genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.110.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21515273--21515311	10	4.1	10	87	12	64	7	12	0	79	0.93
21515273--21515308	18	2.0	18	94	0	63	8	11	0	80	0.90
21521385--21521602	120	1.8	118	85	9	309	35	10	4	49	1.56
21521385--21521602	119	1.8	120	85	9	313	35	10	4	49	1.56
21521385--21521615	58	3.9	58	78	11	231	35	9	3	50	1.54
21525812--21526034	58	3.8	58	77	10	220	33	12	5	48	1.64
21525803--21526044	120	2.0	120	84	6	312	32	11	5	50	1.63
21526589--21526629	13	3.0	14	82	13	50	75	2	12	9	1.13
21526988--21527068	12	6.8	12	80	8	76	72	6	2	18	1.16
21526990--21527073	24	3.6	23	80	15	91	73	5	2	17	1.14
21528905--21529203	42	7.1	41	79	6	262	43	19	13	24	1.87
21528996--21529203	83	2.5	84	86	6	289	41	20	13	24	1.88
21529522--21529721	79	2.5	79	85	1	258	34	18	12	35	1.87
21529612--21529668	21	2.8	21	86	2	71	29	19	12	38	1.88
21530037--21530189	56	2.7	56	84	2	209	24	24	11	39	1.88
21530854--21530895	18	2.3	18	87	0	57	4	16	0	78	0.91
21531782--21531826	23	2.0	23	82	8	56	48	17	6	26	1.72
21536974--21537194	122	1.8	121	88	5	340	34	10	5	49	1.61
21536986--21537191	60	3.4	59	79	7	243	33	11	4	50	1.60
21537847--21537885	10	3.9	10	93	6	62	0	10	10	79	0.94
21537966--21538069	52	2.0	52	90	0	163	31	19	12	36	1.89
21539447--21539477	7	4.6	7	96	4	55	12	0	12	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21539452--21539495	14	3.0	15	83	6	54	20	0	6	72	1.07
21541063--21541092	4	7.5	4	92	0	51	73	0	3	23	0.98
21541063--21541100	12	3.2	13	85	14	55	73	0	5	21	1.02
21545210--21545247	20	1.9	20	88	0	58	55	2	5	36	1.37
21546328--21546367	17	2.3	17	84	16	55	47	0	0	52	1.00
21546795--21546819	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21550141--21550205	28	2.3	28	89	0	94	60	9	4	26	1.47
21550191--21550248	28	2.1	28	96	0	107	56	1	3	37	1.26
21550079--21550248	28	6.8	24	69	14	92	52	6	4	35	1.48
21552708--21552758	4	12.8	4	77	8	50	29	3	1	64	1.22
21552693--21552755	32	2.0	32	93	6	110	33	3	3	60	1.28
21552686--21552805	28	4.1	28	80	12	118	30	4	5	60	1.39
21552746--21552846	21	4.7	20	69	22	71	30	5	6	56	1.50
21552742--21552854	23	4.9	23	68	26	78	30	6	6	56	1.49
21552950--21553002	22	2.4	22	83	3	70	52	0	3	43	1.19
21553505--21553550	21	2.2	20	88	11	74	39	0	4	56	1.19
21553511--21553551	21	2.0	21	100	0	82	39	0	2	58	1.11
21553697--21553743	23	2.1	23	84	4	60	34	10	19	36	1.86
21553613--21553756	74	1.9	74	80	2	164	27	14	13	43	1.84
21553912--21553954	13	3.4	12	81	9	50	83	9	6	0	0.80
21555407--21555467	16	3.9	16	80	2	70	47	31	3	18	1.64
21555407--21555471	32	2.0	32	90	0	103	46	32	3	18	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21563794--21563848	30	1.9	28	82	17	69	38	7	16	38	1.76
21565558--21565943	49	7.6	49	77	10	323	29	12	23	34	1.91
21565558--21565850	160	1.8	158	85	4	410	28	11	23	36	1.90
21565713--21565943	98	2.4	97	91	2	365	30	12	23	32	1.92
21566217--21566249	12	2.8	12	90	0	57	18	54	18	9	1.69
21566549--21566578	13	2.4	12	89	10	51	83	3	6	6	0.90
21567635--21567688	16	3.4	16	76	0	54	48	29	3	18	1.65
21567622--21567686	32	2.0	32	87	0	94	46	26	4	23	1.71
21569900--21569953	5	11.0	5	77	18	60	0	20	0	79	0.73
21569900--21569937	19	2.0	19	90	10	60	0	15	0	84	0.63
21571391--21571421	12	2.6	12	94	0	53	74	3	0	22	0.96
21571617--21571664	24	2.0	24	95	0	87	41	10	6	41	1.64
21577183--21577283	47	2.1	47	83	3	123	30	10	5	52	1.60
21577364--21577420	26	2.2	26	78	6	62	42	7	10	40	1.66
21578668--21578697	14	2.1	14	93	0	51	13	6	3	76	1.11
21579086--21579119	17	2.1	17	88	5	52	52	2	29	14	1.56
