genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  33  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9808956--9809075	29	3.9	29	76	18	89	31	4	18	45	1.68
9809329--9809399	18	3.9	18	77	0	79	28	7	22	42	1.79
9810044--9810128	34	2.5	34	86	5	118	35	5	15	43	1.71
9810046--9810128	17	4.9	17	86	2	105	34	6	15	43	1.72
9810057--9810144	17	5.2	17	73	20	69	32	6	14	45	1.72
9810049--9810144	34	2.8	34	85	6	106	34	6	14	44	1.70
9815838--9815877	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
9818908--9818932	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9829773--9829820	24	2.0	25	87	4	71	50	0	4	45	1.21
9830841--9830880	21	2.1	19	86	13	55	27	0	7	65	1.20
9831116--9831182	21	3.1	21	70	8	55	34	7	25	32	1.84
9831392--9831424	13	2.5	14	90	9	52	27	3	15	54	1.55
9846567--9846625	27	2.2	27	79	14	68	67	5	6	20	1.33
9846596--9846670	26	3.1	23	80	14	89	66	1	4	28	1.17
9846605--9846681	26	2.9	26	83	11	93	64	1	3	29	1.19
9849435--9849496	18	3.6	18	77	16	69	58	0	6	35	1.24
9849432--9849496	35	1.9	33	84	12	87	56	0	7	35	1.28
9850308--9850337	16	1.9	16	93	6	53	83	0	13	3	0.77
9857420--9857469	23	2.1	24	85	10	68	0	24	6	70	1.10
9870197--9870262	31	2.1	31	88	0	96	40	12	16	30	1.85
9872816--9872874	5	11.8	5	76	16	52	44	1	1	52	1.21
9872810--9872995	96	1.9	96	96	1	347	54	1	3	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9875545--9875639	45	2.3	42	81	15	117	37	8	4	49	1.53
9880354--9880385	12	2.7	12	90	0	55	15	6	9	68	1.36
9885752--9885777	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9886658--9887007	124	2.8	124	96	0	646	28	16	22	32	1.95
9893908--9894016	51	2.1	51	94	3	193	42	0	28	29	1.56
9895542--9895600	23	2.6	23	84	7	68	27	20	15	37	1.92
9895612--9896041	23	18.4	22	66	13	166	25	13	19	42	1.87
9895565--9896079	94	5.5	94	95	1	881	26	13	18	41	1.88
9895565--9896146	282	2.0	286	90	3	906	27	13	18	40	1.88
9896334--9896362	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9897189--9897224	19	1.9	19	88	5	56	63	2	0	33	1.08
9900008--9900100	37	2.5	37	87	0	132	34	26	16	22	1.95
9902402--9902469	27	2.5	27	76	4	66	14	22	22	41	1.90
9906042--9906076	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
9919040--9919097	30	1.9	30	82	0	71	25	15	18	39	1.91
9925168--9925355	24	7.6	24	69	14	64	38	19	23	18	1.93
9925200--9925245	24	1.9	24	86	0	65	39	15	23	21	1.92
9925296--9925356	26	2.3	26	88	5	88	39	24	21	14	1.91
9925940--9925969	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
9926114--9926157	20	2.1	21	83	4	54	34	13	6	45	1.70
9927351--9927536	91	2.1	91	91	1	302	46	17	7	28	1.75
9931227--9931261	3	11.7	3	100	0	70	65	34	0	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9941068--9941130	20	3.0	21	84	9	76	15	26	19	38	1.92
9941123--9941163	21	2.0	21	95	0	73	29	29	12	29	1.93
9946600--9946636	17	2.1	19	90	10	60	78	2	0	18	0.87
9946630--9946774	29	4.9	29	82	8	159	35	14	4	46	1.64
9946630--9946759	59	2.2	57	86	6	172	36	12	3	47	1.57
9947103--9947135	12	2.8	12	95	4	59	60	0	39	0	0.97
9947123--9947184	17	3.3	19	82	13	65	80	0	19	0	0.71
9947134--9947184	17	2.9	17	91	8	77	84	0	15	0	0.63
9947434--9947502	10	6.8	10	80	5	59	79	0	20	0	0.73
9947437--9947502	30	2.2	30	86	5	89	80	0	19	0	0.72
9947437--9947489	9	5.8	9	79	18	56	81	0	18	0	0.70
9947435--9947502	21	3.3	20	85	8	93	79	0	20	0	0.73
9947648--9947691	22	2.0	23	86	13	65	27	4	0	68	1.09
9947923--9948112	18	9.9	18	71	17	87	32	11	8	46	1.71
9947979--9948112	37	3.6	37	85	9	161	30	12	8	47	1.72
9947971--9948112	18	7.6	19	78	12	152	29	12	9	48	1.72
9948114--9948148	16	2.2	17	90	10	56	20	11	11	57	1.64
