genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  101  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29612845--29612960	41	2.8	41	84	11	164	33	26	18	20	1.96
29612990--29613165	51	3.5	49	78	12	187	31	27	17	23	1.97
29612981--29613164	101	1.8	101	87	4	273	32	27	17	23	1.97
29615029--29615075	10	4.8	10	80	15	53	72	2	0	25	0.96
29615268--29615321	26	2.1	26	86	6	74	29	16	11	42	1.83
29616580--29616623	18	2.5	18	77	3	54	15	27	40	15	1.88
29617153--29617196	18	2.5	17	78	10	52	38	15	4	40	1.68
29623576--29623600	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
29628892--29628964	29	2.6	29	83	12	82	39	6	4	49	1.49
29629583--29629616	11	3.1	11	91	0	50	47	0	0	52	1.00
29629692--29629735	21	2.2	20	87	4	61	31	0	0	68	0.90
29629692--29629735	10	4.3	10	82	2	52	31	0	0	68	0.90
29639815--29639866	23	2.3	23	83	12	63	3	13	5	76	1.10
29639828--29639874	24	2.0	24	83	8	60	8	14	4	72	1.24
29648021--29648088	28	2.5	27	83	6	84	51	11	2	33	1.54
29648291--29648330	2	20.5	2	87	5	55	50	2	2	45	1.28
29649583--29649617	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
29651130--29651187	29	2.1	27	84	9	73	36	1	3	58	1.25
29656677--29656967	126	2.3	127	90	0	476	26	21	18	33	1.96
29657170--29657204	14	2.6	14	90	4	54	45	37	0	17	1.48
29659838--29660192	183	1.9	183	90	0	557	24	22	14	38	1.92
29660719--29660915	98	2.0	98	92	0	331	37	24	10	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29661224--29661268	13	3.7	12	85	11	56	75	6	2	15	1.11
29661633--29661671	15	2.5	15	87	8	51	71	7	2	17	1.21
29661716--29661771	28	2.1	26	83	12	69	76	0	3	19	0.93
29661716--29661771	25	2.2	26	84	12	71	76	0	3	19	0.93
29664161--29664193	17	1.9	17	93	0	57	33	9	12	45	1.73
29671069--29671101	16	2.1	16	94	0	57	36	15	12	36	1.84
29674528--29674562	16	2.2	16	100	0	70	40	25	28	5	1.78
29680227--29680269	23	2.0	21	81	9	50	34	11	13	39	1.82
29681893--29682146	135	1.9	136	82	8	320	23	17	25	32	1.97
29687421--29687495	30	2.7	28	74	10	73	44	8	16	32	1.76
29687894--29688176	85	3.3	85	86	0	397	25	16	23	34	1.95
29687859--29688179	42	7.6	42	72	10	170	25	17	23	34	1.96
29687856--29688134	43	6.6	41	73	9	193	25	16	24	34	1.95
29687856--29688176	170	1.9	169	85	0	444	25	16	23	34	1.96
29693010--29693089	30	2.7	30	94	1	135	37	5	22	35	1.76
29693315--29693474	42	3.8	43	76	11	154	25	15	24	34	1.95
29694965--29695021	21	2.8	20	76	20	55	38	1	15	43	1.57
29695040--29695080	15	2.7	15	92	0	73	39	9	26	24	1.86
29696832--29696897	21	3.2	20	68	12	53	31	18	31	18	1.95
29703439--29703487	23	2.1	23	85	7	64	34	26	4	34	1.76
29708816--29708870	18	2.8	20	75	8	69	52	32	0	14	1.42
29708801--29708856	18	3.1	18	77	12	62	50	33	0	16	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29709585--29709621	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
29713117--29713143	13	2.1	13	100	0	54	44	0	14	40	1.46
29713724--29713767	22	2.0	21	91	4	70	40	4	13	40	1.65
29713751--29713821	22	3.2	22	63	21	58	39	7	11	42	1.68
29713746--29713837	44	2.1	44	97	0	175	43	6	11	38	1.68
29722317--29722363	20	2.3	20	85	7	60	38	0	2	59	1.09
29741397--29741425	9	3.3	9	95	4	51	72	6	0	20	1.07
29753695--29753756	30	2.1	30	87	0	88	50	9	9	30	1.67
29756169--29756198	15	2.0	15	93	0	51	36	6	10	46	1.64
29766608--29766664	20	2.8	20	81	0	78	40	15	19	24	1.90
29768135--29768175	21	2.0	21	90	0	64	41	14	12	31	1.83
29774943--29775283	102	3.4	100	78	5	357	27	15	26	29	1.96
29774943--29775278	51	6.7	50	73	7	250	27	15	26	29	1.96
29782571--29782804	51	4.6	50	71	6	175	27	15	26	30	1.96
29782573--29782804	102	2.3	102	86	4	317	27	15	26	30	1.96
29782782--29782819	14	2.7	14	95	0	67	28	18	26	26	1.98
