genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22841280--22841337	29	2.0	29	82	3	71	50	10	10	29	1.70
22848421--22848474	10	5.5	10	73	18	51	27	16	29	25	1.97
22848421--22848477	20	2.9	20	89	2	89	29	15	29	24	1.96
22852355--22852506	68	2.2	70	85	3	200	44	17	9	28	1.80
22852771--22852806	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
22852974--22853079	41	2.6	41	95	0	194	33	24	19	22	1.97
22858008--22858490	84	5.7	84	79	7	370	43	12	13	31	1.80
22858008--22858404	168	2.3	171	81	6	425	45	11	11	31	1.76
22858420--22858636	79	2.7	78	89	2	326	40	12	17	29	1.86
22858578--22858785	89	2.4	88	85	4	262	44	10	12	33	1.75
22858852--22858966	40	2.9	40	85	2	144	35	20	21	21	1.96
22859019--22859245	41	5.5	41	89	0	328	18	21	27	32	1.96
22859584--22859659	9	8.4	9	88	0	98	44	25	6	23	1.77
22859584--22859659	27	2.8	27	91	0	125	44	25	6	23	1.77
22859766--22859809	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
22862938--22863037	47	2.1	47	100	0	200	39	10	14	37	1.79
22863388--22863720	178	1.9	178	98	0	639	30	14	18	36	1.91
22865847--22865907	26	2.3	27	86	5	81	63	1	0	34	1.04
22867586--22867750	61	2.8	60	78	12	144	42	1	4	51	1.32
22872963--22872989	14	1.9	14	100	0	54	70	14	0	14	1.17
22872939--22873036	49	2.0	49	95	0	178	60	11	7	21	1.54
22873070--22873108	18	2.2	18	90	9	62	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22880023--22880120	51	1.9	51	89	0	151	32	18	18	30	1.95
22881825--22881870	14	3.2	14	82	14	58	32	4	0	63	1.14
22882933--22882990	31	1.9	31	85	3	82	43	12	5	39	1.64
22885965--22886034	16	4.4	16	77	0	59	40	7	20	32	1.79
22886276--22886324	21	2.3	21	86	13	66	59	2	2	36	1.21
22892611--22892635	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
22895615--22895648	9	3.8	9	96	0	59	58	0	0	41	0.98
22895599--22895651	11	5.0	11	77	9	56	58	0	0	41	0.98
22899833--22899940	54	2.0	54	96	0	198	39	17	8	34	1.80
22900662--22900703	2	20.5	2	95	4	75	50	0	2	47	1.14
22901617--22901656	22	2.0	20	85	14	55	55	17	2	25	1.55
22906184--22906222	15	2.6	15	79	0	51	5	41	12	41	1.65
22907463--22907732	69	3.9	69	81	2	285	20	23	24	32	1.98
22915618--22915753	37	3.5	40	77	10	145	24	18	24	33	1.97
22915619--22915753	40	3.4	39	78	7	148	24	18	24	32	1.97
22916558--22916724	83	2.0	83	100	0	334	39	14	9	36	1.79
22922500--22922535	15	2.4	15	90	0	54	58	22	0	19	1.40
22923580--22923616	20	2.0	20	84	10	51	70	0	5	24	1.08
22923984--22924073	44	2.0	44	100	0	180	36	17	4	41	1.70
22924475--22924534	29	2.1	27	87	6	84	36	0	3	60	1.14
22924472--22924639	19	9.2	19	69	18	72	30	2	4	62	1.27
22924473--22924626	27	5.6	27	72	14	93	31	2	3	62	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22924502--22924633	9	14.6	9	68	14	58	28	3	3	64	1.26
22925134--22925234	19	5.4	18	72	11	62	63	3	4	27	1.33
22925173--22925246	28	2.6	29	80	8	80	63	1	4	31	1.21
22925222--22925307	20	4.4	19	71	11	66	54	0	6	38	1.27
22926115--22926207	46	2.0	46	97	0	177	35	7	21	35	1.82
22931290--22931354	33	2.0	32	87	3	94	21	21	13	43	1.87
22931139--22931457	174	1.8	174	87	0	476	22	25	10	41	1.85
22937865--22937922	10	5.7	10	80	8	55	60	0	3	36	1.14
22937858--22937927	10	6.8	10	75	8	52	61	0	2	35	1.11
22940273--22940340	29	2.3	29	75	12	57	58	1	1	38	1.16
22942342--22942445	26	4.0	26	84	0	109	21	15	34	28	1.94
22943064--22943088	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
22944119--22944263	41	3.5	41	93	0	236	27	19	28	24	1.99
22948605--22948647	23	1.9	22	85	4	59	67	2	0	30	1.03
22955731--22955764	12	2.9	12	95	4	61	50	17	8	23	1.74
22960852--22960929	25	3.1	25	83	0	93	62	15	11	10	1.53
22960869--22960940	35	2.1	35	81	0	81	59	15	13	11	1.61
