genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  4  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1081936--1081976	21	2.0	20	90	4	64	26	2	4	65	1.25
1083881--1083912	14	2.4	14	90	10	50	34	3	0	62	1.11
1083895--1083947	17	2.9	18	79	17	65	28	0	0	71	0.86
1083875--1083927	16	3.3	16	76	7	63	32	1	0	66	1.03
1083881--1083931	15	3.4	14	76	12	57	33	1	0	64	1.05
1083896--1083948	19	2.9	19	86	10	67	28	0	0	71	0.86
1085534--1085652	59	2.0	59	100	0	238	52	3	3	40	1.34
1085548--1085652	17	5.5	19	68	23	51	54	2	1	40	1.26
1090224--1090287	31	2.1	31	91	2	103	35	9	7	46	1.65
1091987--1092016	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
1092502--1092568	25	2.6	25	79	6	73	41	5	5	46	1.53
1107842--1107883	17	2.5	17	82	17	52	35	4	2	57	1.33
1117387--1117425	21	1.9	21	84	5	53	20	23	0	56	1.42
1124440--1124464	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1126020--1126055	17	2.0	18	89	10	56	25	8	5	61	1.46
1138397--1138677	142	2.0	141	91	2	456	34	21	12	30	1.91
1139499--1139541	23	1.9	22	90	4	68	37	0	4	58	1.19
1142220--1142284	6	10.8	6	100	0	130	49	16	0	33	1.47
1147030--1147056	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1147889--1147940	26	2.0	26	85	7	70	55	11	9	23	1.64
1149906--1149943	15	2.6	16	84	16	55	65	5	0	28	1.14
1151453--1151496	20	2.2	20	84	11	56	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1151477--1151512	13	2.8	13	91	8	56	66	2	0	30	1.06
1163950--1164213	121	2.2	121	80	7	293	36	18	10	33	1.86
1164010--1164243	121	1.9	121	80	6	269	36	15	9	37	1.81
1166752--1166780	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
1171810--1171834	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
1181275--1181315	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
1181539--1181659	23	5.3	23	84	4	165	23	19	25	30	1.98
1181539--1181659	45	2.7	46	92	1	190	23	19	25	30	1.98
1185702--1185754	26	2.0	26	81	0	61	49	3	0	47	1.19
1186068--1186123	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
1186099--1186138	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1186127--1186253	59	2.2	59	95	0	236	42	5	8	43	1.58
1188249--1188322	31	2.4	31	86	0	94	40	13	21	24	1.89
1188252--1188379	31	4.2	30	71	13	91	44	14	17	22	1.86
1189175--1189238	30	2.2	29	83	8	76	48	1	3	46	1.27
1196776--1196979	108	1.9	107	90	3	329	42	15	11	30	1.83
1203326--1203352	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
1205448--1205487	21	2.0	21	90	9	66	55	2	12	30	1.50
1206578--1206605	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1207073--1207127	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
1210894--1210929	18	2.0	18	100	0	72	72	5	0	22	1.05
1225010--1225044	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1225702--1226091	137	2.8	136	87	3	514	45	20	13	20	1.84
1228032--1228091	22	2.8	21	80	12	59	40	3	1	55	1.27
1228107--1228132	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1233338--1233366	7	4.1	7	100	0	58	27	0	0	72	0.85
1233401--1233427	7	3.9	7	100	0	54	14	0	40	44	1.46
1237175--1237208	17	2.0	17	88	0	50	32	11	5	50	1.63
1244592--1244625	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1246080--1246129	15	3.4	15	76	17	52	60	0	2	38	1.09
1251222--1251281	31	1.9	31	86	6	86	33	8	11	46	1.70
1255088--1255148	31	1.9	32	93	3	106	22	18	16	42	1.89
1257912--1257959	18	2.7	18	83	0	60	25	27	14	33	1.94
1258791--1258860	6	11.7	6	96	0	131	82	0	17	0	0.66
1269750--1269780	2	15.5	2	93	0	53	0	3	48	48	1.17
1270631--1270728	50	2.0	49	97	2	187	50	5	2	42	1.36
1290337--1290378	22	1.9	22	95	0	75	40	33	2	23	1.68
