genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517926--2517960	9	3.9	9	100	0	70	65	0	11	22	1.24
2526453--2526481	13	2.2	13	100	0	58	37	6	0	55	1.27
2531814--2532008	49	4.0	49	92	0	300	30	29	15	24	1.95
2533782--2533824	12	3.3	12	79	17	50	25	6	4	62	1.40
2533782--2533829	24	2.0	24	87	0	69	25	10	4	60	1.47
2533881--2533938	25	2.3	24	85	11	73	39	8	1	50	1.43
2535115--2535254	30	4.7	29	75	8	113	30	17	8	43	1.79
2535568--2535626	23	2.6	23	91	0	91	27	54	10	8	1.63
2535865--2535917	17	3.1	17	81	5	54	77	0	20	1	0.87
2535874--2535929	13	4.0	13	82	13	67	78	0	17	3	0.89
2535874--2535935	29	2.1	30	82	14	76	79	0	16	4	0.90
2536517--2536565	17	2.9	16	79	11	53	26	18	10	44	1.81
2536624--2536710	17	5.0	17	66	13	52	35	13	11	39	1.81
2536617--2536710	34	2.7	36	83	8	106	38	12	11	37	1.80
2536709--2536756	21	2.2	22	92	3	80	37	16	12	33	1.86
2536775--2536856	36	2.3	36	84	0	110	25	14	13	46	1.81
2536775--2536837	19	3.4	19	69	8	58	23	14	15	46	1.83
2536775--2536856	17	4.6	18	73	10	69	25	14	13	46	1.81
2536854--2536918	18	3.5	18	87	6	85	40	10	10	38	1.75
2536917--2536950	17	1.9	18	94	5	61	26	11	11	50	1.73
2536976--2537033	18	3.2	17	83	16	73	34	13	10	41	1.79
2536852--2537063	37	5.8	35	70	15	128	34	11	11	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538767--2538803	19	1.9	19	88	0	56	32	8	2	56	1.43
2571548--2571614	22	3.0	22	82	10	66	53	2	1	41	1.25
2571575--2571614	12	3.7	10	87	9	53	55	2	2	40	1.27
2575336--2575366	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
2575336--2575370	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
2575808--2575832	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2581963--2582043	27	3.0	27	87	3	101	23	20	33	22	1.97
2585582--2586288	162	4.4	162	72	15	582	30	11	8	50	1.68
2585515--2586288	318	2.4	317	93	2	1318	29	11	8	49	1.69
2586662--2586776	5	24.4	5	73	15	52	0	32	0	67	0.91
2586664--2586787	10	12.6	10	74	16	68	0	32	0	67	0.91
2586670--2586736	14	4.6	14	78	14	82	0	28	0	71	0.86
2586671--2586786	4	29.0	4	76	20	68	0	31	0	68	0.89
2586634--2586784	44	3.6	44	82	13	192	0	31	0	68	0.89
2586634--2586787	24	7.0	23	72	22	111	0	31	0	68	0.90
2586686--2586783	38	2.6	38	82	8	135	0	31	0	68	0.90
2587101--2587163	32	1.9	34	84	12	87	76	3	17	3	1.05
2593463--2593493	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2593547--2593583	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2598294--2598377	42	2.0	42	100	0	168	21	23	9	45	1.81
2598307--2598397	23	4.1	23	70	11	91	19	28	6	45	1.76
2602760--2602843	42	2.0	42	100	0	168	21	23	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2602773--2602863	23	4.1	23	70	11	91	19	28	6	45	1.76
2604393--2604417	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2606254--2606394	43	3.4	42	85	5	178	31	28	16	23	1.96
2606294--2606416	43	2.9	42	81	1	102	37	26	13	21	1.91
2606619--2606676	27	2.2	26	85	11	82	62	0	10	27	1.28
2609763--2609844	38	2.2	38	88	0	119	56	8	14	20	1.65
2612610--2612700	39	2.3	39	90	1	146	28	3	0	68	1.06
2612635--2612705	20	3.6	20	70	30	71	32	2	0	64	1.08
2613850--2614084	17	13.5	17	73	14	126	45	12	12	28	1.79
2613894--2614064	70	2.5	67	79	12	193	44	13	13	28	1.82
2613893--2614121	35	6.5	35	74	11	168	43	13	12	31	1.81
2613840--2614071	52	4.4	53	75	8	170	46	12	12	27	1.78
2613894--2614121	17	13.1	17	74	12	169	42	13	12	31	1.81
2614231--2614291	19	3.2	19	79	9	70	36	9	14	39	1.80
2614456--2614504	5	9.6	5	88	4	71	63	0	2	34	1.06
2614455--2614505	21	2.4	21	86	0	75	64	0	1	33	1.05
