genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  98  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28688007--28688058	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
28688067--28688122	23	2.4	23	75	21	55	26	8	1	62	1.35
28692077--28692139	2	31.5	2	84	6	74	47	3	3	46	1.34
28694104--28694275	50	3.4	50	88	1	247	19	30	23	26	1.98
28700470--28700498	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
28701025--28701063	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
28703468--28703564	31	3.3	29	75	17	94	40	1	3	55	1.22
28712379--28712459	30	2.7	28	80	14	83	43	6	6	44	1.54
28713021--28713090	5	14.0	5	73	16	56	37	1	1	60	1.15
28713020--28713090	25	2.9	24	85	6	79	36	1	1	60	1.14
28713148--28713210	31	2.0	31	90	0	99	31	9	20	38	1.85
28713266--28713305	20	2.0	20	100	0	80	45	15	15	25	1.84
28718953--28719290	29	11.8	29	73	7	224	27	15	19	37	1.92
28719031--28719281	115	2.2	114	81	3	272	26	16	21	35	1.94
28718963--28719290	57	5.7	57	77	3	228	27	16	19	36	1.93
28732395--28732427	16	2.0	17	88	5	50	60	9	0	30	1.27
28734184--28734230	21	2.2	22	84	3	60	57	6	14	21	1.60
28734348--28734493	48	2.8	53	80	13	185	45	15	5	33	1.70
28738286--28738324	18	2.2	18	100	0	78	23	23	15	38	1.92
28739033--28739136	43	2.4	43	91	0	172	40	14	8	36	1.77
28739338--28739366	7	4.1	7	100	0	58	17	13	27	41	1.87
28746258--28746298	14	2.7	15	85	7	57	21	2	2	73	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28748516--28748554	14	2.8	14	88	0	60	33	5	15	46	1.68
28748557--28748596	15	2.7	15	80	3	55	37	2	7	52	1.43
28749968--28750008	21	2.0	21	95	0	73	14	19	29	36	1.92
28751367--28751424	18	3.0	21	71	19	63	56	0	3	39	1.16
28751493--28751569	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
28751509--28751548	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
28751497--28751563	34	1.9	35	90	3	109	47	11	7	32	1.68
28751532--28751571	14	2.9	14	80	0	53	45	15	5	35	1.68
28753639--28753735	48	2.0	48	89	2	149	43	21	13	21	1.87
28753929--28753999	36	2.0	36	88	5	108	47	15	11	25	1.78
28757895--28757968	36	2.1	36	100	0	148	40	16	10	32	1.83
28758035--28758105	36	2.0	36	94	0	124	46	14	12	26	1.80
28758052--28758105	17	2.9	19	71	20	60	46	16	12	24	1.82
28758034--28758097	17	3.6	17	72	15	58	46	12	12	28	1.78
28762995--28763031	18	2.0	20	89	10	60	54	0	0	45	1.00
28764161--28764332	58	2.9	59	81	7	195	52	4	1	40	1.32
28766931--28767200	147	1.9	147	79	7	311	26	15	21	37	1.93
28766994--28767329	146	2.3	146	79	7	331	26	16	20	35	1.94
28769064--28769114	16	3.1	16	91	8	77	19	11	5	62	1.49
28769821--28769872	13	4.0	13	82	5	61	44	7	1	46	1.43
28769844--28770156	63	5.0	63	94	0	554	40	8	8	42	1.67
28770027--28770148	36	3.6	36	71	23	129	41	8	7	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28770155--28770198	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
28769844--28770214	126	2.9	126	87	4	383	41	9	7	41	1.66
28770178--28770269	38	2.4	38	85	0	121	46	11	1	40	1.48
28770254--28770785	9	60.0	9	72	14	385	45	18	1	34	1.59
28770369--28770393	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
28776344--28776371	12	2.3	12	100	0	56	39	21	39	0	1.54
28776852--28776976	43	2.9	42	85	5	153	24	20	22	32	1.98
28778264--28778311	21	2.3	21	89	3	71	39	6	14	39	1.71
28778274--28778314	21	2.0	21	100	0	82	39	4	12	43	1.63
28778536--28778578	20	2.2	20	91	0	68	39	4	11	44	1.62
28784671--28784710	18	2.2	18	86	8	55	40	0	2	57	1.12
28786653--28786693	22	1.9	21	85	5	55	46	0	0	53	1.00
28786886--28786944	30	2.0	30	86	6	84	33	6	5	54	1.49
28788182--28788288	28	3.9	27	73	16	69	41	3	1	53	1.30
28789724--28789886	25	6.6	24	83	6	150	33	21	23	21	1.97
28797175--28797230	25	2.2	24	84	9	76	35	19	26	17	1.94
