genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28347827--28348377	138	4.0	137	90	4	846	41	8	5	44	1.58
28354252--28354305	25	2.2	25	83	6	65	57	1	3	37	1.27
28354978--28355037	30	2.0	30	87	6	86	46	11	8	33	1.70
28361992--28362028	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
28362849--28362891	12	3.5	12	78	6	50	27	2	18	51	1.59
28362849--28362899	25	2.0	25	84	0	66	25	1	19	52	1.56
28362899--28362948	16	3.4	16	68	21	54	28	4	12	56	1.54
28362857--28362930	9	8.7	9	69	16	50	25	2	17	54	1.56
28362888--28362963	28	2.9	27	85	14	99	26	3	13	56	1.54
28362857--28362998	58	2.4	59	80	8	146	26	4	14	54	1.61
28362870--28362966	24	4.1	24	75	17	87	27	3	14	54	1.55
28362866--28363014	30	5.1	30	77	7	135	26	4	14	55	1.57
28364413--28364552	39	3.6	39	91	2	221	44	20	4	30	1.71
28364427--28364545	22	5.9	21	66	30	73	46	21	3	29	1.67
28369759--28369922	29	5.9	27	74	14	95	25	17	25	31	1.97
28369759--28369891	29	4.7	29	81	2	146	25	16	25	32	1.96
28373022--28373098	40	1.9	40	100	0	154	42	7	25	23	1.81
28377974--28378314	68	5.0	67	84	2	405	33	18	22	25	1.96
28377974--28378314	136	2.5	136	86	0	466	33	18	22	25	1.96
28381498--28381585	30	2.9	30	87	0	113	37	23	18	20	1.94
28383580--28383659	29	2.7	30	82	5	101	20	28	13	37	1.91
28383647--28383716	29	2.4	28	74	9	68	25	25	11	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28383780--28383863	41	2.0	41	95	4	152	53	10	10	25	1.67
28389189--28389247	28	2.1	28	93	0	100	33	15	3	47	1.62
28389201--28389260	28	2.1	28	81	6	68	38	20	3	38	1.69
28390606--28390649	22	2.0	22	100	0	88	22	18	36	22	1.95
28408347--28408393	18	2.7	18	86	3	69	51	2	0	46	1.13
28427026--28427063	18	2.1	18	100	0	76	31	10	10	47	1.72
28428543--28428621	39	2.0	39	100	0	158	41	17	2	37	1.63
28428630--28428662	17	1.9	17	93	0	57	39	12	6	42	1.67
28436943--28437245	141	2.1	141	84	5	398	29	15	14	39	1.87
28437479--28437660	68	2.7	69	94	1	330	25	10	18	46	1.80
28439420--28439760	99	3.4	100	88	5	458	27	15	26	29	1.96
28439420--28439754	51	6.7	50	81	3	354	27	15	26	29	1.96
28439521--28439793	151	1.8	149	81	6	336	29	15	26	29	1.96
28441626--28441654	15	1.9	15	100	0	58	31	6	41	20	1.79
28450194--28450242	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
28450471--28450603	50	2.7	50	77	0	122	26	27	20	25	1.99
28452571--28452614	20	2.2	20	84	15	56	29	4	9	56	1.50
28453909--28453950	19	2.3	18	88	12	59	69	2	11	16	1.29
28454286--28454315	14	2.1	14	93	0	51	6	3	33	56	1.42
28466543--28466680	49	2.8	50	79	2	161	22	28	21	26	1.99
28476686--28476796	48	2.3	48	84	0	132	44	20	9	25	1.82
28480562--28480670	56	2.0	56	87	1	157	33	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28480563--28480695	55	2.4	56	81	6	155	34	18	18	28	1.95
28480687--28481012	70	4.6	70	87	6	482	57	1	9	32	1.38
28480921--28480962	17	2.3	18	88	12	59	50	0	14	35	1.43
28481020--28481053	17	2.0	17	94	0	59	79	0	8	11	0.94
28480699--28481055	70	5.1	69	79	9	167	59	1	9	29	1.36
28481910--28481941	6	5.2	6	96	3	55	3	15	0	81	0.82
28487543--28487601	3	19.3	3	92	3	100	32	1	1	64	1.13
28488127--28488269	72	2.0	71	94	1	250	27	20	19	32	1.97
28491494--28491535	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
28492362--28492388	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
28499202--28499245	20	2.1	21	84	12	56	40	15	0	43	1.47
28500048--28500101	25	2.2	25	86	0	72	33	18	29	18	1.95
28500795--28500832	20	2.0	20	84	5	51	36	10	0	52	1.36
28501172--28501233	31	2.0	30	82	14	74	24	16	0	59	1.36
28504381--28504471	27	3.4	27	87	3	123	34	19	25	20	1.97
28508719--28508771	13	4.1	13	80	9	72	37	24	5	32	1.79
28508708--28508763	26	2.2	26	83	6	69	35	23	3	37	1.72
