genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  81  of  206  ( 24623 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23089017--23089083	29	2.3	29	84	0	80	38	10	25	25	1.87
23089060--23089322	30	8.8	29	67	7	116	38	13	26	20	1.90
23089014--23089203	58	3.2	57	75	11	152	38	12	26	22	1.90
23089046--23089347	91	3.4	90	83	3	351	39	13	26	21	1.90
23089310--23089379	29	2.4	29	82	2	86	40	11	22	25	1.88
23090625--23090664	20	2.0	21	85	5	55	27	5	17	50	1.67
23096486--23096588	40	2.6	41	83	10	131	43	24	10	21	1.84
23098212--23098276	32	2.0	32	85	5	87	44	12	3	40	1.57
23100537--23100614	23	3.4	23	90	0	120	8	3	39	47	1.53
23113181--23113233	18	3.0	18	71	13	56	41	13	15	30	1.85
23113181--23113254	36	2.1	35	84	2	94	45	13	13	27	1.81
23116544--23117052	254	2.0	254	96	0	946	41	11	13	33	1.80
23117824--23117850	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
23122601--23122636	15	2.3	15	90	4	54	2	13	0	83	0.76
23131972--23132031	29	2.2	27	80	13	77	33	3	0	63	1.11
23136350--23136421	19	3.7	19	89	7	117	37	9	15	37	1.80
23136360--23136444	19	4.0	22	77	14	81	37	7	16	38	1.76
23137106--23137149	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
23137327--23137359	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
23141458--23141507	24	2.1	24	100	0	100	28	14	20	38	1.91
23143992--23144117	63	2.0	63	98	0	243	22	28	19	29	1.98
23154017--23154063	23	2.0	23	83	0	58	48	14	10	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23160710--23160777	34	2.0	34	94	0	118	48	1	19	30	1.58
23164304--23164367	27	2.3	28	76	10	69	29	42	3	25	1.70
23165865--23165897	13	2.5	13	95	5	57	15	9	36	39	1.79
23166488--23166565	28	2.7	27	82	5	75	37	10	25	26	1.88
23166501--23166567	28	2.4	28	89	2	98	31	11	26	29	1.92
23166501--23166578	28	2.8	28	83	13	97	37	11	23	28	1.89
23169062--23169102	21	2.0	21	85	0	55	36	21	14	26	1.93
23169128--23169165	17	2.2	17	90	0	58	31	26	34	7	1.85
23169511--23169542	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
23169797--23169840	18	2.4	18	78	10	54	40	15	2	40	1.60
23172866--23172928	28	2.2	28	88	2	90	23	12	19	44	1.85
23179269--23179449	71	2.6	70	77	8	188	35	8	6	50	1.57
23183770--23183861	15	6.3	15	70	20	61	77	8	4	9	1.12
23183788--23183867	21	3.8	21	74	9	81	77	8	5	8	1.12
23183800--23183882	43	1.9	42	88	9	123	78	6	7	8	1.10
23190587--23190618	14	2.1	16	88	11	50	37	15	0	46	1.46
23191017--23191142	64	2.0	64	80	3	146	34	21	19	24	1.96
23214993--23215032	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
23230953--23231020	34	2.0	34	100	0	136	47	14	14	23	1.82
23248910--23248957	24	2.0	24	95	0	87	33	14	20	31	1.93
23252803--23252863	22	2.7	22	82	5	70	27	27	1	42	1.65
23254063--23254088	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23254742--23254776	18	1.9	18	88	0	52	20	28	8	42	1.81
23255329--23255455	21	6.0	21	85	1	182	46	29	0	23	1.58
23255308--23255361	27	2.0	27	92	0	90	42	37	0	20	1.52
23255329--23255455	43	3.0	42	88	2	191	46	29	0	23	1.58
23255329--23255452	64	2.0	63	88	1	185	45	29	0	24	1.59
23258614--23259179	125	4.5	124	90	1	830	30	23	16	29	1.96
23268444--23268478	18	1.9	18	100	0	70	5	42	28	22	1.76
23272581--23272632	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
23272657--23272708	6	8.2	6	81	12	59	76	3	1	17	1.02
23273963--23274007	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
23277022--23277091	6	11.8	6	89	7	63	77	1	8	12	1.06
23277024--23277076	18	2.9	18	88	2	79	73	0	11	15	1.09
23278640--23278668	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
23278661--23278896	77	2.9	81	82	10	225	43	11	8	36	1.72
23278661--23278868	85	2.6	80	85	10	264	44	12	8	34	1.73
