genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5809851--5809890	22	1.9	21	90	10	64	27	12	7	52	1.66
5815227--5815264	19	2.0	19	90	10	60	73	0	15	10	1.09
5816542--5817335	44	16.9	44	67	19	315	33	19	20	26	1.96
5816544--5817397	142	6.0	142	93	1	1417	33	18	20	26	1.96
5816731--5817195	98	4.8	98	68	16	265	33	19	19	27	1.96
5817475--5818136	50	13.3	50	69	4	350	33	23	20	22	1.97
5817444--5818149	100	7.1	100	82	2	702	32	23	20	23	1.98
5819621--5819668	22	2.2	22	82	14	55	31	6	6	56	1.49
5826073--5826255	51	3.6	50	85	3	233	25	15	27	31	1.95
5826073--5826255	101	1.8	102	84	5	255	25	15	27	31	1.95
5832964--5833161	20	9.9	20	70	10	136	15	28	18	37	1.91
5832980--5833161	40	4.6	40	85	0	238	15	29	18	37	1.91
5832980--5833161	80	2.3	80	91	0	283	15	29	18	37	1.91
5834200--5834345	40	3.7	39	73	9	107	17	28	13	39	1.88
5835160--5835214	20	2.8	19	86	8	74	52	1	23	21	1.56
5842953--5843231	40	7.0	39	79	6	258	15	28	19	37	1.92
5843046--5843146	20	5.1	20	71	4	78	10	22	22	43	1.84
5842953--5843173	20	11.1	20	65	11	76	14	27	19	38	1.91
5843169--5843234	20	3.3	19	66	8	51	16	34	16	31	1.92
5843166--5843273	40	2.7	41	82	5	123	16	30	19	33	1.94
5854064--5854173	54	2.0	54	98	0	211	38	13	21	26	1.91
5856735--5856790	20	2.8	20	89	5	78	48	1	28	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5864798--5864935	5	26.4	5	70	20	63	20	5	2	71	1.18
5865071--5865121	25	2.0	25	100	0	102	31	7	7	52	1.59
5866637--5866676	7	5.7	7	88	11	64	25	0	0	75	0.81
5868355--5868408	26	2.0	27	82	3	65	35	20	24	20	1.96
5868606--5868961	27	13.2	27	81	5	355	18	17	19	44	1.87
5873620--5873654	18	1.9	18	100	0	70	11	0	42	45	1.40
5878007--5878067	22	2.9	22	78	4	63	19	26	19	34	1.96
5889614--5889640	8	3.4	8	100	0	54	88	0	11	0	0.50
5908448--5908580	43	3.1	42	78	10	137	26	12	27	33	1.93
5925846--5925908	4	15.8	4	100	0	126	25	0	23	50	1.49
5926482--5926597	50	2.4	50	89	2	173	31	22	18	26	1.97
5927950--5927993	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
5932281--5932325	23	2.0	23	81	0	54	42	2	4	51	1.34
5935249--5935293	6	7.5	6	94	0	81	55	0	28	15	1.41
5935434--5935509	26	3.0	25	82	7	91	39	9	15	35	1.80
5942979--5943071	45	2.1	45	93	0	159	33	9	23	33	1.87
5948908--5948967	26	2.3	26	85	2	77	41	10	15	33	1.80
5948908--5948980	26	2.8	26	76	17	64	39	9	16	34	1.81
5952273--5952325	17	3.1	17	81	5	63	26	22	22	28	1.99
5960178--5960203	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
5961675--5961920	45	5.6	44	71	9	166	31	21	17	28	1.97
5961805--5961920	43	2.7	43	81	9	137	30	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5962023--5962563	220	2.5	220	92	1	897	24	25	21	28	1.99
5962425--5962590	88	1.9	88	83	5	219	22	24	26	26	2.00
5974524--5974554	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
5974578--5974619	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
5978277--5978311	17	2.1	18	89	10	56	42	8	0	48	1.33
5982853--5983142	100	2.9	100	84	3	395	25	22	21	30	1.99
5983238--5983852	88	7.0	88	80	5	579	21	23	25	29	1.99
5983217--5983723	175	2.9	175	80	4	456	22	22	25	29	1.99
5983261--5983852	172	3.4	176	81	5	639	21	23	26	29	1.99
5983261--5983852	260	2.3	262	83	3	719	21	23	26	29	1.99
5988316--5988756	114	3.9	113	87	3	555	24	21	26	27	1.99
5989041--5989090	23	2.2	22	80	16	57	28	0	30	42	1.56
5989063--5989097	16	2.3	16	90	9	56	25	0	28	45	1.54
5990154--5990623	147	3.2	147	77	5	357	27	14	22	35	1.93
5990276--5990623	146	2.4	146	80	5	371	27	14	21	35	1.93
5992735--5992892	13	12.0	13	74	7	131	41	9	3	45	1.55
