genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  79  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22528774--22528970	58	3.3	58	73	9	209	35	12	22	29	1.90
22528734--22528912	61	3.0	60	69	10	168	34	16	20	29	1.94
22528734--22528972	119	2.0	119	95	0	424	34	15	20	30	1.93
22544729--22544886	42	3.8	41	74	4	120	38	20	13	27	1.90
22545441--22545735	148	2.0	148	93	1	502	29	13	20	36	1.91
22552592--22552618	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22554985--22555050	13	5.5	13	76	20	72	48	13	0	37	1.43
22554983--22555038	10	4.9	11	76	22	53	46	16	0	37	1.47
22554985--22555059	23	3.3	23	94	0	123	49	13	0	37	1.42
22557842--22557879	17	2.4	17	87	12	55	81	5	7	5	0.98
22558628--22558840	40	5.2	40	73	8	205	21	21	25	31	1.98
22558678--22558818	42	3.4	42	77	7	180	21	17	26	34	1.95
22558634--22558843	82	2.6	82	98	0	402	21	20	25	32	1.97
22559829--22560251	40	10.4	40	82	6	519	22	20	26	30	1.99
22559829--22560257	82	5.3	81	90	3	598	22	20	26	30	1.98
22559858--22560257	163	2.4	164	92	2	646	22	21	25	30	1.98
22565396--22565438	20	2.2	20	100	0	86	25	20	25	27	1.99
22567046--22567079	12	2.8	12	95	0	59	0	14	41	44	1.45
22573212--22573249	17	2.4	17	87	12	55	81	5	7	5	0.98
22586331--22586373	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
22586331--22586375	23	2.0	23	100	0	90	48	15	0	35	1.45
22586333--22586382	23	2.2	23	88	0	73	54	12	0	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22587456--22587508	23	2.3	23	80	6	63	22	26	18	32	1.97
22589860--22590280	44	9.7	44	70	13	169	27	22	20	29	1.98
22589954--22590407	44	10.4	44	72	11	226	28	21	19	30	1.98
22589882--22590193	129	2.4	129	86	7	393	27	21	21	30	1.98
22590331--22590456	44	2.9	44	84	0	153	29	19	19	31	1.96
22590808--22591172	44	8.7	42	76	12	276	29	24	17	29	1.97
22590805--22591172	88	4.4	87	76	12	365	29	24	17	29	1.97
22590964--22591027	32	2.0	32	96	0	119	25	20	14	40	1.89
22591172--22591577	88	4.6	88	89	0	573	20	23	28	27	1.99
22591205--22591348	44	3.3	44	68	11	132	25	25	24	25	2.00
22591327--22591462	43	3.1	43	64	4	101	18	25	30	25	1.98
22591337--22591568	44	5.3	44	61	10	105	19	22	31	26	1.98
22592812--22592846	17	2.0	18	94	5	63	8	17	0	74	1.06
22603286--22603412	50	2.6	49	80	8	143	48	2	5	43	1.39
22607493--22607525	3	11.0	3	100	0	66	0	66	0	33	0.92
22609584--22609614	12	2.6	12	94	0	53	58	0	16	25	1.38
22612313--22612343	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
22612307--22612340	15	2.2	16	94	5	61	0	29	0	70	0.87
22614697--22614731	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22617357--22617398	21	2.0	21	90	0	66	52	0	38	9	1.34
22617508--22617549	22	1.9	22	85	0	57	45	0	0	54	0.99
22624267--22624291	8	3.1	8	100	0	50	64	12	0	24	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22629756--22629792	17	2.1	18	90	5	58	18	51	21	8	1.72
22640751--22640785	18	1.9	18	88	0	52	37	5	22	34	1.78
22641589--22641617	15	1.9	15	100	0	58	27	13	13	44	1.82
22644708--22644743	18	2.0	18	94	0	63	30	5	8	55	1.52
22647953--22648058	54	2.0	54	83	3	133	20	31	15	33	1.93
22647989--22648069	27	3.0	26	72	13	65	20	27	18	33	1.96
22648239--22648588	67	5.2	67	82	3	382	24	24	14	35	1.93
22651492--22651524	7	5.0	7	92	7	52	0	15	0	84	0.61
22651493--22651522	6	4.8	6	95	4	51	0	13	0	86	0.57
22660842--22660874	17	2.1	17	88	11	52	66	6	12	15	1.42
22664370--22664414	20	2.2	20	84	7	56	62	4	2	31	1.27
22664386--22664430	18	2.5	19	82	7	58	51	4	0	44	1.21
22664434--22664474	16	2.5	17	84	11	59	63	0	0	36	0.95
22664399--22664459	27	2.2	28	76	2	70	54	3	0	42	1.17
22666175--22666203	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22670508--22670566	28	2.1	27	79	11	66	54	13	15	16	1.72
