genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  85  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24299091--24299325	41	5.8	40	80	5	222	22	18	25	32	1.97
24299091--24299325	82	2.9	81	82	4	276	22	18	25	32	1.97
24299671--24299722	14	3.6	14	84	2	50	25	0	38	36	1.56
24299689--24299715	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
24299666--24299745	21	3.8	21	72	11	65	23	0	37	38	1.55
24300014--24300063	15	3.4	15	72	10	50	26	0	38	36	1.57
24300481--24300596	40	2.9	40	82	11	146	31	19	21	27	1.98
24300479--24300612	40	3.3	39	78	10	135	31	20	20	28	1.97
24304938--24305164	43	5.3	43	83	2	258	24	20	27	28	1.99
24304938--24305159	86	2.6	86	88	0	327	24	20	27	27	1.99
24307630--24307684	16	3.4	16	72	22	53	23	0	3	72	1.00
24307614--24307693	27	3.1	27	72	18	73	25	0	5	70	1.08
24309296--24309325	14	2.1	14	93	0	51	46	3	13	36	1.60
24314701--24314948	50	4.8	51	79	5	234	23	27	20	29	1.99
24316559--24316592	7	4.9	7	100	0	68	73	0	26	0	0.83
24316718--24317046	164	2.0	162	98	1	631	39	6	32	21	1.79
24319609--24319662	17	3.2	17	94	0	99	12	24	22	40	1.89
24320114--24320321	29	7.3	29	76	10	144	36	22	19	22	1.95
24320216--24320291	25	2.9	25	82	7	80	40	17	19	22	1.91
24320174--24320321	54	2.7	54	82	6	163	39	20	17	21	1.92
24320339--24320433	29	3.4	28	77	9	88	33	24	15	26	1.95
24333575--24333608	18	1.9	17	88	5	50	17	5	2	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24337939--24338002	19	3.3	19	78	4	74	31	6	14	48	1.68
24337951--24338013	19	3.3	19	75	4	63	25	7	15	50	1.71
24345643--24345690	14	3.4	14	100	0	96	35	8	20	35	1.83
24352460--24352500	13	3.2	13	75	25	50	0	31	21	46	1.52
24356741--24356781	11	3.7	11	90	6	57	60	0	39	0	0.96
24356855--24356889	17	2.1	16	89	5	52	17	0	11	71	1.14
24359272--24359310	19	2.1	19	95	0	69	25	17	38	17	1.92
24360636--24360664	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
24360856--24360912	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
24361813--24361928	43	2.7	42	80	10	144	25	22	27	24	2.00
24364289--24364357	32	2.2	32	86	0	102	24	23	15	36	1.94
24364402--24364457	29	1.9	29	81	0	67	30	12	8	48	1.72
24365854--24365878	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
24365909--24365966	17	3.5	17	68	13	57	53	5	3	37	1.40
24366226--24366607	101	3.6	103	80	13	450	57	14	1	26	1.46
24366337--24366607	119	2.4	114	79	12	305	57	14	1	27	1.45
24366687--24366724	17	2.2	17	95	0	67	44	18	0	36	1.50
24366770--24366820	20	2.4	22	80	9	61	0	33	0	66	0.92
24367474--24367512	21	1.9	21	84	5	53	64	5	2	28	1.28
24371344--24371437	24	3.9	24	72	9	66	35	21	26	17	1.95
24371343--24371423	25	3.3	25	71	8	67	35	22	25	16	1.94
24371347--24371490	48	2.9	49	76	15	120	35	19	26	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24371452--24371519	25	2.7	25	79	4	75	30	19	29	20	1.97
24371559--24371665	25	4.4	24	76	6	81	32	20	28	17	1.96
24371603--24371665	25	2.6	24	87	2	90	33	19	28	19	1.96
24373574--24373649	30	2.6	30	77	10	86	23	27	17	31	1.97
24381766--24381878	46	2.5	46	97	0	208	30	27	21	20	1.98
24381766--24381879	23	5.0	23	91	2	176	31	27	21	20	1.98
24386695--24386985	141	2.0	143	92	1	478	36	13	23	27	1.91
24392379--24392429	18	2.9	17	75	16	59	37	5	0	56	1.23
24392358--24392416	18	3.0	20	79	18	61	42	1	3	52	1.28
24392380--24392429	17	2.8	18	81	6	66	38	6	0	56	1.24
24397667--24397716	24	2.1	24	88	0	73	32	30	14	24	1.94
24398357--24398419	31	2.0	31	96	0	117	31	19	6	42	1.76
24399635--24399681	24	1.9	24	83	12	60	55	2	0	42	1.12
24406929--24406974	20	2.3	20	84	0	65	36	6	0	56	1.25
24419326--24419437	44	2.6	43	88	2	161	30	20	20	28	1.98
24421172--24421220	26	2.0	24	88	8	71	24	4	4	67	1.26
24428070--24428371	42	7.2	41	89	3	388	25	32	19	22	1.97
