genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20873465--20873491	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20878532--20878788	67	3.8	67	85	5	324	32	15	27	24	1.95
20880719--20880791	27	2.7	26	80	4	65	39	16	21	21	1.92
20880747--20880803	27	2.1	27	90	0	87	35	22	24	17	1.95
20887003--20887052	20	2.5	20	86	0	73	38	8	28	26	1.84
20892778--20893341	70	8.1	69	76	7	422	31	24	18	25	1.98
20892827--20893344	140	3.7	138	79	2	489	31	24	18	26	1.98
20896474--20896524	20	2.5	20	81	9	68	35	7	27	29	1.85
20902721--20902766	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
20902820--20902850	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
20903143--20903216	24	3.0	23	76	13	69	45	1	1	51	1.18
20904226--20904271	25	1.9	24	86	8	67	58	0	0	41	0.98
20909604--20909699	29	3.3	29	92	0	147	31	23	23	20	1.98
20922878--20923093	33	6.6	32	71	24	168	17	21	27	33	1.95
20922952--20923062	27	3.9	27	82	17	152	14	24	30	30	1.94
20922954--20923093	60	2.3	60	98	0	271	15	22	28	34	1.94
20922874--20923184	162	1.9	163	91	0	516	17	20	29	32	1.96
20923014--20923199	102	1.8	102	89	0	291	17	22	29	31	1.96
20933527--20933575	20	2.5	20	79	0	62	6	28	20	44	1.75
20933531--20933592	25	2.5	25	87	7	90	6	24	20	48	1.73
20933540--20933601	25	2.5	25	87	10	74	4	25	17	51	1.65
20946240--20946285	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20948517--20948562	23	2.0	23	91	0	74	28	32	10	28	1.91
20960285--20960376	45	2.0	45	97	0	175	17	25	22	34	1.96
20963345--20963391	19	2.5	19	92	0	76	42	12	29	14	1.83
20963585--20963618	15	2.3	15	100	0	68	52	0	20	26	1.46
20969550--20969625	12	6.2	12	71	20	52	56	1	0	42	1.07
20969550--20969625	24	3.1	25	81	5	84	56	1	0	42	1.07
20979188--20979213	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20987107--20987274	41	4.1	41	92	0	273	27	19	29	23	1.98
20990323--20990372	18	2.6	19	90	9	75	44	8	18	30	1.78
20993850--20993880	7	4.4	7	100	0	62	45	0	12	41	1.42
20997537--20997631	3	31.7	3	100	0	190	67	0	32	0	0.91
21008209--21008269	27	2.3	27	82	5	70	65	3	3	27	1.24
21027076--21027198	27	4.6	27	85	0	120	26	24	15	33	1.95
21028951--21028987	16	2.3	16	90	0	56	37	0	24	37	1.56
21029144--21029199	26	2.2	25	81	6	67	57	0	0	42	0.99
21029145--21029282	61	2.3	58	86	8	181	50	2	0	45	1.21
21029287--21029329	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
21029528--21030066	266	2.0	266	97	0	1024	38	18	12	30	1.88
21032687--21032755	21	3.3	21	81	0	84	23	28	27	20	1.99
21032719--21032768	21	2.4	21	79	0	55	24	30	30	16	1.96
21032903--21033037	65	2.1	65	100	0	270	30	29	20	19	1.97
21033769--21033808	20	2.0	20	100	0	80	45	25	0	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21036341--21036389	25	2.0	25	88	8	73	32	2	0	65	1.04
21039426--21039450	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
21042892--21042948	28	2.1	27	93	3	96	29	21	12	36	1.90
21042887--21042942	28	2.0	28	96	0	103	33	21	8	35	1.85
21049073--21049122	26	2.0	25	84	4	64	28	28	16	28	1.97
21050385--21050421	18	2.1	18	100	0	74	29	27	16	27	1.97
21053655--21053707	21	2.4	22	87	6	72	47	1	18	32	1.60
21053973--21054038	26	2.5	26	80	9	80	40	13	15	30	1.85
21056199--21056272	36	2.1	36	100	0	148	56	8	21	13	1.63
21067686--21067776	38	2.4	38	84	0	110	35	15	18	30	1.92
21068624--21068666	18	2.3	20	80	15	56	65	4	23	6	1.37
21086445--21086491	22	2.1	22	84	11	60	36	0	6	57	1.24
21103791--21103828	17	2.2	17	86	9	51	21	0	2	76	0.91
21112682--21112719	19	2.0	19	85	10	51	50	15	13	21	1.78
21123652--21123695	23	1.9	23	86	9	63	50	11	4	34	1.59
21125671--21125748	4	19.5	4	100	0	156	50	24	0	25	1.50
