genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  86  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24628530--24628727	27	7.3	26	73	12	130	32	27	14	25	1.94
24628530--24628727	108	1.8	108	84	4	274	32	27	14	25	1.94
24632142--24632210	30	2.2	32	87	5	97	4	37	14	43	1.65
24632188--24632250	23	2.5	26	87	10	96	1	42	17	38	1.59
24632142--24632224	30	2.7	30	81	7	87	3	40	14	40	1.63
24632339--24632376	8	4.8	8	100	0	76	50	26	0	23	1.50
24638960--24639194	117	2.0	117	100	0	470	27	16	21	35	1.94
24645110--24645152	18	2.3	18	88	4	59	2	55	0	41	1.12
24646582--24646639	30	1.9	30	96	0	107	39	18	13	27	1.89
24647606--24647668	31	2.0	31	100	0	126	44	6	6	42	1.55
24647834--24647873	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
24676088--24676141	20	2.7	20	85	2	72	64	1	0	33	1.04
24676095--24676230	9	14.6	9	68	14	53	61	3	0	34	1.19
24676104--24676200	18	5.2	18	77	6	59	61	2	1	35	1.14
24676161--24676229	29	2.3	32	74	23	78	57	5	0	36	1.22
24676841--24676883	19	2.3	19	92	4	70	34	2	0	62	1.08
24678281--24678306	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24679091--24679162	7	10.3	7	84	0	72	33	19	0	47	1.50
24679130--24679177	21	2.3	21	92	0	78	31	29	0	39	1.57
24679137--24679172	7	5.1	7	86	0	54	27	36	0	36	1.57
24684399--24684424	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24684684--24684741	19	3.0	19	70	22	57	17	20	5	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24687073--24687242	84	2.0	86	82	4	211	40	15	15	28	1.88
24687595--24687628	9	3.8	9	84	0	50	61	2	29	5	1.34
24687588--24687616	15	1.9	15	100	0	58	62	6	27	3	1.37
24688589--24688634	19	2.5	18	83	13	58	50	15	8	26	1.73
24688654--24688700	22	2.1	23	84	4	60	51	17	8	23	1.72
24708521--24708655	67	2.0	68	91	1	218	45	12	12	29	1.79
24711394--24711447	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
24715238--24715269	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24715503--24715674	51	3.4	50	80	7	195	30	27	17	23	1.97
24716120--24716503	196	2.0	195	98	0	741	39	19	10	29	1.86
24720104--24720281	90	2.0	90	93	0	302	40	6	15	38	1.72
24722764--24722823	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
24723131--24723161	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24736340--24736393	25	2.1	26	83	10	67	61	3	3	31	1.31
24737133--24737166	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
24748008--24748037	11	2.7	11	94	0	51	16	23	0	60	1.36
24748748--24748774	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24749255--24749307	18	2.9	18	86	8	63	62	3	0	33	1.13
24760744--24760853	55	2.0	55	98	0	211	25	19	9	46	1.79
24773154--24773178	13	1.9	13	100	0	50	8	8	24	60	1.52
24783420--24783548	69	1.9	69	90	0	204	48	12	11	27	1.75
24786306--24786333	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24789367--24789397	14	2.2	14	94	0	53	61	0	9	29	1.28
24797509--24797537	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24799058--24799219	50	3.2	49	78	3	171	25	19	23	30	1.98
24799318--24799537	44	4.8	44	71	13	147	29	22	17	30	1.97
24799266--24799538	142	1.9	142	88	3	415	28	21	17	31	1.96
24799563--24799879	84	3.7	84	75	11	248	23	20	22	33	1.97
24799762--24799917	40	3.7	43	73	7	122	25	21	19	32	1.97
24799741--24800010	127	2.1	127	90	1	416	24	20	22	33	1.97
24801414--24801454	21	2.0	21	85	9	57	14	17	0	68	1.22
24801424--24801457	7	4.9	7	89	10	52	14	14	0	70	1.17
24801431--24801457	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
24801839--24801915	26	2.9	25	84	7	82	10	7	12	68	1.38
24801864--24801907	20	2.2	20	91	0	70	9	9	11	70	1.34
24805808--24805849	17	2.4	18	88	4	59	54	16	4	23	1.61
24807810--24807963	82	1.9	82	98	0	299	29	6	34	29	1.83
24809584--24809627	22	2.0	22	90	0	70	31	18	18	31	1.95
