genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  64  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17994989--17995048	10	6.3	9	79	7	57	30	1	3	65	1.19
17994989--17995048	19	3.2	18	72	11	57	30	1	3	65	1.19
17995002--17995075	29	2.6	29	82	0	85	31	2	4	62	1.28
17995059--17995091	16	2.1	16	94	0	57	36	0	0	63	0.95
17995546--17995665	11	11.9	11	68	23	61	38	1	0	60	1.07
17995556--17995618	29	2.1	29	85	2	81	34	1	0	63	1.04
17995538--17995661	38	3.2	38	87	8	180	36	1	0	62	1.05
17995633--17995672	21	1.9	21	89	0	62	40	2	0	57	1.12
17999833--17999969	43	3.2	43	65	17	111	28	25	22	23	1.99
17999769--17999983	87	2.5	87	96	0	385	28	25	24	21	1.99
18000307--18000405	44	2.3	43	82	3	117	28	16	22	33	1.95
18004420--18004459	18	2.3	18	87	8	57	67	0	7	25	1.16
18004471--18004578	48	2.3	45	78	13	121	29	12	6	50	1.65
18006186--18006242	16	3.5	16	74	9	53	52	17	1	28	1.54
18013990--18014063	38	1.9	38	100	0	148	43	8	20	28	1.80
18019017--18019050	16	2.2	16	89	5	52	0	14	2	82	0.79
18020242--18020288	23	2.1	22	84	4	58	76	0	2	21	0.89
18025116--18025162	25	2.0	23	87	8	67	27	21	17	34	1.95
18031248--18031274	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
18031231--18031340	38	2.8	38	76	4	103	36	0	3	59	1.21
18031238--18031368	47	2.8	48	85	4	176	34	0	3	61	1.14
18031238--18031341	18	5.5	18	72	16	68	36	0	3	59	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18032174--18032253	31	2.6	32	86	11	112	38	7	16	37	1.77
18035072--18035109	18	2.1	18	90	0	58	47	15	18	18	1.83
18039235--18039285	25	2.0	25	81	7	59	19	3	3	72	1.16
18057800--18057936	31	4.4	32	73	18	119	26	18	10	43	1.83
18058452--18058570	62	1.9	63	89	5	188	43	9	22	24	1.82
18058633--18058670	19	2.0	20	89	5	60	60	0	2	36	1.11
18058693--18058748	8	6.8	8	76	15	51	69	3	1	25	1.14
18058691--18058748	18	3.5	17	75	17	59	67	3	1	27	1.17
18058692--18058748	17	3.4	17	77	15	57	68	3	1	26	1.15
18058734--18058766	11	2.8	12	86	9	50	63	0	0	36	0.95
18063880--18063922	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
18064036--18064083	3	16.3	3	86	4	71	68	4	0	27	1.07
18065644--18066497	45	19.2	44	74	4	467	28	25	15	30	1.96
18065720--18066497	89	8.7	89	87	3	1017	28	25	15	30	1.96
18072330--18072385	30	1.9	29	89	7	87	35	7	3	53	1.46
18080421--18080473	25	2.1	26	85	3	72	30	7	16	45	1.75
18094985--18095046	30	2.1	30	96	0	115	58	14	3	24	1.51
18105173--18105255	42	2.0	42	85	0	112	42	9	33	14	1.78
18107014--18107053	17	2.4	17	91	0	62	27	5	10	57	1.52
18107031--18107138	23	4.5	24	80	4	121	32	5	5	56	1.46
18109186--18109234	22	2.2	22	96	0	89	32	18	6	42	1.75
18115588--18115635	16	2.9	17	78	12	55	41	6	29	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18115591--18115643	16	3.3	15	79	10	52	41	5	28	24	1.77
18115875--18116058	64	3.1	58	72	19	198	51	4	1	42	1.30
18117468--18117569	49	2.1	49	88	0	150	49	9	9	31	1.69
18119819--18119852	16	2.1	16	100	0	68	76	0	0	23	0.79
18122611--18122652	20	2.2	19	86	4	57	47	7	9	35	1.64
18122791--18122841	26	2.0	25	96	3	93	27	27	15	29	1.96
18124758--18124818	27	2.3	27	85	2	79	59	3	6	31	1.39
18126545--18126635	31	3.0	30	90	3	137	42	7	21	27	1.80
18130357--18130626	43	6.3	42	85	4	362	30	28	18	21	1.97
18133924--18133964	21	2.0	21	85	9	57	29	0	46	24	1.53
18133988--18134298	148	2.1	147	94	1	543	33	16	12	37	1.86
18134749--18134777	14	2.0	15	93	6	51	37	41	0	20	1.53
18134884--18134940	21	2.9	18	78	16	60	50	17	15	15	1.78
18135088--18135174	21	4.0	21	76	7	77	42	29	1	26	1.63
18135403--18135999	114	5.2	114	91	1	930	25	26	22	24	2.00
18136068--18136093	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
