genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8877975--8878024	21	2.3	22	82	6	57	22	30	18	30	1.97
8879062--8879108	8	5.9	8	89	0	67	55	0	0	44	0.99
8879062--8879108	14	3.4	14	93	0	76	55	0	0	44	0.99
8884030--8884067	2	19.0	2	94	0	67	0	52	0	47	1.00
8896872--8896943	27	2.7	27	86	4	92	25	18	29	27	1.98
8899310--8899373	30	2.1	30	91	0	101	17	26	34	21	1.95
8901074--8901110	19	1.9	19	88	0	56	43	2	0	54	1.14
8902131--8902181	10	5.0	10	74	11	50	7	5	3	82	0.94
8904793--8904838	22	2.0	23	84	12	60	69	13	4	13	1.33
8907645--8907693	3	16.3	3	91	0	80	61	0	0	38	0.96
8910940--8910974	18	2.0	17	88	5	52	65	0	0	34	0.93
8911255--8911302	23	2.1	23	92	0	78	41	0	2	56	1.11
8913520--8913846	109	3.0	109	83	6	392	33	18	16	30	1.93
8916342--8916765	131	3.2	131	93	1	704	23	24	22	29	1.99
8916165--8916760	264	2.3	263	81	5	670	24	24	21	29	1.99
8916207--8916538	175	1.9	177	84	2	445	23	25	21	29	1.99
8916165--8916765	44	13.8	44	74	6	373	24	24	21	29	1.99
8916785--8917497	86	8.3	86	91	0	1138	23	23	23	29	1.99
8917015--8917322	43	7.2	43	62	19	113	22	24	24	28	1.99
8919151--8919192	13	3.2	13	86	10	59	2	19	0	78	0.86
8919151--8919198	19	2.5	20	83	13	64	4	18	0	77	0.93
8919151--8919198	6	7.5	6	84	11	60	4	18	0	77	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8922338--8922663	109	3.0	109	83	7	385	34	18	16	30	1.93
8922867--8922897	9	3.4	9	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8927799--8927824	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
8935170--8935217	23	2.1	23	100	0	96	33	20	18	27	1.96
8937835--8937865	14	2.1	14	94	5	53	0	16	0	83	0.64
8947403--8947442	20	2.0	20	85	5	53	40	5	20	35	1.74
8948371--8948395	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
8948756--8948803	25	2.0	25	83	4	62	14	25	20	39	1.91
8948913--8949053	72	1.9	73	80	7	162	17	26	24	31	1.97
8949011--8949072	24	2.6	23	82	7	70	16	27	22	33	1.95
8950153--8950257	52	2.0	52	90	0	165	25	25	28	20	1.99
8952849--8952881	16	2.1	16	94	0	57	12	6	21	60	1.53
8952875--8952911	20	1.9	18	89	10	56	8	13	5	72	1.24
8954086--8954121	4	8.8	4	96	3	63	22	0	2	75	0.94
8954136--8954172	18	2.0	19	89	5	58	16	2	13	67	1.34
8954166--8954199	15	2.3	15	89	0	50	17	11	5	64	1.45
8954264--8954572	109	2.9	109	88	2	464	31	16	16	35	1.92
8955774--8955801	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
8956553--8956612	23	2.6	22	75	12	59	56	5	1	36	1.31
8964098--8964304	53	4.0	53	92	4	343	28	25	18	27	1.98
8964098--8964304	104	2.0	103	94	0	360	28	25	18	27	1.98
8966622--8966872	127	2.0	126	92	0	412	40	18	10	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967657--8967716	27	2.4	24	84	15	93	48	21	11	18	1.80
8967665--8967716	27	1.9	27	100	0	104	44	23	11	21	1.84
8968869--8968896	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
8969530--8969562	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
8969561--8969592	3	10.7	3	100	0	64	34	31	34	0	1.58
8969602--8969630	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8976510--8977200	87	7.9	87	90	1	1053	36	19	16	26	1.93
8978565--8978618	16	3.4	16	82	10	65	42	3	24	29	1.72
8978602--8978739	45	3.1	45	92	3	217	34	6	24	34	1.81
8979102--8979137	13	2.8	13	87	4	56	58	0	11	30	1.33
8987053--8987086	11	2.9	12	86	8	52	11	17	20	50	1.77
8987309--8987372	24	2.7	24	80	7	69	35	10	12	40	1.78
8987386--8987442	27	2.0	30	83	10	75	59	12	7	21	1.56
8990784--8990809	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8992456--8992991	50	10.7	49	65	8	202	24	24	21	29	1.99
8992390--8992991	100	6.0	100	85	3	739	24	24	21	29	1.99
