genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
696942--696976	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
723776--723820	20	2.2	20	84	11	56	51	0	0	48	1.00
725196--725230	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
725350--725384	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
726086--726133	12	3.9	12	78	5	51	8	6	6	79	1.07
726111--726149	20	2.0	20	89	0	60	15	0	10	74	1.07
726119--726182	22	3.0	22	84	11	71	21	0	7	70	1.12
726130--726205	12	6.2	12	74	20	52	23	0	6	69	1.11
726143--726202	23	2.5	24	80	17	63	25	0	5	70	1.08
727837--727962	66	1.9	66	96	0	234	26	18	13	41	1.87
729765--729804	19	2.1	19	90	0	62	82	17	0	0	0.67
731043--731076	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
731396--731420	13	1.9	13	100	0	50	0	28	0	72	0.86
731827--731851	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
733497--733555	30	2.0	30	89	0	91	27	8	20	44	1.80
735749--736015	134	2.0	134	97	0	507	37	11	11	39	1.78
738095--738151	21	2.8	20	82	10	71	8	3	7	80	1.00
741197--741226	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
745263--745349	42	2.1	42	100	0	174	28	12	13	44	1.81
750539--750568	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
763404--763444	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
764849--764891	12	3.4	12	81	9	50	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764839--764913	13	5.7	13	74	16	57	48	0	1	50	1.09
768226--768294	23	3.0	23	89	2	68	52	2	0	44	1.16
768243--768294	23	2.3	23	100	0	104	51	3	0	44	1.19
771415--771474	21	3.0	20	72	11	52	40	0	3	56	1.16
771454--771500	19	2.4	21	76	20	57	40	0	0	59	0.97
771468--771497	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
771470--771499	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
774926--774967	20	2.1	20	82	8	50	52	0	0	47	1.00
775359--775394	13	3.0	12	88	11	56	52	0	0	47	1.00
775507--775583	29	2.7	29	78	8	84	28	9	10	51	1.66
782179--782469	145	2.0	145	94	0	510	32	18	12	36	1.88
795475--795510	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
796423--796494	37	1.9	37	86	10	103	56	1	1	40	1.16
796413--796495	37	2.3	35	75	19	89	55	1	1	42	1.15
797152--797183	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
797209--797242	15	2.3	15	90	10	52	26	20	14	38	1.91
805556--805595	20	2.0	20	85	9	55	27	5	15	52	1.63
806148--806181	15	2.2	16	89	5	52	32	14	11	41	1.82
806004--806392	198	2.0	197	96	1	726	31	12	14	40	1.84
809761--809793	16	2.1	16	88	11	50	3	15	0	81	0.80
815340--815387	23	2.0	23	88	8	69	43	2	4	50	1.33
815867--815920	15	3.6	15	78	9	56	46	1	1	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815922--815952	15	2.0	16	93	6	55	51	0	3	45	1.17
815930--815978	19	2.6	18	78	9	53	51	2	2	44	1.24
815867--816026	54	3.1	49	78	14	144	48	1	3	46	1.28
816313--816380	35	1.9	35	82	5	84	54	11	2	30	1.51
820055--820107	21	2.5	21	96	0	97	7	20	28	43	1.79
823150--823203	24	2.2	24	83	6	65	55	5	1	37	1.34
825301--825331	6	5.2	6	96	0	53	80	0	3	16	0.83
825474--825508	2	17.5	2	93	0	61	2	45	0	51	1.16
826803--827166	188	1.9	188	92	0	611	27	21	13	37	1.91
835273--835340	31	2.2	31	84	5	84	45	2	7	44	1.46
837092--837120	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
838095--838119	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
838477--838512	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
844610--844770	78	2.1	78	100	0	322	31	14	11	42	1.81
