38	1.78
18839774--18839813	18	2.2	19	86	4	55	70	2	0	27	1.01
18851230--18851327	45	2.2	46	85	7	137	26	23	18	31	1.97
18870067--18870105	16	2.4	16	82	0	51	51	2	10	35	1.50
18871799--18872107	50	6.6	45	76	12	273	24	20	21	33	1.97
18871799--18872107	95	3.3	95	85	7	391	24	20	21	33	1.97
18871904--18872160	139	1.8	139	90	1	417	24	21	20	33	1.97
18872187--18873934	88	19.9	88	90	1	2662	25	24	22	27	2.00
18874917--18876119	44	27.1	44	62	17	330	25	24	22	27	2.00
18874845--18876121	621	2.0	625	92	2	2142	25	24	22	27	2.00
18874845--18876121	88	14.3	88	91	2	1964	25	24	22	27	2.00
18876114--18876634	46	11.4	46	88	0	731	28	29	16	26	1.97
18877703--18877749	21	2.2	21	84	0	58	25	36	10	27	1.89
18877834--18877887	18	3.1	18	87	10	69	9	12	1	75	1.11
18878737--18878774	18	2.1	18	95	0	67	15	0	5	78	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18878733--18878770	9	4.3	9	90	3	60	10	0	7	81	0.87
18882187--18882225	16	2.4	16	82	0	51	51	2	10	35	1.50
18883158--18883190	17	2.0	17	88	5	50	3	12	3	81	0.91
18888458--18888514	27	2.1	27	83	3	69	42	15	14	28	1.86
18889905--18890526	311	2.0	312	92	2	1036	34	21	12	31	1.91
18891383--18891483	50	2.0	50	100	0	202	40	17	7	33	1.79
18893724--18893822	27	3.7	27	78	9	80	3	25	1	70	1.07
18893752--18893813	15	4.3	15	85	6	56	1	25	0	72	0.94
18893771--18893823	3	18.3	3	88	3	74	0	26	0	73	0.83
18893749--18893824	6	12.0	6	81	10	62	1	25	0	73	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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