21126020--21126068	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
21133145--21133221	26	3.1	24	78	10	61	37	6	1	54	1.35
21135205--21135399	50	3.9	50	88	0	246	26	21	30	22	1.99
21135216--21135438	50	4.5	50	84	2	164	27	21	28	22	1.99
21140791--21140826	18	2.0	18	94	0	63	38	5	19	36	1.75
21153177--21153275	23	4.3	23	75	6	94	37	23	16	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21154670--21154706	17	2.2	17	95	0	65	13	43	8	35	1.74
21157812--21157880	29	2.4	29	88	9	97	30	7	11	50	1.65
21163104--21163200	35	2.8	35	87	0	113	25	14	16	43	1.86
21164588--21164639	16	3.5	15	79	7	61	40	13	13	32	1.83
21170805--21170837	16	2.1	16	88	11	50	42	15	12	30	1.83
21172728--21172856	68	1.9	68	91	0	213	27	22	17	32	1.96
21182005--21182066	26	2.4	26	76	12	67	32	0	3	64	1.09
21184029--21184082	29	2.0	26	82	17	65	18	5	7	68	1.33
21188894--21189101	76	2.6	78	76	11	219	34	4	11	49	1.59
21192828--21193739	155	5.9	154	88	4	1299	31	10	7	50	1.66
21193673--21193708	16	2.1	18	90	10	58	22	5	5	66	1.34
21193982--21194035	26	2.0	27	85	3	74	55	7	3	33	1.45
21194124--21194168	20	2.2	20	92	0	72	0	33	0	66	0.92
21194091--21194176	21	4.0	20	68	19	64	0	34	0	65	0.93
21194142--21194198	13	4.1	13	78	13	60	0	35	0	64	0.93
21194116--21194190	20	3.8	20	72	19	59	0	33	0	66	0.92
21197073--21197100	14	2.0	14	100	0	56	21	0	42	35	1.53
21198710--21198754	23	2.0	22	83	12	56	15	4	24	55	1.59
21201015--21201049	11	3.1	11	91	4	52	82	0	8	8	0.83
21203040--21203116	30	2.6	28	78	8	82	10	18	7	63	1.49
21203166--21203285	3	40.0	3	83	3	143	33	5	0	60	1.27
21203389--21203430	16	2.6	17	81	7	52	38	4	4	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21203663--21203693	15	2.1	15	93	0	53	19	16	6	58	1.59
21203670--21203722	21	2.4	20	82	17	61	26	15	3	54	1.57
21203743--21204181	112	4.0	111	89	2	607	31	15	18	34	1.92
21203743--21204179	223	2.0	220	86	3	617	31	15	18	34	1.92
21207590--21207624	17	2.1	16	94	5	61	80	5	2	11	1.00
21207637--21207676	6	6.3	6	83	11	53	77	0	22	0	0.77
21207637--21207674	10	3.7	10	83	16	51	78	0	21	0	0.74
21207637--21207675	20	2.0	19	95	5	69	79	0	20	0	0.73
21208632--21208673	20	2.1	20	83	16	52	73	0	23	2	0.94
21208776--21208889	43	2.7	43	79	6	115	29	15	28	25	1.96
21208807--21208889	44	1.9	44	85	7	116	27	14	30	27	1.95
21209992--21210396	46	8.8	46	92	1	643	24	17	28	28	1.98
21211949--21212047	3	33.0	3	79	4	101	33	7	1	58	1.32
21212151--21212192	16	2.6	17	81	7	52	38	4	4	52	1.44
21212428--21212480	23	2.4	22	81	18	65	26	13	3	56	1.54
21212428--21212479	22	2.3	24	84	15	67	25	13	3	57	1.53
21212500--21212825	111	3.0	112	83	4	403	31	15	18	34	1.92
21216102--21216153	23	2.3	23	89	0	77	32	15	11	40	1.83
21224970--21225084	57	2.0	57	96	0	212	38	15	21	24	1.92
21232425--21232514	38	2.4	38	98	0	171	21	34	15	28	1.94
21234194--21234226	14	2.4	14	90	5	50	66	3	9	21	1.33
21235921--21236367	45	9.7	45	70	13	153	29	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235784--21236106	96	3.5	96	76	10	255	28	21	18	31	1.97
21236067--21236400	89	3.7	89	75	8	244	28	22	16	32	1.95
21235787--21236409	44	13.6	45	70	12	326	28	21	17	31	1.96
21243829--21243858	12	2.5	12	100	0	60	36	6	13	43	1.70
21245714--21245820	45	2.4	45	84	1	126	36	29	13	20	1.90
21245727--21245917	45	4.2	45	77	6	136	35	25	13	26	1.92
21245797--21245922	45	2.8	45	78	4	137	36	23	12	27	1.91
21260094--21260126	14	2.4	14	90	5	50	66	3	9	21	1.33
21261999--21262054	17	3.2	17	89	2	85	53	16	3	26	1.59
21264001--21264035	18	1.9	18	100	0	70	45	14	0	40	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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