genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   

This is table  77  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21966494--21966558	21	3.1	21	71	4	69	36	15	24	23	1.93
21968536--21968608	27	2.7	27	80	4	85	32	16	15	35	1.90
21974565--21974705	57	2.4	60	81	8	146	31	6	9	51	1.60
21974904--21974939	18	1.9	19	88	5	56	36	0	5	58	1.22
21974788--21975014	98	2.3	98	84	4	287	33	3	13	49	1.58
21975176--21975214	17	2.3	17	86	8	53	30	5	10	53	1.56
21977950--21978245	154	1.9	154	85	0	412	25	10	27	37	1.88
21981843--21981879	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
21982092--21982151	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
21982817--21982847	5	6.2	5	92	0	53	22	16	19	41	1.89
21983261--21983344	20	4.3	19	74	8	62	48	11	9	29	1.71
21983261--21983344	39	2.1	40	84	2	107	48	11	9	29	1.71
21987552--21987609	25	2.3	25	88	5	82	20	24	18	36	1.95
21987563--21987632	25	2.8	25	84	0	77	22	21	22	32	1.98
21994402--21994464	20	3.2	19	77	8	63	46	15	6	31	1.71
21994402--21994489	40	2.2	40	84	8	108	46	14	6	31	1.71
22004320--22004412	33	2.8	33	83	0	123	26	18	19	35	1.95
22031190--22031244	26	2.1	26	82	0	65	25	23	27	23	2.00
22031663--22031749	26	3.3	26	85	0	129	28	10	19	41	1.84
22038444--22038495	27	1.9	27	88	0	77	32	21	25	21	1.98
22038675--22038815	26	5.4	26	84	0	174	22	15	20	41	1.90
22038675--22038815	52	2.7	52	85	3	194	22	15	20	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22044643--22044761	25	4.9	24	83	11	152	52	4	25	18	1.63
22044643--22044761	49	2.4	49	92	0	202	52	4	25	18	1.63
22046395--22046574	51	3.6	50	84	3	209	30	28	16	25	1.96
22048012--22048195	51	3.6	51	83	4	185	27	15	26	31	1.95
22059317--22059509	51	3.8	49	82	4	215	29	26	16	26	1.97
22065048--22065094	12	4.0	11	86	10	58	51	0	10	38	1.37
22065875--22065992	45	2.6	44	80	6	121	50	9	19	21	1.75
22083949--22084174	112	2.0	112	96	1	418	37	9	10	42	1.71
22085858--22085902	23	2.0	22	83	12	56	57	26	2	13	1.48
22089346--22089394	21	2.4	21	86	6	66	4	18	4	73	1.15
22093782--22093929	73	2.0	73	100	0	296	41	10	5	42	1.63
22093795--22093909	35	3.2	35	64	24	94	42	10	4	42	1.59
22097623--22097655	17	1.9	17	93	0	57	60	12	3	24	1.46
22097887--22097932	18	2.6	18	80	13	58	63	4	4	28	1.33
22097865--22097910	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
22097918--22097970	21	2.5	21	78	6	63	62	5	3	28	1.35
22099411--22099534	44	2.8	43	85	7	160	26	22	23	27	2.00
22099455--22100240	143	5.5	143	87	1	1020	27	22	18	30	1.98
22102494--22102538	23	2.0	23	82	8	56	6	17	0	75	1.01
22106024--22106056	17	1.9	17	93	0	57	60	12	3	24	1.46
22106614--22106647	16	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
22106785--22106830	23	2.0	23	83	8	58	63	6	4	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22106809--22106847	18	2.1	18	85	4	51	64	5	5	25	1.35
22110687--22110714	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22110972--22111009	3	12.7	3	94	0	67	2	31	0	65	1.06
22111283--22111328	7	6.3	7	81	18	58	65	4	0	30	1.12
22114150--22114180	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
22115147--22115173	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
22123332--22123430	23	4.3	24	79	6	98	27	21	22	29	1.99
22123332--22123427	46	2.1	46	90	0	147	27	21	21	29	1.99
22133048--22133105	25	2.3	25	77	11	64	32	22	17	27	1.96
22133085--22133144	25	2.4	25	80	2	75	38	11	25	25	1.89
22133467--22133509	18	2.4	18	88	0	59	34	13	11	39	1.82
22134768--22134830	18	3.5	18	77	16	60	28	4	6	60	1.42
22134849--22134908	25	2.4	25	73	13	70	13	6	6	73	1.24
22134848--22134914	6	10.7	6	79	6	53	13	5	5	74	1.19
22134895--22134963	26	2.7	26	75	20	65	20	11	2	65	1.38
22138199--22138376	43	4.1	43	84	4	189	24	30	16	28	1.97
