genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

This is table  112  of  113  ( 13473 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21989152--21989201	14	3.6	14	83	2	66	50	2	0	48	1.12
21989149--21989201	27	2.0	25	85	10	70	52	1	0	45	1.11
21989370--21989419	22	2.3	21	77	16	57	48	0	0	52	1.00
21989794--21989862	29	2.4	29	87	2	104	47	2	0	49	1.16
21990239--21990299	31	2.0	30	90	3	95	47	0	6	45	1.28
21990404--21990651	71	3.5	72	77	9	240	42	5	4	47	1.47
21990356--21990651	71	4.1	72	76	9	223	43	5	5	45	1.49
21990586--21990711	58	2.2	58	87	4	184	40	6	2	50	1.41
21990749--21990809	16	3.9	16	68	12	54	42	3	1	52	1.27
21990759--21990818	31	1.9	31	96	0	111	40	5	1	53	1.33
21994672--21994712	2	20.5	2	94	0	73	2	46	0	51	1.14
21995486--21995634	77	1.9	77	84	0	199	32	14	13	38	1.85
21995859--21995888	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
22002179--22002207	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22005874--22005919	22	2.1	22	87	0	65	41	8	4	45	1.55
22006122--22006186	21	3.2	20	82	10	78	33	18	1	46	1.59
22007918--22007956	19	2.1	19	85	0	51	56	2	10	30	1.46
22029378--22029403	12	2.2	12	100	0	52	7	19	23	50	1.73
22030700--22030747	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
22030898--22030933	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
22032995--22033044	26	2.0	25	84	4	64	52	2	4	42	1.31
22033346--22033385	16	2.6	16	88	4	55	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22033620--22033666	22	2.1	22	84	11	60	40	10	0	48	1.38
22033846--22033915	34	2.1	34	83	5	88	38	11	8	41	1.72
22037052--22037087	7	5.6	7	81	18	51	22	0	0	77	0.76
22037504--22037577	35	2.1	34	83	14	89	37	4	10	47	1.58
22038033--22038096	24	2.6	25	87	9	87	51	14	10	23	1.73
22042803--22042848	23	2.0	23	91	0	74	30	13	13	43	1.81
22043593--22043644	26	2.0	26	96	0	95	25	28	15	30	1.96
22050794--22050851	30	1.9	30	86	6	82	43	18	8	29	1.80
22051606--22051741	73	1.9	72	90	1	218	52	2	8	37	1.44
22051612--22051761	73	2.1	73	85	1	203	52	3	8	36	1.49
22051398--22051807	186	2.2	185	80	4	441	50	5	9	34	1.58
22053658--22053692	18	1.9	18	88	0	52	48	5	8	37	1.58
22054366--22054417	23	2.3	22	80	6	59	59	0	1	38	1.08
22062535--22062570	18	2.0	18	88	0	54	0	22	0	77	0.76
22062803--22062836	12	2.7	13	95	4	61	70	2	26	0	1.01
22063270--22063528	130	2.0	130	96	1	475	40	8	15	35	1.77
22063611--22063669	31	1.9	31	96	3	111	32	18	22	27	1.97
22063672--22063731	30	2.0	30	96	0	111	35	13	25	26	1.93
22069708--22069749	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
22069971--22070026	24	2.4	24	79	8	62	30	5	5	58	1.42
22069984--22070038	24	2.2	24	83	3	74	27	3	5	63	1.33
22071570--22071604	17	2.1	17	94	0	61	42	11	8	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22076577--22076617	12	3.7	12	84	12	52	14	0	12	73	1.11
22077203--22077238	17	2.1	17	90	10	56	27	5	11	55	1.57
22077235--22077271	20	1.9	18	89	10	56	35	10	5	48	1.61
22077306--22077416	20	5.6	20	66	26	58	30	5	11	52	1.60
22077333--22077493	55	3.0	55	89	1	245	25	5	12	56	1.57
22077364--22077407	22	2.0	23	90	4	72	27	4	11	56	1.53
22077368--22077422	20	2.5	22	80	8	60	27	5	10	56	1.56
22077587--22077647	17	3.6	16	80	12	61	27	6	14	50	1.68
22077675--22077701	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
22077776--22077824	16	2.8	18	78	12	57	38	6	10	44	1.63
22080126--22080164	14	2.9	14	88	11	55	82	0	15	2	0.79
22080508--22080556	22	2.2	22	86	13	66	75	2	18	4	1.06
22080522--22080596	13	5.5	13	79	14	71	73	0	16	10	1.10
22080548--22080607	7	8.9	7	78	5	52	68	0	18	13	1.21
22080846--22080883	8	4.6	8	84	15	51	86	0	13	0	0.56
