genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7935361--7935444	41	2.0	41	95	0	150	33	17	17	30	1.94
7936967--7937030	19	3.3	20	85	6	62	26	21	0	51	1.48
7939274--7939300	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
7943483--7943633	72	2.1	73	94	1	268	35	15	19	28	1.93
7945474--7945530	24	2.4	25	82	14	75	47	8	36	7	1.62
7949288--7949316	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7949343--7949391	11	4.1	12	82	10	55	59	0	4	36	1.17
7949481--7949506	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7950285--7950320	17	2.2	17	90	5	56	75	2	16	5	1.12
7954651--7954703	23	2.3	23	83	0	70	39	16	26	16	1.91
7955062--7955157	48	2.0	48	97	0	183	44	16	3	35	1.64
7956064--7956113	5	10.2	5	89	6	68	58	2	0	40	1.10
7959829--7959868	20	2.0	20	90	9	64	10	40	7	42	1.67
7961506--7961538	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
7961547--7961585	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
7961517--7961666	61	2.5	61	80	4	178	41	4	8	46	1.52
7961810--7962073	95	2.8	95	90	2	397	46	14	3	35	1.63
7961877--7962042	53	3.3	52	71	18	154	49	12	2	36	1.53
7961930--7961987	21	2.8	20	80	15	73	43	13	3	39	1.61
7961992--7962028	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
7961992--7962029	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
7961972--7962042	27	2.7	27	70	10	65	49	12	1	36	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962025--7962076	22	2.4	21	87	3	68	40	19	1	38	1.63
7962147--7962352	9	24.2	9	69	15	118	45	19	0	34	1.57
7962314--7962359	7	6.0	7	90	9	56	52	17	0	30	1.45
7962287--7962359	32	2.2	33	88	9	105	47	19	0	32	1.49
7969772--7969817	24	1.9	24	90	0	74	43	10	10	34	1.75
7989330--7989372	8	5.2	8	83	10	52	74	4	0	20	1.00
7989312--7989372	17	3.6	17	77	14	56	72	4	0	22	1.04
7989545--7989597	18	2.9	18	71	18	56	52	9	3	33	1.52
7993414--7993471	29	2.0	29	93	0	98	39	5	12	43	1.64
7994353--7994759	195	2.1	192	82	4	478	43	8	15	32	1.77
8004293--8004327	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8004543--8004710	91	1.9	89	86	6	239	32	4	3	58	1.36
8012086--8012208	40	3.0	40	85	2	165	29	24	23	22	1.99
8012993--8013272	90	3.1	91	88	4	395	38	19	1	41	1.59
8013294--8013336	22	2.0	21	82	8	52	51	23	6	18	1.70
8024393--8024448	26	2.3	24	82	11	69	37	0	10	51	1.37
8025512--8025551	18	2.2	18	86	4	53	32	2	0	65	1.06
8025517--8025551	18	2.0	18	88	5	54	31	2	0	65	1.07
8029230--8029683	226	2.0	225	92	0	746	29	24	20	26	1.99
8030706--8030854	50	2.8	54	85	7	198	24	20	29	24	1.99
8033271--8033331	5	12.0	5	83	16	81	40	0	1	57	1.08
8034390--8034494	25	4.3	24	80	5	115	16	21	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040262--8040286	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8045653--8045698	23	2.0	23	91	0	74	41	6	19	32	1.77
8045653--8045720	20	3.2	20	83	6	73	39	5	19	35	1.76
8050029--8050055	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8050590--8050628	19	2.1	19	90	0	60	56	15	5	23	1.59
8058748--8058804	21	2.8	21	82	12	73	57	12	5	24	1.55
8063060--8063119	13	4.5	12	76	17	57	56	1	0	41	1.09
8070176--8070326	51	3.0	49	80	3	178	29	21	11	36	1.90
8070176--8070345	50	3.4	50	77	6	166	30	21	11	35	1.90
8071751--8071793	20	2.2	20	86	0	59	44	20	9	25	1.81
8074486--8074529	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
8074577--8074662	45	1.9	45	95	0	154	39	23	11	25	1.88
8074664--8074800	50	2.7	50	78	6	143	32	28	16	23	1.96
8076300--8076351	23	2.3	23	93	0	86	32	25	21	21	1.98
8076578--8076616	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
8079008--8079032	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