5992752--5992901	53	2.8	53	95	0	264	40	10	3	46	1.54
5993096--5993139	23	1.9	23	95	0	79	47	15	0	36	1.46
5993248--5993742	9	56.8	9	71	14	342	46	20	1	31	1.58
5993259--5993642	88	4.3	88	78	12	345	47	20	0	31	1.54
5993350--5993685	150	2.2	150	95	0	602	47	20	0	31	1.56
5993509--5993670	71	2.3	68	82	12	163	46	20	1	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5993650--5993753	25	4.2	25	76	15	108	44	19	2	33	1.65
5993650--5993753	51	2.1	49	89	7	156	44	19	2	33	1.65
5993350--5993737	150	2.6	149	90	2	532	46	20	1	32	1.59
5997040--5997188	73	2.0	73	100	0	298	31	14	22	31	1.93
5999368--5999436	21	3.3	21	85	4	68	34	18	42	4	1.71
5999930--6000116	42	4.5	42	93	2	297	25	17	21	35	1.95
6000112--6000197	43	2.0	43	100	0	172	20	20	23	34	1.96
6001657--6001703	21	2.1	23	85	14	64	68	6	0	25	1.13
6003908--6003950	19	2.1	21	83	8	54	60	0	32	6	1.23
6004462--6004515	27	2.0	28	88	3	83	51	0	7	40	1.30
6017935--6017978	20	2.2	20	83	0	52	25	0	4	70	1.06
6018048--6018101	9	5.8	9	78	4	54	33	3	0	62	1.12
6019204--6019278	31	2.4	31	77	0	78	33	16	8	42	1.77
6020111--6020203	43	2.2	43	84	7	127	25	1	26	46	1.60
6020368--6020762	126	3.1	126	91	0	612	35	18	17	28	1.94
6022349--6022405	25	2.3	23	81	18	71	52	3	0	43	1.18
6022780--6022822	18	2.4	18	80	0	50	39	11	27	20	1.88
6024555--6024613	30	2.0	30	93	0	100	40	3	23	32	1.71
6030405--6030469	17	3.6	17	75	18	69	46	12	12	29	1.78
6030422--6030482	20	3.2	20	73	21	76	44	14	11	29	1.81
6030405--6030482	37	2.1	37	97	0	147	44	14	11	29	1.80
6037517--6037631	35	3.3	35	92	0	194	14	13	30	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6040550--6040588	18	2.3	18	86	8	55	64	2	0	33	1.08
6040550--6040599	19	2.7	19	81	9	50	62	4	0	34	1.14
6042740--6042777	17	2.2	17	95	0	67	26	0	2	71	1.00
6044437--6044794	41	8.6	40	78	7	347	22	16	25	36	1.94
6044436--6044797	168	2.2	168	91	1	595	22	16	24	35	1.94
6044477--6044798	84	3.8	84	95	0	581	21	16	25	36	1.93
6044482--6044840	42	8.5	42	79	8	363	20	16	25	36	1.94
6049455--6049500	2	23.0	2	90	0	74	50	45	4	0	1.21
6049500--6049567	2	34.0	2	93	0	109	0	54	0	45	0.99
6049874--6049958	4	21.0	4	69	19	52	2	23	3	70	1.14
6049873--6049948	30	2.5	30	83	10	93	0	23	3	72	1.01
6049872--6049948	26	3.1	24	83	10	86	0	23	3	72	1.01
6049961--6050002	14	3.1	14	77	22	54	30	4	0	64	1.14
6050440--6050469	12	2.5	12	100	0	60	66	0	0	33	0.92
6050492--6050544	26	2.0	26	89	7	81	60	0	0	39	0.97
6050497--6050555	26	2.2	28	78	9	68	66	0	0	33	0.92
6051588--6051787	87	2.3	85	82	4	231	32	7	20	40	1.80
6056606--6056833	111	2.1	111	98	0	438	20	24	17	38	1.93
6060402--6060445	21	2.0	22	82	4	54	25	6	2	65	1.28
6061271--6061317	16	2.9	16	83	0	58	40	8	27	23	1.83
6061499--6061615	55	2.1	54	82	7	137	52	3	0	43	1.24
6068129--6068182	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6068129--6068205	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
6073544--6073590	20	2.3	20	75	7	51	72	2	21	4	1.12
6074036--6074089	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
6074025--6074096	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
6074036--6074112	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
6075463--6075514	11	4.8	11	77	15	56	51	0	1	46	1.12
6077391--6077721	44	7.6	43	71	11	165	28	25	19	26	1.99
6077351--6079148	217	8.3	218	88	1	2469	27	24	19	28	1.98
6077351--6079148	435	4.1	436	86	1	2464	27	24	19	28	1.98
6078960--6079328	173	2.1	172	81	5	438	27	23	19	29	1.98

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