genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

This is table  23  of  113  ( 13473 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7968058--7968093	3	12.0	3	100	0	72	33	66	0	0	0.92
7969243--7969278	18	2.1	18	90	10	58	41	0	2	55	1.14
7976836--7976860	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
7989371--7989405	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
7995734--7995788	28	2.0	28	85	0	74	60	7	0	32	1.24
7996953--7996998	22	2.1	23	84	8	60	58	10	2	28	1.43
7997820--7997863	22	2.0	23	86	8	65	40	0	0	59	0.98
8014498--8014571	21	3.5	21	87	3	87	31	12	13	43	1.81
8018492--8018540	24	2.0	24	100	0	98	22	12	12	53	1.71
8018668--8018704	16	2.3	16	90	0	56	37	0	0	62	0.96
8022096--8022143	17	2.8	17	78	9	53	47	16	10	25	1.78
8025218--8025248	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
8026911--8026962	26	2.0	26	85	7	70	26	5	7	59	1.48
8027160--8027194	13	2.7	13	90	0	52	14	2	2	80	0.95
8027179--8027226	21	2.3	21	78	7	53	31	2	6	60	1.33
8028008--8028041	3	11.7	3	93	6	61	67	0	0	32	0.91
8028012--8028040	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8028009--8028041	17	1.9	17	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8028706--8028732	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8028732--8028758	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8030447--8030492	19	2.3	20	88	7	67	52	0	0	47	1.00
8030700--8030868	62	2.7	62	75	9	157	36	11	12	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030700--8030831	63	2.1	61	80	8	149	36	11	10	41	1.76
8031665--8031824	65	2.5	64	80	6	182	38	8	11	40	1.73
8047252--8047302	21	2.5	21	93	3	86	47	0	0	52	1.00
8047251--8047302	20	2.5	20	88	11	79	48	0	0	51	1.00
8047269--8047339	30	2.4	30	78	0	79	56	1	0	42	1.08
8047905--8047955	21	2.5	21	93	3	86	52	0	0	47	1.00
8048904--8048949	19	2.3	20	85	10	60	34	0	2	63	1.07
8048959--8049052	32	2.8	33	77	9	91	29	3	1	65	1.14
8049024--8049052	9	3.3	9	95	4	51	20	0	0	79	0.74
8052844--8052869	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
8064517--8064541	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
8072547--8072577	13	2.4	13	94	0	53	41	19	25	12	1.87
8080057--8080084	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8082109--8082238	62	2.1	62	91	1	217	40	14	11	33	1.82
8084764--8084873	52	2.1	53	93	1	186	34	8	16	40	1.78
8091421--8091466	18	2.6	18	96	0	83	19	6	26	47	1.73
8103926--8103976	24	2.1	24	100	0	102	33	7	11	47	1.69
8118991--8119048	25	2.3	25	87	0	80	55	5	5	34	1.45
8120161--8120210	22	2.1	24	82	17	61	50	2	0	48	1.12
8125868--8125906	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
8129871--8129902	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8130995--8131030	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8132866--8132918	21	2.7	19	78	13	54	37	1	3	56	1.28
8133594--8133634	16	2.6	17	77	14	52	53	0	2	43	1.13
8133989--8134032	14	3.2	14	77	3	54	15	6	2	75	1.12
8136093--8136140	17	2.8	17	75	12	53	37	0	2	60	1.09
8137162--8137201	6	6.7	6	94	0	71	2	65	0	32	1.06
8137367--8137392	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
8139489--8139543	27	2.0	27	100	0	110	36	7	14	41	1.74
8145550--8145580	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8146168--8146205	17	2.2	18	90	4	60	71	0	0	28	0.87
8154206--8154237	5	6.6	5	96	3	57	0	15	0	84	0.63
8156180--8156478	55	5.3	55	75	14	256	37	8	4	49	1.54
8156311--8156357	22	2.1	23	84	4	60	34	4	4	57	1.38
8157442--8158490	530	2.0	530	93	0	1805	27	23	17	31	1.97
8158452--8158491	21	1.9	21	94	0	71	0	27	12	60	1.33
