genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  46  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13074868--13075081	26	8.6	25	68	10	134	26	4	4	64	1.32
13075014--13075078	21	2.9	22	78	17	80	24	1	3	70	1.10
13075364--13075397	18	1.9	17	88	5	50	55	2	11	29	1.50
13078640--13078970	113	3.0	110	83	4	396	24	20	24	30	1.99
13079201--13079263	31	2.0	32	87	3	92	19	1	41	38	1.61
13081230--13081328	52	1.9	52	95	0	180	44	6	18	31	1.74
13082531--13082735	52	4.1	52	71	21	177	45	15	4	34	1.66
13082603--13082660	21	2.8	20	76	7	62	41	15	5	37	1.70
13082665--13082701	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
13082665--13082702	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
13082665--13082751	22	4.0	21	77	13	81	48	16	1	34	1.54
13082721--13082745	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
13082748--13083178	191	2.3	187	89	5	665	38	7	4	49	1.51
13082748--13083181	93	4.6	94	90	5	655	38	7	4	49	1.51
13086158--13086250	21	4.3	21	85	6	114	38	18	40	2	1.62
13086190--13086262	12	6.3	12	82	9	98	38	17	41	2	1.64
13086729--13087076	42	8.2	42	89	3	457	24	19	21	33	1.97
13086770--13087116	84	4.1	80	80	10	358	24	19	23	32	1.97
13086758--13087116	126	2.8	123	83	7	420	24	19	22	33	1.97
13090636--13090661	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
13093013--13093108	44	2.2	45	86	3	133	34	9	20	35	1.85
13096257--13096286	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13096419--13096484	31	2.2	30	81	10	80	36	16	10	36	1.84
13113187--13113278	45	2.0	45	100	0	184	27	8	21	42	1.82
13122863--13122897	17	2.0	18	88	5	54	68	0	11	20	1.20
13133177--13133243	35	1.9	35	100	0	134	64	7	11	16	1.48
13139123--13139171	25	1.9	26	91	4	82	12	14	8	65	1.47
13149841--13149882	22	1.9	22	85	9	59	33	14	4	47	1.65
13156767--13156791	5	5.0	5	100	0	50	40	0	40	20	1.52
13164128--13164166	12	3.0	13	85	7	53	51	0	0	48	1.00
13166225--13166281	17	3.1	18	80	10	62	33	0	0	66	0.92
13166251--13166288	20	1.9	20	94	0	67	34	0	0	65	0.93
13174399--13174506	11	10.4	11	71	22	56	59	0	3	37	1.15
13174366--13174522	40	3.8	41	86	6	212	63	0	2	34	1.08
13175259--13175304	22	2.2	20	84	7	56	67	4	0	28	1.10
13175281--13175321	19	2.2	19	86	4	57	60	7	0	31	1.24
13180389--13180469	2	41.0	2	75	11	51	48	2	6	43	1.41
13180389--13180422	14	2.4	14	95	0	59	41	0	8	50	1.34
13180389--13180423	16	2.2	16	94	0	61	42	0	8	48	1.33
13180602--13180696	3	30.7	3	72	17	70	62	3	4	30	1.30
13181355--13181401	18	2.6	18	83	6	60	78	0	12	8	0.95
13181735--13181789	27	2.0	28	82	10	69	9	3	36	50	1.51
13182105--13182373	132	2.0	132	91	1	432	25	24	19	30	1.98
13182360--13182660	95	3.2	95	91	1	469	30	23	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13182713--13182837	62	2.0	62	87	0	178	20	23	23	33	1.97
13182846--13183234	44	8.8	45	67	13	200	25	23	25	26	2.00
13182832--13183575	88	8.5	88	87	1	837	24	23	23	28	2.00
13185220--13185315	41	2.4	41	84	10	126	12	11	7	68	1.38
13189884--13189976	2	47.0	2	76	10	66	48	2	6	43	1.40
13190111--13190199	3	28.7	3	70	15	56	64	3	3	29	1.26
13190134--13190188	12	4.8	12	78	13	62	65	1	1	30	1.13
13190815--13190909	18	4.9	18	69	17	66	72	3	10	13	1.23
13191243--13191297	27	2.0	28	82	10	69	9	3	36	50	1.51
13192747--13192910	10	16.2	10	72	22	89	68	0	31	0	0.89
13192756--13192932	38	4.5	39	76	21	167	68	0	31	0	0.89
13192750--13192937	82	2.3	84	86	9	255	69	0	30	0	0.93
13192750--13192937	44	4.5	44	80	15	206	69	0	30	0	0.93
13193551--13194024	160	3.0	159	73	16	508	50	9	11	28	1.70
13195818--13195854	18	2.1	18	94	0	65	10	40	8	40	1.70
13195821--13195862	18	2.3	18	87	0	57	16	47	4	30	1.67
13196476--13196599	43	2.9	42	75	17	114	49	10	2	37	1.50
