Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  44  of  206  ( 24623 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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23
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50
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2.0
20
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1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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0
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38
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
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(0-2)
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19
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1.20
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10
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220
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3
1
46
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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3
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1.42
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54
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54
1.46
12764401--12764615
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2.1
103
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25
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132
4.8
132
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177
2.4
177
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14
25
29
1.95
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19
3.7
19
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101
36
9
15
38
1.80
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21
3.0
21
93
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101
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14
38
1.76
12771833--12771890
20
2.8
22
82
12
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39
8
0
51
1.33
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100
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53
1.47
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50
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13
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1.51
12771823--12771981
50
3.1
52
73
17
170
35
9
3
52
1.50
12772082--12772137
24
2.3
24
75
0
58
14
3
7
75
1.16
12781852--12781908
8
6.5
8
77
16
51
57
0
1
40
1.09
12781856--12781908
18
2.9
18
81
10
63
54
0
1
43
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12782134--12782423
9
30.9
9
69
16
130
58
4
2
34
1.29
12782134--12782391
19
13.6
19
68
16
119
60
4
1
34
1.26
12782282--12782354
29
2.6
27
76
10
76
60
1
1
36
1.14
12782344--12782393
20
2.8
17
77
16
55
60
8
0
32
1.26
12783445--12783600
29
5.9
27
70
18
98
31
0
3
64
1.16
12783444--12783558
29
4.1
28
76
11
105
26
0
5
66
1.18
12783437--12783535
9
10.7
9
72
16
60
24
0
6
69
1.10
12783444--12783611
10
18.8
9
71
17
86
30
0
4
64
1.17
12783443--12783558
38
3.1
37
78
14
121
26
0
5
67
1.17
12783866--12783951
19
4.7
19
73
21
60
66
6
0
26
1.17
12784332--12784382
24
2.1
24
85
7
68
5
11
5
76
1.14
12785276--12785619
89
3.9
86
87
6
433
24
10
16
48
1.77
12785276--12785614
174
1.9
174
87
1
491
24
10
17
48
1.77
12785276--12785630
85
4.0
89
88
5
434
26
9
16
47
1.77
12786227--12786292
19
3.6
18
76
13
64
39
0
1
59
1.07
12786227--12786390
10
16.8
10
67
17
53
32
1
3
62
1.21
12786282--12786354
30
2.4
31
80
11
87
28
2
4
64
1.26
12786284--12786350
32
2.1
32
83
10
84
23
2
4
68
1.22
12786227--12786408
9
19.0
9
68
17
84
32
1
2
63
1.19
12797278--12797370
24
3.9
24
73
10
91
40
2
8
48
1.46
12797267--12797359
48
1.9
48
97
0
177
40
2
10
46
1.51
12799169--12799206
17
2.3
16
86
13
51
55
2
7
34
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12808278--12808318
21
2.0
21
90
0
64
29
7
39
24
1.82
12808313--12808360
12
4.0
12
83
0
60
29
0
54
16
1.43
12808314--12808363
24
2.1
24
88
7
75
30
0
52
18
1.46
12808329--12808367
6
6.5
6
81
0
51
30
0
51
17
1.46
12815586--12815612
3
9.0
3
100
0
54
66
0
33
0
0.92
12815922--12815989
30
2.1
35
84
13
92
54
0
1
44
1.09
12819682--12819791
41
2.6
41
88
2
157
27
20
30
21
1.98
12822937--12823053
41
2.8
42
82
5
132
31
28
19
20
1.97
12829892--12829941
2
25.0
2
100
0
100
50
0
0
50
1.00
12830682--12830793
41
2.7
41
88
0
170
28
20
28
22
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206