genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  83  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23707976--23708038	29	2.1	32	85	8	87	58	6	3	31	1.39
23708610--23708654	19	2.2	21	84	7	58	33	4	4	57	1.38
23709438--23709480	21	2.0	21	86	0	59	30	0	6	62	1.21
23716691--23716866	88	2.0	88	92	0	289	30	18	23	27	1.98
23719901--23719932	16	1.9	17	93	6	57	71	0	28	0	0.86
23721618--23721656	19	2.0	20	85	5	53	64	7	0	28	1.21
23721696--23721744	11	4.5	11	80	14	57	59	0	2	38	1.09
23721695--23721744	20	2.3	22	86	10	68	58	0	2	40	1.10
23721694--23721737	12	4.1	11	80	14	56	56	0	2	40	1.11
23730703--23731236	104	5.2	103	78	4	536	28	18	21	30	1.97
23730703--23731244	207	2.6	207	82	2	624	28	19	21	30	1.97
23740557--23740608	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
23748695--23748834	20	7.0	20	75	3	120	32	18	35	13	1.90
23755632--23755667	18	1.9	18	88	5	54	16	25	0	58	1.38
23755631--23755668	13	3.1	12	85	14	51	15	23	0	60	1.35
23757851--23757944	25	3.8	25	68	12	68	28	4	3	63	1.28
23765756--23765858	37	2.8	37	90	0	152	37	30	15	16	1.90
23773677--23774009	27	12.3	27	85	3	382	26	16	17	39	1.90
23776717--23776810	26	3.5	26	77	10	91	29	19	27	23	1.98
23776934--23777282	27	12.8	27	85	4	436	26	17	16	38	1.92
23779602--23779678	26	3.0	26	90	0	109	33	16	10	38	1.83
23805612--23805799	51	3.7	49	83	4	223	26	17	26	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23812340--23812383	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
23813897--23813961	22	2.9	22	88	4	58	30	29	0	40	1.57
23813906--23813961	22	2.5	22	97	2	103	28	30	0	41	1.57
23813936--23813994	30	2.0	30	93	0	100	30	32	0	37	1.58
23813966--23814018	22	2.4	22	78	6	63	33	30	0	35	1.58
23813914--23814013	52	1.9	52	89	0	155	30	31	0	39	1.57
23814050--23814106	28	2.0	27	86	6	78	40	0	1	57	1.09
23814061--23814113	18	3.0	18	75	2	54	39	0	0	60	0.97
23814204--23814237	15	2.3	15	90	5	52	23	0	5	70	1.09
23816067--23816122	24	2.3	24	90	0	85	28	37	16	17	1.91
23816409--23817134	29	25.4	29	76	13	636	45	24	0	29	1.57
23816409--23817134	59	12.7	59	80	11	736	45	24	0	29	1.57
23816474--23816622	23	5.9	23	75	18	120	45	23	0	30	1.53
23816474--23816562	45	2.0	46	90	2	144	47	23	0	29	1.52
23816416--23817134	175	4.2	170	81	13	750	45	24	0	30	1.57
23816911--23817019	23	4.4	23	75	18	103	48	26	0	24	1.51
23820336--23820601	124	2.1	125	85	6	371	33	21	13	30	1.92
23822799--23822836	18	2.1	19	85	5	51	42	15	5	36	1.70
23826750--23826782	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
23829894--23829941	2	24.0	2	91	0	78	50	0	4	45	1.21
23834541--23834633	42	2.2	42	79	11	102	21	33	19	25	1.97
23840584--23840644	23	2.5	25	78	5	72	42	4	0	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23845273--23845337	31	2.1	31	97	0	121	30	10	13	44	1.78
23851357--23851402	23	1.9	25	82	8	60	17	10	0	71	1.13
23855699--23855756	29	2.0	29	100	0	116	27	17	27	27	1.97
23856095--23856134	20	2.0	20	85	9	55	57	7	22	12	1.60
23864754--23864797	5	9.4	5	79	20	51	56	2	0	40	1.11
23864754--23864831	28	2.8	28	75	14	72	52	2	1	43	1.23
23867043--23867085	12	3.6	11	84	6	50	67	2	4	25	1.22
23869643--23869718	31	2.5	31	88	0	116	43	11	17	27	1.84
23871536--23871561	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23872838--23872913	33	2.3	32	77	6	80	34	17	22	26	1.96
23872804--23873000	105	1.9	101	88	6	297	31	16	24	26	1.96
23872942--23873066	33	3.8	32	75	8	108	32	17	24	24	1.97
23872804--23873063	105	2.6	101	80	9	294	32	16	24	26	1.96
23875169--23875208	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
23878697--23878803	56	1.9	56	96	0	196	42	11	8	37	1.71
23879291--23879385	30	3.2	29	80	4	109	33	18	6	41	1.76
