genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  70  of  206  ( 24623 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19776647--19776691	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
19777773--19777827	27	2.0	28	82	10	69	9	3	36	50	1.51
19780701--19781009	43	7.2	43	80	5	302	29	28	15	26	1.96
19780706--19781009	129	2.4	128	81	1	349	29	28	15	25	1.96
19782677--19782731	21	2.6	21	82	0	56	45	32	0	21	1.52
19782758--19782842	29	3.2	29	60	27	69	45	23	2	28	1.65
19782749--19782863	51	2.3	51	96	0	212	45	24	1	28	1.63
19783288--19783394	40	2.7	40	82	5	126	28	23	21	26	1.99
19783448--19783539	40	2.3	40	88	0	130	26	21	19	32	1.97
19787543--19787613	21	3.4	21	72	0	61	26	16	30	25	1.97
19790546--19790736	29	6.5	29	72	7	100	24	26	13	36	1.92
19790537--19790668	59	2.2	59	91	0	210	25	26	13	34	1.93
19790535--19790714	29	6.1	30	71	10	131	23	26	14	36	1.93
19798522--19798568	10	4.6	10	82	12	51	63	2	0	34	1.06
19799027--19799066	21	1.9	21	85	10	55	65	7	0	27	1.20
19799510--19799762	90	2.8	88	84	5	321	34	11	18	34	1.87
19799989--19800467	36	12.8	36	68	17	173	45	15	19	20	1.85
19800236--19800523	36	7.9	36	73	11	165	47	12	19	20	1.82
19800196--19800527	75	4.5	74	74	9	277	46	13	19	20	1.84
19800196--19800530	147	2.3	146	86	5	455	46	13	19	20	1.83
19801775--19801837	25	2.5	25	79	5	65	19	25	14	41	1.89
19803693--19803750	29	2.0	29	100	0	116	37	10	20	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19805057--19805162	50	2.1	50	84	6	135	26	22	31	19	1.98
19805413--19805488	5	15.6	5	83	15	97	39	0	0	60	0.97
19805413--19805489	29	2.6	30	88	8	106	40	0	0	59	0.97
19806047--19806090	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
19813726--19814171	231	1.9	230	84	4	585	33	12	23	30	1.91
19818265--19818370	56	1.9	56	88	0	158	20	30	28	20	1.98
19818745--19818968	36	6.1	35	71	12	153	43	12	20	22	1.86
19818745--19818968	75	3.0	74	81	3	220	43	12	20	22	1.86
19818931--19819269	75	4.5	75	77	8	294	45	14	18	21	1.85
19819012--19819296	147	1.9	148	85	3	396	45	15	16	22	1.84
19819011--19819307	36	8.1	36	72	11	235	45	15	16	22	1.85
19820076--19820268	62	3.1	59	74	18	165	49	5	3	41	1.42
19820177--19820231	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
19820135--19820279	68	2.1	71	80	7	163	50	5	3	40	1.42
19827330--19827528	102	2.0	102	95	2	364	34	23	13	29	1.92
19828249--19828280	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19829641--19829674	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
19829774--19829837	26	2.5	26	74	5	67	34	7	23	34	1.84
19830722--19830760	16	2.3	18	86	8	55	61	0	0	38	0.96
19830725--19830770	24	1.9	24	86	0	65	65	0	0	34	0.93
19830881--19830920	15	2.6	16	84	11	57	57	2	15	25	1.50
19831374--19831414	14	2.9	15	85	7	50	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19832765--19832832	14	4.9	14	71	16	52	14	0	39	45	1.45
19833640--19834714	535	2.0	535	94	0	1900	28	20	25	25	1.99
19837176--19837239	21	3.0	21	81	0	65	6	18	40	34	1.76
19837571--19837651	30	2.7	30	78	0	81	8	12	46	32	1.72
19839379--19839432	11	5.0	10	80	14	63	48	1	27	22	1.61
19839376--19839432	22	2.6	21	84	13	71	49	1	26	22	1.60
19841594--19841624	3	10.3	3	100	0	62	35	32	32	0	1.58
19849971--19850055	44	1.9	44	97	0	161	32	27	11	28	1.92
19854252--19854290	20	2.0	19	85	5	51	38	0	5	56	1.22
19854269--19854322	20	2.8	20	88	5	76	42	0	1	55	1.10
19858445--19858484	18	2.2	18	86	8	55	25	5	17	52	1.64
19867301--19867344	18	2.5	18	81	3	54	47	4	18	29	1.68
19876680--19876705	9	2.9	9	100	0	52	57	0	42	0	0.98
19878288--19878349	29	2.1	29	82	5	72	41	11	0	46	1.39
19885578--19885630	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