18136450--18136495	19	2.4	19	79	10	58	41	0	4	54	1.20
18140980--18141016	18	2.2	17	90	9	58	45	5	2	45	1.40
18142578--18142624	11	4.2	11	76	15	51	65	21	2	10	1.33
18142965--18143007	22	1.9	23	85	4	61	53	0	6	39	1.28
18143031--18143076	19	2.3	20	78	10	51	56	0	6	36	1.25
18144331--18144361	14	2.2	14	94	0	53	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18157161--18157202	21	2.0	21	86	9	59	57	0	2	40	1.12
18174076--18174170	49	1.9	49	87	4	138	31	9	5	53	1.55
18177313--18177357	21	2.1	22	83	4	56	31	24	0	44	1.54
18178663--18178693	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18178789--18178855	31	2.2	30	91	2	107	35	0	0	64	0.94
18178948--18178978	15	2.0	16	93	6	55	25	0	6	67	1.14
18180803--18180959	29	6.3	24	82	12	110	47	26	0	25	1.57
18180824--18180854	5	6.2	5	100	0	62	38	41	0	19	1.51
18180839--18180959	29	4.4	29	88	9	173	47	26	0	25	1.52
18180969--18181413	56	8.1	55	85	6	607	36	11	5	46	1.63
18180970--18181421	110	4.1	110	96	0	823	36	11	5	46	1.63
18187397--18187430	5	7.0	5	86	6	52	38	0	20	41	1.53
18187397--18187453	15	3.9	14	75	8	51	35	1	17	45	1.59
18190031--18190219	50	3.8	50	89	0	279	24	23	30	21	1.99
18191099--18191293	98	2.0	98	90	0	309	37	24	10	27	1.89
18193192--18193360	66	2.6	66	94	0	293	24	24	21	28	1.99
18193326--18193760	45	9.7	45	70	15	244	26	23	20	29	1.99
18193326--18193567	95	2.6	95	88	3	341	25	25	20	28	1.99
18217522--18217572	17	3.1	16	82	5	57	29	3	1	64	1.22
18217591--18217651	23	2.5	25	84	7	72	26	6	6	60	1.46
18218873--18219030	86	1.8	86	87	0	235	15	17	15	51	1.76
18223061--18223136	21	3.7	21	91	3	111	36	9	15	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18223081--18223159	21	3.6	24	86	6	73	35	8	16	39	1.80
18223599--18223704	33	3.4	32	70	19	89	34	11	1	51	1.49
18223633--18223676	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
18223597--18223723	60	2.1	61	85	4	168	36	10	1	51	1.45
18223819--18223864	16	3.0	16	73	20	53	36	0	6	56	1.25
18223819--18223902	30	2.8	30	83	7	91	35	1	4	58	1.27
18224047--18224090	18	2.5	18	85	10	56	22	0	6	70	1.11
18228457--18228499	22	2.0	22	95	0	77	46	18	6	27	1.75
18235513--18235550	20	1.9	20	94	0	67	34	50	5	10	1.59
18241230--18241391	79	2.1	79	96	0	297	38	13	12	34	1.83
18247932--18247966	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
18249508--18249532	11	2.3	11	100	0	50	36	48	16	0	1.46
18249758--18249815	24	2.4	24	100	0	116	50	29	8	12	1.69
18250619--18250729	25	4.5	24	70	11	64	31	21	25	21	1.98
18250860--18250920	25	2.5	25	81	2	70	42	19	21	16	1.89
18252881--18252926	23	2.0	23	83	8	58	21	0	0	78	0.76
18253282--18253373	3	30.7	3	100	0	184	67	0	0	32	0.91
18256511--18256755	85	2.9	85	86	1	337	31	22	17	28	1.97
18268129--18268177	20	2.5	19	78	15	55	51	0	18	30	1.47
18269077--18269112	18	1.9	19	88	5	56	36	0	19	44	1.51
18270243--18270283	12	3.4	12	96	0	73	53	7	19	19	1.68
18277501--18277539	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18277790--18277984	50	3.8	51	80	4	178	22	27	21	29	1.99
18278319--18278375	30	1.9	30	85	0	78	31	21	8	38	1.84
18279960--18279996	16	2.4	16	86	8	51	10	18	5	64	1.43
18280268--18280338	36	2.0	36	85	0	97	29	19	29	21	1.98
18281641--18281697	21	2.7	21	86	5	71	63	3	0	33	1.12
18288141--18288198	22	2.6	22	72	0	53	15	8	12	63	1.50
18288843--18288885	21	2.0	21	81	0	50	37	6	11	44	1.68
18293842--18293905	29	2.2	30	88	8	96	46	0	3	50	1.17
18299004--18299056	25	2.1	25	92	0	88	22	18	3	54	1.59
18299599--18299658	14	4.5	13	82	14	61	68	0	5	26	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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