23879700--23879750	21	2.5	20	87	6	77	76	7	15	0	1.00
23880081--23880135	12	4.5	12	86	11	76	78	0	21	0	0.76
23880083--23880154	11	6.7	11	79	19	64	76	0	23	0	0.79
23880093--23880168	8	9.0	9	79	13	74	78	0	21	0	0.74
23880305--23880362	17	3.6	16	77	9	55	22	1	1	74	1.01
23880779--23880821	21	2.0	22	90	4	70	44	11	6	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23880817--23880860	22	2.0	22	90	0	70	50	9	6	34	1.61
23880840--23881084	18	13.9	18	72	14	163	29	13	13	44	1.81
23880840--23881125	18	16.2	17	72	12	141	30	11	12	44	1.78
23880755--23880913	39	4.1	40	71	20	133	38	12	9	38	1.76
23880840--23881130	36	8.3	34	76	7	226	30	12	12	45	1.78
23880840--23881129	17	16.5	17	67	20	77	30	11	12	45	1.78
23882160--23882359	106	1.9	106	94	0	355	31	20	10	39	1.85
23886150--23886185	17	2.1	18	89	5	56	63	13	2	19	1.41
23891755--23891802	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
23891850--23892131	120	2.4	119	91	7	450	43	2	4	48	1.39
23891968--23892019	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
23891916--23892099	57	3.1	57	66	22	162	42	2	6	48	1.41
23892091--23892134	16	2.8	16	83	13	56	45	0	2	52	1.13
23892236--23892270	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23892072--23892382	155	2.0	153	91	3	500	47	6	3	43	1.44
23892505--23892572	16	4.2	16	96	0	109	38	32	0	29	1.58
23893220--23893277	23	2.4	25	80	14	75	63	1	0	34	1.04
23893231--23893275	13	3.7	13	74	17	51	60	2	0	37	1.09
23893371--23893406	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
23893387--23893477	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
23893397--23893500	44	2.5	42	80	12	115	32	6	26	33	1.83
23893642--23893676	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23893529--23893844	156	2.0	157	96	0	580	42	3	5	48	1.43
23893781--23894004	120	1.9	119	92	0	376	46	7	1	45	1.39
23893918--23893952	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23894031--23894082	26	2.1	24	85	7	68	50	3	1	44	1.31
23900210--23900268	3	19.7	3	100	0	118	33	32	0	33	1.58
23910516--23910549	15	2.2	16	94	5	61	29	0	8	61	1.26
23919617--23919658	14	3.0	14	85	0	57	76	2	16	4	1.07
23920524--23920574	7	7.3	7	85	14	70	68	0	15	15	1.21
23921885--23921995	44	2.5	44	89	0	159	33	15	25	26	1.95
23922199--23922493	50	5.9	50	77	0	302	32	24	19	23	1.98
23922198--23922493	100	3.0	100	89	0	439	32	24	19	23	1.98
23923035--23923071	16	2.3	16	100	0	74	37	40	5	16	1.71
23923258--23923282	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
23926141--23926194	4	13.5	4	100	0	108	25	0	24	50	1.50
23934868--23935262	42	9.4	42	85	1	479	21	17	24	36	1.94
23937365--23937398	16	2.2	15	89	5	50	0	17	0	82	0.67
23940942--23941251	150	2.1	146	83	5	383	43	3	8	43	1.52
23944900--23944934	14	2.4	14	90	4	52	14	2	0	82	0.77
23944901--23944938	18	2.0	18	90	10	58	15	2	0	81	0.80
23947488--23947539	6	8.8	6	97	2	97	48	17	0	34	1.48
23947575--23947606	8	3.9	8	92	8	55	65	0	0	34	0.93
23963982--23964046	32	2.0	32	96	0	121	50	16	12	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23971702--23971835	66	2.0	66	94	1	234	29	13	11	46	1.78
23973952--23973991	19	2.0	20	85	4	55	42	0	5	52	1.23
23975721--23975850	47	2.8	47	89	0	188	33	16	25	25	1.96
23976446--23976517	32	2.3	31	81	11	83	52	4	4	38	1.40
23980052--23980081	12	2.5	12	94	0	51	26	16	20	36	1.93
23980108--23980174	13	5.2	13	87	0	98	31	25	14	28	1.95
23994069--23994103	16	2.2	17	90	10	56	25	14	0	60	1.35
23994851--23995010	43	3.7	43	84	3	205	42	18	18	20	1.89
23995015--23995068	26	2.2	24	86	6	72	50	24	9	16	1.74
23998537--23998614	38	2.1	37	90	2	120	34	30	21	12	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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