29782796--29782913	49	2.4	49	91	1	182	31	17	22	27	1.97
29788099--29788159	25	2.4	25	78	10	70	32	21	18	27	1.96
29790417--29790464	25	1.9	25	87	8	71	35	2	10	52	1.48
29790418--29790472	25	2.2	26	83	6	69	36	1	12	49	1.52
29798658--29798710	27	2.0	27	96	0	97	20	24	28	26	1.99
29806153--29806197	21	2.1	22	83	4	56	53	11	6	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29808612--29808778	27	6.3	27	86	2	221	44	20	14	19	1.87
29808612--29808777	79	2.1	79	89	4	253	44	20	15	19	1.86
29808942--29809048	26	4.1	26	88	0	160	21	19	21	37	1.95
29809145--29809211	28	2.4	28	85	2	82	23	25	23	26	2.00
29813912--29814042	43	3.0	43	75	2	120	32	25	12	29	1.93
29821717--29821821	43	2.4	43	88	0	156	29	27	17	25	1.97
29826954--29827091	39	3.5	39	84	0	141	46	18	3	31	1.66
29829334--29829369	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
29833147--29833285	39	3.6	39	82	2	147	46	22	3	28	1.68
29840000--29840052	20	2.7	20	93	0	88	24	32	0	43	1.55
29854154--29854187	6	5.7	6	96	0	50	58	0	23	17	1.38
29856993--29857948	50	19.1	50	69	6	592	22	17	24	34	1.96
29856968--29857978	100	10.1	100	89	2	1355	22	18	24	34	1.96
29858087--29858198	44	2.5	44	88	2	145	28	19	21	30	1.98
29858271--29858526	129	2.0	129	95	0	458	25	22	19	33	1.97
29860637--29860678	16	2.7	15	78	7	57	14	4	4	76	1.12
29865351--29865390	3	13.0	3	89	5	62	62	0	2	35	1.09
29865475--29865507	5	6.8	5	93	6	59	81	0	0	18	0.68
29880021--29880075	23	2.3	24	75	9	60	56	3	1	38	1.28
29884094--29884119	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
29890339--29890512	32	5.5	32	80	6	192	40	18	18	21	1.92
29890339--29890512	96	1.8	95	86	3	251	40	18	18	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29890734--29891055	27	11.9	27	81	3	326	24	22	19	33	1.97
29901985--29902057	20	3.7	20	90	0	110	23	17	2	56	1.54
29923009--29923167	79	2.0	79	97	0	300	32	13	15	38	1.86
29923265--29923469	42	4.9	42	87	1	268	21	18	23	36	1.95
29923270--29923526	84	3.0	84	83	6	256	22	16	22	38	1.93
29923263--29923526	126	2.1	126	80	3	289	22	16	22	38	1.93
29925437--29925488	19	2.7	19	84	3	68	19	23	17	40	1.91
29926084--29926113	12	2.5	12	94	0	51	6	30	40	23	1.80
29938288--29938330	23	1.9	22	85	4	59	39	23	4	32	1.75
29944547--29944919	27	14.0	27	77	3	326	43	22	16	18	1.88
29944549--29944916	81	4.6	81	82	6	378	43	21	16	18	1.88
29945272--29945390	28	4.3	28	88	1	177	23	21	23	31	1.99
29947645--29947756	23	4.9	23	76	0	116	35	26	6	31	1.81
29947645--29947756	46	2.4	46	86	0	161	35	26	6	31	1.81
29948949--29949044	50	1.9	49	81	10	115	21	25	21	31	1.98
29948940--29949044	25	4.2	25	79	8	99	21	24	21	31	1.98
29956717--29956782	23	2.9	23	79	0	78	37	24	6	31	1.80
29964212--29964340	25	5.2	25	78	9	113	24	20	19	35	1.95
29964282--29964359	25	3.2	24	87	3	93	25	19	23	32	1.98
29979827--29979851	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
29980591--29980660	28	2.6	28	81	4	90	51	12	11	24	1.73
29982534--29982628	33	2.8	34	87	3	129	9	29	5	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29982534--29982628	18	5.6	18	73	12	92	9	29	5	55	1.53
29982673--29982711	17	2.3	16	83	12	51	5	15	0	79	0.90
29983701--29983741	12	3.4	12	79	0	55	17	2	7	73	1.17
29983936--29984013	39	2.0	39	89	0	120	29	6	34	29	1.82
29989674--29989703	4	7.5	4	92	0	51	23	30	0	46	1.52
29998958--29999071	9	12.7	9	72	3	86	29	32	12	25	1.92
29998958--29999052	27	3.5	27	88	0	136	29	31	11	27	1.92
29998958--29999071	27	4.2	27	86	2	104	29	32	12	25	1.92
29999187--29999270	41	2.0	41	90	0	132	32	13	9	45	1.75
30002243--30002313	27	2.6	27	75	4	72	25	28	12	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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