8158561--8158600	21	1.9	21	94	0	71	0	27	12	60	1.33
8158407--8158620	109	2.0	109	100	0	428	17	22	11	48	1.80
8158996--8159045	4	12.2	4	76	19	50	72	4	0	24	1.02
8159099--8159140	21	2.0	21	86	4	59	40	23	4	30	1.75
8161226--8161288	29	2.2	28	88	2	90	39	0	7	52	1.31
8164605--8164658	10	5.5	10	79	14	51	40	0	0	59	0.98
8164662--8164708	15	3.1	15	87	9	60	29	4	0	65	1.11
8165786--8165836	21	2.4	21	93	0	93	27	15	35	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166211--8166376	90	1.8	90	88	0	251	38	4	9	46	1.58
8166216--8166399	90	2.0	90	85	0	242	39	5	9	45	1.60
8166535--8166563	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8166875--8166908	6	5.7	6	96	0	59	32	52	11	2	1.53
8170447--8170479	17	1.9	17	93	0	57	12	9	6	72	1.26
8171461--8171506	22	2.2	22	85	14	62	63	0	0	36	0.95
8174030--8174148	61	2.0	61	81	3	141	43	10	15	31	1.79
8174145--8174259	62	1.9	60	82	10	144	33	8	16	41	1.79
8174429--8174761	59	5.5	60	72	15	206	44	9	14	31	1.76
8174445--8175020	244	2.4	246	78	7	600	43	9	13	33	1.76
8174445--8175020	121	4.7	120	74	10	409	43	9	13	33	1.76
8174421--8175020	61	9.8	58	71	13	291	43	9	13	34	1.76
8175852--8175928	35	2.2	35	84	6	95	33	10	10	45	1.72
8175866--8175938	35	2.1	35	86	0	101	31	13	9	45	1.76
8181299--8181349	22	2.3	22	83	10	59	62	0	1	35	1.06
8181894--8181951	7	8.0	7	78	14	64	32	0	0	67	0.91
8181904--8181941	8	4.9	8	83	6	51	31	0	0	68	0.90
8181876--8181951	15	5.1	15	73	10	68	32	0	0	67	0.91
8183826--8183863	14	2.8	14	84	4	51	0	2	18	78	0.86
8187059--8187091	3	11.0	3	93	0	57	30	3	0	66	1.06
8188568--8188619	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
8198981--8199032	27	1.9	27	92	0	86	36	3	3	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8199006--8199080	21	3.6	21	76	7	71	40	6	5	48	1.52
8199333--8199535	21	9.6	21	74	5	158	34	7	11	46	1.69
8199333--8199514	63	2.9	63	83	8	210	35	7	11	45	1.69
8199337--8199535	63	3.1	63	80	9	201	34	7	12	46	1.69
8200154--8200188	17	2.1	17	94	0	61	62	5	5	25	1.40
8202067--8202098	16	2.0	16	93	0	55	59	9	6	25	1.52
8207894--8207926	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
8213219--8213336	28	4.1	28	75	10	105	48	0	4	47	1.21
8213203--8213335	58	2.3	59	89	2	198	48	0	3	48	1.19
8218438--8218484	12	3.5	13	82	11	51	0	34	0	65	0.93
8239015--8239316	148	2.0	150	84	3	394	43	17	13	25	1.86
8245841--8245909	23	2.8	23	82	8	75	50	0	1	47	1.09
8245900--8245961	18	3.6	17	73	6	54	45	1	1	51	1.20
8247530--8247577	11	4.4	12	73	21	52	35	0	0	64	0.94
8247537--8247594	21	2.8	21	76	7	57	46	0	0	53	1.00
8248757--8248822	19	3.4	19	75	10	71	46	3	4	45	1.38
8249425--8249467	21	2.0	22	81	4	52	46	0	4	48	1.22
8255045--8255337	151	1.9	151	89	0	451	32	17	14	35	1.90
8258690--8258747	27	2.2	28	81	12	77	51	1	1	44	1.21
8258699--8258786	27	3.1	27	81	3	95	57	1	1	39	1.13
8259636--8259679	11	3.8	11	85	11	61	65	0	0	34	0.93
8259629--8259685	24	2.3	24	78	3	69	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8259661--8259724	23	2.8	24	75	17	64	54	1	0	43	1.09
8259672--8259719	22	2.2	21	85	10	62	50	2	0	47	1.12
8259745--8259791	24	2.0	24	82	0	58	40	0	8	51	1.33
8264005--8264036	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
8269326--8269512	82	2.3	82	89	1	277	32	15	16	35	1.90
8269326--8269573	82	3.0	82	83	2	228	32	14	16	36	1.89
8275060--8275098	2	20.0	2	94	5	71	0	51	0	48	1.00
8275533--8275590	28	2.0	28	86	6	80	32	13	17	36	1.89
8277575--8277608	5	6.4	5	96	3	50	0	17	0	82	0.67
8277711--8277759	2	25.5	2	91	8	84	0	51	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113