genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7071275--7071311	13	2.9	13	88	11	51	24	0	8	67	1.17
7071754--7071787	16	2.2	16	89	5	52	58	26	5	8	1.51
7073426--7073473	14	3.2	16	80	14	57	31	2	10	56	1.45
7073565--7073602	20	2.0	20	84	5	51	28	7	5	57	1.49
7079387--7080322	133	7.1	133	84	6	1127	28	19	24	27	1.99
7079420--7080333	132	6.9	132	84	6	1064	28	19	24	27	1.99
7080354--7080498	44	3.3	44	77	3	166	33	15	24	26	1.95
7080329--7080513	88	2.1	89	89	1	282	28	17	24	29	1.97
7082769--7082816	14	3.2	16	80	14	57	31	2	10	56	1.45
7083514--7084197	132	5.2	131	91	1	1041	28	18	25	27	1.98
7083916--7084097	44	4.1	44	66	13	131	29	17	25	27	1.97
7083991--7084185	44	4.4	45	67	11	120	27	20	25	27	1.99
7084189--7084371	44	4.1	44	77	2	177	29	16	25	28	1.97
7084189--7084371	89	2.1	89	88	2	269	29	16	25	28	1.97
7084218--7084377	45	3.6	45	75	4	155	30	16	25	27	1.97
7084736--7084769	16	2.2	16	89	5	52	58	26	5	8	1.51
7086837--7086935	51	1.9	51	93	0	171	29	20	24	26	1.99
7089259--7089384	28	4.5	28	87	0	171	30	14	24	30	1.94
7096110--7096150	18	2.3	18	80	12	50	24	0	2	73	0.96
7096146--7096177	15	2.1	15	100	0	64	18	12	18	50	1.78
7097064--7097091	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
7099975--7100217	50	4.8	50	87	0	342	20	30	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7100555--7100612	30	1.9	30	82	6	73	32	20	5	41	1.75
7102108--7102146	20	1.9	21	84	5	53	51	2	7	38	1.44
7102354--7102401	3	16.7	3	82	8	64	62	0	0	37	0.95
7102354--7102394	16	2.6	16	92	3	66	60	0	0	39	0.96
7102355--7102412	28	2.1	28	86	0	80	60	0	5	34	1.19
7105603--7105650	15	2.9	17	78	12	55	64	2	2	31	1.16
7105616--7105651	15	2.4	15	95	0	63	66	0	0	33	0.92
7106405--7106499	30	3.1	30	77	7	93	26	4	5	64	1.33
7115414--7115455	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
7115418--7115454	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
7115486--7115542	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
7122033--7122082	21	2.3	22	82	6	66	40	2	16	42	1.59
7122082--7122114	17	2.0	17	88	5	50	21	9	0	69	1.15
7124843--7124925	18	4.9	16	79	16	71	43	12	13	31	1.80
7124859--7124956	18	5.7	18	80	10	98	45	12	13	28	1.79
7124897--7124964	16	4.2	15	77	15	64	48	13	11	26	1.76
7124810--7124972	34	4.7	34	75	15	122	44	10	11	33	1.75
7125431--7125476	14	3.3	13	84	9	56	0	17	0	82	0.67
7125431--7125476	15	3.2	14	84	12	58	0	17	0	82	0.67
7125717--7125761	10	4.4	10	80	5	54	0	31	0	68	0.89
7125730--7125784	4	14.8	4	85	14	66	0	27	0	72	0.85
7125731--7125784	23	2.5	21	85	14	74	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7125704--7125784	27	2.8	28	81	17	94	0	29	0	70	0.88
7126307--7126413	30	3.6	29	79	3	106	40	5	22	31	1.77
7126608--7126985	154	2.4	155	88	3	564	33	20	17	28	1.96
7126608--7126985	78	4.9	77	82	7	478	33	20	17	28	1.96
7129026--7129177	43	3.6	42	77	13	168	23	17	28	30	1.97
7129026--7129147	41	2.9	42	81	9	133	22	17	27	31	1.96
7129338--7129369	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
7141153--7141189	4	9.8	4	82	11	51	51	2	18	27	1.60
7144549--7144713	35	4.7	35	75	9	140	44	10	12	32	1.76
7144565--7144707	18	8.3	17	75	16	118	42	11	13	32	1.80
7145477--7145531	4	14.2	4	78	14	62	3	25	0	70	1.03
7145988--7146048	29	2.1	30	84	3	79	39	8	22	29	1.83
7146025--7146131	30	3.6	30	81	3	101	40	7	22	29	1.81
7146054--7146131	30	2.6	30	83	2	104	42	6	21	29	1.78
7147204--7147247	23	1.9	23	100	0	88	36	0	18	45	1.49
7147190--7147245	13	4.5	13	80	13	73	37	1	14	46	1.55
7149034--7149073	18	2.2	19	90	4	64	12	7	5	75	1.18
7150032--7150060	13	2.1	14	93	6	51	17	0	0	82	0.66