9947972--9948154	18	10.0	16	68	25	57	28	12	9	49	1.72
9950340--9950382	20	2.1	21	86	4	61	20	4	0	74	1.00
9950678--9950713	18	2.0	18	100	0	72	27	27	11	33	1.91
9955887--9955913	14	1.9	14	100	0	54	44	14	14	25	1.84
9957349--9957432	17	4.8	17	73	12	71	66	4	4	23	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9958491--9958545	28	2.0	28	81	0	65	40	3	3	52	1.36
9961177--9961250	37	2.0	37	100	0	148	27	16	18	37	1.92
9964489--9964513	12	2.1	12	100	0	50	28	24	24	24	2.00
9967382--9967694	27	11.7	27	81	3	337	41	17	15	25	1.89
9967847--9967912	27	2.4	27	85	9	89	24	24	18	33	1.97
9989260--9989310	10	5.3	10	75	17	54	31	0	1	66	1.03
9989260--9989314	19	2.9	19	81	7	67	32	0	3	63	1.12
9991892--9991918	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
9996830--9996863	9	3.7	9	88	7	50	79	5	2	11	1.02
10003921--10004209	42	6.8	42	84	5	323	22	23	18	34	1.96
10003926--10004209	126	2.2	127	86	2	383	22	23	18	35	1.96
10004590--10004629	21	1.9	21	89	0	62	5	47	15	32	1.66
10004596--10004640	21	2.1	21	83	0	54	4	42	17	35	1.70
10010141--10010272	9	14.8	9	73	10	110	32	2	18	46	1.62
10010106--10010339	25	9.3	25	71	13	142	31	3	17	47	1.64
10010290--10010362	35	2.1	34	85	9	96	31	1	13	53	1.49
10010323--10010378	12	4.5	12	72	16	51	33	0	10	55	1.35
10010509--10010552	15	2.8	16	82	10	54	56	0	4	38	1.20
10010749--10010799	23	2.2	23	78	0	57	41	3	9	45	1.56
10013899--10013937	14	2.8	14	77	14	53	33	43	10	12	1.77
10014703--10014735	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
10015276--10015683	114	3.6	114	83	4	450	25	25	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10018842--10018893	23	2.2	24	77	16	56	69	7	7	15	1.35
10022829--10022945	55	2.1	54	81	6	128	19	32	21	26	1.97
10025286--10025330	21	2.1	22	83	4	56	17	22	28	31	1.97
10026055--10026087	18	1.9	17	88	11	50	45	18	12	24	1.83
10027675--10027738	25	2.6	25	87	5	85	31	15	14	39	1.87
10027685--10027753	25	2.8	25	86	4	77	33	15	14	36	1.89
10031239--10031280	18	2.3	18	95	0	75	19	14	21	45	1.85
10039495--10039581	11	8.3	11	65	19	51	24	29	2	43	1.66
10039495--10039544	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
10041351--10041392	18	2.3	18	87	0	57	19	28	7	45	1.76
10041812--10042021	49	4.3	49	98	0	375	41	3	8	47	1.50
10042445--10042494	23	2.2	23	100	0	100	30	16	24	30	1.96
10043367--10043432	27	2.4	27	85	9	89	24	24	18	33	1.97
10050344--10050431	38	2.2	40	88	4	126	52	7	2	37	1.43
10051389--10051435	21	2.2	22	78	17	55	51	2	2	44	1.25
10051864--10051897	14	2.4	14	85	0	50	38	8	2	50	1.49
10052373--10052419	19	2.5	19	77	12	53	61	0	2	36	1.08
10052668--10052777	59	1.9	60	84	5	154	31	7	1	59	1.35
10052663--10052742	29	2.8	28	76	12	65	31	6	2	60	1.35
10052735--10052778	20	2.2	20	87	0	61	31	6	0	61	1.22
10052726--10052787	19	3.2	18	73	13	52	29	6	3	61	1.37
10052752--10052809	20	3.0	19	80	10	55	29	5	1	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10052821--10052988	86	1.9	88	80	7	200	35	7	17	39	1.77
10054853--10055008	45	3.5	45	77	2	154	39	18	16	25	1.92
10055113--10055213	34	3.0	34	85	2	132	45	12	11	29	1.78
10060095--10060163	19	3.7	19	72	11	63	43	2	1	52	1.25
10060641--10060670	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
10060742--10060786	17	2.7	18	76	13	51	26	0	2	71	0.98
10061185--10061520	9	35.6	9	67	19	120	33	0	5	60	1.23
10061225--10061267	20	2.2	19	84	12	52	30	0	2	67	1.03
10061358--10061423	30	2.3	29	80	12	73	36	1	3	59	1.22
10061395--10061521	37	3.4	36	77	15	116	35	0	3	60	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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