genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8296820--8296888	26	2.8	26	77	14	83	42	23	20	14	1.89
8299541--8299579	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
8300162--8300202	17	2.4	17	83	0	55	75	2	7	14	1.12
8304287--8304327	3	13.7	3	94	0	73	0	63	0	36	0.95
8308694--8308719	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
8315735--8315776	14	3.0	14	80	13	50	40	0	0	59	0.97
8315745--8315774	15	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
8317385--8317477	40	2.3	39	78	7	96	32	18	25	23	1.97
8317558--8317672	41	2.8	41	95	0	203	14	21	34	28	1.93
8318079--8318128	21	2.3	20	83	12	64	24	0	42	34	1.55
8318352--8318397	22	2.1	22	84	4	58	26	0	32	41	1.56
8324466--8324503	20	2.0	20	90	10	62	7	0	34	57	1.28
8324466--8324503	17	2.2	18	85	4	51	7	0	34	57	1.28
8330730--8330782	25	2.1	25	92	0	88	45	18	9	26	1.80
8340561--8340896	125	2.7	125	90	0	530	31	14	20	33	1.93
8340546--8340896	124	2.8	124	88	1	533	30	14	21	33	1.93
8344321--8344379	10	5.8	10	78	4	64	62	0	0	37	0.95
8344380--8344492	51	2.2	51	92	3	183	44	0	27	28	1.55
8344413--8344514	22	4.3	22	67	22	64	44	0	27	28	1.55
8351144--8351194	16	3.2	16	80	5	59	49	0	7	43	1.32
8351152--8351237	35	2.6	34	83	7	113	52	0	8	39	1.31
8352140--8352164	13	1.9	13	100	0	50	0	0	24	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8352920--8353013	10	9.1	10	78	13	68	37	3	1	58	1.21
8353070--8353127	10	6.6	9	74	23	52	32	1	1	63	1.14
8353068--8353115	25	2.0	25	88	8	73	31	0	2	66	1.03
8354328--8354384	26	2.2	26	81	6	62	66	14	5	14	1.41
8354342--8354397	26	2.2	26	86	0	76	66	10	8	14	1.45
8354380--8354410	15	2.1	15	93	0	53	80	0	16	3	0.83
8356583--8356692	43	2.6	43	79	7	116	30	23	19	26	1.98
8357567--8357623	28	2.0	28	90	6	89	38	5	0	56	1.22
8357815--8357843	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
8366646--8366739	9	10.4	9	91	0	143	38	26	10	24	1.88
8366846--8366889	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8371726--8371781	17	3.4	16	76	11	51	35	0	5	58	1.21
8371728--8371780	22	2.4	22	78	12	54	35	0	5	58	1.22
8372614--8372684	3	23.7	3	82	0	88	35	0	2	61	1.10
8379252--8379325	5	15.0	5	76	18	57	33	0	4	62	1.14
8379249--8379300	24	2.2	24	92	0	86	38	0	0	61	0.96
8379249--8379325	22	3.4	22	82	10	84	35	0	3	61	1.15
8379838--8379879	18	2.4	18	96	4	77	50	4	21	23	1.68
8379838--8379887	18	2.8	18	90	3	66	52	4	20	24	1.63
8380017--8380057	3	13.7	3	84	0	55	34	0	2	63	1.08
8381930--8382214	41	6.9	41	86	2	365	31	24	20	23	1.98
8381930--8382214	84	3.5	83	86	4	371	31	24	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8381931--8382214	125	2.3	122	88	1	415	31	24	20	23	1.98
8386369--8386427	30	1.9	31	86	3	84	30	20	1	47	1.60
8386368--8386437	30	2.3	31	80	7	81	32	18	2	45	1.64
8390188--8390240	21	2.5	21	81	9	63	64	0	9	26	1.24
8395144--8395183	21	1.9	21	85	10	55	22	45	0	32	1.53
8399178--8399213	11	3.2	11	92	4	54	19	33	0	47	1.50
8399185--8399219	11	3.1	11	91	4	52	25	28	0	45	1.54
8399193--8399316	51	2.4	51	93	0	203	27	25	0	45	1.59
8401126--8401165	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
8401595--8401712	25	4.9	25	75	14	131	40	0	14	44	1.51
8401585--8401718	70	1.9	70	96	0	250	38	0	13	47	1.48
8401710--8401736	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
8401771--8402038	47	5.7	47	95	2	484	47	23	3	25	1.68
8401768--8402038	24	11.5	23	93	4	470	47	22	3	25	1.67
8401815--8401863	23	2.4	18	72	27	53	48	22	4	24	1.67
8401768--8402038	71	3.8	71	97	0	501	47	22	3	25	1.67