28799917--28799985	27	2.6	25	80	13	75	27	1	1	69	1.05
28799918--28799986	9	7.6	9	72	13	52	26	1	1	71	1.03
28799913--28799986	28	2.7	29	76	21	86	29	1	1	67	1.07
28802772--28802839	24	2.8	24	81	2	91	29	22	32	16	1.95
28802772--28802878	25	4.4	24	74	8	81	28	19	31	19	1.97
28803003--28803055	24	2.2	24	86	0	70	30	18	33	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28806926--28806988	32	2.0	31	84	9	83	38	28	12	20	1.89
28812887--28812972	25	3.5	24	68	16	68	33	24	24	17	1.96
28812932--28813022	24	3.8	24	66	13	60	28	20	31	18	1.97
28814898--28815076	25	7.6	25	70	15	78	15	13	24	46	1.81
28815008--28815055	22	2.1	23	92	3	80	14	18	22	43	1.87
28814898--28815084	70	2.7	69	76	4	187	15	14	23	45	1.83
28819912--28820014	45	2.3	45	84	3	136	42	20	16	20	1.89
28820218--28820304	40	2.2	40	83	4	104	40	19	10	29	1.85
28821237--28821293	30	1.9	29	82	10	71	47	7	0	45	1.30
28821385--28821428	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
28827400--28827506	45	2.4	45	85	0	151	42	19	17	20	1.90
28827706--28827793	40	2.2	41	81	6	99	40	18	9	31	1.81
28828878--28828921	16	2.6	16	79	10	52	47	4	0	47	1.22
28833838--28833862	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28836714--28836752	18	2.2	17	86	4	51	20	7	0	71	1.10
28842413--28842485	1	73.0	1	75	0	65	87	4	2	5	0.73
28842414--28842485	27	2.6	27	86	6	99	87	4	2	5	0.73
28842916--28842965	16	3.0	17	77	14	59	78	2	14	6	1.03
28843877--28844147	90	3.0	91	90	2	440	28	17	24	29	1.97
28843885--28844127	135	1.8	135	87	8	370	27	17	23	31	1.97
28843877--28844127	45	5.6	45	83	9	334	27	17	23	30	1.97
28844168--28844760	99	6.0	99	83	2	654	30	22	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28844168--28844700	50	10.7	50	69	4	288	30	22	21	25	1.99
28844168--28844739	199	2.9	198	86	1	761	30	22	21	25	1.99
28844776--28845082	44	7.1	44	71	9	211	29	22	20	27	1.99
28844776--28845082	129	2.4	129	89	1	472	29	22	20	27	1.99
28848999--28849151	56	2.7	56	87	2	227	45	13	9	31	1.75
28852640--28852786	42	3.4	42	77	7	152	25	15	25	33	1.95
28854612--28854683	34	2.1	34	97	0	135	36	20	9	33	1.86
28857781--28857907	50	2.5	50	80	2	139	37	18	16	26	1.92
28857823--28857917	25	3.8	25	84	0	109	41	17	15	25	1.89
28859989--28860051	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
28862198--28862236	16	2.4	16	91	4	60	58	0	2	38	1.12
28866102--28866207	37	2.8	37	94	4	178	64	0	0	34	1.00
28866162--28866187	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28866905--28866953	20	2.5	20	89	0	71	61	0	12	26	1.31
28867144--28867204	30	2.0	30	81	12	70	39	3	0	57	1.15
28867359--28867396	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
28868475--28868905	103	4.2	103	89	1	666	36	15	21	26	1.93
28868807--28868917	57	1.9	59	83	5	145	34	15	22	27	1.94
28870000--28870045	23	1.9	25	86	8	69	69	0	28	2	1.00
28871371--28871429	31	1.9	31	96	0	109	40	10	13	35	1.78
28871549--28871586	18	2.1	19	85	5	51	57	0	0	42	0.98
28873839--28873901	2	31.5	2	100	0	126	50	0	49	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28880793--28880850	12	5.1	12	78	19	54	51	0	1	46	1.11
28887610--28887693	24	3.6	23	76	10	73	75	4	17	2	1.09
28887647--28887709	24	2.8	23	81	9	67	76	3	20	0	0.93
28908961--28909035	22	3.4	22	86	0	105	28	16	28	28	1.97
28912850--28912894	22	2.0	22	100	0	90	17	22	17	42	1.89
28913033--28913169	40	3.5	41	78	13	137	39	22	18	19	1.92
28913846--28913877	15	2.1	15	94	0	55	25	0	34	40	1.56
28913855--28913892	14	2.7	15	84	12	53	26	2	28	42	1.69
28913887--28913956	21	3.3	21	75	16	72	27	0	32	40	1.57
28913901--28913962	15	4.3	15	69	22	60	29	0	32	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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