genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  76  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21601407--21601824	138	3.1	134	90	4	615	45	4	8	42	1.53
21602229--21602396	4	42.0	4	98	0	327	25	0	25	49	1.55
21612127--21612168	17	2.3	19	84	8	61	47	7	2	42	1.43
21614899--21614951	25	2.1	26	89	3	81	5	18	7	67	1.35
21615567--21615908	41	8.4	41	87	2	447	20	17	26	36	1.94
21615567--21615908	83	4.2	82	85	4	458	20	17	26	36	1.94
21616335--21616389	22	2.5	22	82	2	58	18	1	43	36	1.61
21616777--21616819	22	2.0	22	81	9	52	32	2	4	60	1.30
21617120--21617158	19	2.1	18	85	4	51	76	2	2	17	1.01
21617161--21617251	47	1.9	47	88	0	137	43	7	2	46	1.44
21617614--21617652	16	2.6	15	88	8	53	17	35	2	43	1.63
21617763--21617824	16	3.9	16	84	0	79	11	45	22	20	1.83
21620578--21620709	66	2.0	66	86	2	185	39	16	27	16	1.90
21620578--21620747	66	2.6	66	82	1	180	38	15	30	15	1.89
21621089--21621280	43	4.5	44	78	8	184	29	17	27	26	1.97
21624352--21624418	34	2.0	34	90	0	107	26	19	23	29	1.98
21624687--21624895	27	7.8	27	85	1	260	37	13	15	33	1.87
21629961--21629993	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
21635667--21635776	22	5.0	22	87	0	148	30	14	26	28	1.95
21636816--21636884	27	2.6	26	81	6	84	37	8	20	33	1.83
21636833--21636895	27	2.3	27	81	5	65	42	9	17	30	1.81
21638404--21638431	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21645602--21645657	23	2.4	23	85	5	78	32	1	8	57	1.40
21653257--21653456	45	4.5	45	78	5	172	26	15	24	35	1.94
21653253--21653417	90	1.8	90	84	0	222	27	15	21	35	1.93
21657504--21657625	43	2.8	43	84	9	167	31	29	19	18	1.96
21662183--21662265	37	2.2	38	81	10	100	38	14	4	42	1.67
21664309--21664417	41	2.7	41	83	0	128	26	18	23	31	1.97
21669016--21669067	24	2.1	24	85	7	68	46	25	0	28	1.53
21673320--21673407	43	2.0	43	97	0	167	40	17	11	30	1.84
21674648--21674874	50	4.4	50	76	9	158	29	21	27	22	1.99
21677195--21677258	9	7.1	9	89	0	92	29	12	12	45	1.79
21692542--21692587	24	2.0	23	86	4	65	21	13	13	52	1.73
21695354--21695410	27	2.2	26	83	3	69	61	7	3	28	1.39
21701456--21701541	43	2.0	42	84	6	111	48	3	18	29	1.64
21702614--21702682	33	2.1	33	100	0	138	30	20	13	36	1.90
21702614--21702668	17	3.3	17	67	23	53	30	18	14	36	1.91
21712624--21712648	9	2.8	9	100	0	50	0	52	0	48	1.00
21724557--21724617	26	2.3	26	82	0	68	26	19	14	39	1.90
21730289--21730543	75	3.4	76	81	2	282	23	22	21	31	1.98
21731578--21731701	54	2.3	54	87	0	167	27	20	32	19	1.97
21733521--21733559	19	2.1	19	90	0	60	41	7	28	23	1.82
21738239--21738281	16	2.7	16	78	10	52	39	2	2	55	1.25
21738433--21738483	26	2.0	26	88	7	77	64	0	1	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21744345--21744403	31	1.9	30	83	16	77	44	0	3	52	1.17
21745297--21745345	2	24.5	2	91	8	82	46	2	0	51	1.12
21746661--21746704	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
21746665--21746707	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
21750894--21751063	50	3.4	50	87	0	241	19	29	22	28	1.98
21753928--21754029	37	2.8	37	83	4	127	26	16	13	43	1.85
21754588--21754638	19	2.7	19	96	0	93	17	9	31	41	1.82
21755379--21755484	55	1.9	55	86	3	149	15	23	33	27	1.94
21756594--21756842	75	3.3	74	80	8	272	37	18	19	24	1.94
21758165--21758241	38	2.0	38	94	0	136	27	19	14	38	1.90
21763473--21763709	75	3.3	74	81	8	270	37	18	20	23	1.94
21763525--21763651	68	1.9	68	93	0	218	35	19	22	22	1.96
21766770--21766840	36	2.0	36	94	0	124	47	12	11	28	1.76
21771871--21771941	36	2.0	36	94	0	124	47	12	11	28	1.76
21781337--21781523	60	3.1	60	86	3	216	12	30	21	35	1.90
21784859--21785037	50	3.5	50	83	4	196	26	20	29	24	1.99
