genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr02 ID=Chr02-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62769430

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  3  of  206  ( 24623 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
689998--690030	16	2.0	17	94	5	59	39	0	18	42	1.50
692680--692790	57	1.9	57	96	0	204	16	26	23	34	1.95
693754--693798	5	9.0	5	100	0	90	40	0	0	60	0.97
693850--693900	26	1.9	27	88	11	79	66	1	31	0	1.03
694773--694837	22	3.0	22	80	8	78	15	24	18	41	1.89
700437--700461	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
701908--701944	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
710814--711050	27	8.8	27	75	11	209	32	28	18	21	1.96
710816--711050	54	4.4	53	77	10	244	32	28	17	20	1.96
710921--711027	30	3.7	30	90	3	139	34	31	15	17	1.92
710813--711061	111	2.3	108	88	4	360	31	29	18	21	1.96
712065--712187	12	9.8	12	69	11	68	50	8	14	26	1.72
712065--712187	25	4.9	25	73	14	92	50	8	14	26	1.72
712547--712760	78	2.7	80	82	5	254	31	31	19	17	1.95
712622--712808	30	6.7	27	78	17	154	33	28	17	20	1.95
712655--712808	54	2.9	53	85	2	218	34	27	17	20	1.95
715165--715282	59	2.0	59	100	0	236	30	11	11	45	1.77
719022--719089	25	2.9	24	81	10	88	50	1	1	47	1.19
719973--720018	17	2.7	17	82	0	56	39	0	0	60	0.97
720002--720100	11	9.9	11	64	27	51	40	2	0	57	1.10
719992--720066	31	2.5	31	88	2	116	37	2	0	60	1.11
720055--720097	9	5.0	9	80	11	54	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720056--720087	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
720025--720108	39	2.2	39	82	8	100	39	1	0	59	1.05
720049--720108	25	2.3	26	75	11	61	40	0	0	60	0.97
721856--721940	22	3.9	22	90	0	116	29	28	14	28	1.95
722136--722437	121	2.5	121	86	2	417	25	17	22	35	1.95
722136--722483	122	2.9	119	83	4	356	25	16	22	35	1.95
724890--724932	21	2.0	20	82	8	50	51	6	11	30	1.65
750588--750634	16	2.8	18	78	15	55	57	0	6	36	1.24
754470--754512	19	2.2	19	84	12	52	72	4	2	20	1.14
756268--757092	360	2.3	360	83	5	1018	33	14	14	38	1.86
758099--758125	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
774388--774420	17	2.0	17	88	5	50	48	9	0	42	1.35
784737--784782	22	2.0	23	83	4	58	36	8	23	30	1.85
792301--792453	82	1.9	82	91	0	252	35	14	13	36	1.85
793538--793618	33	2.5	33	81	0	90	22	27	28	22	1.99
793755--793989	78	3.0	78	91	0	371	29	24	24	22	1.99
796584--796652	31	2.2	32	80	12	81	33	1	11	53	1.46
797004--797088	41	2.1	41	93	2	145	31	12	15	40	1.85
804125--804175	24	2.0	26	82	14	63	23	1	19	54	1.54
804604--804832	123	1.9	123	85	3	318	22	13	23	41	1.88
808595--808630	6	6.0	6	96	0	54	33	11	50	5	1.61
809889--809937	22	2.3	22	82	3	55	30	4	0	65	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809883--809934	21	2.6	19	76	8	50	30	3	0	65	1.10
814256--814322	31	2.2	31	88	0	98	47	8	8	34	1.66
819620--819680	2	30.5	2	89	0	95	50	1	1	45	1.21
822730--823100	123	3.0	123	96	0	679	33	24	20	21	1.97
830783--830825	18	2.4	18	80	7	52	51	2	2	44	1.27
832778--832804	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
835382--835426	6	7.2	6	85	9	63	28	0	17	53	1.44
835726--835765	3	13.3	3	100	0	80	0	0	32	67	0.91
842162--842328	89	1.8	90	83	11	225	37	17	19	25	1.94
843570--843604	18	2.0	18	94	5	63	40	0	0	60	0.97
852409--852480	37	1.9	37	83	5	92	18	13	27	40	1.88
857849--857919	37	1.9	37	85	5	99	15	15	32	36	1.89
862188--862298	54	2.1	54	98	0	213	33	20	12	33	1.90
870248--870309	32	2.0	32	90	3	99	59	0	1	38	1.07
870248--870352	10	10.2	11	71	18	57	60	0	2	37	1.12
870248--870351	41	2.5	40	87	6	154	59	0	2	37	1.12
