genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  198  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59980669--59980714	14	3.1	15	81	12	58	78	10	0	10	0.97
59982084--59982160	12	6.8	12	68	14	56	19	3	3	72	1.16
59982084--59982163	15	5.2	15	78	10	63	18	3	3	73	1.13
59982259--59982330	3	24.3	3	91	2	119	34	0	1	63	1.03
59988276--59988300	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59994083--59994564	266	1.8	266	88	0	732	42	15	14	27	1.85
59999020--59999731	231	3.1	230	77	13	713	34	20	16	27	1.94
60000493--60000523	15	2.0	16	93	6	55	38	45	0	16	1.47
60000778--60000826	18	2.5	21	80	9	59	26	2	10	61	1.39
60001179--60001525	113	3.1	111	76	6	322	28	24	22	23	1.99
60003916--60003954	20	2.0	20	90	5	62	10	5	12	71	1.28
60004815--60004891	29	3.1	23	77	20	59	33	18	10	37	1.85
60004837--60004906	29	2.4	29	95	0	122	34	20	11	34	1.88
60007068--60007122	28	2.0	28	85	0	74	40	7	3	49	1.48
60007608--60007653	23	2.0	24	83	8	60	26	4	2	67	1.21
60007770--60007810	6	6.8	6	91	8	66	34	0	0	65	0.93
60009531--60009596	30	2.1	33	86	8	93	54	1	3	40	1.25
60012566--60012672	49	2.2	49	91	3	182	37	15	23	23	1.93
60022017--60022091	3	25.0	3	97	0	141	34	0	0	65	0.93
60024004--60024065	26	2.4	26	79	15	67	35	1	0	62	1.05
60036241--60036623	44	8.8	43	70	11	145	32	19	19	28	1.96
60036371--60036612	46	5.5	45	70	15	173	32	19	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60036328--60036612	87	3.3	88	73	10	307	31	19	18	29	1.96
60036241--60036630	174	2.2	175	95	0	701	32	19	19	28	1.96
60036293--60036571	87	3.2	83	74	9	290	32	18	19	29	1.96
60037415--60037875	100	4.6	100	93	0	771	33	22	19	23	1.97
60037415--60037868	50	9.1	50	72	0	363	33	22	19	24	1.97
60037851--60037894	23	1.9	23	100	0	88	38	18	22	20	1.93
60039421--60039471	26	2.0	26	84	7	68	31	11	1	54	1.47
60039530--60039586	26	2.2	26	81	9	64	26	8	0	64	1.22
60043713--60043752	8	5.0	8	87	0	53	65	0	0	35	0.93
60048075--60048337	129	2.0	129	99	0	517	36	15	13	34	1.87
60049451--60049742	50	5.7	50	86	3	361	20	28	21	28	1.98
60059555--60059589	18	1.9	18	88	0	52	45	0	48	5	1.26
60060714--60060748	11	3.3	10	88	11	52	85	0	11	2	0.69
60061071--60061122	25	2.1	24	85	3	68	21	38	26	13	1.90
60061174--60061206	17	2.0	17	88	5	50	84	3	12	0	0.72
60064808--60064875	3	22.7	3	88	5	102	30	0	2	66	1.07
60065660--60065791	70	1.9	70	95	0	237	29	16	20	33	1.95
60068249--60068465	88	2.5	88	91	1	337	25	23	23	26	2.00
60069689--60069759	1	71.0	1	74	0	52	1	12	0	85	0.65
60069689--60069759	14	5.1	14	83	14	94	1	12	0	85	0.65
60069689--60069745	19	2.9	19	82	15	71	1	12	0	85	0.66
60069689--60069747	7	8.7	7	79	20	72	1	11	0	86	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60071439--60071532	9	10.4	9	82	8	102	40	21	10	27	1.86
60071439--60071532	36	2.6	36	83	6	118	40	21	10	27	1.86
60075033--60075093	25	2.4	25	83	5	79	57	3	8	31	1.44
60075033--60075117	23	3.6	24	75	12	77	58	3	5	31	1.39
60076818--60076880	27	2.4	27	91	2	101	41	11	1	46	1.49
60077009--60077213	42	5.0	41	85	7	256	68	0	30	0	0.97
60077009--60077224	82	2.6	82	85	7	280	68	0	30	0	0.97
60077130--60077202	24	3.0	24	72	20	71	69	1	27	1	1.04
60077009--60077203	10	19.5	10	69	23	85	69	0	29	0	0.96
60080714--60080740	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
60083005--60083042	18	2.1	18	95	0	67	10	44	7	36	1.68
60083899--60084033	6	22.5	6	93	3	92	65	15	0	18	1.26
60083900--60083970	3	23.7	3	91	0	115	66	29	0	4	1.11
60083969--60084035	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
60084273--60084377	27	3.9	27	84	0	147	19	35	22	22	1.96
60084273--60084377	54	1.9	54	90	0	165	19	35	22	22	1.96
60084433--60084496	27	2.4	27	100	0	128	46	0	12	40	1.42
