genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8489656--8489738	42	2.0	42	82	0	103	22	32	19	25	1.97
8498854--8498896	22	1.9	23	90	4	70	60	0	0	39	0.97
8500569--8500630	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
8501230--8501352	34	3.6	33	77	13	126	39	25	5	30	1.79
8506363--8506480	60	2.0	60	84	3	157	34	28	5	31	1.79
8507379--8507428	21	2.4	21	86	0	64	52	10	32	6	1.59
8507350--8507423	33	2.2	33	80	4	78	45	12	31	10	1.76
8507376--8507419	15	2.9	15	86	0	61	52	9	34	4	1.54
8509795--8509849	28	2.0	28	92	0	92	25	12	30	30	1.93
8516768--8516851	43	2.0	43	87	0	123	21	15	30	32	1.94
8520468--8520500	12	2.7	13	86	13	52	72	0	18	9	1.10
8538792--8538839	25	1.9	25	83	8	62	47	2	27	22	1.62
8541526--8541582	25	2.3	24	82	11	62	36	1	1	59	1.18
8544471--8545276	402	2.0	400	94	0	1423	29	19	23	26	1.98
8546614--8546686	33	2.2	33	100	0	146	41	36	13	8	1.75
8548140--8548178	18	2.2	18	85	0	51	41	10	0	48	1.37
8570636--8570718	31	2.7	31	86	0	103	39	8	15	36	1.78
8577683--8577810	64	2.0	64	92	0	211	32	25	16	25	1.96
8579495--8579544	24	2.1	24	85	7	66	38	16	12	34	1.85
8579831--8579872	13	3.2	13	80	16	50	21	0	2	76	0.90
8579830--8579872	18	2.4	18	81	11	54	23	0	2	74	0.93
8582416--8582452	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8586213--8586264	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
8591196--8591268	23	3.2	23	84	0	110	24	19	26	30	1.98
8598604--8598655	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
8602560--8602592	15	2.2	15	94	0	57	72	0	0	27	0.85
8608426--8608474	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
8610126--8610326	44	4.6	44	76	10	144	28	24	15	30	1.96
8610139--8610393	132	1.9	133	85	4	354	28	22	18	30	1.97
8610170--8610383	44	4.9	43	76	5	189	28	22	18	30	1.97
8615067--8615103	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8622954--8622998	21	2.1	22	84	12	58	46	13	2	37	1.55
8632906--8633118	106	2.0	106	92	0	354	30	14	16	38	1.89
8642222--8642247	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
8643092--8643137	22	2.1	22	91	0	74	50	8	4	36	1.53
8644747--8644776	15	2.0	15	93	0	51	30	6	13	50	1.67
8667842--8667904	29	2.2	29	88	5	92	63	1	1	33	1.13
8668107--8668132	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
8668149--8668176	11	2.5	11	100	0	56	17	7	0	75	1.03
8668249--8668457	91	2.3	90	86	6	271	33	8	20	37	1.83
8668579--8668617	19	2.0	20	85	14	55	53	2	5	38	1.37
8669968--8670048	36	2.2	36	95	0	144	33	4	7	54	1.50
8670625--8670689	30	2.2	31	81	10	73	67	3	7	21	1.30
8676531--8676565	4	8.8	4	93	0	61	48	22	0	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8691737--8691869	43	3.1	43	85	5	171	19	28	29	22	1.98
8693689--8693725	18	2.0	19	85	15	51	51	5	5	37	1.48
8695457--8695485	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8697195--8697255	31	2.0	31	90	0	95	27	14	21	36	1.93
8718364--8718401	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8718793--8718832	21	1.9	21	90	10	64	22	60	0	17	1.37
8726887--8726916	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
8729072--8729123	22	2.3	23	80	12	63	53	1	0	44	1.11
8734386--8734449	23	3.0	22	72	25	66	29	4	0	65	1.13
8734381--8734427	23	2.0	23	84	16	60	29	4	0	65	1.11
8736078--8736133	27	2.1	28	83	12	73	58	0	3	37	1.15
8737523--8737601	34	2.3	35	84	4	99	43	10	13	32	1.78
8740802--8740838	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
8741918--8741958	22	1.9	22	85	14	59	46	7	4	41	1.53
8743088--8743131	20	2.2	20	83	0	52	27	2	4	65	1.23
8750348--8750572	44	5.2	43	76	11	208	23	23	22	31	1.99