21785292--21785330	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21790839--21790892	27	2.0	27	92	0	81	40	11	22	25	1.87
21792654--21792764	50	2.2	50	80	6	143	25	23	29	21	1.99
21792990--21793028	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21794279--21794317	14	2.8	14	84	0	51	33	12	25	28	1.93
21796125--21796186	19	3.2	18	80	11	70	56	3	3	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796125--21796186	20	3.2	20	78	15	67	56	3	3	37	1.32
21797904--21798007	44	2.4	44	81	3	120	30	18	20	30	1.96
21798478--21798609	45	3.0	45	77	4	169	17	24	29	28	1.97
21798390--21798609	88	2.5	88	88	1	316	20	25	26	27	1.99
21798467--21798602	44	3.1	44	76	4	166	18	23	31	26	1.97
21799818--21799852	12	2.9	12	95	0	61	0	17	0	82	0.66
21807935--21808035	50	2.0	50	96	0	184	41	11	1	44	1.52
21807955--21808035	25	3.2	25	66	19	69	43	9	1	45	1.45
21809027--21809117	42	2.2	42	97	0	173	46	17	13	23	1.83
21810004--21810288	143	2.0	143	93	1	482	30	14	17	37	1.89
21811345--21811392	24	2.0	24	87	0	69	27	14	31	27	1.95
21811369--21811550	50	3.6	50	86	0	238	25	22	30	21	1.99
21811370--21811550	100	1.8	100	86	0	263	25	22	30	20	1.99
21815256--21815311	28	2.0	28	100	0	112	28	10	17	42	1.83
21827520--21827551	17	1.9	17	93	6	57	56	6	21	15	1.62
21829660--21829835	46	3.8	46	74	0	154	28	22	19	28	1.98
21830701--21830732	16	1.9	17	93	6	57	25	9	0	65	1.22
21832330--21832385	13	4.5	13	78	13	73	50	14	0	35	1.43
21839684--21840164	27	17.8	27	82	4	497	44	21	17	16	1.87
21840353--21840407	26	2.1	26	93	0	92	18	21	21	38	1.94
21840507--21840574	28	2.5	28	85	2	84	25	26	20	27	1.99
21843223--21843325	52	2.0	52	100	0	206	34	17	19	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21843318--21843510	50	3.8	50	95	0	323	21	30	22	26	1.99
21843605--21843635	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
21847016--21847136	50	2.4	50	81	0	143	20	30	22	26	1.98
21847526--21847583	30	1.9	30	82	0	71	29	22	10	37	1.87
21850113--21850174	26	2.4	26	91	0	97	35	12	12	38	1.82
21858818--21859194	189	2.0	188	93	0	646	46	11	18	23	1.81
21860288--21860355	34	2.0	34	82	5	84	30	22	25	22	1.99
21861035--21861393	178	2.0	178	98	0	691	36	18	9	35	1.84
21864385--21864415	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
21875469--21875528	25	2.4	25	81	10	77	23	18	21	36	1.95
21878673--21878819	43	3.4	43	80	12	185	32	16	22	28	1.95
21886252--21886395	43	3.4	43	81	9	186	33	16	22	27	1.95
21886252--21886414	43	3.9	42	81	6	177	31	15	22	30	1.95
21891573--21891629	16	3.4	16	67	9	51	15	7	8	68	1.37
21891570--21891636	34	2.0	34	100	0	134	14	10	11	62	1.54
21892194--21892260	29	2.4	28	87	5	98	34	5	10	49	1.62
21892210--21892256	14	3.3	14	76	5	58	34	4	10	51	1.56
21892955--21893003	16	2.9	17	81	9	55	48	0	8	42	1.32
21894110--21894222	53	2.1	53	80	3	120	25	8	40	24	1.84
21917787--21917848	30	2.0	31	93	3	108	24	22	27	25	2.00
21918164--21918225	27	2.3	26	91	2	97	24	16	22	37	1.94
21918177--21918372	27	7.3	27	89	1	270	19	19	17	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21927300--21927339	21	2.0	21	90	5	64	42	15	7	35	1.75
21928436--21928475	15	2.7	15	84	3	55	67	0	30	2	1.04
21935435--21935700	137	1.9	138	84	5	360	34	25	18	21	1.95
21939790--21939819	13	2.4	12	89	10	51	80	0	20	0	0.72
21945620--21945661	19	2.0	22	86	13	63	35	2	9	52	1.47
21953939--21953991	26	2.0	26	100	0	106	11	7	30	50	1.65
21957807--21957839	7	4.7	7	100	0	66	30	0	24	45	1.53
21966449--21966568	41	2.9	41	83	4	127	35	15	25	22	1.94
21966478--21966544	21	3.2	21	72	4	64	31	13	29	25	1.94
21966499--21966565	20	3.3	20	68	4	62	35	14	29	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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