8993078--8993173	50	1.9	50	84	0	129	26	26	19	28	1.99
8992962--8993331	167	2.2	167	86	0	508	26	26	18	28	1.98
8993353--8993529	88	2.0	88	86	2	248	25	25	21	27	1.99
9000505--9000541	19	1.9	19	88	0	56	43	2	32	21	1.67
9002390--9002734	87	4.0	87	87	0	467	37	17	16	29	1.91
9005678--9005731	18	2.8	19	80	5	56	53	0	1	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9005708--9005761	15	3.7	14	78	7	63	55	1	0	42	1.10
9009671--9009704	17	2.0	17	88	0	50	52	0	2	44	1.16
9010640--9011278	170	3.8	170	86	1	800	35	18	7	39	1.79
9011803--9011862	30	2.0	30	87	6	86	55	11	5	28	1.57
9013022--9013055	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
9016378--9016406	7	4.1	7	100	0	58	72	13	0	13	1.13
9018445--9018473	14	2.0	15	93	6	51	82	0	13	3	0.79
9031281--9031310	12	2.5	12	88	0	51	6	50	10	33	1.62
9033185--9033225	6	6.8	6	100	0	82	85	0	14	0	0.60
9037821--9038222	214	1.9	216	98	1	781	41	6	10	42	1.64
9038781--9038817	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
9039065--9039096	12	2.6	13	90	9	50	34	0	15	50	1.45
9044064--9044109	6	7.7	6	92	7	60	28	0	0	71	0.86
9044064--9044109	13	3.8	12	86	13	60	28	0	0	71	0.86
9044075--9044110	7	5.4	7	96	3	58	27	0	0	72	0.85
9052853--9053103	82	3.0	81	85	6	310	29	15	15	40	1.87
9053222--9053249	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9053714--9053744	14	2.2	14	94	0	53	32	48	0	19	1.49
9053680--9053744	21	3.0	21	77	2	67	35	41	0	23	1.55
9053715--9053776	21	3.0	21	83	2	63	35	45	0	19	1.51
9054079--9054147	21	3.2	20	69	25	52	46	33	0	20	1.51
9054034--9054159	14	8.9	14	70	9	67	45	33	0	21	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9054334--9054743	41	10.1	41	81	2	416	31	26	19	21	1.97
9054334--9054743	81	5.0	82	80	3	391	31	26	19	21	1.97
9054334--9054744	122	3.4	121	83	3	459	32	26	19	21	1.97
9055028--9055074	23	2.0	23	87	0	67	48	0	0	51	1.00
9055110--9055177	10	6.7	10	73	15	59	44	0	1	54	1.09
9060169--9060203	17	1.9	17	88	11	52	62	0	8	28	1.24
9063122--9063152	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
9080817--9080842	13	2.0	13	100	0	52	30	38	23	7	1.83
9083851--9083906	26	2.2	26	83	0	67	32	0	5	62	1.18
9090141--9090207	31	2.2	30	81	7	73	44	5	5	43	1.53
9094100--9094164	25	2.5	25	82	7	67	33	23	26	16	1.96
9098258--9098296	3	13.0	3	89	10	62	69	0	30	0	0.89
9098993--9099078	31	2.7	33	77	10	90	39	0	2	58	1.11
9098993--9099067	35	2.1	36	83	9	93	40	0	0	60	0.97
9100646--9100699	20	2.6	22	77	8	60	27	3	5	62	1.34
9100702--9100759	21	2.8	20	82	10	71	41	1	1	55	1.20
9106430--9106474	22	2.1	21	83	4	54	44	0	33	22	1.53
9107165--9107200	18	2.0	18	88	0	54	27	16	22	33	1.95
9107862--9107913	24	2.2	24	82	0	59	34	38	21	5	1.77
9108908--9108948	19	2.2	19	95	0	73	39	7	0	53	1.29
9113944--9113985	22	1.9	22	85	9	59	54	9	16	19	1.69
9122848--9122875	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9124077--9124145	31	2.2	31	89	0	102	40	14	8	36	1.77
9124199--9124236	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
9125372--9125413	16	2.9	14	80	16	50	50	2	2	45	1.27
9129924--9129949	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9130443--9130474	12	2.6	13	90	9	50	46	18	12	21	1.82
9131019--9131063	23	1.9	25	86	13	69	44	0	33	22	1.53
9136623--9136747	57	2.2	59	81	7	148	50	4	17	27	1.66
9141336--9141383	3	16.3	3	91	4	80	64	0	33	2	1.05
9151231--9151307	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
9151247--9151286	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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