genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  48  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13741025--13741135	45	2.5	45	89	0	168	28	18	10	41	1.85
13742984--13743042	21	2.8	20	85	10	75	72	3	0	23	0.99
13743034--13743076	20	2.2	20	84	8	54	67	2	4	25	1.22
13743121--13743193	19	3.9	18	77	10	67	54	0	2	42	1.14
13744055--13744121	30	2.2	31	81	10	75	59	1	5	32	1.31
13744965--13745099	40	3.4	40	77	5	121	37	22	23	16	1.94
13745138--13745416	41	6.8	41	78	4	296	17	24	23	34	1.96
13745137--13745416	82	3.4	82	90	0	427	17	24	23	34	1.96
13745140--13745456	123	2.6	123	81	5	313	17	23	23	35	1.96
13745137--13745456	82	3.9	82	85	5	389	17	24	22	35	1.96
13745966--13746003	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
13745939--13746006	15	4.9	14	74	13	52	23	0	35	41	1.55
13751213--13751392	41	4.4	41	93	0	270	21	27	21	30	1.98
13751964--13752002	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
13754376--13754444	21	3.3	21	91	0	111	33	17	46	2	1.63
13754920--13755171	128	2.0	127	86	5	357	26	23	19	30	1.98
13754876--13755190	42	7.3	43	86	5	343	26	22	20	29	1.99
13754876--13755170	85	3.5	85	82	6	355	26	22	20	30	1.98
13757647--13757693	25	2.0	23	83	8	58	25	8	2	63	1.34
13761324--13761357	17	2.1	17	94	5	61	41	0	0	58	0.98
13766455--13766496	19	2.3	19	79	4	50	57	0	7	35	1.26
13767075--13767125	26	2.0	26	96	0	93	49	11	11	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13767743--13767784	16	2.6	16	96	0	75	28	0	35	35	1.58
13768020--13768054	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13786794--13786986	9	20.6	9	67	15	79	33	3	3	60	1.28
13786794--13786871	29	2.7	29	82	6	86	34	1	3	60	1.23
13787639--13787677	17	2.3	17	86	0	51	53	2	7	35	1.43
13789304--13789367	29	2.2	29	94	2	112	51	6	7	34	1.56
13789609--13789648	19	2.0	20	85	4	55	62	2	0	35	1.09
13789817--13790053	10	23.9	10	67	16	70	28	3	5	62	1.34
13789818--13790053	19	11.9	19	66	20	69	28	3	5	62	1.34
13789818--13789882	29	2.2	29	81	10	80	30	0	6	63	1.19
13789818--13789895	19	4.1	19	75	18	72	32	2	6	58	1.37
13790604--13790634	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
13791524--13791558	17	1.9	19	88	11	56	22	5	5	65	1.36
13795644--13795677	17	1.9	18	88	5	52	50	8	5	35	1.58
13796802--13796850	24	2.0	24	84	0	62	34	8	16	40	1.78
13799951--13800006	29	1.9	29	85	0	76	14	21	35	28	1.92
13804210--13804252	18	2.5	17	85	10	61	25	11	20	41	1.86
13804274--13804339	18	3.9	18	69	13	59	54	0	0	45	0.99
13804276--13804338	33	1.9	32	83	3	81	53	0	0	46	1.00
13805004--13805048	21	2.1	21	95	0	81	11	20	28	40	1.86
13805205--13805347	43	3.3	43	88	1	198	17	19	32	30	1.95
13805225--13805369	43	3.4	43	86	0	164	22	22	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13805333--13805538	43	4.8	43	79	5	213	28	31	17	22	1.97
13805333--13805532	85	2.3	87	83	7	257	27	31	18	23	1.97
13805848--13805960	21	5.4	21	83	0	145	5	41	17	35	1.72
13811646--13812028	9	43.2	9	69	20	118	39	1	13	45	1.54
13811651--13811681	16	1.9	16	100	0	62	32	0	19	48	1.49
13811646--13811715	25	2.8	25	86	0	95	35	2	17	44	1.63
13811737--13811769	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
13811755--13812088	34	10.3	33	73	21	241	39	1	11	47	1.49
13811652--13811834	84	2.2	86	82	5	214	40	2	13	43	1.56
13811879--13811911	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
13811897--13812110	56	3.8	56	83	9	247	40	1	11	46	1.51
13811959--13812110	22	6.6	22	75	16	105	40	1	11	46	1.51
13812488--13812528	13	2.8	15	85	14	59	34	0	19	46	1.50
13812487--13812565	16	5.0	16	76	13	74	34	1	16	48	1.55
13816340--13816376	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
13818216--13818283	15	4.9	14	71	16	52	41	35	0	23	1.55