873107--873181	29	2.5	29	78	4	78	29	4	12	54	1.55
873330--873367	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
883119--883157	20	1.9	21	84	5	53	64	0	2	33	1.08
887028--887582	255	2.2	253	78	7	577	39	18	14	27	1.90
889751--889775	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
890102--890127	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890081--890208	50	2.6	50	82	6	129	41	2	0	56	1.12
890190--890215	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
892675--892733	31	1.9	31	85	0	82	49	13	20	16	1.80
896123--896218	31	3.1	31	84	0	129	35	13	22	28	1.92
898363--898399	18	2.1	19	85	10	51	45	0	16	37	1.47
911370--911531	78	2.1	78	88	4	238	27	20	25	27	1.99
913599--913753	78	2.0	78	89	2	240	27	20	22	29	1.98
915978--916132	78	2.0	78	87	5	224	28	20	23	28	1.98
918364--918508	78	1.9	78	95	0	263	26	20	23	29	1.98
920727--920883	78	2.0	78	95	2	280	26	19	25	28	1.99
921395--921451	30	1.9	29	83	16	73	47	24	1	26	1.62
923086--923229	78	1.8	78	89	2	227	27	19	24	28	1.98
924497--924560	24	2.6	24	76	11	67	42	3	1	53	1.26
924761--924797	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
925163--925193	15	2.1	15	93	0	53	19	9	6	64	1.45
925263--925559	109	2.8	109	89	1	438	30	16	17	35	1.92
928155--928299	78	1.9	78	89	2	229	27	20	26	26	1.99
931265--931301	18	2.1	18	89	0	56	45	10	0	43	1.39
935335--935381	23	2.1	22	96	4	85	21	12	17	48	1.79
935572--935609	19	2.0	19	100	0	76	26	15	5	52	1.64
939221--939254	16	2.1	16	94	0	59	38	8	32	20	1.84
962933--963272	182	1.9	181	88	2	520	39	15	15	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966046--966148	51	2.0	52	83	12	133	24	27	8	39	1.84
966055--966159	51	2.1	51	81	13	119	22	31	8	37	1.85
973019--973060	19	2.3	18	80	16	50	52	4	16	26	1.63
973961--974024	26	2.5	26	84	0	92	35	10	25	28	1.89
974331--974368	19	2.0	20	84	5	51	39	0	0	60	0.97
978132--978251	59	2.0	59	100	0	240	20	18	18	42	1.89
982078--982107	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
989261--989321	31	2.0	31	83	6	79	37	4	0	57	1.20
993354--993590	118	2.0	118	97	0	447	30	18	22	28	1.97
993737--993781	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
997259--997309	20	2.5	21	82	17	63	58	17	1	21	1.48
1001838--1001897	19	3.2	19	77	13	70	65	0	5	30	1.14
1001844--1001909	27	2.3	29	85	12	84	62	0	6	31	1.20
1001865--1001933	20	3.5	19	73	9	57	62	0	7	30	1.22
1002181--1002220	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
1002745--1002780	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1008840--1008874	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
1009940--1009972	16	2.1	16	94	0	57	36	15	6	42	1.71
1013161--1013229	32	2.2	32	84	10	88	60	0	0	39	0.97
1018132--1018310	41	4.5	41	69	10	136	42	10	7	39	1.67
1018132--1018223	38	2.3	39	83	5	105	43	8	6	41	1.61
1019817--1019867	26	2.0	26	85	7	70	45	3	0	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1024751--1024821	32	2.2	32	97	0	133	59	26	0	14	1.36
1026876--1026915	21	1.9	21	85	10	55	37	0	7	55	1.29
1026878--1026946	29	2.3	29	85	7	86	44	0	4	50	1.21
1026905--1026942	20	1.9	20	88	0	58	47	0	0	52	1.00
1030749--1030803	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
1032030--1032059	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
1036296--1036326	14	2.1	15	94	5	55	61	3	12	22	1.46
1054568--1054602	14	2.6	14	90	4	54	14	5	17	62	1.49
1066827--1066872	23	2.0	23	91	0	74	39	13	15	32	1.85
1075753--1075798	21	2.2	21	88	0	65	71	2	2	23	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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