genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7621363--7621399	18	2.1	18	94	0	65	54	21	10	13	1.69
7623314--7623354	20	2.0	20	85	0	55	56	0	2	41	1.13
7630296--7630365	23	3.0	24	72	16	65	5	21	5	67	1.33
7634115--7634162	24	2.0	24	100	0	96	37	8	12	41	1.73
7637070--7637109	6	6.7	6	100	0	80	17	17	15	50	1.79
7644256--7644281	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
7645343--7645367	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
7646552--7646585	13	2.8	12	91	8	52	44	11	5	38	1.65
7647471--7647510	20	2.0	21	85	5	55	30	2	15	52	1.55
7647701--7647784	27	2.8	29	82	10	91	17	21	29	30	1.96
7647663--7647931	102	2.6	102	92	0	448	21	18	27	33	1.96
7647834--7647958	33	3.5	33	73	23	117	21	18	27	32	1.97
7649583--7649619	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
7649676--7649815	75	1.9	75	82	5	176	30	4	18	46	1.68
7649905--7650016	41	2.7	41	87	5	147	25	20	25	27	1.99
7650357--7650390	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7652450--7652494	15	3.3	15	71	28	55	51	0	4	44	1.21
7652444--7652499	25	2.2	25	96	3	103	46	0	3	50	1.19
7654732--7654762	11	2.7	11	95	5	53	64	9	0	25	1.24
7654685--7654752	24	2.9	23	70	12	57	52	8	7	30	1.60
7654788--7654835	17	2.7	17	80	6	51	58	0	2	39	1.10
7654766--7654898	71	1.9	71	88	3	205	55	4	3	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7660295--7660366	3	23.7	3	83	8	92	37	2	0	59	1.12
7665366--7665409	21	2.1	21	83	8	54	68	0	6	25	1.14
7671637--7671675	15	2.6	14	84	8	51	33	0	15	51	1.44
7681611--7681635	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7707990--7708026	16	2.4	16	90	4	58	54	5	5	35	1.47
7708144--7708265	60	2.0	60	90	0	190	54	12	0	32	1.44
7708297--7708440	61	2.4	61	95	0	252	58	11	0	30	1.33
7708250--7708664	141	2.9	139	82	11	495	57	11	0	30	1.37
7708341--7708441	34	3.2	34	67	23	101	58	8	0	32	1.29
7708241--7708602	80	4.5	80	83	10	461	56	11	0	30	1.38
7708438--7708662	61	3.3	61	72	22	216	57	12	0	30	1.38
7708501--7708683	21	8.9	21	67	15	89	56	12	0	30	1.40
7708353--7708601	82	3.0	82	92	2	430	57	12	0	30	1.38
7708560--7708662	34	3.2	33	69	18	101	58	9	0	31	1.37
7708398--7708686	143	2.1	135	87	7	418	56	11	0	31	1.38
7708258--7708683	19	21.0	20	65	21	126	57	12	0	30	1.37
7711670--7711703	3	11.3	3	93	0	59	32	0	32	35	1.58
7714760--7714805	21	2.3	19	82	14	56	30	2	4	63	1.26
7717843--7717886	21	2.1	21	95	0	79	40	20	4	34	1.73
7719792--7719844	23	2.3	23	90	0	88	52	11	18	16	1.73
7722368--7722417	24	2.0	26	84	7	68	46	14	2	38	1.56
7723242--7723284	10	4.4	10	83	13	54	51	6	0	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737998--7738253	46	5.3	46	84	12	354	33	15	23	28	1.95
7738140--7738167	13	2.2	13	100	0	56	32	0	39	28	1.57
7738094--7738213	59	2.0	59	100	0	240	32	13	25	28	1.93
7738048--7738253	105	2.0	103	97	1	385	32	15	23	28	1.95
7740764--7740832	21	3.3	21	71	15	70	33	8	26	31	1.87
7745204--7745593	159	2.6	148	80	11	384	29	7	10	53	1.61
7745289--7745652	159	2.3	158	87	5	493	27	7	8	56	1.56
7745755--7745823	27	2.6	27	83	6	95	8	36	31	23	1.85
7749866--7749905	20	2.0	20	100	0	80	10	45	5	40	1.60
7751583--7751615	17	1.9	17	93	0	57	36	3	9	51	1.49
7751624--7751662	16	2.5	16	83	4	53	46	0	7	46	1.31
7751594--7751743	61	2.5	61	80	4	178	41	4	8	46	1.52
7751967--7752012	7	6.6	7	78	16	51	60	10	0	28	1.30
7751888--7752151	95	2.8	95	89	1	386	46	15	3	34	1.64
7751967--7752012	15	3.3	15	82	11	62	60	10	0	28	1.30
7752008--7752065	21	2.8	20	80	15	73	43	13	3	39	1.61
7752070--7752106	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