8750822--8751024	44	4.7	43	74	7	178	25	21	22	30	1.99
8750800--8751109	129	2.4	128	92	0	512	25	20	22	30	1.99
8751157--8751400	50	4.9	50	69	0	182	22	22	22	31	1.98
8751120--8751400	100	2.8	100	86	2	404	23	22	22	31	1.98
8752640--8752681	13	3.1	14	86	10	52	4	7	2	85	0.80
8752628--8752670	16	2.5	17	88	7	61	6	9	0	83	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8760025--8760076	25	2.1	25	100	0	104	40	11	26	21	1.87
8764229--8764269	20	2.1	19	86	4	55	41	2	0	56	1.13
8764269--8764305	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
8764274--8764314	19	2.1	20	86	4	57	43	0	4	51	1.23
8780395--8780494	44	2.3	45	81	13	120	38	13	6	43	1.68
8781033--8781093	13	4.7	13	85	0	86	40	24	6	27	1.80
8787264--8787326	29	2.2	29	83	11	76	55	1	3	39	1.25
8787350--8787403	22	2.5	20	77	19	54	62	0	0	37	0.95
8787350--8787405	23	2.5	21	77	11	58	62	0	0	37	0.95
8789817--8789855	19	2.0	20	85	14	55	56	5	2	35	1.35
8792280--8792586	152	2.0	152	98	0	596	29	16	20	34	1.94
8806868--8806906	21	1.9	20	84	5	51	58	2	0	38	1.12
8806884--8806936	17	3.2	16	76	7	52	69	1	0	28	0.99
8812691--8812757	29	2.3	29	82	5	73	22	14	19	43	1.87
8816259--8816326	36	1.9	36	88	5	104	32	11	4	51	1.58
8816839--8816883	23	2.0	22	86	4	63	26	8	0	64	1.23
8817041--8817083	19	2.1	21	83	8	54	16	6	4	72	1.24
8820149--8820193	22	2.0	23	82	4	56	53	15	13	17	1.73
8821842--8822070	128	1.8	127	86	5	338	34	12	15	37	1.86
8823429--8823474	22	2.1	22	84	8	58	10	15	0	73	1.08
8823438--8823479	21	1.9	23	90	9	70	9	16	0	73	1.08
8823550--8823617	3	22.7	3	96	0	127	32	1	0	66	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8829156--8829227	37	2.0	37	89	5	112	25	22	16	36	1.94
8829191--8829315	52	2.6	46	77	16	144	28	21	13	36	1.91
8829208--8829309	52	1.9	53	92	5	172	28	21	14	35	1.93
8840488--8840550	5	12.6	5	79	0	72	25	36	0	38	1.56
8840488--8840550	20	3.2	20	83	0	81	25	36	0	38	1.56
8841456--8841901	51	8.8	50	73	8	283	29	25	14	30	1.95
8841456--8841901	102	4.4	102	85	2	540	29	25	14	30	1.95
8844300--8844359	29	2.1	29	100	0	120	48	21	0	30	1.51
8846930--8847098	44	3.9	44	81	9	168	31	24	17	26	1.97
8846930--8847098	87	1.9	86	80	11	193	31	24	17	26	1.97
8850746--8850797	21	2.5	21	80	0	59	26	5	32	34	1.80
8852788--8852828	16	2.6	16	84	7	57	46	4	0	48	1.23
8853281--8853315	16	2.2	16	89	0	52	28	25	2	42	1.69
8859564--8859596	12	2.8	12	95	4	59	33	15	24	27	1.95
8859906--8859970	16	4.1	16	89	0	94	43	6	30	20	1.76
8859906--8859970	32	2.0	32	93	0	112	43	6	30	20	1.76
8860195--8860234	15	2.8	15	85	11	57	55	0	0	45	0.99
8860299--8860345	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
8860444--8860478	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8860564--8860598	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8860184--8860719	120	4.5	120	95	0	932	49	5	2	42	1.40
8860542--8860730	54	3.3	54	67	20	139	51	3	2	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8860760--8860802	13	3.2	13	78	15	52	58	0	0	41	0.98
8860733--8861032	91	3.3	91	93	3	514	47	3	3	46	1.35
8864117--8864152	6	6.0	6	100	0	72	50	16	0	33	1.46
8864192--8864239	16	3.0	16	96	0	87	25	6	8	60	1.49
8864159--8864279	66	1.9	63	84	8	163	31	9	8	51	1.63
8871148--8871563	106	4.1	100	81	7	478	28	1	15	55	1.48
8871529--8871561	14	2.3	15	94	5	59	30	0	6	63	1.18
8872237--8872271	18	1.9	18	94	0	61	45	17	8	28	1.77
8873924--8874460	267	2.0	266	94	0	948	34	18	6	40	1.77
8875656--8875696	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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