genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60208646--60208794	59	2.5	59	84	2	190	40	3	22	33	1.71
60210459--60210528	28	2.5	28	88	4	97	31	10	31	27	1.89
60217134--60217166	12	2.8	12	95	0	57	27	0	15	57	1.38
60217171--60217211	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
60217250--60217328	41	1.9	41	94	0	140	32	5	15	46	1.67
60223976--60224013	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
60236487--60236542	23	2.3	23	79	11	60	58	0	1	39	1.08
60238810--60238846	11	3.5	11	82	17	51	24	0	0	75	0.80
60238807--60238846	21	2.0	21	90	9	66	22	0	0	77	0.77
60238815--60238857	21	2.0	21	86	0	59	30	0	0	69	0.88
60245651--60245706	20	2.9	18	82	15	60	53	1	1	42	1.21
60245651--60245706	10	5.8	9	75	22	51	53	1	1	42	1.21
60245666--60245706	18	2.2	19	83	12	50	58	2	0	39	1.11
60245651--60245704	19	2.7	19	77	13	56	51	1	1	44	1.22
60246132--60246173	20	2.0	21	86	4	59	28	4	2	64	1.26
60248516--60248554	4	9.5	4	83	5	51	20	0	25	53	1.45
60248677--60248747	4	17.8	4	85	0	97	26	4	22	46	1.70
60253526--60253555	14	2.1	14	100	0	60	40	13	23	23	1.90
60255352--60255485	43	3.2	43	74	4	121	39	18	20	21	1.92
60255431--60255659	42	5.4	42	70	10	144	41	20	15	22	1.90
60255449--60255566	43	2.8	41	76	11	139	43	22	13	21	1.87
60255439--60255674	85	2.8	85	78	6	271	41	19	16	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60261518--60261580	30	2.3	25	75	21	63	26	14	3	55	1.54
60263799--60263837	14	2.8	13	81	11	51	33	2	0	64	1.08
60264460--60264493	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
60264622--60264668	23	2.0	23	91	0	76	63	4	8	23	1.40
60265948--60266071	59	2.1	57	83	5	151	37	8	16	37	1.80
60266346--60266387	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
60267223--60267274	15	3.5	15	78	0	59	42	0	46	11	1.40
60267214--60267260	24	2.0	24	87	8	69	40	0	48	10	1.38
60267213--60267281	30	2.3	30	84	0	93	46	0	44	8	1.34
60278008--60278040	17	2.0	17	88	5	50	42	0	3	54	1.15
60282893--60282949	19	3.1	19	72	12	55	40	0	0	59	0.97
60306209--60306243	18	1.9	18	88	0	52	57	5	0	37	1.23
60306551--60306587	19	1.9	19	94	0	65	43	21	0	35	1.53
60306797--60306862	33	2.0	33	96	0	123	40	18	3	37	1.66
60308686--60308789	49	2.1	49	90	0	163	31	7	8	51	1.61
60310129--60310158	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
60310099--60310289	61	3.2	61	72	11	221	42	1	4	51	1.29
60310150--60310184	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
60310155--60310203	18	2.9	18	82	14	52	46	0	0	53	1.00
60310062--60310329	120	2.2	120	97	0	509	42	0	4	52	1.25
60310249--60310278	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
60310545--60310575	16	1.9	16	93	0	53	25	32	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60312515--60312580	19	3.4	18	78	17	62	31	3	3	62	1.26
60313365--60313401	17	2.1	17	90	5	56	43	0	2	54	1.14
60316299--60316349	22	2.3	23	80	12	63	25	5	1	66	1.24
60321092--60321165	29	2.5	29	86	4	94	21	13	16	48	1.80
60321117--60321190	29	2.5	29	84	4	94	27	14	12	45	1.80
60321754--60321823	29	2.3	29	83	9	79	48	14	12	24	1.78
60323561--60323609	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
60323628--60323663	18	2.0	18	88	0	54	33	2	19	44	1.65
60326146--60326198	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
60335334--60335390	29	1.9	30	89	3	89	45	8	5	40	1.58
60344791--60345038	122	2.0	127	85	5	344	28	11	12	47	1.76
60345350--60345389	17	2.3	18	86	4	55	65	0	0	35	0.93
60348499--60348565	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
60348514--60348553	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
60348493--60348569	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
60350429--60350547	51	2.7	40	71	26	105	57	2	0	39	1.18