7752070--7752107	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
7752050--7752120	27	2.7	27	70	10	65	49	12	1	36	1.50
7752106--7752154	22	2.3	21	82	3	53	40	20	2	36	1.64
7752225--7752414	9	22.2	9	67	16	91	44	18	1	35	1.60
7752225--7752287	27	2.3	27	94	0	108	49	15	1	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7752365--7752421	16	3.4	16	83	13	71	45	19	1	33	1.61
7754465--7754505	21	2.0	21	85	0	55	26	17	51	4	1.65
7754748--7754862	42	2.7	42	90	2	178	23	18	21	36	1.95
7755258--7755290	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
7758520--7758759	88	2.7	87	82	0	264	33	27	24	14	1.94
7761655--7761705	23	2.2	23	89	0	75	29	9	19	41	1.84
7762107--7762144	19	2.0	19	85	10	51	34	5	0	60	1.19
7763275--7763379	56	1.9	55	84	2	138	28	8	15	47	1.74
7780132--7780175	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05
7780619--7780721	51	2.0	51	100	0	206	29	17	15	37	1.91
7784701--7784727	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
7789774--7789822	26	2.0	24	88	8	71	28	2	4	65	1.22
7796181--7796234	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
7800642--7800694	17	3.1	17	78	8	63	58	0	7	33	1.26
7800799--7800837	19	2.0	19	90	5	60	58	0	2	38	1.12
7807255--7807285	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
7810480--7810504	10	2.5	10	100	0	50	24	40	12	24	1.88
7817056--7817093	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
7817421--7817491	30	2.4	31	80	7	83	59	5	2	32	1.35
7817653--7817686	17	2.0	17	88	0	50	52	0	8	38	1.33
7817714--7817746	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
7818140--7818193	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7819479--7819512	5	6.8	5	96	0	59	41	14	0	44	1.45
7819560--7819609	17	2.9	17	75	16	50	34	4	6	56	1.43
7825200--7825262	26	2.4	26	81	0	72	25	39	17	17	1.91
7825220--7825270	26	2.0	26	96	0	93	21	41	19	17	1.91
7826224--7826262	19	2.1	19	90	0	60	35	2	20	41	1.66
7830737--7830812	17	4.4	18	76	5	68	17	39	25	18	1.91
7830746--7830813	17	3.9	18	76	5	70	14	39	26	19	1.90
7832590--7832675	41	2.1	41	82	4	102	32	24	17	25	1.97
7832815--7832949	31	4.4	31	78	5	157	42	15	13	28	1.85
7832816--7832949	61	2.2	62	86	1	189	42	15	13	28	1.85
7832792--7832998	92	2.2	92	76	7	206	42	15	9	31	1.79
7832927--7833029	31	3.4	30	74	11	84	42	16	7	33	1.77
7840985--7841146	50	3.2	50	71	16	145	24	16	23	35	1.95
7842540--7842607	13	5.0	13	81	12	75	10	17	0	72	1.12
7842540--7842612	20	3.7	20	85	7	96	9	16	0	73	1.07
7842540--7842607	7	10.0	7	78	13	72	10	17	0	72	1.12
7843306--7843365	22	2.7	23	78	19	65	16	6	10	66	1.41
7847899--7847939	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
7867458--7867493	18	2.0	18	88	0	54	66	2	0	30	1.06
7869014--7869055	21	2.0	21	100	0	84	19	33	4	42	1.72
7869272--7869302	15	2.1	15	93	0	53	22	16	19	41	1.89
7869588--7869613	13	2.0	13	100	0	52	46	0	30	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7871954--7871990	14	2.7	14	88	12	51	37	13	5	43	1.67
7877347--7877388	18	2.3	18	80	8	50	76	2	21	0	0.90
7886036--7886073	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
7896490--7896551	26	2.7	22	77	18	56	32	11	3	53	1.53
7899823--7899868	17	2.8	17	86	3	58	43	0	54	2	1.12
7903082--7903133	19	2.7	19	93	0	95	36	9	15	38	1.80
7903082--7903158	38	1.9	40	87	10	113	36	9	15	38	1.79
7903686--7903734	23	2.1	24	85	11	66	28	8	0	63	1.23
7914121--7914286	51	3.1	56	62	29	144	40	12	3	42	1.60
7914106--7914313	103	2.0	103	100	0	416	37	13	3	44	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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