7163787--7163815	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7165012--7165071	3	20.3	3	93	3	104	31	1	0	66	1.01
7172682--7172832	68	2.2	68	97	0	284	25	18	25	30	1.98
7174278--7174336	31	1.9	31	82	0	73	35	15	10	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7176439--7176475	19	2.1	18	90	10	58	24	0	5	70	1.08
7182619--7182651	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
7187323--7187471	3	49.3	3	83	4	174	30	6	1	62	1.27
7187807--7187834	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7193864--7193922	30	2.0	30	93	6	102	28	0	10	61	1.29
7204694--7204750	2	31.0	2	75	16	52	45	5	0	49	1.24
7205582--7205635	6	8.5	6	81	6	54	77	1	5	14	1.03
7205660--7205686	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
7207388--7207431	21	2.1	21	86	0	61	43	54	2	0	1.12
7207393--7207419	9	3.0	9	100	0	54	44	55	0	0	0.99
7207509--7207546	10	3.8	10	82	10	51	76	0	23	0	0.79
7209123--7209152	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7210112--7210153	18	2.3	18	84	8	50	47	2	0	50	1.14
7211275--7211316	22	1.9	22	90	9	68	50	0	11	38	1.40
7211789--7211857	9	7.2	9	80	8	66	59	1	1	37	1.15
7211789--7211859	19	3.7	19	79	9	81	59	1	1	38	1.15
7215876--7215971	48	2.0	48	100	0	192	41	14	22	20	1.89
7217747--7217888	72	2.0	72	92	0	239	32	12	18	36	1.88
7219852--7219882	13	2.5	13	94	5	55	45	0	12	41	1.42
7219878--7219949	32	2.2	32	97	0	135	38	5	15	40	1.70
7221422--7221483	21	3.0	19	75	13	52	29	3	6	61	1.37
7223549--7223585	6	6.0	6	96	3	65	0	18	48	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7237141--7237198	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
7237177--7237287	19	5.8	19	88	0	168	38	12	9	39	1.75
7237177--7237280	38	2.7	38	96	0	190	39	11	8	40	1.72
7249153--7249255	43	2.4	44	85	3	138	29	23	20	27	1.99
7258212--7258377	44	3.6	44	82	10	206	31	15	23	30	1.95
7258262--7258378	51	2.3	51	93	0	198	34	13	23	29	1.93
7260946--7260987	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
7266742--7266808	34	1.9	35	93	3	118	49	11	5	32	1.64
7297257--7297287	11	2.9	11	95	4	55	32	0	0	67	0.91
7309307--7309351	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
7314728--7314792	26	2.6	25	73	26	66	30	6	9	53	1.57
7314970--7314994	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7320462--7320510	21	2.3	22	85	3	64	26	6	8	59	1.50
7324650--7324703	26	2.1	26	82	6	65	68	7	0	24	1.15
7324661--7324708	6	7.7	6	88	9	60	68	10	0	20	1.18
7324661--7324708	20	2.5	19	86	6	62	68	10	0	20	1.18
7324748--7324823	9	8.4	9	89	0	116	25	11	22	40	1.88
7324984--7325008	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
7325372--7325602	46	5.0	46	84	5	297	37	8	24	29	1.84
7325376--7325602	92	2.5	92	90	0	346	38	8	23	29	1.84
7339336--7339376	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
7341684--7341732	24	2.0	24	100	0	98	16	4	30	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7351447--7351533	33	2.6	33	83	7	122	42	4	34	18	1.71
7356540--7356606	31	2.3	27	76	14	62	41	8	8	40	1.68
7356621--7356660	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
7358196--7358255	31	1.9	31	100	0	120	11	3	8	76	1.12
7358240--7358273	11	3.0	11	91	4	50	29	0	11	58	1.33
7358477--7358515	10	3.8	10	82	3	51	0	23	10	66	1.22
7358475--7358515	20	2.0	21	90	4	66	0	21	12	65	1.25
7361560--7361639	13	6.1	13	82	8	108	63	6	0	30	1.19
7361558--7361648	13	7.3	11	78	17	58	65	5	1	27	1.21
7367459--7367540	27	2.8	30	75	14	82	28	10	6	54	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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