genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1826822--1826937	19	6.4	17	75	18	92	42	9	9	38	1.70
1826839--1826937	19	5.4	18	76	16	98	42	10	8	39	1.68
1826815--1826926	38	2.9	39	82	5	140	44	9	8	36	1.69
1827196--1827250	27	2.0	27	86	6	76	58	0	3	38	1.16
1827216--1827249	5	6.6	5	90	6	50	64	0	2	32	1.08
1827403--1827448	15	3.1	15	87	3	67	0	26	0	73	0.83
1827613--1827658	16	2.8	16	83	3	65	4	15	17	63	1.47
1827742--1827802	20	3.2	18	81	11	68	1	26	0	72	0.94
1827756--1827804	7	7.1	7	74	21	50	0	26	0	73	0.83
1827757--1827802	10	4.5	10	82	15	58	0	26	0	73	0.83
1828091--1828123	16	2.0	17	88	5	50	3	15	0	81	0.80
1828133--1828177	12	3.7	12	78	3	54	0	31	0	68	0.89
1828126--1828177	18	3.2	17	82	17	67	0	32	0	67	0.91
1828408--1828456	20	2.7	18	81	9	55	2	10	14	73	1.18
1828631--1828718	29	3.0	30	77	11	101	38	2	23	35	1.68
1832811--1832868	19	3.1	19	69	16	57	41	0	1	56	1.09
1832799--1832887	38	2.3	37	84	9	106	41	2	3	52	1.30
1835400--1835454	25	2.3	24	87	6	76	29	0	0	70	0.87
1842273--1842311	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1844121--1844165	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
1854136--1854176	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
1854903--1854936	15	2.3	15	90	5	52	32	2	20	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1855202--1855445	121	2.0	121	100	0	488	34	17	20	28	1.95
1859063--1859343	124	2.3	124	87	6	390	29	15	21	33	1.94
1862499--1862606	56	1.9	56	83	7	139	39	8	15	36	1.78
1862607--1863123	28	20.0	26	79	17	498	32	0	20	46	1.57
1862605--1863109	187	2.8	184	86	9	691	32	0	20	45	1.56
1862605--1863123	23	20.2	23	79	17	421	32	0	20	45	1.57
1864286--1864310	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
1865228--1865261	15	2.3	15	95	5	61	70	5	0	23	1.09
1865352--1865402	9	5.6	9	75	13	50	64	0	0	35	0.94
1865352--1865401	18	2.7	19	79	11	59	66	0	0	34	0.92
1865359--1865416	29	2.0	29	90	9	93	60	1	0	37	1.07
1865450--1865500	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
1865453--1865552	52	1.9	52	89	0	155	38	0	30	32	1.58
1865505--1865573	22	3.1	22	89	0	111	42	0	27	30	1.56
1883878--1883924	24	2.0	24	95	0	85	29	8	27	34	1.87
1891040--1891127	11	8.4	11	68	14	60	40	4	0	54	1.21
1891031--1891129	31	3.2	31	88	1	146	37	4	2	56	1.30
1892561--1892597	2	18.5	2	94	0	65	45	0	0	54	1.00
1893614--1893669	4	14.0	4	85	10	71	73	3	1	21	1.08
1894599--1894627	7	4.1	7	100	0	58	86	0	0	13	0.58
1895051--1895084	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
1901099--1901284	46	4.0	46	90	2	293	30	24	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1902507--1902570	17	3.8	17	93	2	103	56	17	0	26	1.41
1904767--1904834	27	2.5	28	88	4	79	30	30	26	11	1.92
1904777--1904837	27	2.3	27	97	0	113	31	31	27	9	1.89
1904886--1905257	43	8.7	43	93	0	636	30	27	20	21	1.98
1905324--1905353	14	2.1	14	100	0	60	53	33	0	13	1.40
1905560--1905757	87	2.3	87	82	3	220	11	31	17	39	1.86
1913233--1913263	16	1.9	16	100	0	62	32	3	25	38	1.72
1914811--1914855	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
1915217--1915251	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
1915385--1915464	41	2.0	41	84	0	106	26	30	25	18	1.98
1915558--1915904	113	3.1	113	91	0	541	27	22	23	27	1.99
1915943--1916031	40	2.2	41	84	6	110	21	21	21	35	1.96
1918136--1918165	13	2.3	13	94	0	51	23	10	30	36	1.87
1919537--1919621	37	2.3	36	80	8	91	48	5	9	36	1.60
1922083--1922115	16	2.1	16	100	0	66	33	6	0	60	1.21
1922248--1922320	2	36.5	2	94	0	128	46	1	1	50	1.18
1924439--1924492	24	2.2	25	78	15	60	24	24	5	46	1.74