22080846--22080883	17	2.2	18	90	4	60	86	0	13	0	0.56
22082135--22082235	36	2.8	36	83	3	114	34	7	11	45	1.70
22082331--22082387	17	3.3	17	78	4	60	19	10	22	47	1.80
22082799--22082971	42	4.1	42	83	7	181	29	12	19	38	1.88
22082796--22082979	86	2.2	85	83	6	230	28	11	19	40	1.86
22083983--22084020	20	1.9	20	100	0	76	36	2	7	52	1.45
22083960--22084033	24	3.0	24	78	11	80	35	2	10	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22083996--22084155	54	3.0	53	85	3	196	27	5	11	55	1.56
22084208--22084253	14	2.8	17	78	21	62	23	4	19	52	1.64
22084311--22084380	16	4.2	15	74	16	59	35	7	10	47	1.65
22086690--22086883	99	2.0	99	85	2	264	28	20	18	32	1.96
22091326--22091406	32	2.6	29	75	13	72	16	2	8	72	1.19
22092701--22092744	12	3.5	12	84	9	52	15	2	6	75	1.12
22092963--22093359	218	1.8	219	91	1	663	45	5	11	37	1.64
22096836--22096873	15	2.4	16	84	16	53	71	0	0	28	0.87
22097815--22097863	22	2.3	22	85	3	64	36	2	2	59	1.21
22098052--22098091	20	2.1	19	85	4	53	37	2	2	57	1.26
22113400--22113441	13	3.2	13	83	10	50	28	0	2	69	1.01
22114982--22115009	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
22115549--22115588	18	2.2	18	95	0	71	12	12	30	45	1.79
22116497--22116554	17	3.5	17	80	2	64	62	6	5	25	1.42
22120212--22120261	22	2.3	22	89	0	73	24	28	32	16	1.96
22121357--22121714	193	1.9	193	94	1	637	40	8	9	41	1.69
22121826--22121863	17	2.3	17	86	4	51	84	0	7	7	0.79
22122136--22122184	25	2.0	25	84	8	64	57	22	8	12	1.61
22123311--22123363	16	3.1	16	75	19	61	49	11	5	33	1.62
22123259--22123387	18	6.7	20	73	19	89	49	12	5	32	1.63
22123621--22123797	32	6.1	32	71	23	122	51	10	7	29	1.65
22123655--22123717	20	3.0	20	84	11	81	53	9	6	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22123655--22123717	23	3.0	21	82	15	85	53	9	6	30	1.58
22123622--22123872	55	4.6	55	89	3	366	52	11	7	29	1.64
22123622--22123872	108	2.3	107	88	4	378	52	11	7	29	1.64
22123778--22123825	21	2.4	19	80	13	60	56	8	4	31	1.48
22123780--22123825	20	2.4	19	89	10	67	56	8	4	30	1.49
22123779--22123872	20	4.9	20	68	29	62	55	12	5	26	1.58
22123614--22123910	55	5.5	54	78	13	251	52	11	7	29	1.63
22123622--22123907	108	2.7	106	86	5	337	52	11	7	29	1.64
22124762--22124912	42	3.5	40	80	12	142	43	15	11	29	1.81
22124762--22125128	43	8.6	41	75	14	275	41	16	12	29	1.86
22125480--22125516	18	2.1	18	100	0	74	43	10	16	29	1.82
22125509--22125594	36	2.4	35	77	12	86	37	12	18	31	1.89
22125484--22125569	18	4.8	17	73	13	57	39	11	16	32	1.84
22125563--22125615	18	2.9	18	77	5	54	39	15	20	24	1.91
22125491--22125596	54	2.0	54	83	3	133	37	12	18	31	1.88
22125683--22125774	35	2.6	36	77	1	87	40	15	10	33	1.82
22127016--22127049	10	3.4	10	95	0	59	85	0	14	0	0.60
22127016--22127049	5	6.8	5	86	0	50	85	0	14	0	0.60
22131215--22131720	7	70.1	7	71	11	283	18	1	37	41	1.60
22131217--22131276	22	2.8	22	94	2	104	16	0	38	45	1.48
22131326--22131424	22	4.5	21	77	7	81	17	3	35	44	1.64
22131884--22131908	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22132033--22132168	43	3.2	41	77	7	139	42	18	13	25	1.87
22132526--22132564	18	2.2	18	95	0	69	53	7	10	28	1.62
22132527--22132619	18	5.2	17	74	15	64	41	11	15	31	1.83
22132532--22132662	36	3.6	37	78	11	103	38	15	16	29	1.89
22132606--22132662	18	3.2	18	78	7	62	38	19	19	22	1.93
22134629--22134678	14	3.5	14	76	12	57	4	14	4	78	1.05
22135449--22135914	131	3.6	123	74	12	404	50	12	10	26	1.73
22135549--22135977	139	3.2	137	78	9	465	50	12	10	25	1.73
22136342--22136371	11	2.6	12	94	5	53	83	0	13	3	0.77
22137604--22137636	9	3.7	9	88	12	50	81	0	15	3	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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