genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8601776--8601826	25	2.0	25	92	0	84	52	0	0	47	1.00
8601843--8601903	22	2.7	23	72	7	54	55	0	0	44	0.99
8613348--8613445	48	2.0	48	92	0	160	43	12	9	34	1.74
8627046--8627084	12	3.2	12	81	0	51	5	5	5	84	0.86
8631708--8631751	19	2.3	19	88	11	63	34	0	0	65	0.93
8631768--8631822	22	2.4	23	82	8	69	54	0	0	45	0.99
8636149--8636205	30	1.9	30	85	7	80	43	10	24	21	1.83
8651719--8651787	34	2.0	35	94	2	122	30	17	13	39	1.87
8657329--8657366	16	2.5	15	84	16	51	42	7	5	44	1.56
8658368--8658396	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
8660172--8660208	18	2.1	17	90	5	56	29	5	10	54	1.57
8662891--8662951	14	4.6	13	73	15	54	34	0	1	63	1.04
8664443--8664483	21	2.0	21	85	9	57	36	4	0	58	1.20
8684556--8684602	19	2.5	20	79	10	62	38	0	0	61	0.96
8684570--8684599	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
8684572--8684601	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
8685266--8685313	25	1.9	25	83	8	62	50	6	2	41	1.39
8690392--8690579	87	2.1	88	87	4	265	41	7	4	46	1.53
8690669--8690827	86	1.8	87	82	4	205	37	3	7	51	1.48
8690851--8691019	88	1.9	89	82	1	214	46	7	5	39	1.57
8691238--8691297	25	2.5	24	75	8	59	51	6	3	38	1.45
8695653--8695964	158	2.0	158	97	0	588	42	11	11	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8696378--8696413	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
8701096--8701135	20	2.0	20	85	0	53	52	30	0	17	1.45
8711233--8711258	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
8714501--8714713	107	2.0	107	95	0	381	35	23	10	30	1.88
8718313--8718339	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8725174--8725200	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
8725655--8725693	13	3.0	14	89	10	57	41	0	0	58	0.98
8725678--8725741	29	2.3	27	84	7	76	48	1	0	50	1.10
8725717--8725764	18	2.6	19	77	9	55	58	0	0	41	0.98
8725725--8725787	29	2.1	31	91	5	103	52	1	0	46	1.10
8725728--8725778	19	2.5	20	75	9	59	52	0	0	47	1.00
8725869--8725904	15	2.4	15	100	0	72	38	0	0	61	0.96
8725908--8725950	21	2.0	21	90	0	68	34	2	2	60	1.22
8729014--8729053	17	2.3	18	82	4	55	27	0	2	70	1.01
8729044--8729114	22	3.1	24	82	13	87	57	0	0	42	0.98
8729066--8729102	12	3.2	12	77	14	51	51	0	0	48	1.00
8735697--8735725	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8735848--8735894	19	2.4	19	82	10	60	31	0	2	65	1.04
8735896--8735958	18	3.4	18	84	6	72	39	3	0	57	1.15
8737287--8737343	29	2.0	27	86	6	78	47	17	14	21	1.82
8740936--8740991	24	2.3	25	93	3	96	44	0	5	50	1.25
8741100--8741185	42	2.0	43	84	6	113	46	1	2	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741165--8741207	17	2.7	16	86	10	61	44	2	0	53	1.13
8741431--8741489	29	1.9	29	86	10	82	49	1	3	45	1.28
8741561--8741597	19	2.1	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
8748410--8748451	2	21.0	2	90	0	66	45	0	0	54	0.99
8757281--8757322	15	2.6	16	85	10	59	33	0	0	66	0.92
8757281--8757322	17	2.6	17	88	7	61	33	0	0	66	0.92
8775795--8775881	45	2.0	44	80	15	99	51	3	2	42	1.31
8775933--8775971	18	2.2	18	86	9	53	69	2	0	28	1.02
8782760--8782929	92	1.8	92	100	0	340	41	18	19	21	1.91
8787309--8787352	21	2.1	21	86	0	61	43	9	9	38	1.68
8789654--8789692	14	2.8	14	88	0	51	82	2	2	12	0.89
8790631--8790660	14	2.1	14	100	0	60	66	0	13	20	1.24
8790626--8790660	14	2.3	15	85	14	54	68	0	11	20	1.20
8790784--8790943	60	2.7	59	85	4	223	42	4	11	41	1.60
8790708--8791135	198	2.2	192	83	6	513	43	5	9	42	1.58
8790982--8791139	57	2.8	56	77	13	160	48	4	7	39	1.52
