genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  88  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25393908--25394092	101	1.8	101	83	5	248	31	27	17	23	1.97
25395329--25395373	17	2.6	17	92	0	81	57	13	0	28	1.36
25396789--25396870	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
25401441--25401701	131	2.0	132	88	2	391	30	21	23	24	1.99
25403219--25403253	15	2.3	15	85	0	52	11	2	2	82	0.88
25403409--25403493	23	3.4	25	79	11	95	34	7	2	56	1.39
25403409--25403504	24	3.9	24	80	12	97	33	6	3	57	1.39
25408249--25408281	17	1.9	17	93	0	57	54	6	0	39	1.25
25415211--25415257	26	1.9	24	87	12	69	31	17	10	40	1.83
25420193--25420237	14	3.2	14	93	0	72	62	4	31	2	1.27
25424041--25424067	12	2.2	12	100	0	54	44	7	7	40	1.60
25425547--25425791	50	4.9	50	81	8	257	22	28	21	28	1.99
25425546--25425843	50	5.9	49	79	10	201	23	27	20	27	1.99
25431532--25431778	50	4.8	50	84	3	287	21	28	22	26	1.99
25438744--25438930	50	3.7	50	84	7	236	22	28	22	26	1.99
25445445--25445676	50	4.5	50	79	10	213	23	28	21	27	1.99
25449476--25449521	18	2.6	18	85	0	56	17	2	15	65	1.37
25449785--25450082	127	2.3	127	82	4	325	33	22	19	24	1.97
25449787--25450082	85	3.5	83	84	6	344	33	22	19	25	1.97
25449788--25450124	42	8.0	42	80	8	319	32	22	19	25	1.97
25450529--25450618	21	4.3	21	82	0	99	6	38	17	36	1.76
25455146--25455499	25	13.6	25	73	15	168	33	1	20	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455157--25455531	9	42.8	9	71	16	270	32	1	20	45	1.62
25455148--25455491	88	3.9	88	83	7	378	33	1	20	44	1.61
25457263--25457300	6	6.3	6	93	0	58	23	15	44	15	1.85
25458638--25458687	7	7.0	7	81	4	55	42	34	0	24	1.55
25458676--25458755	35	2.3	35	82	2	90	52	27	0	20	1.46
25458943--25458977	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
25458997--25459787	114	6.9	114	85	0	895	25	23	17	32	1.97
25461453--25461483	15	2.1	15	93	0	53	19	32	9	38	1.84
25465754--25465784	15	2.1	15	93	0	53	25	29	6	38	1.81
25466638--25466678	14	2.9	14	85	3	55	9	2	7	80	0.99
25466639--25466698	31	2.0	28	84	9	75	11	3	6	78	1.06
25471371--25471406	18	2.0	18	100	0	72	27	22	11	38	1.88
25476663--25476898	50	4.7	50	91	0	373	20	31	22	25	1.98
25479865--25479896	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25480125--25480315	51	3.8	51	78	10	221	29	29	17	23	1.97
25480123--25480307	101	1.8	102	89	5	295	30	29	17	22	1.97
25480118--25480307	102	1.9	102	87	5	278	30	28	17	23	1.97
25481921--25481988	24	2.8	23	81	18	77	35	23	17	23	1.95
25484288--25484341	28	2.0	28	85	3	74	40	11	1	46	1.50
25490195--25490313	28	4.3	28	82	1	150	31	20	23	25	1.98
25490418--25490472	26	2.1	26	86	0	74	34	23	20	21	1.97
25490562--25490612	22	2.3	22	89	0	75	23	27	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25490573--25490615	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
25490660--25491062	27	15.0	27	80	0	405	19	17	21	41	1.90
25490660--25491062	54	7.5	54	82	1	452	19	17	21	41	1.90
25494109--25494186	21	3.7	21	76	17	81	34	8	17	38	1.82
25494108--25494163	21	2.8	19	87	10	85	33	10	19	35	1.87
25495026--25495058	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
25495257--25495337	42	1.9	42	84	0	108	33	14	27	24	1.95
25496403--25496546	44	3.3	44	70	7	139	27	31	21	19	1.97
25496399--25497434	88	11.8	88	87	1	1207	27	25	23	22	1.99
25496799--25496936	44	3.1	44	66	15	122	26	23	25	23	2.00
25497062--25497288	44	5.2	44	65	6	127	26	25	25	22	2.00
25497167--25497385	43	5.0	45	62	6	115	27	27	25	19	1.99
25497212--25497353	43	3.3	43	66	3	122	26	28	28	16	1.97
25497194--25497332	44	3.2	44	67	4	127	25	31	23	18	1.97
25497150--25497381	44	5.3	43	63	9	126	25	27	25	21	1.99
25497795--25497865	19	3.6	19	90	7	115	35	11	15	38	1.83