22960922--22960974	20	2.7	20	81	0	61	54	13	18	13	1.70
22960951--22960999	15	3.3	15	79	0	53	57	18	16	8	1.63
22960874--22960982	20	5.4	20	71	4	58	57	15	15	11	1.64
22960964--22961059	25	3.8	25	74	0	84	60	15	16	7	1.56
22961047--22961089	20	2.2	20	82	0	50	62	9	16	11	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22960874--22961115	55	4.3	55	72	7	180	59	14	16	9	1.60
22961039--22961100	25	2.5	25	78	0	70	59	12	19	8	1.58
22961077--22961164	15	5.9	15	72	2	70	65	10	15	7	1.45
22963893--22963933	21	2.0	21	90	0	64	75	2	2	19	1.03
22966105--22966166	32	1.9	32	83	6	81	54	9	4	30	1.54
22966760--22966790	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22974644--22974677	16	2.1	16	88	0	50	44	2	8	44	1.50
22980761--22980810	23	2.2	23	88	0	73	28	22	24	26	1.99
22981001--22981101	27	3.7	27	80	6	98	27	14	25	31	1.95
22981235--22981286	27	1.9	27	84	7	70	44	11	19	25	1.84
22987196--22987244	24	2.0	24	100	0	98	34	20	12	32	1.90
22991627--22991661	18	2.0	18	88	5	54	20	2	22	54	1.58
22992039--22992076	18	2.1	18	100	0	76	44	5	10	39	1.61
23001669--23001710	18	2.4	17	81	14	50	19	28	35	16	1.93
23002825--23002866	17	2.5	17	80	7	50	33	4	0	61	1.17
23008495--23008619	61	2.0	62	87	1	180	46	16	3	33	1.63
23015179--23015225	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
23015660--23015752	46	2.0	46	95	0	168	19	19	17	44	1.87
23021375--23021442	31	2.2	31	97	2	129	35	5	33	25	1.80
23025085--23025148	29	2.2	29	88	0	92	23	31	10	34	1.89
23027170--23027240	35	2.1	33	82	15	83	39	15	5	39	1.71
23030879--23030926	20	2.4	20	78	0	51	56	2	22	18	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23046890--23046986	49	2.0	49	85	4	133	58	3	1	37	1.20
23046959--23046994	18	2.0	18	88	0	54	66	0	2	30	1.06
23046907--23047001	10	10.0	10	74	18	53	62	2	2	33	1.19
23046967--23047020	18	3.1	17	78	10	56	68	0	5	25	1.11
23047960--23048003	21	2.0	22	86	4	63	56	22	4	15	1.57
23050668--23050711	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
23050756--23050848	45	2.1	44	91	2	150	31	24	19	24	1.98
23050854--23051040	51	3.7	50	79	12	229	30	25	17	26	1.97
23050852--23051036	101	1.8	101	95	3	336	30	25	17	25	1.97
23053589--23053613	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23054443--23054631	10	18.9	10	68	15	65	31	3	5	59	1.37
23054504--23054740	9	24.8	9	65	22	76	29	3	6	59	1.39
23054562--23054602	19	2.2	19	86	0	55	31	2	2	63	1.20
23054574--23054625	19	2.8	18	85	11	61	32	0	3	63	1.12
23055825--23055867	20	2.2	20	87	8	61	4	23	0	72	1.04
23056873--23056907	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
23057514--23057544	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
23060905--23060934	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
23061873--23061903	15	2.1	15	93	0	53	25	32	3	38	1.72
23064881--23064923	16	2.7	16	85	0	50	62	4	0	32	1.15
23071955--23072010	28	2.0	28	86	10	78	58	3	16	21	1.52
23076164--23076203	21	2.0	21	85	5	55	15	20	2	62	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23078907--23078974	29	2.3	29	87	0	91	36	13	26	23	1.92
23078963--23079032	29	2.4	29	92	0	113	44	14	27	14	1.83
23079021--23079182	30	5.4	30	76	2	146	39	13	24	22	1.90
23078992--23079183	60	3.2	60	85	2	244	39	14	25	21	1.91
23086605--23086672	29	2.3	29	85	5	84	38	13	26	22	1.91
23086718--23086969	30	8.4	30	78	3	179	36	12	26	24	1.91
23086625--23086880	90	2.9	89	87	5	358	37	15	26	20	1.92
23086634--23086940	90	3.4	90	84	3	327	36	14	27	21	1.92
23086625--23086912	60	4.9	60	79	5	257	37	14	26	21	1.92
23086625--23086971	60	5.9	60	78	5	253	36	13	26	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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