genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  87  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25041339--25041523	101	1.8	101	89	3	291	30	27	17	24	1.97
25045277--25045514	84	2.8	84	99	0	467	34	26	18	20	1.95
25045285--25045555	41	6.5	41	83	7	334	33	26	17	22	1.96
25049432--25049466	18	1.9	18	88	0	52	74	0	5	20	1.02
25060321--25060354	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
25063497--25063943	228	2.0	226	91	2	718	35	17	19	27	1.94
25066881--25066986	50	2.1	50	96	0	194	26	5	32	35	1.80
25066929--25067625	326	2.2	316	95	2	1232	29	9	28	31	1.88
25068618--25068652	15	2.3	15	90	9	54	37	11	14	37	1.82
25082828--25082872	10	4.9	9	79	15	56	77	0	20	2	0.87
25082841--25082875	18	1.9	18	94	0	61	77	0	17	5	0.96
25084070--25084347	41	6.5	41	79	8	279	20	19	26	33	1.97
25087233--25087982	23	32.8	23	75	10	529	30	6	23	40	1.78
25087358--25087742	160	2.4	160	94	0	664	30	6	23	39	1.80
25087229--25087982	137	5.5	135	88	3	732	30	5	23	40	1.78
25087358--25087875	160	3.2	157	86	4	639	30	6	22	39	1.80
25087325--25087976	160	4.1	159	81	6	624	30	5	23	40	1.78
25088890--25089068	43	4.2	43	85	4	209	20	18	29	32	1.96
25088910--25089068	86	1.8	86	86	2	230	20	19	28	30	1.97
25089047--25089094	23	2.1	23	88	7	71	16	20	25	37	1.93
25089004--25089134	66	2.0	66	85	5	176	20	17	27	34	1.95
25100139--25100183	24	1.9	24	86	4	65	8	42	6	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25107912--25108043	30	4.4	30	72	3	97	36	20	5	37	1.75
25108736--25108784	7	7.4	7	80	15	52	79	0	18	2	0.83
25109094--25109136	14	3.1	14	86	6	52	83	0	16	0	0.64
25109110--25109139	7	4.3	7	100	0	60	86	0	13	0	0.57
25109094--25109143	24	2.1	24	88	0	73	84	0	16	0	0.63
25109641--25109687	18	2.5	20	90	10	73	21	10	12	55	1.67
25109656--25109718	29	2.2	28	85	2	81	11	11	14	63	1.52
25109732--25109992	17	14.5	18	73	12	187	30	15	8	44	1.77
25109731--25109910	35	5.1	35	76	12	136	28	16	8	46	1.77
25109732--25109827	18	5.4	18	80	7	99	31	17	8	42	1.79
25109767--25109901	18	7.6	17	76	19	100	32	16	6	44	1.73
25109828--25109911	18	4.5	19	75	11	75	26	14	8	51	1.70
25109732--25109993	36	7.3	36	75	12	150	30	15	8	44	1.77
25110055--25110097	22	2.0	22	86	9	61	39	4	11	44	1.62
25110077--25110115	19	2.1	19	90	4	62	35	7	10	46	1.67
25116814--25116843	15	2.0	15	93	0	51	30	13	36	20	1.90
25120109--25120135	14	1.9	14	100	0	54	51	18	7	22	1.70
25120135--25120178	22	2.0	22	81	0	52	54	9	2	34	1.44
25120861--25120895	11	3.1	12	92	8	56	0	20	0	80	0.72
25123076--25123113	19	2.0	19	100	0	76	47	0	15	36	1.46
25123675--25123709	17	2.1	16	94	5	61	54	0	0	45	0.99
25123748--25123790	22	2.1	22	87	12	65	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25123751--25123784	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
25123844--25123901	29	2.0	29	83	6	73	50	10	6	32	1.63
25135525--25135553	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
25139679--25139703	12	2.1	12	100	0	50	8	24	16	52	1.70
25151935--25151963	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25166375--25166535	80	2.0	80	96	0	295	30	13	14	41	1.84
25172771--25172839	34	2.0	34	94	0	120	18	4	20	56	1.58
25173706--25174038	184	1.8	185	97	0	632	45	13	13	28	1.81
25174020--25174056	15	2.5	15	100	0	74	45	8	27	18	1.77
25181334--25181371	12	3.2	12	96	0	67	7	31	39	21	1.82
25186887--25186947	21	2.8	21	73	9	52	55	8	3	32	1.45
25190606--25190634	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
25200461--25200666	41	5.0	41	84	1	270	33	17	29	19	1.95
25203105--25203224	45	2.7	46	84	8	151	35	29	17	18	1.94
25203211--25203235	11	2.3	11	100	0	50	44	48	8	0	1.32
25203166--25203281	56	2.1	56	90	3	180	39	32	12	15	1.84