25522995--25523036	9	4.9	9	80	8	52	78	0	14	7	0.95
25523450--25523494	21	2.1	22	84	12	58	26	11	13	48	1.75
25529956--25530016	29	2.1	29	87	3	86	50	11	4	32	1.60
25538687--25538748	27	2.3	27	86	5	81	45	22	19	12	1.84
25549846--25549875	10	3.0	10	95	0	51	66	0	0	33	0.92
25549846--25549877	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25550290--25550442	41	3.7	41	85	0	198	20	20	24	33	1.97
25550292--25550466	82	2.1	83	79	3	201	21	19	24	34	1.96
25551279--25551446	22	7.3	22	67	24	80	24	11	21	42	1.86
25551255--25551515	69	3.8	69	92	0	405	26	10	20	42	1.85
25551302--25551492	47	4.1	45	67	17	113	25	11	20	42	1.86
25551255--25551516	23	11.3	23	70	12	124	25	10	20	42	1.84
25551455--25551544	23	3.8	22	78	8	81	32	11	18	37	1.86
25560063--25560134	23	3.0	25	70	22	73	69	0	23	6	1.12
25569985--25570077	47	2.0	47	100	0	186	38	8	16	36	1.79
25575372--25575658	140	2.1	140	89	2	443	28	21	13	36	1.91
25578132--25578193	23	2.5	24	85	15	83	32	20	24	22	1.98
25578114--25578190	26	3.2	23	76	18	75	27	22	24	25	2.00
25578132--25578200	23	2.8	25	79	16	81	31	21	24	21	1.98
25578717--25578741	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
25586070--25586124	21	2.6	22	72	16	53	47	12	3	36	1.59
25588170--25588219	25	2.0	26	84	11	68	48	4	12	36	1.59
25588583--25588645	21	2.9	22	81	9	76	25	23	22	28	1.99
25594280--25594324	23	2.0	23	82	8	56	22	13	0	64	1.28
25596682--25596728	19	2.3	22	75	21	64	19	23	23	34	1.97
25596688--25596729	19	2.2	19	95	0	75	19	26	21	33	1.97
25598161--25598222	19	3.3	19	90	0	106	37	8	14	40	1.76
25598210--25598234	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25598224--25598268	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
25598237--25598282	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
25598224--25598282	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
25598454--25598498	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
25600645--25600886	50	4.7	50	79	3	216	23	27	21	27	1.99
25608065--25608103	20	2.0	20	85	10	53	15	20	5	58	1.55
25608360--25608541	50	3.5	50	78	6	150	23	30	19	26	1.98
25612257--25612294	4	9.5	4	83	11	51	0	21	2	76	0.91
25612254--25612294	13	3.0	13	86	13	64	0	21	2	75	0.92
25618320--25618363	17	2.5	18	77	3	54	70	2	4	22	1.17
25628756--25628783	14	2.0	14	100	0	56	28	21	28	21	1.99
25633066--25633173	26	4.2	26	92	0	171	31	21	15	31	1.94
25634487--25634577	46	2.0	46	93	0	155	19	29	20	29	1.97
25639427--25639556	38	3.5	37	79	3	116	29	16	13	41	1.85
25639549--25639801	40	6.3	40	81	3	269	33	16	20	28	1.95
25647907--25648279	27	14.0	27	82	7	404	19	17	20	41	1.90
25653921--25654106	68	2.7	68	78	3	176	35	18	19	26	1.95
25672072--25672168	39	2.5	39	89	3	151	25	2	22	49	1.61
25672081--25672153	22	3.5	22	74	25	86	26	2	21	49	1.63
25677753--25677783	15	2.1	15	93	0	53	38	6	29	25	1.81
25691322--25691358	19	2.0	18	89	5	56	43	13	2	40	1.58
25695918--25695997	41	1.9	42	92	2	135	50	11	3	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25696019--25696066	19	2.6	19	93	3	80	50	14	0	35	1.44
25703986--25704020	15	2.3	16	85	14	56	51	11	11	25	1.71
25707222--25707270	17	2.8	17	96	3	89	16	30	38	14	1.88
25711980--25712042	24	2.7	25	73	11	71	41	0	11	47	1.39
25711993--25712030	12	3.2	12	78	14	51	39	0	10	50	1.37
25713798--25713929	37	3.6	36	76	10	113	31	12	15	40	1.85
25713787--25713929	74	1.9	74	81	2	171	31	12	14	41	1.83
25720858--25720920	24	2.6	25	82	2	83	33	15	26	23	1.95
25722416--25722656	50	4.8	50	81	1	261	29	21	27	21	1.99
25723588--25723680	31	3.0	31	100	0	186	41	16	9	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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