21579264--21579324	22	2.9	21	75	20	65	49	4	0	45	1.23
21581410--21581442	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
21583699--21583723	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
21584813--21584885	4	18.8	4	76	20	59	17	0	4	78	0.91
21584813--21584885	7	9.4	8	75	24	59	17	0	4	78	0.91
21584817--21584892	25	3.0	25	83	9	100	15	0	6	77	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21584799--21584885	33	2.6	33	79	13	90	19	0	4	75	0.97
21585097--21585140	21	2.0	21	82	13	52	65	9	15	9	1.45
21585734--21585787	18	2.8	19	83	8	65	16	0	5	77	0.94
21585736--21585792	12	4.6	12	75	16	53	14	0	5	80	0.87
21590082--21590107	6	4.3	6	100	0	52	84	0	15	0	0.62
21597765--21597802	20	1.9	20	88	0	58	34	7	23	34	1.84
21597968--21598317	41	8.5	41	87	2	418	25	18	12	43	1.85
21598551--21598630	4	19.5	4	77	19	60	18	0	1	80	0.79
21598551--21598630	18	4.3	19	72	16	78	18	0	1	80	0.79
21598537--21598627	5	17.8	5	80	15	82	19	0	2	78	0.86
21598989--21599047	31	1.9	31	96	0	109	20	13	18	47	1.82
21598989--21599047	19	3.5	19	68	29	60	20	13	18	47	1.82
21599500--21599558	11	4.8	12	76	15	50	15	0	10	74	1.06
21599619--21600121	176	2.8	174	79	14	497	43	8	10	36	1.70
21603017--21603069	22	2.7	19	77	11	54	49	1	1	47	1.23
21603017--21603092	40	1.9	40	83	5	100	51	1	1	46	1.17
21605242--21605281	18	2.2	18	86	8	55	50	0	0	50	1.00
21609537--21609566	12	2.5	12	88	0	51	60	0	0	40	0.97
21616073--21616193	51	2.4	50	84	2	152	36	7	13	42	1.72
21616120--21616175	29	1.9	29	92	0	94	32	7	12	48	1.68
21616152--21616193	21	2.0	21	90	0	66	35	9	14	40	1.78
21616404--21616464	31	2.0	30	87	12	88	40	9	13	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21616610--21617073	43	10.4	43	71	13	206	25	11	16	47	1.80
21616674--21616714	16	2.6	16	100	0	82	26	14	19	39	1.90
21616701--21617112	43	9.5	43	75	8	268	24	11	16	48	1.78
21616701--21617099	130	3.1	127	78	6	374	24	11	16	47	1.80
21616692--21617113	87	4.9	87	75	7	358	24	11	16	48	1.79
21618285--21618334	22	2.3	22	80	16	59	18	2	6	74	1.12
21618290--21618314	13	1.9	13	100	0	50	16	4	8	72	1.24
21620206--21620288	40	2.1	40	97	0	157	45	24	3	26	1.69
21625364--21625408	23	2.0	22	91	4	72	26	4	0	68	1.08
21625365--21625429	28	2.3	29	84	5	80	27	1	1	69	1.07
21632054--21632088	6	5.8	6	93	0	52	51	11	0	37	1.38
21632242--21632280	4	9.8	4	83	10	53	46	25	0	28	1.53
21632241--21632297	8	7.1	8	85	0	51	45	17	0	36	1.49
21632458--21632493	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
21632043--21632636	203	3.0	195	86	7	827	44	15	11	27	1.81
21638725--21638769	18	2.6	18	85	3	56	42	4	4	48	1.43
21639671--21639704	14	2.5	14	90	4	52	44	0	2	52	1.16
21639769--21639848	12	6.8	12	75	19	71	36	1	0	62	1.03
21639751--21639848	36	2.8	37	81	18	106	36	1	0	62	1.02
21640097--21640132	18	2.0	18	89	10	56	50	0	0	50	1.00
21643496--21643558	24	2.4	27	78	17	71	42	0	0	57	0.99
21643516--21643552	18	2.1	18	85	14	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21644409--21644507	36	2.7	36	72	10	94	42	16	9	32	1.79
21645091--21645129	19	2.0	19	85	14	53	33	2	0	64	1.08
21648546--21648584	12	3.2	12	92	3	60	53	0	2	43	1.14
21655901--21655949	15	3.2	15	80	5	62	55	4	4	36	1.38
21656387--21656727	181	1.9	179	88	4	513	43	7	8	40	1.64
21657121--21657282	87	1.9	87	85	5	229	40	2	6	50	1.42
21657217--21657283	32	2.1	32	88	0	98	46	1	2	49	1.26
21662531--21662580	16	3.1	17	83	11	61	38	0	2	60	1.09
21663072--21663147	32	2.4	32	79	0	89	57	5	0	36	1.21
21663324--21663391	28	2.4	28	73	4	66	52	0	1	45	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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