genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  67  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18895083--18895137	22	2.5	22	77	11	58	16	16	18	49	1.81
18895467--18895523	25	2.3	25	93	0	96	36	12	5	45	1.64
18899939--18900022	25	3.4	25	76	0	87	29	22	27	20	1.98
18899952--18900098	25	5.9	25	72	6	91	33	19	27	19	1.96
18899941--18900082	50	2.8	50	80	2	133	33	21	26	19	1.97
18899952--18900098	75	2.0	75	82	5	181	33	19	27	19	1.96
18906933--18907052	25	4.8	25	71	6	82	37	16	25	20	1.93
18920709--18920848	49	2.8	50	65	22	132	52	3	6	37	1.44
18920909--18920981	26	2.7	27	72	12	69	38	20	8	32	1.82
18926541--18926734	39	5.0	39	85	2	246	20	18	28	31	1.96
18934979--18935065	45	1.9	45	92	0	147	25	14	22	36	1.93
18952459--18952483	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
18953435--18953522	26	3.4	26	87	0	113	43	6	13	36	1.71
18958053--18958085	17	1.9	18	88	11	52	42	9	0	48	1.35
18973271--18973378	39	2.8	39	83	5	123	26	2	24	46	1.66
18976737--18976851	61	1.9	57	86	6	158	49	3	3	43	1.36
18978605--18978640	18	2.0	18	100	0	72	22	11	16	50	1.77
18991673--18991702	14	2.2	14	94	5	53	43	0	3	53	1.17
18992132--18992167	18	2.0	18	94	0	63	16	30	5	47	1.70
19000492--19000536	18	2.7	18	83	16	62	0	31	40	28	1.57
19009034--19009063	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
19009245--19009288	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19009237--19009304	27	2.5	26	75	20	66	57	1	7	33	1.36
19009993--19010050	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
19010502--19010604	44	2.3	45	78	8	113	25	24	23	27	2.00
19010838--19010937	44	2.3	43	78	1	110	27	27	15	31	1.95
19010718--19011111	175	2.2	176	86	2	542	27	23	19	29	1.98
19011014--19011350	44	7.9	44	81	9	260	29	25	17	27	1.97
19011048--19011350	88	3.6	88	81	9	403	30	26	16	26	1.97
19011184--19011248	34	1.9	34	90	0	103	30	24	21	23	1.99
19011140--19011453	78	4.0	78	71	17	274	30	25	18	25	1.98
19011096--19011453	122	3.0	121	85	6	466	31	25	18	25	1.98
19011325--19011375	25	2.0	25	88	7	77	39	17	21	21	1.93
19011281--19011419	69	2.0	69	90	2	217	33	22	20	24	1.97
19011350--19011490	44	3.2	44	90	2	212	31	23	19	24	1.98
19011130--19011463	113	2.9	113	85	4	409	31	25	17	25	1.97
19012762--19012810	22	2.2	22	81	3	53	6	8	2	83	0.87
19012755--19012808	14	3.8	14	85	4	72	5	11	1	81	0.93
19017806--19017856	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
19018532--19018589	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
19018568--19018622	21	2.7	21	94	5	96	36	14	10	38	1.81
19025082--19025129	26	2.0	24	84	12	62	31	8	31	29	1.87
19028802--19028828	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19035291--19035339	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19038724--19038779	28	2.0	28	96	0	103	46	0	16	37	1.47
19039942--19040006	16	4.1	16	95	0	121	36	4	36	21	1.74
19039972--19040101	56	2.3	56	85	3	174	33	4	30	30	1.78
19040231--19040271	15	2.6	16	81	14	50	53	2	0	43	1.13
19040234--19040882	120	5.4	119	96	2	1128	49	5	2	42	1.40
19040347--19040392	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
19040347--19040401	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
19040491--19040524	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
19040610--19040644	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19040229--19040882	239	2.7	238	96	1	1177	49	5	2	42	1.39
19040845--19040881	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
19040864--19041122	47	5.7	46	68	19	175	47	4	3	45	1.38
19040923--19040983	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
19040898--19041196	91	3.3	91	96	0	526	46	4	3	45	1.39
19048383--19048430	21	2.2	21	92	3	78	25	6	37	31	1.81
19049519--19049589	21	3.4	21	71	23	69	29	2	22	45	1.67
