genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  50  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14302937--14303082	42	3.5	42	77	10	136	23	16	23	36	1.94
14302972--14303085	41	2.7	43	80	11	137	21	17	26	34	1.96
14314082--14314180	52	1.9	52	82	0	126	24	1	33	41	1.62
14314149--14314199	7	7.6	7	84	8	70	17	0	49	33	1.47
14314142--14314199	21	2.8	20	85	10	82	18	0	46	34	1.50
14314153--14314215	14	4.6	14	78	7	67	20	0	47	31	1.51
14314161--14314214	26	2.1	26	85	0	72	22	0	44	33	1.53
14314154--14314217	33	2.0	33	81	9	78	20	0	45	34	1.51
14315094--14315118	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
14315869--14315912	18	2.4	19	84	3	54	13	15	13	56	1.67
14315916--14316002	7	12.3	7	76	2	84	6	12	11	68	1.37
14318308--14318597	42	6.9	42	90	2	429	22	22	20	34	1.97
14318308--14318597	128	2.3	125	90	1	445	22	22	20	34	1.97
14318308--14318598	86	3.4	85	90	2	453	22	21	20	34	1.97
14322686--14322711	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
14329806--14329972	68	2.3	72	85	6	225	29	4	4	61	1.35
14332107--14332340	51	4.7	51	87	5	345	29	25	14	30	1.95
14332107--14332340	98	2.4	97	88	4	335	29	25	14	30	1.95
14334828--14334903	23	3.3	23	88	0	125	31	26	19	22	1.98
14336415--14336747	68	4.8	68	90	4	533	27	6	3	62	1.37
14336415--14336747	139	2.4	136	91	4	535	27	6	3	62	1.37
14338609--14338922	72	4.3	73	80	3	319	26	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14338612--14338922	146	2.1	146	86	2	446	26	21	25	26	1.99
14338826--14339049	114	2.0	114	81	5	265	24	20	26	28	1.99
14339049--14339073	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
14339091--14339120	15	2.0	15	93	0	51	46	3	3	46	1.35
14339255--14339322	22	3.1	21	77	8	73	16	5	41	36	1.72
14339264--14339458	22	8.7	22	68	19	75	19	5	32	42	1.74
14339334--14339402	15	4.7	15	83	1	77	20	1	31	46	1.60
14339429--14339455	14	1.9	14	100	0	54	14	7	29	48	1.71
14339428--14339473	21	2.2	20	84	3	56	13	4	34	47	1.62
14339363--14339473	43	2.6	43	76	18	108	18	4	32	45	1.69
14339483--14339572	28	3.2	26	75	12	81	21	0	28	50	1.49
14339505--14339573	7	9.9	7	85	0	57	17	0	31	50	1.46
14339492--14339573	14	5.9	14	77	5	67	19	0	30	50	1.48
14339483--14339573	7	13.0	7	79	8	51	20	0	29	49	1.49
14339532--14339773	103	2.3	103	91	2	389	26	3	30	40	1.73
14339594--14339797	103	2.0	102	82	3	250	30	4	29	35	1.77
14339823--14339932	55	2.0	55	98	0	211	42	3	12	40	1.60
14340486--14340554	25	2.9	23	78	16	77	21	36	0	42	1.53
14342559--14342758	41	4.9	41	88	3	269	30	21	28	20	1.98
14342935--14343145	37	5.8	36	90	6	329	31	8	24	35	1.85
14343837--14343905	9	7.4	9	78	12	59	49	15	1	33	1.54
14346468--14346521	21	2.6	21	75	0	54	61	25	5	7	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14351444--14351483	20	2.0	20	95	0	71	30	22	15	32	1.94
14353669--14353717	21	2.3	21	96	0	89	34	16	14	34	1.89
14359584--14360228	89	7.2	89	92	0	1047	31	18	22	27	1.97
14360775--14360828	21	2.6	21	75	0	54	61	25	7	5	1.45
14364704--14364753	21	2.4	20	80	9	64	30	18	46	6	1.73
14369452--14369513	30	2.1	30	100	0	124	37	12	16	33	1.87
14370567--14370634	21	3.2	21	75	4	66	30	20	10	38	1.86
14370592--14370633	22	2.0	21	86	13	59	33	23	4	38	1.76
14371634--14371695	29	2.1	28	82	5	70	24	11	14	50	1.75
14378442--14378508	23	2.8	23	86	4	98	44	35	0	19	1.51
14378465--14378716	29	8.7	29	87	7	345	46	30	0	23	1.53
14378500--14378716	81	2.6	81	91	4	335	47	29	0	23	1.52
14378565--14378607	23	2.0	20	95	4	59	48	25	0	25	1.51
14378442--14378716	139	2.0	136	89	5	417	46	30	0	22	1.52
14378714--14378932	56	3.9	56	88	5	336	36	11	5	46	1.64
14378715--14378941	110	2.0	113	93	3	388	35	11	5	47	1.63