8079162--8079230	33	2.1	34	83	2	86	57	11	0	30	1.34
8079783--8079819	19	1.9	19	88	0	56	54	0	8	37	1.30
8081119--8081148	4	7.8	4	92	7	53	76	0	0	23	0.78
8087833--8087895	28	2.2	28	81	10	67	49	4	6	39	1.49
8102076--8102106	12	2.6	12	89	0	53	80	0	0	19	0.71
8119039--8119073	18	1.9	18	100	0	70	11	28	0	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120986--8121020	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8121185--8121275	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
8121256--8121324	16	4.2	16	94	3	120	39	36	0	24	1.56
8121256--8121324	33	2.1	32	94	2	120	39	36	0	24	1.56
8139687--8139754	3	22.7	3	96	0	127	64	0	1	33	1.02
8140192--8140216	9	2.8	9	100	0	50	92	0	0	8	0.40
8141228--8141386	48	3.3	48	70	6	140	23	22	21	32	1.98
8141122--8141697	98	5.9	98	91	1	877	21	21	25	32	1.98
8141411--8141685	48	5.6	48	68	6	185	20	21	26	31	1.98
8154501--8154547	3	15.7	3	95	0	85	63	0	2	34	1.06
8158654--8158757	48	2.2	45	75	14	111	27	20	18	33	1.96
8160069--8160215	75	2.0	75	81	0	177	29	20	21	28	1.98
8165074--8165342	134	2.0	132	92	1	448	39	21	9	29	1.84
8166785--8166815	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8169982--8170048	21	3.4	19	75	22	59	62	2	2	31	1.25
8170013--8170090	28	2.8	28	73	7	68	60	0	5	34	1.19
8170038--8170072	17	2.1	17	88	0	52	51	0	5	42	1.25
8170060--8170126	31	2.2	31	84	5	93	56	2	4	35	1.35
8174982--8175014	17	1.9	17	93	0	57	9	12	15	63	1.51
8181047--8181103	30	1.9	30	92	0	96	38	26	19	15	1.92
8184815--8184849	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
8184848--8184883	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8185114--8185151	8	5.0	8	93	6	62	86	0	0	13	0.56
8185112--8185148	7	5.1	7	93	6	65	86	0	0	13	0.57
8185219--8185294	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
8197196--8197279	42	2.0	41	97	2	159	33	33	4	28	1.78
8197753--8197779	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
8199398--8199442	23	2.0	23	82	8	56	44	6	2	46	1.42
8202600--8202686	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
8202762--8202803	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8202753--8202794	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8202738--8203045	156	2.0	157	96	0	564	48	5	2	43	1.40
8203178--8203208	16	1.9	16	100	0	62	38	32	0	29	1.57
8206543--8206605	3	21.0	3	96	0	117	31	0	1	66	1.01
8206716--8206754	6	6.5	6	100	0	78	33	0	15	51	1.44
8206796--8206831	16	2.2	16	95	0	63	38	2	8	50	1.47
8206960--8207004	11	4.3	10	86	10	63	37	0	2	60	1.09
8206960--8207004	21	2.1	21	88	8	65	37	0	2	60	1.09
8214092--8214262	87	2.0	87	80	4	193	28	15	21	34	1.94
8227329--8227354	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8227355--8227540	73	2.5	73	96	0	345	27	6	23	41	1.79
8231753--8231808	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
8234991--8235019	6	4.8	6	100	0	58	51	17	0	31	1.45
8245079--8245132	20	2.8	19	71	17	58	46	3	0	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246791--8246838	21	2.7	16	72	27	51	45	6	14	33	1.70
8253535--8253603	26	2.8	26	74	22	76	43	23	18	14	1.87
8253640--8253697	26	2.2	27	78	9	66	46	15	12	25	1.80
8254827--8255112	101	2.8	101	91	1	457	24	17	26	31	1.97
8254827--8255112	51	5.7	50	77	10	242	24	17	26	31	1.97
8255034--8255114	26	3.2	26	64	22	62	23	14	27	34	1.94
8255138--8255246	41	2.6	42	82	11	143	19	20	25	34	1.96
8255118--8255248	43	3.1	42	77	13	151	22	19	23	35	1.96
8259954--8259991	8	5.3	7	85	14	51	73	0	2	23	0.95
8264349--8264383	3	11.7	3	88	11	54	0	62	2	34	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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