22670524--22670566	14	3.1	14	72	0	50	58	11	16	13	1.64
22671619--22671649	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
22672197--22672297	35	2.9	32	80	11	103	42	21	12	22	1.87
22679534--22679578	21	2.2	21	84	7	58	46	6	2	44	1.42
22689572--22689647	38	2.0	38	100	0	152	39	10	13	36	1.79
22692100--22692244	74	2.0	74	81	2	175	45	6	2	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22692670--22692738	26	2.8	24	83	14	86	56	7	4	31	1.46
22694086--22694153	31	2.2	31	81	2	84	38	10	11	39	1.76
22694102--22694166	31	2.1	31	97	0	121	33	10	10	44	1.74
22697085--22697146	30	2.1	30	81	6	72	54	0	0	45	0.99
22708006--22708059	18	3.0	18	80	0	63	42	5	16	35	1.72
22714550--22714588	17	2.3	17	86	0	51	64	0	2	33	1.08
22715723--22715785	30	2.3	27	82	15	76	42	15	6	34	1.73
22715848--22715905	9	6.4	9	91	0	98	41	22	12	24	1.87
22721593--22721623	15	2.1	15	93	0	53	25	9	54	9	1.63
22721822--22721865	21	2.1	21	86	0	61	20	25	9	45	1.80
22724493--22724529	17	2.2	17	90	4	58	18	2	10	67	1.32
22724619--22724710	47	2.0	47	97	0	175	41	2	5	51	1.37
22726877--22727168	50	5.7	50	81	2	253	23	27	21	28	1.99
22728410--22728450	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
22728626--22728691	16	4.1	16	82	0	87	25	19	13	40	1.89
22729759--22729837	39	2.0	39	100	0	158	22	13	15	48	1.80
22736559--22736591	7	4.7	7	88	11	50	45	12	0	42	1.41
22738940--22738972	16	2.0	17	88	5	50	21	15	9	54	1.68
22744967--22745068	42	2.4	41	90	4	159	50	5	1	41	1.37
22747546--22747610	22	3.2	22	70	20	77	30	3	16	49	1.61
22747557--22747618	19	3.2	19	70	20	65	35	1	12	50	1.51
22747540--22747633	39	2.4	39	100	0	188	36	2	17	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22747540--22747652	39	2.9	38	88	5	102	37	1	16	44	1.59
22751832--22751864	6	5.3	6	92	7	57	15	18	0	66	1.25
22752287--22752326	19	2.1	19	95	0	71	32	17	5	45	1.70
22756566--22756590	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
22758320--22758360	17	2.4	17	95	0	73	26	26	19	26	1.99
22762950--22763145	40	4.9	40	91	1	313	29	18	30	21	1.97
22762964--22763145	20	9.1	20	62	10	77	28	18	31	21	1.97
22786933--22787052	57	2.1	55	78	7	125	30	20	5	45	1.72
22788898--22789044	78	1.9	78	88	2	224	36	12	15	35	1.85
22788997--22789043	23	2.0	23	83	0	58	38	12	17	31	1.87
22789529--22789590	30	2.1	30	96	0	115	54	12	12	19	1.70
22790744--22791048	152	2.0	154	92	1	515	46	14	7	32	1.72
22792539--22792570	16	2.1	16	94	5	57	43	0	6	50	1.27
22797735--22798450	228	3.1	225	81	6	615	31	19	21	27	1.98
22798036--22798431	115	3.5	114	82	6	498	29	19	21	29	1.98
22798798--22798856	7	8.3	7	86	3	82	13	0	42	44	1.44
22798798--22798856	22	2.8	21	86	2	82	13	0	42	44	1.44
22801801--22801880	34	2.3	36	80	4	92	37	6	2	53	1.40
22801887--22801936	18	2.9	17	85	8	66	38	18	2	42	1.61
22802304--22802398	9	11.2	9	78	13	85	46	22	3	28	1.67
22802304--22802366	25	2.5	25	78	0	72	46	22	4	26	1.72
22802293--22802398	16	6.2	17	77	11	85	47	20	2	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22807850--22807918	21	3.3	21	87	4	95	37	20	40	1	1.61
22807903--22807942	12	3.3	12	89	0	62	45	17	35	2	1.62
22808405--22808631	43	5.3	42	88	6	316	24	20	24	29	1.99
22808405--22808631	83	2.7	84	85	8	325	24	20	24	29	1.99
22808702--22808744	21	2.0	21	90	0	68	46	27	13	11	1.78
22815500--22815560	30	2.0	30	100	0	122	22	6	39	31	1.80
22817301--22817339	20	2.0	20	100	0	78	25	12	20	41	1.88
22822693--22822763	29	2.4	29	88	0	115	25	9	12	52	1.70
22826091--22826203	54	2.1	54	83	3	138	22	23	25	28	1.99
22841122--22841154	17	1.9	17	88	11	50	51	0	9	39	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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