19885685--19885752	28	2.4	28	87	4	93	30	11	26	30	1.92
19887690--19887787	27	3.6	27	83	1	115	21	22	13	42	1.87
19890235--19890307	25	2.9	25	89	0	101	36	13	15	34	1.86
19898245--19898282	20	1.9	20	94	0	67	47	2	0	50	1.15
19898252--19898289	20	2.0	19	85	10	51	50	0	0	50	1.00
19901976--19902020	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
19903665--19903705	21	2.0	21	85	0	55	39	7	12	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19905674--19905971	27	11.1	27	84	2	361	31	21	24	22	1.98
19906225--19906436	32	6.6	32	79	7	209	19	20	23	37	1.94
19906227--19906436	96	2.2	96	84	8	284	19	20	22	37	1.95
19906448--19906512	22	3.0	21	79	4	67	18	21	16	43	1.88
19919341--19919530	50	3.8	50	87	0	256	23	30	19	26	1.98
19932591--19932631	11	3.6	11	90	3	64	39	4	0	56	1.21
19934118--19934161	19	2.2	19	84	15	54	25	2	4	68	1.20
19937190--19937234	22	2.1	21	87	4	63	55	0	2	42	1.12
19937572--19937634	31	2.0	31	84	6	83	38	4	1	55	1.31
19939499--19939539	22	1.9	22	95	5	75	46	2	7	43	1.44
19939519--19939697	71	2.6	70	76	11	179	42	4	17	35	1.69
19939676--19939848	88	2.0	86	84	6	224	33	8	21	36	1.84
19939840--19939895	19	2.8	20	86	10	78	48	5	7	39	1.54
19940286--19940326	15	2.8	15	92	3	66	39	0	14	46	1.45
19946438--19946594	43	3.7	41	82	8	192	23	18	28	29	1.98
19946439--19946594	84	1.9	84	86	10	230	23	17	28	29	1.97
19949815--19949991	67	2.6	68	79	8	191	42	5	19	32	1.75
19951855--19951898	17	2.6	18	78	10	56	47	0	2	50	1.13
19952106--19952149	24	1.9	24	86	9	65	52	0	4	43	1.22
19952524--19952548	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
19964743--19964773	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
19965285--19965345	22	2.7	22	75	12	61	67	0	3	29	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19965279--19965346	14	4.8	13	75	20	57	69	0	2	27	1.03
19965954--19965997	22	2.0	22	100	0	88	50	4	13	31	1.62
19966072--19966125	23	2.3	24	78	12	58	27	1	3	66	1.19
19981214--19981238	8	3.1	8	100	0	50	52	0	24	24	1.48
19983729--19983808	30	2.7	29	78	16	85	35	7	10	47	1.65
19983739--19983829	30	3.0	31	79	12	91	32	7	9	49	1.64
19984130--19984178	25	1.9	26	84	12	66	67	4	2	26	1.19
19989383--19989586	102	2.0	104	88	1	304	30	27	18	23	1.97
19990366--19990473	21	5.1	21	87	0	135	42	18	23	15	1.88
19990965--19991011	21	2.5	18	80	13	51	51	8	0	40	1.33
19994368--19994486	37	3.2	37	86	3	152	36	18	15	28	1.92
19994350--19994517	74	2.3	73	76	6	160	38	17	16	27	1.91
19997506--19997872	46	7.6	47	87	7	388	34	14	22	28	1.93
19997506--19997866	98	3.7	96	84	9	478	34	14	22	28	1.94
19997520--19997872	196	1.8	196	92	0	598	34	14	22	28	1.93
19997836--19997981	37	4.0	37	95	1	251	37	16	21	24	1.93
19997506--19997861	150	2.4	149	88	4	440	34	14	22	28	1.94
20003269--20003310	18	2.3	18	87	4	57	64	0	0	35	0.94
20003394--20003435	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
20003353--20003437	29	3.0	28	75	14	77	58	2	5	32	1.35
20003752--20003798	19	2.6	18	77	12	51	34	4	6	55	1.45
20004569--20004646	19	4.0	19	75	8	68	39	2	0	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20008516--20008579	19	3.3	19	81	14	67	42	3	0	54	1.16
20009407--20009479	31	2.4	30	80	10	78	52	1	4	42	1.29
20026037--20026082	21	2.1	22	96	4	85	26	2	15	56	1.50
20026037--20026082	22	2.1	21	92	4	74	26	2	15	56	1.50
20033417--20033445	14	2.0	15	93	6	51	68	0	17	13	1.20
20048881--20048939	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
20049858--20049896	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41
20061528--20061634	52	2.1	52	92	0	178	25	22	15	36	1.94
20063938--20063964	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
20064118--20064156	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206