13818219--13818256	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
13818824--13819085	82	3.2	82	86	2	348	38	22	22	16	1.93
13818764--13819084	41	7.8	41	73	8	242	36	23	22	17	1.95
13820182--13820214	13	2.8	12	86	13	50	57	0	6	36	1.23
13820182--13820214	12	2.7	13	90	9	52	57	0	6	36	1.23
13825986--13826028	21	2.0	21	86	0	59	23	16	18	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13837449--13837579	31	4.3	31	72	5	131	34	6	15	43	1.73
13837439--13837671	92	2.5	91	83	3	252	34	7	15	42	1.75
13837528--13837740	31	6.9	31	73	4	137	33	7	15	43	1.76
13837528--13837742	61	3.5	61	75	0	178	33	7	15	42	1.76
13837528--13837740	92	2.3	91	81	4	223	33	7	15	43	1.76
13837859--13838131	41	6.7	41	82	15	336	26	16	26	30	1.97
13837966--13838037	34	2.1	35	89	10	112	25	16	29	29	1.97
13837925--13838080	77	2.0	76	96	3	287	25	17	28	28	1.97
13837885--13838122	119	2.0	118	89	8	369	26	16	26	29	1.97
13841418--13841464	24	2.0	23	87	4	67	53	6	25	14	1.65
13842182--13842235	25	2.2	25	83	12	67	18	1	20	59	1.47
13842885--13842999	44	2.6	44	82	9	155	22	20	29	27	1.98
13843312--13843337	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13844518--13844699	23	7.7	23	81	5	204	28	11	17	42	1.83
13844521--13844682	47	3.4	47	97	0	306	28	10	17	43	1.82
13844506--13844710	94	2.2	93	86	4	304	30	11	17	41	1.84
13852030--13852087	27	2.1	27	87	6	82	48	17	15	18	1.82
13857516--13857575	30	2.0	30	90	6	95	25	6	15	53	1.65
13857880--13857952	33	2.2	33	86	11	98	47	15	8	28	1.73
13861752--13861802	18	2.8	18	71	14	50	15	5	1	76	1.07
13862906--13862974	3	23.0	3	72	11	52	27	5	4	62	1.37
13862910--13862974	15	4.3	15	79	13	71	26	6	4	63	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13862906--13862974	30	2.3	30	82	9	88	27	5	4	62	1.37
13891034--13891105	25	2.8	26	69	26	64	33	4	1	61	1.24
13891046--13891111	19	3.4	19	78	17	64	31	4	1	62	1.25
13890992--13891157	9	17.4	9	70	19	70	28	3	3	64	1.25
13891120--13891176	26	2.1	27	81	15	66	28	3	0	68	1.06
13896979--13897035	22	2.6	22	75	10	62	33	15	1	49	1.55
13896968--13897047	15	5.4	15	71	14	58	33	17	2	46	1.62
13900794--13900874	9	9.4	9	71	22	50	29	1	2	66	1.12
13901320--13901358	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
13906049--13906123	18	4.1	18	77	19	75	16	2	8	73	1.18
13914427--13915245	126	6.5	125	85	3	1101	30	17	23	28	1.97
13914428--13915245	250	3.3	249	91	1	1235	30	17	23	28	1.97
13916414--13916847	22	20.0	22	84	5	564	24	0	30	44	1.58
13916814--13916896	15	5.8	15	70	16	68	18	0	34	46	1.49
13916812--13916854	7	6.0	7	84	15	61	13	0	39	46	1.44
13917448--13917490	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
13919325--13919401	11	6.9	11	72	24	63	46	1	25	25	1.60
13919325--13919400	33	2.3	34	81	9	93	46	1	26	26	1.61
13953278--13953328	24	2.1	24	82	7	59	15	15	27	41	1.88
13955549--13956356	265	3.0	261	87	5	1129	28	15	12	43	1.83
13957463--13957506	19	2.4	19	85	7	56	52	2	0	45	1.13
13962386--13962500	44	2.6	45	87	2	153	27	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13962386--13962516	44	3.0	43	82	2	145	26	25	22	25	2.00
13962770--13963259	45	10.9	45	80	4	515	30	23	16	29	1.96
13962788--13963259	135	3.5	135	85	2	592	31	23	16	29	1.96
13966949--13966982	18	1.9	17	88	5	50	23	0	8	67	1.18
13973127--13973160	17	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
13973549--13973586	20	1.9	20	88	0	58	57	7	10	23	1.58
13974996--13975194	44	4.6	44	68	11	122	28	24	19	28	1.98
13974952--13975241	130	2.2	130	84	3	352	27	23	20	28	1.99
13975391--13975494	50	2.1	50	83	0	127	24	23	24	28	1.99
13982112--13982197	3	28.7	3	82	9	104	62	0	4	32	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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