genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

This is table  109  of  113  ( 13473 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21355600--21355642	23	1.9	22	95	4	77	9	9	0	81	0.88
21356003--21356031	14	2.0	15	93	6	51	6	10	0	82	0.83
21355905--21356832	463	2.0	462	96	1	1707	30	18	11	39	1.87
21356466--21356494	14	2.0	15	93	6	51	6	10	0	82	0.83
21360072--21360598	58	9.1	56	78	10	501	37	12	6	43	1.68
21360030--21360598	116	4.9	116	85	6	713	37	12	6	43	1.68
21360617--21360688	6	11.5	6	76	17	67	79	0	4	16	0.89
21360617--21360694	27	3.0	26	75	18	74	76	0	5	17	0.96
21361181--21361233	6	8.7	6	80	12	63	79	0	0	20	0.74
21361393--21361697	102	3.0	102	85	1	425	23	19	10	46	1.81
21361623--21361950	174	1.9	174	86	1	469	21	17	12	47	1.81
21361955--21362038	34	2.5	34	82	0	105	23	15	10	50	1.75
21362392--21362428	20	1.9	19	89	10	58	70	0	0	29	0.88
21362492--21362525	11	3.1	11	86	0	50	26	50	8	14	1.72
21363809--21363941	15	8.4	16	80	6	146	48	31	1	18	1.57
21363817--21363942	31	4.0	31	79	7	137	48	30	1	19	1.59
21363814--21363939	47	2.7	45	84	9	164	48	30	1	19	1.58
21365280--21365315	18	2.1	18	89	5	56	36	0	0	63	0.94
21365528--21365567	21	1.9	21	85	10	55	60	0	15	25	1.35
21366702--21366726	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21370684--21370734	21	2.5	21	96	3	95	49	0	0	50	1.00
21371969--21372051	43	1.9	44	82	7	107	40	6	6	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21382624--21383067	230	1.9	230	88	2	678	29	10	16	43	1.81
21384389--21384476	6	14.5	6	71	19	51	77	5	1	15	1.02
21384389--21384470	16	4.9	16	76	16	53	76	6	1	15	1.04
21385327--21385388	26	2.4	25	81	10	63	48	9	3	38	1.52
21388513--21388557	21	2.1	22	87	4	65	31	6	4	57	1.44
21389664--21389703	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
21394404--21394477	18	3.9	18	77	13	78	62	8	4	25	1.41
21397463--21397506	22	2.0	22	86	0	61	45	4	0	50	1.22
21399189--21399236	24	2.0	24	100	0	96	29	25	16	29	1.97
21406328--21406367	17	2.3	18	91	4	64	67	2	0	30	1.04
21406731--21406764	17	2.1	16	88	5	50	55	0	2	41	1.15
21407190--21407260	12	5.9	12	86	0	88	16	52	4	26	1.63
21407208--21407263	6	9.3	6	90	0	85	16	50	3	30	1.62
21411016--21411265	139	1.8	137	86	1	365	29	16	14	40	1.88
21411343--21411397	28	2.0	28	85	0	74	40	0	1	58	1.09
21411591--21411662	23	3.1	23	74	7	74	47	0	1	51	1.09
21412906--21412949	22	2.0	22	81	0	52	50	0	0	50	1.00
21412865--21412965	46	2.2	47	76	13	104	46	0	2	49	1.23
21421452--21421483	3	10.7	3	93	0	55	34	0	31	34	1.58
21426628--21426662	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
21434917--21434971	27	2.0	27	92	0	92	32	14	16	36	1.89
21447482--21447627	16	8.8	16	75	14	127	16	0	34	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21447473--21447626	34	4.6	32	82	10	184	16	1	33	48	1.55
21447925--21447976	24	2.1	26	89	7	81	30	3	0	65	1.10
21448025--21448080	25	2.3	23	77	16	60	75	3	0	21	0.96
21449077--21449137	9	7.2	8	76	10	52	29	1	0	68	0.99
21449075--21449099	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
21449078--21449118	17	2.4	16	88	8	55	26	2	0	70	0.99
21449307--21449382	39	1.9	39	83	0	98	46	19	22	11	1.82
21449484--21449759	87	3.2	86	88	1	374	39	18	20	22	1.93
21450363--21450582	59	3.8	59	91	4	365	32	11	9	46	1.72
21450363--21450582	116	1.9	116	91	3	361	32	11	9	46	1.72
21450604--21450643	17	2.3	17	86	4	53	82	0	7	10	0.84
21450609--21450661	23	2.2	25	86	6	74	81	3	5	9	0.98
21451081--21451127	19	2.4	20	85	3	60	29	19	27	23	1.98
21451139--21451186	20	2.4	20	85	0	69	6	22	33	37	1.80
21451646--21451720	25	3.0	25	80	14	82	72	2	4	21	1.14
21451630--21451698	25	2.7	25	80	17	79	68	2	4	24	1.22