2614459--2614504	16	2.9	16	93	3	76	60	0	2	36	1.09
2614456--2614514	26	2.2	26	84	6	82	64	0	1	33	1.04
2614660--2614726	26	2.6	26	81	9	75	1	20	0	77	0.85
2614778--2614815	12	2.9	14	84	15	62	5	18	44	31	1.72
2614972--2615011	13	2.9	13	82	10	53	0	20	0	80	0.72
2614974--2615013	20	2.0	20	90	5	62	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614973--2615017	15	3.1	15	84	6	58	0	22	0	77	0.76
2615520--2615658	30	4.6	30	78	7	149	38	5	23	33	1.76
2615494--2615658	59	2.7	60	80	3	188	38	6	21	32	1.80
2615629--2615824	96	2.0	96	97	0	365	34	18	15	31	1.92
2615932--2616440	75	6.5	75	75	10	412	32	21	16	29	1.95
2615961--2616443	166	3.0	165	83	10	649	33	21	15	29	1.95
2616039--2616210	91	1.9	87	91	4	281	31	19	15	32	1.93
2616128--2616448	150	2.1	159	88	7	498	34	21	15	28	1.94
2624154--2624218	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
2624375--2624420	24	2.0	24	87	12	69	45	0	26	28	1.54
2625998--2626069	37	1.9	38	82	2	92	50	9	6	33	1.62
2626196--2626363	92	1.8	92	86	10	245	45	10	13	29	1.77
2626100--2626400	35	8.5	34	73	16	179	42	12	12	32	1.80
2626046--2626372	18	18.2	18	72	13	210	45	12	12	29	1.79
2626292--2626400	17	6.2	16	78	12	67	41	10	11	36	1.76
2626511--2626572	19	3.2	19	79	4	70	35	9	14	40	1.79
2626510--2626572	20	3.2	20	76	13	67	34	9	14	41	1.78
2626740--2626788	5	9.6	5	88	4	71	63	0	2	34	1.06
2626739--2626789	21	2.4	21	86	0	75	64	0	1	33	1.05
2626743--2626788	16	2.9	16	93	3	76	60	0	2	36	1.09
2626740--2626798	26	2.2	26	84	6	82	64	0	1	33	1.04
2626944--2626987	9	5.0	9	83	5	54	0	18	0	81	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627239--2627270	15	2.1	16	94	5	57	0	21	0	78	0.76
2627236--2627282	13	3.7	13	85	2	60	0	25	0	74	0.82
2627735--2627903	59	2.8	59	82	1	176	39	5	21	33	1.78
2627779--2627903	29	4.2	30	83	3	155	39	3	19	38	1.68
2629349--2629374	7	3.7	7	100	0	52	46	42	0	11	1.40
2632545--2632586	14	3.1	14	93	3	68	28	21	11	38	1.89
2637669--2637699	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
2638638--2638667	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
2641936--2641966	15	2.1	15	93	0	53	41	6	29	22	1.78
2645903--2645981	38	2.0	40	83	9	101	65	2	1	30	1.13
2650508--2650546	21	1.9	20	84	5	51	41	10	23	25	1.86
2650759--2650868	19	5.7	19	71	13	68	35	0	4	59	1.24
2654606--2654639	16	2.1	17	88	5	52	47	2	5	44	1.42
2654821--2654870	20	2.5	19	78	12	55	10	16	4	70	1.30
2661779--2661883	52	2.0	52	94	0	183	27	25	20	26	1.99
2661980--2662041	31	2.0	31	100	0	124	22	22	9	45	1.81
2663677--2663706	15	2.0	15	93	0	51	20	6	3	70	1.25
2664297--2664346	20	2.5	20	84	12	68	34	0	8	58	1.28
2664263--2664317	26	2.1	27	86	6	78	40	0	5	54	1.23
2664306--2664347	19	2.3	18	91	4	66	38	0	4	57	1.20
2669332--2669388	30	1.9	29	85	3	78	80	0	17	1	0.79
2675259--2675288	5	5.8	5	92	7	51	76	0	3	20	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2675377--2675401	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2676495--2676549	20	2.8	19	82	15	60	1	20	10	67	1.30
2677681--2677826	45	3.3	45	73	5	143	25	21	23	29	1.99
2677148--2677766	143	4.3	143	90	0	909	26	21	21	30	1.98
2677513--2677999	232	2.1	232	85	0	661	26	22	20	29	1.98
2677680--2677851	89	1.9	89	86	0	245	23	22	24	29	1.99
2677757--2678168	143	2.9	143	88	0	590	28	22	20	28	1.99
2677382--2678138	375	2.0	375	89	0	1136	26	22	21	29	1.99
2679036--2679067	17	1.9	16	93	6	55	0	12	0	87	0.54
2680575--2680637	13	4.8	13	80	0	72	33	6	22	38	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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