60350456--60350556	51	2.0	51	98	0	193	56	4	0	37	1.28
60350589--60350621	16	2.1	16	88	5	50	51	9	3	36	1.49
60365988--60366033	18	2.6	17	82	3	56	65	2	2	30	1.16
60368285--60368318	16	2.1	16	88	0	50	64	0	0	35	0.94
60369621--60369663	22	1.9	23	90	4	70	51	18	16	13	1.77
60374034--60374578	154	3.5	155	79	4	607	37	17	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60374011--60374734	310	2.4	299	84	3	912	38	16	15	28	1.90
60380343--60380481	57	2.4	57	79	1	143	24	17	16	41	1.89
60383679--60383745	31	2.2	30	89	5	100	41	14	11	31	1.83
60384088--60384657	283	2.0	283	100	0	1140	33	16	18	30	1.94
60385999--60386033	3	11.7	3	87	0	52	0	5	34	60	1.21
60387672--60387705	17	2.0	17	88	0	50	47	5	0	47	1.26
60389417--60389450	5	6.8	5	96	0	59	20	23	20	35	1.96
60391825--60391912	25	3.6	25	82	1	115	18	27	15	38	1.91
60391825--60391944	25	4.9	25	79	2	109	21	25	17	35	1.95
60393383--60393474	3	30.3	3	93	2	157	65	1	1	32	1.07
60400349--60400405	24	2.4	24	88	5	80	45	14	7	33	1.71
60400361--60400412	24	2.2	24	92	0	86	48	9	5	36	1.60
60404715--60404766	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
60406075--60406099	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
60408620--60408784	85	1.9	85	86	0	231	27	25	19	27	1.99
60411888--60411941	28	1.9	27	85	14	74	27	1	1	68	1.10
60416536--60416576	21	2.0	21	85	0	55	31	4	7	56	1.48
60425139--60425175	15	2.3	16	90	9	58	83	2	13	0	0.74
60430800--60430844	21	2.1	21	95	0	81	40	31	8	20	1.83
60433489--60433562	3	24.3	3	72	8	60	29	6	1	62	1.29
60433753--60433795	2	21.5	2	80	0	50	39	0	4	55	1.20
60438655--60438699	23	2.0	23	100	0	90	46	13	8	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60439607--60439644	20	1.9	20	89	10	60	55	13	10	21	1.67
60442265--60442324	29	2.1	29	84	6	77	18	3	40	38	1.67
60445528--60445575	23	2.2	21	85	7	60	47	0	4	47	1.21
60447362--60447904	271	2.0	271	93	1	928	33	17	14	35	1.90
60460565--60460638	26	3.0	25	77	15	66	56	1	0	41	1.07
60460581--60460624	15	3.1	13	79	20	52	59	0	0	40	0.98
60462406--60462440	16	2.3	15	90	5	52	22	14	8	54	1.67
60462879--60462941	23	2.6	24	78	12	67	42	1	0	55	1.09
60462897--60462929	8	4.2	8	88	7	50	48	3	0	48	1.17
60462919--60462957	15	2.8	13	82	17	51	46	0	2	51	1.14
60468097--60468140	19	2.2	20	84	4	54	43	4	4	47	1.44
60469007--60469046	19	2.1	19	85	0	53	47	0	2	50	1.14
60472931--60473008	39	2.0	39	97	0	147	26	10	34	28	1.89
60477753--60477975	90	2.4	89	80	7	252	36	20	8	34	1.83
60477983--60478133	72	2.1	71	84	8	191	66	1	2	29	1.14
60477986--60478130	18	8.0	18	70	20	81	66	1	2	29	1.14
60478220--60478265	20	2.3	19	78	10	56	26	8	2	63	1.35
60478329--60478391	27	2.2	28	80	5	74	34	3	3	58	1.30
60478453--60478646	86	2.2	87	84	10	254	35	6	21	37	1.78
60485375--60485421	23	2.0	23	91	0	76	27	10	14	46	1.78
60485666--60485813	77	1.9	76	82	6	183	29	12	15	42	1.83
60489041--60489075	18	1.9	18	88	0	52	40	17	20	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60491289--60491317	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60493568--60493603	9	3.9	9	85	7	54	30	0	2	66	1.06
60493520--60493585	31	2.2	31	89	5	100	42	0	0	57	0.98
60495390--60495428	19	2.0	21	85	10	55	53	2	0	43	1.14
60500505--60500550	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
60517753--60517777	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
60518363--60518397	18	1.9	18	88	0	52	28	28	8	34	1.87
60520539--60520575	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
60520629--60520659	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
60523092--60523584	126	3.9	125	87	4	699	27	17	17	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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