24432167--24432242	29	2.5	30	80	4	82	48	5	2	43	1.39
24432168--24432223	30	1.9	30	88	3	87	50	5	1	42	1.35
24432886--24433041	7	21.7	7	68	13	59	46	32	0	20	1.51
24432887--24432955	23	3.1	23	82	13	83	50	28	0	20	1.48
24432887--24433041	15	10.8	14	72	13	84	47	32	0	20	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24433176--24433309	66	2.0	66	97	0	250	41	7	5	46	1.54
24433201--24433305	33	3.2	33	62	15	81	41	8	4	44	1.56
24433429--24433584	41	3.8	41	85	4	206	28	26	23	21	1.99
24433723--24433748	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
24433913--24434052	49	2.8	50	87	1	210	20	28	22	27	1.99
24440170--24440313	50	2.9	50	84	4	200	22	29	21	26	1.99
24442524--24442565	18	2.3	18	83	4	57	45	2	4	47	1.36
24444089--24444115	14	1.9	14	100	0	54	29	11	7	51	1.64
24448858--24448901	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
24450395--24450442	18	2.6	18	83	6	60	50	2	4	43	1.33
24460259--24460336	24	3.2	24	66	25	65	41	5	37	16	1.71
24467562--24467757	43	4.6	43	78	2	171	43	20	17	18	1.88
24485401--24485435	8	4.4	8	85	0	52	77	0	0	22	0.78
24492272--24492306	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
24495479--24495535	21	2.8	21	83	2	62	54	7	22	15	1.65
24497642--24497899	43	6.2	42	74	11	185	35	18	19	25	1.95
24497799--24497899	37	2.6	40	82	7	127	34	19	18	26	1.95
24503069--24503130	26	2.3	25	83	10	70	59	9	11	19	1.58
24505167--24505215	25	2.0	25	83	0	62	24	30	22	22	1.99
24505365--24505426	27	2.3	26	83	2	79	37	20	20	20	1.95
24505367--24505433	26	2.6	27	83	4	84	38	19	20	20	1.93
24505580--24505831	27	9.3	26	83	6	283	17	21	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24505578--24505831	54	4.7	54	84	3	318	17	21	20	40	1.91
24505581--24505831	81	3.1	81	83	3	328	17	21	19	41	1.90
24511388--24511412	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
24513104--24513171	9	7.6	9	84	0	91	27	11	20	39	1.88
24513104--24513179	27	2.8	27	87	0	107	30	10	18	40	1.84
24513098--24513188	27	3.3	27	78	6	94	29	9	17	42	1.82
24528736--24528766	14	2.2	14	100	0	62	38	12	6	41	1.69
24539911--24540068	43	3.7	43	80	7	169	33	27	15	24	1.95
24541820--24541870	24	2.1	24	100	0	102	27	11	17	43	1.84
24550296--24550350	22	2.6	21	71	23	53	58	5	3	32	1.38
24553171--24553220	24	2.1	23	85	10	66	58	0	2	40	1.10
24559534--24559598	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
24560145--24560333	41	4.6	41	83	1	236	23	29	14	32	1.94
24560187--24560254	21	3.3	21	68	12	59	22	33	16	27	1.95
24560145--24560339	82	2.4	82	87	1	266	23	28	14	33	1.94
24561544--24561688	74	2.0	74	95	0	263	24	7	17	50	1.72
24564171--24564210	17	2.4	17	86	0	53	72	5	0	22	1.04
24564294--24564345	27	2.0	26	85	11	70	69	1	1	26	1.10
24565965--24566465	217	2.3	216	86	3	693	26	21	20	30	1.98
24565965--24566543	44	13.3	43	76	10	353	26	22	20	30	1.98
24566269--24566543	89	3.1	89	86	5	339	26	22	18	32	1.97
24566055--24566561	44	11.5	44	79	9	396	27	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24567442--24567492	26	2.0	26	92	0	84	54	13	15	15	1.71
24568762--24568806	23	2.0	23	86	8	65	11	2	13	73	1.19
24569889--24569931	16	2.7	16	85	7	61	25	0	23	51	1.49
24584176--24584217	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
24596498--24596554	24	2.4	24	90	0	87	31	28	17	22	1.97
24596447--24596617	87	2.0	87	92	0	288	30	26	19	22	1.98
24597649--24597695	11	4.3	11	88	0	76	12	2	57	27	1.47
24608069--24608098	15	1.9	16	93	6	53	70	6	16	6	1.31
24608737--24609057	27	11.9	27	83	2	376	41	22	17	18	1.90
24623684--24623752	23	3.0	24	87	4	90	36	20	26	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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