19049532--19049596	21	3.2	21	75	16	82	29	3	23	44	1.68
19049516--19049601	40	2.2	40	97	0	163	31	2	23	43	1.66
19053893--19054000	55	2.0	55	81	7	130	25	26	23	25	2.00
19062409--19063133	132	5.5	132	92	0	1114	30	24	16	28	1.97
19062417--19063062	44	14.7	44	67	12	274	29	24	17	27	1.97
19064449--19064506	7	8.0	7	78	16	57	13	15	0	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19064449--19064507	15	4.0	15	81	16	61	13	15	0	71	1.15
19064449--19064501	21	2.5	21	90	3	79	13	16	0	69	1.18
19065358--19065386	7	4.3	7	95	4	51	0	13	0	86	0.58
19065358--19065412	13	4.4	13	79	9	51	7	7	1	83	0.87
19065378--19065482	29	3.5	29	74	10	88	10	5	7	76	1.16
19065400--19065483	35	2.4	35	81	0	114	10	5	9	73	1.23
19071569--19071593	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
19074715--19074768	26	2.1	26	100	0	108	35	3	24	37	1.73
19076480--19076519	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19080616--19080640	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
19092346--19092398	16	3.2	16	89	5	88	24	0	35	39	1.56
19092379--19092469	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
19098388--19098535	62	2.4	62	98	0	287	43	10	25	20	1.83
19099498--19099532	18	1.9	18	88	11	54	42	2	0	54	1.15
19099826--19099859	18	1.9	17	94	5	59	23	0	0	76	0.79
19103868--19103934	25	2.6	26	83	9	84	29	17	23	28	1.97
19110177--19110211	16	2.2	16	90	5	54	45	5	25	22	1.74
19110464--19110511	19	2.5	19	80	19	55	35	0	6	58	1.23
19117515--19117540	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19126240--19126282	19	2.2	20	83	8	52	53	2	4	39	1.34
19127312--19127339	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
19128062--19128103	12	3.5	12	83	0	57	33	4	2	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19129689--19129716	12	2.3	12	100	0	56	7	14	28	50	1.69
19129788--19130136	113	3.0	113	91	2	536	26	19	26	27	1.99
19129986--19130265	155	1.8	153	90	1	452	27	21	26	25	1.99
19130727--19130788	17	3.8	15	76	19	54	33	0	24	41	1.55
19130758--19130794	17	2.1	18	90	5	58	35	0	27	37	1.57
19130793--19130872	22	3.7	22	79	11	78	23	1	41	33	1.63
19131061--19131098	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
19131557--19131600	19	2.4	18	81	7	52	75	2	4	18	1.09
19131595--19131695	47	2.2	46	92	3	166	47	7	0	44	1.32
19143303--19143440	31	4.5	31	84	3	197	36	1	13	48	1.52
19143363--19143446	9	8.4	9	75	19	60	35	1	13	50	1.49
19143387--19143479	40	2.2	42	86	5	127	38	1	12	47	1.49
19144457--19144519	33	1.9	33	93	0	108	65	14	0	20	1.27
19144473--19144511	19	2.0	19	85	5	51	69	10	0	20	1.17
19145962--19146015	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
19145964--19146030	20	3.2	21	73	14	50	47	0	7	44	1.31
19146262--19146287	4	6.5	4	100	0	52	26	23	0	50	1.50
19146865--19146903	21	1.9	21	89	5	62	38	41	0	20	1.53
19146725--19146964	89	2.9	77	85	9	264	44	25	0	29	1.60
19147504--19147830	41	8.0	41	88	0	485	32	23	22	21	1.98
19147879--19148001	40	3.1	39	78	9	122	22	20	18	38	1.94
19152576--19152614	19	2.0	20	85	5	53	35	0	5	58	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153776--19153811	12	2.8	12	91	8	54	47	0	2	50	1.15
19161436--19161510	26	3.1	24	81	12	73	21	17	2	58	1.50
19161457--19161510	24	2.3	23	81	12	65	24	16	0	59	1.37
19166212--19166514	126	2.4	126	90	1	491	30	21	22	24	1.99
19167804--19167845	20	2.1	20	86	0	57	30	4	14	50	1.63
19171316--19171360	22	2.0	21	87	8	63	42	0	0	57	0.98
19171527--19171600	21	3.6	21	82	8	73	37	2	0	59	1.12
19171546--19171600	20	2.7	20	83	8	58	40	3	0	56	1.17
19171591--19171618	8	3.5	8	100	0	56	64	0	0	35	0.94
19171545--19171618	21	3.9	19	75	16	57	47	2	0	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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