23287118--23287163	21	2.1	22	84	11	60	65	4	0	30	1.12
23289146--23289202	28	2.0	28	86	0	78	47	8	1	42	1.45
23289636--23289710	35	2.2	32	83	6	87	33	1	1	64	1.11
23297145--23297304	87	1.8	86	85	1	221	28	12	20	38	1.89
23299105--23299158	26	2.0	28	82	7	67	25	7	14	51	1.68
23299481--23299578	20	4.9	20	73	9	74	40	14	7	37	1.73
23299688--23299783	40	2.4	40	87	3	140	42	19	3	34	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23299688--23299999	20	15.7	19	66	18	120	40	17	5	36	1.74
23299688--23299993	40	7.7	39	71	14	134	40	17	5	35	1.74
23300101--23300256	20	7.8	20	72	15	103	40	19	4	35	1.72
23300101--23300235	40	3.4	38	75	15	123	40	18	4	36	1.71
23300248--23300295	20	2.4	20	78	0	60	35	20	10	33	1.87
23300326--23300395	20	3.5	20	75	7	70	40	18	2	38	1.66
23300390--23300459	29	2.4	29	90	0	104	47	10	2	40	1.52
23308585--23308638	26	2.2	26	86	6	76	33	20	27	18	1.96
23308613--23308737	64	2.0	64	85	0	169	34	23	20	21	1.97
23310394--23310421	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
23312607--23312704	51	1.9	51	89	4	153	29	29	20	20	1.98
23317218--23317294	38	2.1	38	85	7	104	23	14	20	41	1.89
23318540--23318569	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
23325091--23325166	34	2.5	28	74	22	80	65	1	32	0	1.01
23325100--23325165	34	1.9	34	96	0	123	66	1	31	0	1.01
23336411--23336450	21	1.9	21	89	0	62	25	25	30	20	1.99
23340112--23340265	85	1.8	83	85	2	218	25	38	19	16	1.92
23340868--23340900	17	1.9	17	100	0	66	33	0	48	18	1.48
23341595--23341623	12	2.3	13	94	5	51	27	0	13	58	1.36
23354562--23354600	12	3.2	12	88	3	60	66	2	5	25	1.25
23357909--23357949	17	2.2	19	83	12	50	19	7	2	70	1.22
23358322--23358421	48	2.2	46	92	5	166	29	5	11	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23372538--23372699	57	2.8	57	86	1	200	31	12	6	49	1.66
23378015--23378072	27	2.1	27	87	12	84	24	12	12	51	1.72
23379182--23379801	208	3.0	208	91	0	981	36	17	7	39	1.77
23379984--23380145	84	1.9	84	97	0	306	45	14	4	35	1.64
23380540--23380596	28	2.0	28	100	0	114	54	3	14	28	1.56
23384618--23384737	35	3.4	35	77	0	141	16	13	30	39	1.87
23386502--23386571	21	3.3	20	78	13	70	28	2	7	61	1.37
23386524--23386561	19	2.0	20	84	5	51	26	2	5	65	1.27
23400333--23400567	45	5.3	45	85	3	296	19	17	16	45	1.85
23400333--23400563	88	2.6	88	86	4	322	19	17	16	45	1.85
23403578--23403682	52	2.0	52	98	0	201	40	14	9	36	1.78
23405743--23405890	35	4.2	35	80	0	188	20	14	27	37	1.92
23413275--23413470	35	5.6	35	78	2	187	20	15	28	35	1.93
23414501--23414549	6	7.8	6	84	6	62	48	14	18	18	1.80
23414529--23414635	46	2.3	46	87	4	155	42	17	18	21	1.90
23418859--23418890	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
23418914--23418949	17	2.1	17	94	0	63	50	0	0	50	1.00
23419704--23420067	183	2.0	183	93	0	629	45	9	15	29	1.78
23431238--23431279	20	2.0	21	86	9	59	54	4	9	30	1.53
23457454--23457504	25	2.0	25	84	0	66	56	0	33	9	1.32
23464485--23464514	11	2.6	12	89	10	53	0	13	0	86	0.57
23466218--23466265	12	4.1	12	78	5	53	35	2	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23466222--23466287	18	3.6	18	81	4	60	31	3	3	62	1.26
23468252--23468346	47	2.0	47	91	0	154	49	12	7	30	1.68
23477178--23477208	16	1.9	16	100	0	62	38	3	19	38	1.68
23477275--23477353	17	4.6	17	71	14	63	34	10	13	41	1.79
23477529--23477841	124	2.5	124	84	2	394	27	16	24	31	1.96
23480725--23480776	26	2.0	26	100	0	104	26	23	3	46	1.69
23483503--23483544	21	2.0	21	81	9	50	76	2	9	11	1.12
23484479--23484603	39	3.2	39	72	11	112	27	16	21	35	1.94
23488393--23488490	5	19.8	5	98	1	189	40	0	0	59	0.98
23492016--23492074	27	2.2	27	90	0	91	30	27	23	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206