8793342--8793563	109	2.0	109	98	0	426	39	7	18	34	1.78
8803964--8803998	12	2.8	13	86	8	54	0	14	2	82	0.77
8805098--8805167	14	4.9	15	73	15	51	40	1	1	57	1.17
8806962--8807001	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
8808910--8808991	25	3.6	23	73	13	64	45	1	0	53	1.08
8808910--8808987	31	2.5	31	79	6	79	44	1	0	53	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8816098--8816160	28	2.2	29	86	8	85	41	3	1	53	1.26
8819960--8819996	4	9.8	4	82	11	51	72	2	0	24	0.97
8819960--8819996	7	4.9	8	83	9	51	72	2	0	24	0.97
8823165--8823214	17	2.9	17	74	11	57	50	2	0	48	1.12
8823143--8823214	34	2.1	36	86	5	103	45	2	0	51	1.15
8823267--8823308	18	2.3	18	80	8	50	57	4	0	38	1.20
8823632--8823675	16	2.8	17	80	13	58	59	2	0	38	1.10
8825356--8825443	29	3.0	28	77	14	79	48	1	7	42	1.39
8825357--8825461	30	3.6	29	75	6	86	48	2	6	41	1.44
8833720--8833779	25	2.5	24	86	8	77	63	0	5	31	1.16
8838019--8838084	33	2.0	33	87	0	96	46	22	7	22	1.77
8842361--8842435	19	3.9	19	72	16	73	52	0	1	46	1.09
8842601--8842625	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8843401--8843427	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8845011--8845067	29	2.0	29	92	0	96	33	7	22	36	1.81
8849008--8849053	13	3.3	14	82	14	51	52	0	0	47	1.00
8850162--8850204	15	2.9	15	82	6	52	46	0	0	53	1.00
8854693--8854735	8	5.8	8	81	13	56	39	0	0	60	0.97
8854685--8854735	22	2.4	22	83	3	68	37	0	0	62	0.95
8855815--8855850	17	2.2	16	90	5	54	33	8	19	38	1.82
8856845--8856892	15	3.6	15	69	30	54	25	0	0	75	0.81
8856845--8856896	24	2.2	24	100	0	104	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8858527--8858566	20	2.1	19	85	4	53	27	12	5	55	1.58
8862800--8862841	21	2.0	21	86	9	59	33	9	4	52	1.55
8863350--8863418	29	2.4	28	80	7	68	47	0	4	47	1.21
8870292--8870414	29	4.1	29	89	4	183	49	13	16	21	1.78
8871612--8871656	23	2.0	23	86	0	63	57	2	4	35	1.31
8873521--8873562	16	2.7	15	82	17	50	71	2	7	19	1.20
8881936--8882011	28	2.7	28	78	11	75	35	9	5	50	1.57
8882052--8882100	16	3.0	16	79	5	53	44	0	4	51	1.20
8882045--8882089	23	2.0	23	82	8	56	42	0	4	53	1.21
8882081--8882160	29	2.8	28	82	3	106	61	2	2	33	1.23
8894913--8894997	6	15.3	6	74	18	51	62	0	0	37	0.96
8894911--8894969	16	3.7	16	90	6	84	64	0	0	35	0.94
8894943--8894995	2	28.5	2	76	14	51	56	0	0	43	0.99
8897538--8897564	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8902660--8902688	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8902909--8902942	17	1.9	17	88	5	50	35	5	5	52	1.50
8903143--8903173	13	2.4	13	88	0	53	6	12	0	80	0.89
8903542--8903575	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
8904239--8904333	48	2.1	47	80	9	108	55	1	1	42	1.13
8904397--8904440	20	2.1	21	87	8	63	50	0	2	47	1.13
8908960--8909032	37	2.0	37	81	5	85	35	27	12	24	1.91
8917033--8917072	21	1.9	21	85	10	55	42	0	15	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8920820--8920881	21	2.9	21	71	22	56	48	0	3	48	1.17
8923949--8924054	54	2.0	54	84	3	142	38	18	15	27	1.91
8924427--8924556	67	1.9	67	90	3	208	23	20	13	42	1.88
8924844--8924898	27	2.1	26	82	3	65	23	5	9	61	1.46
8928522--8928570	17	2.9	17	78	9	55	46	8	0	44	1.33
8928522--8928568	16	2.9	16	87	3	58	46	8	0	44	1.33
8929481--8929523	18	2.4	19	80	11	54	41	0	4	53	1.21
8939424--8939469	23	2.0	22	83	12	56	23	15	28	32	1.95
8946463--8946925	236	2.0	236	88	0	692	41	14	5	38	1.69
8947667--8947741	32	2.4	32	86	2	98	42	14	9	33	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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