21451687--21451833	9	16.2	9	67	21	58	70	3	0	26	1.03
21451687--21451835	15	9.7	15	69	16	65	69	3	0	26	1.04
21451685--21451810	28	4.4	29	72	14	91	71	3	0	25	1.01
21451781--21451835	3	17.7	3	82	14	51	69	1	0	29	0.99
21452014--21452100	1	87.0	1	88	0	129	0	0	5	94	0.32
21452014--21452099	44	2.0	43	95	2	154	0	0	5	94	0.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458215--21458328	17	6.8	16	72	15	79	15	1	35	46	1.57
21459770--21459810	22	1.9	21	85	14	57	29	7	0	63	1.21
21461002--21461053	6	8.7	6	100	0	104	17	0	48	34	1.48
21461400--21461487	18	5.1	18	75	8	83	35	32	5	26	1.80
21461402--21461487	33	2.5	35	83	5	104	34	33	5	25	1.80
21462072--21462110	18	2.2	18	86	9	53	51	0	0	48	1.00
21470573--21470602	15	2.1	14	93	6	51	26	0	0	73	0.84
21470632--21470765	24	5.5	24	72	7	92	30	2	5	60	1.36
21470708--21470760	20	2.7	20	78	0	61	28	3	5	62	1.35
21470654--21470768	24	4.8	24	72	16	103	30	4	5	60	1.38
21470789--21470842	24	2.2	24	83	0	72	37	5	7	50	1.54
21470812--21470851	20	2.0	20	90	0	62	42	2	2	52	1.28
21470982--21471006	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
21471343--21471552	109	1.9	108	86	2	296	31	19	13	35	1.90
21472667--21472708	11	3.8	11	78	12	50	19	0	4	76	0.96
21474107--21474147	2	20.5	2	89	0	64	48	0	0	51	1.00
21475086--21475116	12	2.6	12	100	0	62	22	0	6	70	1.09
21475806--21475849	19	2.3	19	84	0	52	4	18	43	34	1.70
21476295--21476356	27	2.2	28	82	2	72	11	16	8	64	1.48
21477016--21477514	49	10.4	49	81	7	487	35	21	13	29	1.92
21477016--21477515	96	5.2	94	80	7	494	35	21	13	29	1.92
21477016--21477515	145	3.5	143	83	7	572	35	21	13	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480008--21480393	207	1.9	205	79	9	437	35	12	7	44	1.70
21480620--21480654	13	2.7	13	86	0	52	11	25	37	25	1.90
21481634--21481676	4	10.8	4	85	9	61	79	0	0	20	0.74
21481633--21481680	8	5.9	8	83	11	53	81	0	0	18	0.70
21481631--21481682	16	3.0	16	81	13	59	80	0	0	19	0.71
21482361--21482399	19	2.1	19	85	4	53	2	7	15	74	1.15
21484396--21484443	20	2.4	19	76	10	51	47	6	0	45	1.27
21485398--21485472	32	2.4	32	80	12	86	52	1	1	45	1.17
21485510--21485554	21	2.1	21	87	0	63	22	2	2	73	1.05
21487190--21487222	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
21488359--21488413	27	2.1	26	82	3	65	58	7	12	21	1.59
21494529--21494624	37	2.6	38	81	5	115	71	2	7	18	1.19
21495424--21495533	3	39.0	3	76	15	110	62	2	1	32	1.20
21495428--21495541	24	4.5	26	77	15	123	61	2	2	33	1.24
21496154--21496244	8	11.6	8	73	9	80	20	3	27	48	1.65
21496151--21496244	24	4.0	24	78	10	97	21	3	27	47	1.66
21496188--21496317	39	3.3	39	76	5	127	19	5	29	46	1.72
21496156--21496269	31	3.6	31	80	4	113	23	4	24	47	1.70
21496220--21496330	47	2.4	47	81	4	134	18	4	30	45	1.69
21498266--21498301	15	2.5	15	90	4	56	41	27	5	25	1.77
21510227--21510461	60	3.9	59	81	7	262	33	11	5	49	1.61
21510218--21510459	120	2.0	121	86	2	344	32	11	5	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21511408--21511482	12	6.5	11	80	14	73	74	6	2	16	1.14
21511408--21511482	24	3.2	23	78	17	82	74	6	2	16	1.14
21511402--21511459	24	2.6	22	79	12	64	74	5	3	17	1.15
21513246--21513299	15	3.5	15	80	12	65	0	7	11	81	0.87
21513331--21513608	42	6.6	41	81	8	256	43	19	12	24	1.85
21513310--21513608	83	3.6	82	81	7	289	43	19	13	24	1.86
21514019--21514131	21	5.6	21	66	21	80	37	15	9	38	1.80
21513928--21514131	80	2.6	80	89	0	293	36	18	9	35	1.84
21514443--21514597	56	2.8	56	89	0	229	24	25	10	39	1.88
21515259--21515301	18	2.4	18	88	0	59	4	18	0	76	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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