845889--845938	26	1.9	26	88	8	75	38	8	12	42	1.71
847342--847384	21	2.0	21	100	0	86	48	4	0	46	1.22
850486--850520	18	1.9	18	94	0	61	22	8	34	34	1.85
850901--850957	3	19.0	3	96	0	105	64	1	0	33	1.04
851034--851061	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
851356--851445	16	5.6	16	75	5	74	51	6	6	35	1.55
851354--851445	32	2.9	32	80	3	96	50	8	6	34	1.59
851388--851453	32	2.1	31	85	2	87	53	12	6	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851966--852084	57	2.1	55	80	11	136	47	1	4	46	1.31
852385--852425	21	2.0	21	85	0	55	36	0	0	63	0.95
852368--852416	26	2.0	26	84	8	66	38	2	0	59	1.09
854043--854097	14	3.9	14	92	2	83	18	0	27	54	1.44
854035--854097	28	2.2	29	88	5	92	20	0	25	53	1.45
854050--854136	14	5.7	16	81	10	58	18	0	27	54	1.44
854112--854155	22	2.0	23	86	8	65	22	2	27	47	1.63
854653--854723	37	1.9	36	81	13	83	71	5	1	21	1.14
855778--855816	19	2.1	19	95	0	69	48	2	0	48	1.15
855777--855819	22	2.0	22	85	0	59	51	2	0	46	1.13
856045--856126	22	3.7	22	85	3	94	36	14	20	28	1.92
856191--856247	22	2.6	22	86	5	71	22	19	29	28	1.98
856109--856371	128	2.1	127	84	3	341	34	14	17	33	1.90
856379--856421	22	2.0	22	90	0	68	32	16	20	30	1.95
856486--856561	22	3.5	22	72	0	71	36	17	17	28	1.92
858135--858179	22	2.0	22	82	0	54	57	4	15	22	1.56
862101--862168	19	3.3	20	77	18	77	54	1	2	41	1.24
864720--864774	27	2.1	26	82	3	65	56	0	5	38	1.23
867199--867236	13	3.2	12	86	13	53	84	0	2	13	0.73
867351--867388	18	2.1	18	100	0	76	47	10	10	31	1.72
867299--867448	77	1.9	78	89	4	232	41	11	7	40	1.69
867341--867472	60	2.2	59	81	10	160	41	12	6	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867495--867598	10	10.5	10	69	24	53	68	1	1	27	1.11
867562--867603	17	2.5	17	96	0	75	66	0	0	33	0.92
868372--868409	7	5.4	7	90	0	58	84	0	2	13	0.73
868416--868446	16	1.9	16	100	0	62	61	0	6	32	1.21
868403--868570	43	3.8	44	76	16	129	60	1	5	32	1.27
868480--868506	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
868565--868613	23	2.1	24	82	17	59	75	0	2	22	0.90
868793--869186	41	9.4	41	78	8	318	39	19	14	26	1.90
868793--869207	82	5.0	83	79	7	378	40	19	14	25	1.89
868789--869162	127	3.0	125	78	9	339	40	18	14	26	1.89
870232--870278	13	3.6	13	80	11	60	6	14	2	76	1.08
870231--870283	14	3.9	14	82	12	65	5	15	1	77	1.04
870232--870282	26	1.9	27	88	4	77	5	15	1	76	1.07
870217--870284	21	3.3	21	72	22	54	7	16	1	75	1.10
880096--880138	22	2.0	22	81	9	52	65	4	6	23	1.37
880740--881017	57	4.8	57	79	14	264	39	12	5	42	1.64
881037--881095	4	13.8	4	81	16	57	74	0	1	23	0.91
881037--881095	17	3.4	16	76	19	57	74	0	1	23	0.91
881036--881095	27	2.3	27	78	16	65	75	0	1	23	0.90
881036--881096	21	3.2	20	78	17	67	75	0	1	22	0.89
881036--881104	5	14.4	5	82	8	58	75	1	1	21	0.96
881136--881190	3	17.7	3	84	3	65	69	0	3	27	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881169--881204	17	2.1	17	89	0	54	83	0	0	16	0.65
881942--882024	17	4.9	17	75	19	52	61	1	6	31	1.28
881954--882009	16	3.2	17	87	12	78	62	0	5	32	1.18
881949--882013	3	20.3	3	73	17	51	63	0	4	32	1.15
881949--882012	20	3.5	20	83	14	84	62	0	4	32	1.16
882117--882174	24	2.4	23	86	13	73	74	0	3	22	0.97
882345--882404	31	1.9	31	89	0	93	46	8	10	35	1.67
887927--887962	4	9.2	4	87	6	56	75	2	0	22	0.94
892512--892554	22	2.0	22	90	0	68	32	13	11	41	1.81
895328--895628	150	2.0	150	99	0	593	32	22	18	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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