1296342--1296413	35	2.1	35	100	0	144	27	16	26	29	1.97
1301743--1301816	25	3.0	23	75	18	69	59	5	9	25	1.50
1314815--1314869	17	3.2	17	76	19	69	45	16	0	38	1.47
1314797--1314870	34	2.2	34	95	0	130	47	17	0	35	1.48
1315147--1315215	34	2.0	36	83	11	90	43	4	2	49	1.37
1330438--1330470	17	1.9	17	93	0	57	39	9	12	39	1.74
1335353--1335381	11	2.6	11	100	0	58	6	34	0	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1335683--1335739	25	2.3	25	81	0	69	61	1	1	35	1.17
1335855--1335884	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1338744--1338770	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1340046--1340108	31	2.0	32	96	3	119	30	12	22	34	1.91
1340678--1340712	17	2.1	17	100	0	70	40	0	17	42	1.49
1340894--1340959	6	11.0	6	93	0	114	33	3	16	46	1.62
1340894--1340959	24	2.8	24	100	0	132	33	3	16	46	1.62
1344523--1344552	6	5.0	6	91	0	51	0	33	30	36	1.58
1345766--1345820	21	2.6	21	85	0	74	23	7	38	30	1.82
1346031--1346098	33	2.0	34	85	2	93	52	1	0	45	1.09
1353707--1353753	24	2.0	24	83	8	60	42	14	8	34	1.77
1354801--1354855	29	2.0	27	89	7	83	32	1	0	65	1.03
1354839--1354939	11	9.4	11	73	17	79	38	1	0	59	1.09
1354810--1354937	40	3.1	40	88	6	168	38	2	0	59	1.10
1354803--1354867	29	2.2	28	79	12	69	35	3	0	61	1.12
1354849--1354939	32	2.9	32	83	15	111	38	2	0	59	1.10
1354861--1354930	9	7.1	9	75	15	59	40	1	0	58	1.07
1356007--1356054	17	2.8	16	81	9	51	66	0	0	33	0.92
1356327--1356417	44	2.1	44	89	4	139	28	17	16	37	1.92
1357875--1357965	45	2.0	45	91	4	148	31	28	5	34	1.80
1365834--1365899	31	2.1	31	86	5	89	37	15	13	33	1.86
1370416--1370459	14	3.1	14	81	18	56	47	4	2	45	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1371290--1371342	27	1.9	27	88	3	79	54	13	0	32	1.39
1380340--1380395	25	2.3	24	78	9	60	35	19	30	14	1.91
1380443--1380492	27	1.9	25	88	8	73	34	20	26	20	1.96
1380411--1380497	26	3.4	26	73	14	74	35	18	26	19	1.95
1381462--1381500	17	2.3	17	83	12	53	23	7	0	69	1.14
1382835--1382885	2	25.5	2	95	0	93	49	0	1	49	1.12
1384422--1384514	43	2.1	43	86	5	125	36	15	31	17	1.90
1385161--1385236	19	4.1	19	81	8	77	38	0	6	55	1.26
1385318--1385347	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
1385412--1385443	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1389698--1389756	31	1.9	31	86	6	84	42	10	8	38	1.69
1408881--1408914	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
1420458--1420508	24	2.1	24	96	0	93	31	21	13	33	1.92
1421809--1421875	32	2.1	31	84	13	84	38	8	7	44	1.64
1422031--1422090	21	3.2	20	76	21	58	53	0	3	43	1.17
1422054--1422090	18	2.0	19	89	5	58	54	0	5	40	1.24
1422221--1422246	5	5.2	5	100	0	52	0	57	42	0	0.98
1422298--1422404	11	10.4	11	69	23	56	57	0	3	38	1.23
1422271--1422412	40	3.5	40	85	7	187	59	1	2	36	1.21
1422305--1422382	10	8.1	10	71	22	51	58	1	1	38	1.14
1422345--1422379	17	2.1	17	94	0	61	51	2	0	45	1.16
1422833--1422907	23	3.1	23	67	10	69	17	6	8	68	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1422839--1422907	24	2.8	25	69	10	61	18	7	8	65	1.44
1422833--1422963	49	2.5	52	86	7	178	17	9	9	64	1.48
1423768--1423807	20	2.0	20	95	0	71	22	15	7	55	1.65
1424097--1424150	28	2.0	25	82	10	63	57	11	9	22	1.61
1429911--1430033	40	3.0	40	89	7	167	60	0	2	36	1.10
1429961--1430022	9	6.3	10	74	25	53	66	0	1	32	1.02
1429971--1430041	30	2.4	29	80	15	76	63	0	2	33	1.09
1433076--1433106	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
1433050--1433101	20	2.6	19	76	11	59	63	1	1	32	1.16
1439498--1439559	31	2.0	31	90	0	97	35	16	8	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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