25220777--25220820	22	2.0	22	86	0	61	27	9	13	50	1.72
25223077--25224417	670	2.0	670	98	0	2619	30	17	23	28	1.97
25224701--25224761	20	3.1	20	81	9	72	42	1	4	50	1.33
25224704--25224768	20	3.3	19	80	8	69	36	1	4	56	1.29
25230879--25230913	13	2.7	13	100	0	70	28	8	11	51	1.67
25231018--25231054	11	3.5	11	78	14	51	51	2	0	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25231020--25231102	17	4.6	17	69	25	55	51	4	2	40	1.36
25231022--25231118	20	4.8	20	67	20	67	51	4	2	42	1.32
25233866--25234051	51	3.7	49	80	8	214	24	17	27	30	1.97
25233872--25234056	101	1.8	102	91	3	311	24	17	26	31	1.97
25234065--25234153	45	2.0	45	90	0	142	24	17	23	33	1.96
25234188--25234241	23	2.5	20	78	21	56	42	0	22	35	1.54
25238863--25238899	18	2.1	18	90	10	58	45	10	0	43	1.39
25241441--25241470	15	2.0	15	93	0	51	56	13	13	16	1.67
25246718--25246880	46	3.5	46	80	5	177	32	23	15	27	1.96
25249915--25249971	25	2.3	25	84	0	69	28	17	22	31	1.97
25250060--25250207	40	3.7	39	79	4	145	43	4	16	35	1.69
25250059--25250236	80	2.2	80	83	5	218	43	4	16	34	1.69
25250091--25250229	40	3.5	40	79	3	145	43	5	15	35	1.69
25250198--25250248	27	1.9	26	84	11	68	45	3	15	35	1.65
25250852--25250885	14	2.4	14	90	0	50	20	2	32	44	1.67
25257243--25257288	21	2.2	21	96	0	83	17	30	13	39	1.87
25264328--25264380	21	2.6	21	96	3	99	13	37	28	20	1.90
25264328--25264388	21	3.0	21	90	2	70	18	37	24	19	1.94
25267993--25268067	31	2.4	31	84	6	107	18	0	25	56	1.42
25268012--25268099	8	11.2	8	75	18	69	17	0	29	53	1.44
25268067--25268096	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
25268018--25268093	39	1.9	40	83	2	100	17	0	28	53	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25270013--25270057	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25272297--25272350	17	3.2	17	69	27	51	24	5	11	59	1.53
25273253--25273342	32	2.8	32	78	10	101	46	7	8	36	1.64
25275584--25275624	18	2.4	17	83	4	55	60	0	12	26	1.31
25284218--25284335	59	2.0	59	100	0	236	33	15	20	30	1.93
25287748--25287802	20	2.7	19	81	13	56	45	1	7	45	1.41
25298979--25299036	15	3.9	15	79	4	55	46	0	0	53	1.00
25299098--25299159	12	5.8	11	71	17	51	61	0	0	38	0.96
25299110--25299150	7	5.9	7	97	0	73	68	0	0	31	0.90
25299103--25299159	21	2.7	21	76	13	71	63	0	0	36	0.95
25309766--25309814	24	2.0	24	92	7	82	20	16	6	57	1.60
25312369--25312405	18	2.1	18	89	0	56	32	10	10	45	1.74
25317446--25317488	22	2.0	22	86	13	63	6	23	18	51	1.70
25334353--25334379	10	2.7	10	100	0	54	14	11	18	55	1.68
25334644--25334685	22	1.9	22	85	0	57	23	33	14	28	1.94
25338076--25338228	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
25342449--25342491	18	2.4	18	84	0	59	18	23	20	37	1.94
25351348--25351408	26	2.3	27	80	8	72	42	11	13	32	1.79
25361888--25362021	66	2.0	65	83	8	164	42	17	25	14	1.87
25362289--25362472	43	4.3	42	80	2	179	29	23	17	29	1.97
25362289--25362472	86	2.2	85	81	3	208	29	23	17	29	1.97
25364981--25365054	35	2.1	35	97	0	139	25	10	25	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366858--25366900	19	2.3	19	84	8	52	48	16	16	18	1.81
25367259--25367334	31	2.4	31	86	2	107	39	2	3	53	1.33
25367286--25367334	16	3.1	16	71	26	50	36	4	2	57	1.30
25375763--25375838	9	8.4	9	89	0	80	28	36	2	31	1.71
25375772--25375838	3	22.3	3	90	0	107	29	35	1	32	1.67
25377239--25377322	39	2.2	39	97	2	161	52	2	20	25	1.58
25382486--25382511	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
25382254--25382652	194	2.1	190	88	4	579	40	16	16	26	1.90
25383325--25383354	8	3.6	8	95	4	51	10	3	0	86	0.67
25393907--25394094	51	3.7	50	76	9	184	31	27	17	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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