24814376--24814411	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24815240--24815384	42	3.4	43	78	7	136	35	26	11	26	1.91
24815240--24815395	43	3.7	42	77	6	138	34	26	12	26	1.92
24820323--24820374	6	8.7	6	85	8	61	44	0	38	17	1.49
24821907--24821950	12	3.7	12	87	0	61	0	52	20	27	1.47
24832419--24832466	25	1.9	25	86	0	69	37	12	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24836890--24836943	22	2.5	22	84	0	72	11	29	5	53	1.59
24844659--24844944	51	5.7	49	78	5	234	24	16	26	32	1.96
24844659--24844944	101	2.8	101	90	1	439	24	16	26	32	1.96
24844866--24844946	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
24844955--24845082	43	3.0	42	77	14	145	21	18	25	33	1.97
24848723--24848758	19	1.9	18	94	5	63	58	5	8	27	1.50
24851736--24851770	18	1.9	18	88	11	54	0	20	0	80	0.72
24855393--24855467	37	2.0	37	92	0	123	38	22	9	29	1.85
24857067--24857220	27	5.7	27	81	8	181	43	20	17	18	1.88
24857067--24857221	54	2.9	54	84	7	208	43	21	17	18	1.88
24857067--24857218	81	1.9	80	86	6	218	43	21	17	18	1.88
24865958--24866190	84	2.7	86	82	6	283	38	23	13	24	1.91
24877305--24878249	131	7.3	131	87	3	1287	30	22	22	24	1.99
24877951--24878249	118	2.4	118	84	5	364	29	21	22	25	1.99
24878250--24878485	44	5.1	44	71	15	172	31	20	21	26	1.98
24878294--24878480	98	1.9	98	81	4	225	32	20	21	26	1.98
24878248--24878536	142	2.0	142	93	0	497	33	19	20	26	1.97
24886700--24886736	17	2.1	18	95	5	67	24	16	21	37	1.93
24892466--24892567	50	2.0	50	88	3	152	31	17	10	40	1.84
24893460--24893508	25	2.0	25	83	0	62	44	6	2	46	1.39
24893922--24893959	16	2.4	16	82	13	51	52	0	0	47	1.00
24894491--24894547	15	3.9	15	86	4	80	49	0	17	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24894491--24894540	14	3.4	14	86	8	64	52	0	18	30	1.46
24897538--24897574	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
24902747--24904004	626	2.0	626	95	0	2246	32	9	17	39	1.82
24911178--24911308	66	2.0	66	86	3	183	31	25	20	22	1.98
24912224--24912292	21	3.4	21	75	17	74	21	34	7	36	1.81
24931042--24931071	6	5.0	6	91	0	51	13	0	36	50	1.42
24932173--24932294	26	4.6	26	82	4	145	35	13	23	27	1.92
24932173--24932310	54	2.6	52	79	11	136	39	13	22	25	1.90
24932596--24932628	13	2.6	13	90	4	50	21	9	9	60	1.54
24932936--24932997	32	1.9	32	90	0	97	35	9	19	35	1.85
24938406--24938430	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
24938775--24938856	41	2.0	41	100	0	164	34	9	24	31	1.88
24940253--24940295	21	2.0	21	82	8	52	32	0	6	60	1.23
24940302--24940348	12	4.0	12	78	13	53	48	0	0	51	1.00
24940287--24940359	38	1.9	37	86	8	103	46	1	2	49	1.24
24940510--24940604	44	2.1	46	88	3	140	35	25	6	32	1.81
24940586--24940656	16	4.4	16	87	0	88	28	30	7	33	1.84
24945633--24945671	3	13.0	3	94	0	69	35	33	0	30	1.58
24960318--24960426	47	2.3	47	91	0	173	46	22	11	19	1.81
24969563--24969774	29	7.4	28	74	17	186	26	24	16	32	1.96
24969520--24969769	114	2.2	115	83	9	334	28	22	16	32	1.96
24969563--24969774	57	3.7	56	86	7	286	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24995783--24995918	65	2.1	65	95	0	245	28	4	27	39	1.76
25012926--25012970	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25018672--25018714	12	3.5	12	76	17	52	81	6	11	0	0.87
25018672--25018716	18	2.5	17	83	16	56	80	6	13	0	0.91
25021278--25021328	15	3.4	14	86	13	66	56	15	7	19	1.63
25021876--25021905	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
25022977--25023273	50	5.8	50	86	3	328	22	28	20	28	1.98
25032947--25033397	27	16.7	27	80	5	441	43	18	17	19	1.88
25033548--25033604	26	2.2	26	83	3	69	19	26	19	35	1.95
25041341--25041525	51	3.7	50	77	9	196	29	28	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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