14382067--14382421	127	2.8	126	90	1	577	33	21	15	30	1.94
14382638--14382699	29	2.2	28	85	2	79	48	14	12	24	1.79
14383180--14383218	18	2.1	18	85	4	51	33	15	12	38	1.85
14383259--14383331	9	8.1	9	90	0	119	45	15	10	28	1.80
14383262--14383331	27	2.6	27	97	0	131	44	15	11	28	1.81
14385190--14385219	12	2.5	12	94	0	51	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14388562--14388704	69	2.0	70	84	7	184	32	9	9	48	1.68
14392490--14392579	45	2.0	45	100	0	180	33	2	26	37	1.69
14397093--14397150	25	2.4	23	80	11	71	25	10	15	48	1.77
14397341--14397374	17	1.9	18	94	5	61	5	5	14	73	1.21
14398323--14398355	17	1.9	17	93	0	57	30	6	15	48	1.69
14400050--14400092	22	2.0	20	82	8	50	34	0	23	41	1.55
14400866--14401073	75	2.8	73	80	5	204	20	24	20	34	1.96
14401593--14401656	18	3.6	18	82	4	76	37	25	7	29	1.84
14405100--14405140	21	2.0	21	95	0	73	14	17	24	43	1.86
14405234--14405522	43	6.7	44	85	2	340	33	28	17	21	1.96
14411222--14411479	9	28.0	9	73	15	181	34	0	18	46	1.53
14411222--14411470	56	5.4	46	75	21	227	34	0	18	46	1.53
14411253--14411423	56	3.1	56	95	1	301	35	0	18	46	1.53
14411323--14411493	85	2.0	86	95	1	308	36	0	18	45	1.49
14411480--14411521	2	20.5	2	95	4	75	50	0	2	47	1.14
14413010--14413083	23	3.2	22	75	16	62	45	0	1	52	1.09
14413007--14413068	24	2.6	24	75	14	65	46	0	1	51	1.10
14413241--14413279	14	2.7	14	84	4	51	41	43	0	15	1.46
14413181--14413433	64	3.8	63	71	12	177	42	33	1	22	1.63
14413239--14413307	21	3.2	22	85	6	81	42	39	0	18	1.51
14413273--14413307	14	2.5	14	85	0	52	42	37	0	20	1.52
14413239--14413540	57	5.2	57	70	9	196	41	35	1	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14413374--14413488	7	16.1	7	70	13	56	42	35	0	20	1.59
14413255--14413550	114	2.5	114	82	3	322	41	35	1	21	1.62
14413531--14413579	15	3.4	15	76	18	50	44	28	0	26	1.54
14413542--14413584	22	2.0	22	81	9	52	44	27	0	27	1.55
14413594--14413633	14	2.9	14	88	0	53	47	30	0	22	1.52
14414128--14414258	40	3.3	38	77	8	127	21	23	22	32	1.98
14414192--14414267	40	1.9	40	94	0	134	25	18	19	36	1.94
14414052--14414427	188	2.0	192	81	7	442	25	22	19	31	1.98
14414232--14414522	148	1.9	152	84	8	387	25	23	19	31	1.98
14414479--14414574	40	2.4	40	82	3	104	27	26	19	27	1.99
14414170--14414581	148	2.7	148	79	6	357	26	23	19	30	1.98
14414318--14414738	196	2.2	195	86	2	567	26	23	20	29	1.99
14414682--14414756	40	1.9	40	88	2	116	24	22	22	30	1.99
14416971--14417027	29	2.0	29	86	6	80	43	0	3	52	1.18
14417241--14417311	18	3.7	19	75	20	67	42	0	4	53	1.20
14417254--14417311	21	2.8	22	75	19	63	44	0	3	51	1.18
14417706--14417763	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
14418384--14418518	38	3.5	38	79	7	121	25	20	23	29	1.99
14421246--14421334	40	2.2	40	83	0	115	35	23	20	20	1.95
14421339--14421443	41	2.6	41	87	0	138	21	16	26	35	1.94
14421447--14421532	41	2.1	41	84	4	111	23	19	25	31	1.98
14421382--14421508	65	2.0	65	81	9	152	21	18	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14421341--14421532	106	1.8	106	82	8	248	22	18	25	33	1.97
14421913--14422011	7	13.7	7	73	12	51	25	0	39	35	1.56
14421928--14421978	15	3.5	15	78	13	61	21	0	45	33	1.52
14421913--14421972	21	2.9	20	80	7	57	23	0	43	33	1.54
14421914--14422001	29	3.1	29	82	11	101	25	0	40	34	1.56
14421949--14421992	22	2.0	22	83	16	56	27	0	40	31	1.56
14422251--14422291	21	2.0	20	90	4	64	21	0	39	39	1.54
14422282--14422331	22	2.3	22	79	6	57	26	0	42	32	1.56
14422672--14422713	19	2.2	19	91	0	66	80	2	2	14	0.90
14425912--14425972	28	2.2	28	85	5	79	32	9	24	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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