13196554--13196726	63	2.7	63	94	2	303	46	10	5	38	1.61
13196554--13196772	63	3.5	63	86	5	221	48	9	4	36	1.56
13196747--13196817	3	23.7	3	100	0	142	66	0	0	33	0.92
13197060--13197150	27	3.4	27	89	3	139	21	34	24	19	1.97
13197401--13197438	15	2.4	17	91	8	62	13	15	2	68	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13207543--13207609	30	2.5	28	86	13	88	44	10	0	44	1.38
13207667--13207737	27	2.6	27	95	0	124	28	29	28	14	1.95
13207779--13207904	4	31.0	4	72	23	61	68	0	31	0	0.90
13207778--13207904	17	7.5	17	71	18	79	67	0	32	0	0.91
13207778--13207906	42	3.1	42	77	17	121	67	0	32	0	0.91
13207781--13207924	27	5.3	27	69	13	93	68	0	31	0	0.90
13207778--13207963	34	5.3	35	74	16	113	66	0	32	0	0.96
13207878--13207931	29	1.9	29	88	7	85	70	0	29	0	0.88
13207809--13207968	66	2.5	64	84	11	186	68	0	31	0	0.95
13207975--13208011	18	2.1	18	90	10	58	32	0	2	64	1.07
13213700--13213734	18	1.9	18	88	0	52	11	42	14	31	1.81
13214539--13214586	24	2.0	24	83	0	60	47	25	4	22	1.69
13214570--13214623	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
13214731--13214770	11	3.7	11	86	6	64	0	30	0	70	0.88
13214733--13214771	21	1.9	20	94	5	69	0	30	0	69	0.89
13214855--13214928	27	2.7	27	82	0	94	12	29	29	28	1.93
13214973--13215041	30	2.4	29	86	9	97	49	0	8	42	1.34
13214975--13215041	27	2.4	27	92	7	107	49	0	8	41	1.34
13215694--13215729	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
13232371--13232422	20	2.6	20	82	14	63	44	1	1	51	1.23
13232657--13232708	13	3.9	13	82	2	59	42	19	5	32	1.75
13234500--13234525	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13242778--13242820	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
13244842--13244906	8	7.9	8	79	6	76	69	12	4	13	1.34
13244872--13244912	12	3.4	12	82	0	55	73	19	0	7	1.07
13245098--13245127	13	2.4	13	94	5	53	80	0	0	20	0.72
13247966--13248335	104	3.6	104	84	0	490	28	19	22	29	1.98
13248314--13248512	69	2.9	69	81	3	204	29	16	24	30	1.96
13248508--13248539	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
13249377--13249406	15	2.0	15	100	0	60	66	20	6	6	1.38
13254163--13254229	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
13268979--13269113	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	52	1.21
13269289--13269331	16	2.7	16	85	0	59	30	25	4	39	1.76
13270786--13270825	21	2.0	19	90	9	62	12	10	2	75	1.15
13270786--13270818	11	3.1	11	82	8	50	15	9	3	72	1.21
13270869--13270933	32	2.0	32	85	5	87	18	13	6	61	1.52
13275477--13275510	16	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
13277168--13277195	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
13280605--13280648	17	2.6	17	88	0	61	47	13	0	38	1.43
13286717--13286761	16	2.7	18	74	22	53	37	2	0	60	1.09
13291483--13291539	23	2.4	23	83	11	71	38	1	7	52	1.39
13300482--13300539	17	3.4	17	78	4	71	13	25	27	32	1.94
13308874--13308919	23	2.0	22	83	4	56	26	2	2	69	1.11
13308876--13308935	29	2.1	29	87	6	86	26	1	1	70	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13308890--13308947	14	4.4	14	72	16	52	27	1	1	68	1.08
13315126--13315204	36	2.2	36	86	0	104	29	17	30	22	1.97
13316555--13316650	17	5.6	16	75	10	77	20	17	28	33	1.96
13316608--13316661	18	3.1	18	75	17	51	18	18	27	35	1.94
13316589--13316693	35	3.1	35	80	13	94	17	18	26	38	1.92
13320138--13320219	26	3.2	26	65	16	71	43	6	18	31	1.74
13320128--13320232	51	2.1	51	96	0	192	40	7	20	31	1.80
13327982--13328012	13	2.3	14	88	11	55	9	12	0	77	0.99
13328656--13328685	16	1.9	15	93	6	51	43	0	3	53	1.17
13335012--13335049	17	2.1	19	90	9	62	23	5	2	68	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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