8401886--8401934	23	2.4	18	72	27	53	48	22	4	24	1.67
8401957--8402005	23	2.4	18	72	27	53	48	22	4	24	1.67
8402055--8402270	116	1.9	117	94	1	380	37	10	7	43	1.68
8405270--8405316	11	4.2	12	86	13	64	46	2	34	17	1.59
8409837--8409866	13	2.2	14	94	5	53	50	6	10	33	1.62
8414123--8414257	19	7.2	19	67	19	61	60	2	6	31	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8414139--8414210	19	3.8	18	71	12	63	59	2	5	31	1.35
8414461--8414507	18	2.6	18	83	6	51	55	2	0	42	1.12
8416217--8416277	27	2.3	27	88	0	95	19	31	32	16	1.94
8416325--8416483	28	5.6	28	72	16	107	66	1	30	1	1.07
8416317--8416413	38	2.6	38	87	9	128	67	0	32	0	0.91
8416326--8416483	23	6.7	22	69	21	83	67	1	30	1	1.07
8416419--8416455	16	2.5	15	91	8	58	59	5	29	5	1.42
8416427--8416461	16	2.2	16	89	0	52	62	2	28	5	1.32
8416326--8416479	10	16.0	10	69	26	77	66	1	30	1	1.07
8419076--8419106	16	1.9	16	93	0	53	29	0	3	67	1.06
8426013--8426055	19	2.2	20	80	12	54	30	18	2	48	1.60
8427186--8427225	9	4.6	9	84	6	55	0	27	0	72	0.85
8427180--8427248	26	3.0	21	69	29	52	2	30	1	65	1.16
8427179--8427254	22	3.2	24	76	14	77	2	28	2	65	1.19
8427214--8427263	26	2.0	25	84	4	64	4	24	6	66	1.32
8428978--8429053	23	3.3	23	86	0	116	25	21	23	30	1.99
8433334--8433372	21	1.9	20	89	5	60	53	2	0	43	1.14
8433316--8433372	29	2.0	29	89	6	89	49	3	1	45	1.29
8438999--8439036	11	3.5	11	85	0	58	52	0	0	47	1.00
8439025--8439066	18	2.3	18	100	0	84	54	0	4	40	1.21
8439345--8439414	8	9.0	8	76	17	67	37	0	2	60	1.12
8439368--8439424	29	2.0	29	93	6	98	45	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8439483--8439555	34	2.2	32	81	13	87	39	0	8	52	1.32
8439857--8439905	10	4.9	10	82	5	55	73	8	14	4	1.21
8439853--8439911	16	3.9	16	77	14	56	72	8	13	5	1.24
8442804--8442846	19	2.2	20	80	12	54	30	18	2	48	1.60
8443000--8443108	38	2.8	39	76	6	105	33	24	19	22	1.97
8443773--8443830	29	2.0	29	80	12	66	41	25	1	31	1.66
8443969--8444034	26	2.9	20	71	26	51	0	31	3	65	1.08
8444022--8444065	16	2.8	17	83	13	58	4	18	9	68	1.34
8444092--8444458	192	1.9	192	96	0	671	42	8	4	44	1.56
8444435--8444486	21	2.5	22	81	12	65	57	5	0	36	1.23
8444574--8444646	34	2.3	31	76	17	76	53	6	0	39	1.28
8444704--8444762	28	2.1	28	90	6	93	50	1	0	47	1.11
8444723--8444760	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
8444715--8444775	8	8.0	8	78	14	58	57	1	0	40	1.08
8447996--8448021	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
8448087--8448126	15	2.5	17	88	12	66	60	0	2	37	1.11
8447982--8448158	81	2.2	82	81	6	198	49	2	1	47	1.21
8451600--8451647	25	2.0	24	84	12	62	35	0	10	54	1.35
8462495--8463211	358	2.0	357	97	0	1362	37	19	16	26	1.93
8463541--8463566	6	4.3	6	100	0	52	84	15	0	0	0.62
8472020--8472142	56	2.2	56	88	0	174	25	28	26	20	1.99
8473114--8473186	25	2.9	25	89	0	110	35	17	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8478569--8478606	14	2.6	14	84	15	51	39	18	0	42	1.50
8480869--8480904	19	1.9	19	94	5	65	77	2	2	16	1.00
8480979--8481065	20	4.3	20	91	0	147	65	0	34	0	0.93
8480982--8481065	30	2.8	30	82	13	118	66	0	33	0	0.92
8481487--8481756	130	2.1	132	90	2	420	52	7	10	29	1.64
8481619--8482066	156	2.9	156	89	3	683	52	7	10	30	1.62
8487286--8487446	37	4.2	37	71	14	114	50	11	4	32	1.59
8487355--8487401	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
8487284--8487493	40	5.3	40	70	19	131	50	10	4	34	1.58
8487736--8487805	3	23.3	3	88	0	104	0	34	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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