22138199--22138376	86	2.1	86	82	4	216	24	30	16	28	1.97
22138752--22138828	21	3.7	21	83	0	100	5	41	15	37	1.70
22138752--22138843	21	4.4	21	82	5	96	5	40	16	38	1.71
22138804--22138984	66	2.7	65	83	5	211	12	27	20	40	1.88
22144621--22144647	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22144528--22144615	43	2.1	43	95	2	160	47	9	6	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22144649--22144784	18	6.6	19	74	25	118	41	0	12	45	1.42
22144656--22144771	22	5.2	23	75	10	116	41	0	13	44	1.44
22144671--22144752	26	3.5	26	75	25	108	41	0	14	43	1.45
22144653--22144770	44	2.7	44	97	2	220	42	0	13	44	1.44
22144651--22144810	62	2.6	58	76	15	162	41	0	13	45	1.43
22144767--22144893	13	9.4	13	69	19	64	41	1	11	45	1.49
22144671--22144865	62	3.0	62	78	10	173	42	0	12	44	1.46
22148233--22148387	83	1.9	82	81	8	188	35	18	17	29	1.93
22148595--22148824	83	2.8	83	73	13	211	36	17	16	29	1.92
22148208--22149448	427	2.9	428	96	0	2277	33	18	16	31	1.93
22149022--22149238	83	2.6	83	75	9	201	35	18	16	29	1.92
22150188--22150228	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
22151130--22151373	41	5.9	41	83	5	255	31	29	18	20	1.97
22151130--22151373	83	3.0	81	85	7	280	31	29	18	20	1.97
22151407--22151561	39	3.9	39	88	2	193	21	20	18	40	1.92
22151407--22151561	79	2.0	80	83	3	197	21	20	18	40	1.92
22152055--22152155	26	3.9	26	90	0	157	31	20	26	20	1.98
22152323--22152513	27	7.0	27	79	10	169	23	16	18	42	1.89
22152328--22152519	55	3.5	53	79	9	208	22	16	18	42	1.88
22166335--22166376	19	2.2	19	86	0	57	80	2	2	14	0.90
22166312--22166375	25	2.6	25	74	0	65	76	1	4	17	1.03
22174907--22174931	13	1.9	13	100	0	50	24	24	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22176866--22177241	82	4.6	81	81	5	386	22	17	17	42	1.89
22176866--22177236	109	3.4	107	84	5	410	22	16	17	42	1.89
22176866--22177236	136	2.7	135	84	8	436	22	16	17	42	1.89
22176878--22177248	27	13.7	27	83	3	377	22	16	18	42	1.89
22176974--22177281	27	11.4	27	82	4	136	21	18	17	42	1.89
22177110--22177281	54	3.2	53	77	9	168	20	19	18	40	1.91
22184536--22184785	27	9.3	27	77	5	186	19	17	20	43	1.88
22187061--22187110	22	2.4	21	83	6	57	0	28	2	70	0.99
22191869--22191972	22	4.7	22	87	0	136	26	26	14	31	1.95
22195350--22195391	20	2.1	20	95	0	75	35	23	11	28	1.91
22196035--22196087	28	1.9	27	84	3	70	32	22	26	18	1.97
22201933--22201995	24	2.6	24	87	0	81	49	6	4	39	1.49
22203237--22203262	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
22203326--22203580	115	2.3	113	83	4	311	47	10	7	34	1.67
22204753--22204793	17	2.5	17	88	4	57	51	12	9	26	1.70
22207995--22208316	27	12.0	27	82	3	373	42	21	16	19	1.89
22207991--22208311	107	3.0	106	86	4	412	42	20	16	19	1.89
22207995--22208316	80	4.0	79	82	6	364	42	21	16	19	1.89
22208486--22208563	26	3.0	26	80	0	102	20	17	23	38	1.93
22208671--22208891	28	8.0	27	81	4	228	21	23	24	31	1.98
22208667--22208891	56	4.0	55	84	2	281	21	22	24	31	1.98
22208667--22208889	84	2.7	83	83	4	297	21	22	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22211257--22211290	14	2.4	14	90	9	52	67	0	0	32	0.91
22229126--22229672	280	2.0	280	99	0	1076	34	17	16	31	1.93
22234189--22234287	52	1.9	52	89	0	153	24	17	18	40	1.91
22234177--22234287	27	4.2	26	82	9	127	23	18	18	40	1.91
22235642--22235695	25	2.2	25	86	0	72	20	44	11	24	1.83
22240649--22240830	27	6.7	27	87	0	238	43	19	15	20	1.87
22240649--22240834	81	2.3	81	88	0	273	43	19	16	20	1.88
22244738--22244772	18	2.0	18	88	5	54	11	25	45	17	1.81
22245714--22245761	18	2.7	17	84	9	69	41	6	16	35	1.74
22257152--22257342	57	3.4	56	78	11	192	26	22	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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