1928513--1928547	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1932844--1932892	25	2.0	25	84	8	64	34	0	2	63	1.06
1944086--1944143	31	1.9	30	82	10	73	32	0	0	67	0.91
1948259--1948312	22	2.5	22	100	0	108	14	18	16	50	1.79
1949658--1949697	18	2.2	18	100	0	80	37	10	22	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1953449--1953494	22	2.1	22	91	0	74	34	2	15	47	1.57
1962851--1962901	26	1.9	27	88	11	79	50	13	11	23	1.74
1965170--1965400	101	2.3	101	90	0	372	29	24	16	29	1.97
1968879--1968936	30	1.9	30	92	0	98	44	3	27	24	1.69
1969267--1969503	41	5.7	42	81	5	189	26	17	25	30	1.97
1969348--1969502	85	1.8	85	87	1	231	23	16	26	34	1.95
1972133--1972250	43	2.8	43	87	3	150	26	16	27	30	1.96
1972127--1972287	43	3.8	41	75	8	126	29	16	23	31	1.96
1973352--1973432	30	2.7	30	78	1	92	33	23	19	23	1.97
1977496--1977523	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1985433--1985461	11	2.6	11	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1991325--1991371	15	2.9	16	84	12	69	38	2	0	59	1.09
2002269--2002320	16	3.3	15	78	10	50	46	3	21	28	1.69
2002752--2002853	52	1.9	55	80	11	124	54	1	0	42	1.18
2005373--2005458	42	2.0	42	95	0	154	43	17	17	22	1.88
2005681--2005816	25	5.5	25	75	1	130	34	19	23	22	1.96
2005655--2005818	74	2.2	74	97	0	310	33	18	23	23	1.97
2005803--2005873	24	2.9	24	85	6	63	39	18	23	18	1.92
2005813--2005884	24	3.0	24	91	6	110	37	20	25	16	1.93
2005812--2005985	24	7.0	25	74	13	87	40	21	22	15	1.91
2014647--2014715	24	2.9	23	81	14	70	8	17	0	73	1.07
2017150--2017214	32	2.0	32	93	0	112	26	12	9	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022598--2022866	135	1.9	137	82	5	337	20	13	29	36	1.91
2031659--2031724	3	22.0	3	100	0	132	66	0	0	33	0.92
2037224--2037261	20	1.9	20	94	0	67	7	31	0	60	1.25
2048658--2048712	26	2.2	26	90	6	87	36	14	7	41	1.74
2048855--2048913	30	1.9	31	86	10	86	59	1	0	38	1.08
2048928--2049025	33	2.9	35	73	19	91	46	3	0	50	1.17
2048976--2049032	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
2049138--2049342	101	2.0	100	92	2	340	42	18	4	34	1.71
2052734--2052830	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
2057022--2057057	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2060126--2060182	19	3.1	19	77	12	64	59	0	0	40	0.97
2085348--2085429	37	2.1	40	82	8	98	50	6	1	42	1.35
2086440--2086504	29	2.2	29	86	0	85	66	7	1	24	1.27
2086439--2086489	14	3.6	14	75	21	52	62	9	1	25	1.36
2093203--2093265	30	2.1	30	90	0	99	26	3	11	58	1.47
2096872--2097113	119	2.0	119	95	0	430	39	15	14	30	1.87
2109985--2110018	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
2110483--2110520	20	2.0	20	94	5	69	42	10	0	47	1.38
2111083--2111155	33	2.2	33	81	13	80	64	6	6	21	1.42
2121107--2121149	21	2.0	21	91	8	70	51	4	9	34	1.55
2122293--2122335	22	2.0	22	100	0	86	9	18	20	51	1.74
2128696--2128741	22	2.1	22	88	8	67	67	2	0	30	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132214--2132241	5	5.6	5	100	0	56	42	17	21	17	1.89
2132331--2132356	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
2133002--2133061	30	2.0	31	83	9	79	40	0	38	21	1.54
2133645--2133704	28	2.1	29	87	6	88	28	0	3	68	1.05
2133645--2133715	28	2.6	27	82	8	81	29	0	4	66	1.11
2135208--2135240	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2137521--2137562	12	3.7	11	79	14	50	45	0	4	50	1.23
2138370--2138425	23	2.3	24	78	9	60	57	8	3	30	1.47
2139084--2139151	31	2.1	33	83	5	86	36	11	10	41	1.76
2140247--2140458	110	1.9	108	90	3	336	32	15	4	48	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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