60086733--60086788	27	2.0	29	83	10	73	51	35	3	8	1.51
60087976--60088032	20	2.9	20	78	2	62	35	8	1	54	1.42
60088239--60088308	37	1.9	37	83	11	92	28	10	2	58	1.45
60088294--60088327	16	2.2	15	89	5	50	11	0	8	79	0.94
60088740--60089046	109	2.8	109	87	1	449	30	18	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60090436--60090479	11	4.2	11	85	11	65	18	6	27	47	1.73
60090449--60090523	9	8.2	9	88	8	98	21	10	28	40	1.86
60090441--60090525	20	4.5	20	85	8	108	21	9	28	41	1.84
60090685--60090709	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
60105174--60105245	3	24.0	3	82	0	90	33	2	4	59	1.31
60105561--60105590	4	7.2	4	96	3	51	23	0	0	76	0.78
60111033--60111070	14	2.7	14	84	8	51	71	0	2	26	1.00
60117514--60117544	16	1.9	16	93	0	53	32	6	25	35	1.82
60119607--60119703	41	2.4	41	84	3	124	27	29	21	20	1.98
60119812--60120159	113	3.1	112	87	3	500	27	21	24	27	1.99
60120197--60120286	40	2.2	40	80	5	101	20	24	22	33	1.97
60122815--60122868	27	2.0	28	85	3	74	51	1	0	46	1.11
60131500--60131536	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
60134426--60134455	9	3.3	9	90	0	51	60	26	0	13	1.34
60134426--60134480	15	3.4	16	87	10	76	54	30	0	14	1.41
60140171--60140199	11	2.6	11	100	0	58	41	6	10	41	1.66
60143140--60143193	28	1.9	28	85	7	74	50	11	12	25	1.74
60143561--60143586	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
60143535--60143586	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
60144392--60144448	30	1.9	30	96	0	105	29	0	49	21	1.50
60147568--60147693	42	3.2	40	74	17	129	38	4	2	53	1.35
60162074--60162153	29	2.7	30	75	16	85	43	1	2	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60163220--60163341	62	2.0	62	95	0	217	42	17	13	26	1.86
60163701--60163743	20	2.2	20	87	8	61	67	2	2	27	1.15
60167806--60167850	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
60169408--60169467	31	1.9	31	86	6	86	31	15	13	40	1.85
60178659--60178704	20	2.3	20	84	0	56	45	6	2	45	1.41
60180428--60180484	30	1.9	30	86	10	82	28	10	14	47	1.76
60180765--60180879	55	2.1	55	95	0	203	57	17	7	17	1.63
60184430--60184459	12	2.5	12	88	0	51	73	0	10	16	1.09
60184941--60185002	31	1.9	33	83	9	83	43	3	9	43	1.53
60185097--60185208	54	2.1	54	96	1	208	56	16	8	18	1.65
60186320--60186379	31	2.0	30	83	9	77	41	16	8	33	1.78
60191701--60191732	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
60195024--60195061	12	2.9	13	80	11	51	68	5	2	23	1.23
60200511--60200554	18	2.4	18	92	7	72	40	43	0	15	1.47
60200671--60200724	18	2.9	18	72	2	54	27	11	20	40	1.86
60207006--60207060	17	3.3	17	85	7	69	41	14	5	38	1.69
60206977--60207060	36	2.4	34	79	13	82	44	13	7	35	1.71
60206953--60207069	53	2.3	51	80	8	130	45	11	6	36	1.67
60207102--60207324	17	12.7	18	74	13	178	43	10	13	32	1.78
60207102--60207324	18	12.7	17	73	14	170	43	10	13	32	1.78
60207134--60207324	53	3.6	54	78	12	157	42	10	13	33	1.79
60207642--60207691	6	8.7	6	80	10	52	66	0	2	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60207696--60207752	26	2.2	25	84	3	69	66	8	3	21	1.34
60207850--60207891	17	2.5	17	88	0	57	0	19	0	80	0.70
60207837--60207891	29	1.9	28	88	3	83	0	21	0	78	0.76
60208104--60208158	7	7.6	7	84	8	74	0	18	0	81	0.68
60208124--60208164	9	5.0	9	82	17	54	0	21	0	78	0.76
60208110--60208164	23	2.4	23	96	3	103	0	20	0	80	0.72
60208090--60208158	23	3.2	21	84	11	86	4	14	0	81	0.84
60208247--60208323	14	4.4	17	71	23	54	0	16	6	76	0.98
60208248--60208320	20	3.8	19	75	21	73	0	16	6	76	0.99
60208646--60208794	30	5.0	30	82	6	169	40	3	22	33	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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