28513159--28513302	67	2.2	66	91	1	225	26	22	16	34	1.95
28513159--28513302	33	4.3	33	73	7	112	26	22	16	34	1.95
28513159--28513440	33	8.3	33	66	10	111	25	22	17	34	1.95
28515278--28515307	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
28515576--28515608	17	1.9	18	88	11	52	45	6	0	48	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28520293--28520331	20	2.0	20	89	0	60	28	10	12	48	1.74
28520279--28520343	34	1.9	33	84	9	87	33	7	12	46	1.70
28520988--28521018	5	6.0	5	92	7	53	58	0	0	41	0.98
28520978--28521021	16	2.9	16	93	6	74	59	0	0	40	0.98
28532638--28532850	45	4.7	45	82	1	257	35	18	19	26	1.95
28532638--28532892	90	2.8	90	82	3	255	37	17	19	25	1.93
28532819--28532985	45	3.7	44	77	9	156	47	14	20	17	1.83
28536089--28536189	37	2.7	37	77	17	95	38	2	4	53	1.38
28540510--28540646	43	3.2	44	78	8	131	27	16	26	29	1.97
28540544--28540646	42	2.4	43	82	6	129	28	16	25	30	1.97
28543399--28543428	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
28545395--28545421	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28552531--28552641	53	2.1	53	85	6	145	32	25	15	27	1.95
28557776--28557872	42	2.3	43	76	5	108	24	29	21	23	1.99
28558778--28558970	41	4.7	41	77	2	181	31	14	31	23	1.94
28558863--28558930	21	3.3	21	68	12	59	30	16	32	20	1.94
28559193--28559230	17	2.2	17	86	9	51	39	15	0	44	1.47
28560183--28560225	11	3.8	12	80	20	56	30	30	0	39	1.57
28561395--28561427	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
28562029--28562068	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
28562327--28562373	21	2.2	21	85	7	60	36	36	25	2	1.68
28562610--28563207	22	27.0	22	82	8	653	45	31	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28562639--28563207	43	13.0	43	82	7	639	45	30	0	23	1.55
28562685--28562731	13	3.5	13	76	21	51	44	36	0	19	1.51
28562688--28562741	14	3.8	14	78	11	65	46	37	0	16	1.48
28562682--28562775	28	3.6	27	82	17	117	44	36	0	19	1.51
28563098--28563177	7	11.0	7	71	12	54	43	33	0	22	1.53
28566185--28566649	125	3.7	125	84	3	587	29	22	17	30	1.96
28572604--28572745	70	2.2	63	84	13	175	39	12	24	23	1.89
28572625--28572761	70	2.0	70	97	0	256	34	12	26	27	1.92
28584340--28584471	61	2.2	58	86	4	183	51	3	4	40	1.40
28586127--28586212	22	3.9	22	90	0	118	27	15	27	29	1.96
28596234--28596292	30	2.0	30	86	6	84	49	10	6	33	1.63
28603351--28603406	26	2.2	25	78	9	60	46	5	0	48	1.25
28608532--28608789	125	2.1	125	94	2	455	33	20	7	37	1.82
28611058--28611248	64	3.0	64	89	3	305	40	25	5	27	1.78
28615387--28615544	41	3.8	41	79	7	167	22	19	27	30	1.98
28615706--28615737	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
28616898--28616967	16	4.9	15	70	20	60	20	22	24	32	1.97
28616897--28617050	41	3.8	41	82	4	186	20	19	25	33	1.96
28629905--28630456	136	4.1	136	92	0	908	45	15	3	34	1.64
28634290--28634390	20	5.1	20	69	9	71	16	30	20	31	1.95
28634290--28634409	40	3.0	40	87	4	179	17	30	19	32	1.95
28644548--28644588	18	2.4	17	87	4	55	41	4	4	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28651705--28651782	40	2.0	40	89	0	120	41	17	11	29	1.85
28657619--28657696	40	2.0	40	86	0	111	43	15	10	30	1.80
28659346--28659377	13	2.3	15	89	10	50	43	12	18	25	1.85
28669287--28669374	45	2.0	45	90	0	140	26	15	22	35	1.94
28676152--28676203	24	2.1	25	85	3	70	28	5	5	59	1.44
28676212--28676267	23	2.5	21	76	21	51	26	10	0	62	1.28
28685837--28686487	143	4.6	143	90	0	964	29	20	22	27	1.99
28685837--28686487	285	2.3	286	89	1	1011	29	20	22	27	1.99
28686417--28686519	44	2.3	44	83	0	125	24	22	22	31	1.99
28686944--28686991	23	2.1	23	100	0	96	37	33	8	20	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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