genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167893.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_16, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  22157061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   

This is table  59  of  113  ( 13473 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14504137--14504402	36	7.3	38	65	19	118	20	19	12	47	1.81
14504445--14504728	34	8.2	34	70	11	175	19	17	14	48	1.81
14504449--14505014	106	5.4	105	84	3	660	20	17	13	47	1.82
14504916--14505276	174	2.1	175	86	2	510	20	19	12	47	1.81
14505623--14505688	19	3.7	17	78	15	71	75	9	1	13	1.10
14505606--14505692	45	2.0	44	83	2	111	73	9	1	16	1.14
14505623--14505697	10	7.1	10	72	12	53	76	8	2	13	1.12
14507101--14507159	30	2.0	30	89	0	91	45	32	3	18	1.66
14513054--14513141	33	2.6	34	82	7	108	36	18	11	34	1.86
14513123--14513192	34	2.1	34	83	5	88	37	20	11	31	1.88
14513292--14513442	34	4.4	35	70	12	116	41	19	9	29	1.83
14513257--14513447	67	2.9	67	78	6	156	40	18	10	30	1.84
14513327--14513481	67	2.3	66	79	6	168	41	18	11	28	1.85
14513450--14513602	33	4.6	33	74	3	119	33	15	20	30	1.93
14514255--14514286	14	2.4	14	94	5	57	34	6	3	56	1.40
14516773--14516824	22	2.4	21	83	6	59	11	0	34	53	1.37
14516773--14516805	16	1.9	18	88	11	52	9	0	36	54	1.32
14516784--14516824	21	1.9	22	90	5	66	9	0	36	53	1.34
14517011--14517059	19	2.5	19	86	6	62	14	4	26	55	1.57
14517048--14517099	20	2.7	19	77	14	52	15	0	30	53	1.42
14517017--14517091	19	3.9	19	75	6	53	16	2	30	50	1.58
14519199--14519241	14	2.9	15	82	10	52	23	9	6	60	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14523268--14523310	2	24.0	2	78	21	51	44	0	0	55	0.99
14523268--14523307	5	8.0	5	94	5	64	42	0	0	57	0.98
14523268--14523310	9	4.8	10	76	23	51	44	0	0	55	0.99
14524843--14524895	26	2.0	27	96	3	99	37	7	18	35	1.80
14527140--14527343	96	2.1	96	95	0	363	49	6	9	33	1.62
14527321--14527353	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
14535157--14535194	19	2.0	20	94	5	69	63	5	5	26	1.37
14548682--14548850	55	3.1	55	79	5	162	46	12	12	28	1.78
14548723--14549015	160	1.8	157	82	6	376	44	9	15	30	1.79
14555001--14555066	4	17.5	4	70	17	52	72	0	0	27	0.85
14555005--14555065	24	2.5	25	89	5	90	72	0	0	27	0.85
14555001--14555066	32	2.1	32	82	5	80	72	0	0	27	0.85
14557974--14558041	21	3.4	21	70	15	72	72	8	8	10	1.30
14570372--14570410	10	4.0	9	87	12	51	33	10	12	43	1.77
14570367--14570409	20	2.1	21	87	12	63	34	9	16	39	1.80
14574310--14574368	26	2.2	26	78	6	64	69	3	13	13	1.31
14575186--14575326	10	13.9	10	68	18	69	73	2	4	19	1.13
14575179--14575251	35	2.0	36	84	5	94	73	1	6	17	1.11
14575217--14575268	22	2.4	21	79	20	54	76	1	7	13	1.07
14575179--14575267	44	2.0	43	81	12	101	74	1	7	16	1.11
14575179--14575325	46	3.2	44	79	12	129	72	2	5	20	1.15
14576313--14576356	17	2.6	17	88	0	61	61	2	4	31	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14576328--14576379	20	2.6	19	77	19	52	63	5	1	28	1.28
14576669--14576770	1	102.0	1	76	0	96	0	0	10	88	0.57
14576669--14576770	48	2.2	45	88	10	152	0	0	10	88	0.57
14576669--14576767	19	5.5	19	77	12	111	0	1	11	87	0.58
14576777--14577071	42	7.1	42	90	3	436	35	23	17	23	1.95
14576777--14577071	125	2.4	124	91	2	468	35	23	17	23	1.95
14576777--14577071	83	3.5	82	89	3	448	35	23	17	23	1.95
14578302--14578359	8	8.0	7	83	9	64	3	13	0	82	0.79
14578312--14578359	19	2.7	18	84	9	62	2	12	0	85	0.69
14578320--14578358	11	3.5	11	89	0	60	0	12	0	87	0.55
14578346--14578388	19	2.3	19	84	15	63	6	20	0	72	1.08
14587060--14587173	52	2.2	51	81	6	140	21	9	22	46	1.80
14588284--14588348	26	2.5	26	77	7	69	24	24	24	26	2.00
14588389--14588436	16	2.9	17	81	9	55	31	6	2	60	1.33
14588778--14588817	20	2.0	21	85	5	55	27	5	32	35	1.79
14588942--14588981	19	2.1	19	95	0	71	27	10	22	40	1.86
14589250--14589299	19	2.7	19	90	3	75	14	4	2	80	0.95
14589964--14590029	31	2.1	31	83	5	80	19	13	6	60	1.54
14599184--14599620	89	4.9	88	79	8	422	18	20	16	45	1.86
14599185--14599620	177	2.5	178	84	4	567	18	20	16	45	1.86
14599901--14599970	26	2.7	26	84	0	95	22	27	22	27	1.99
14600038--14600149	3	37.3	3	96	0	116	33	10	0	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14601994--14602079	45	1.9	45	82	0	109	43	17	15	24	1.87
14607547--14607667	60	2.0	60	95	0	215	21	22	13	42	1.87
14609261--14609302	19	2.3	18	80	15	50	45	11	11	30	1.77
14615478--14615661	92	2.0	93	94	1	325	23	13	10	52	1.71
14621141--14622644	161	9.4	160	80	4	1438	33	9	15	41	1.80
14622517--14622778	134	2.0	134	84	1	346	36	6	13	43	1.71
14627320--14627351	14	2.2	15	94	5	57	81	0	0	18	0.70
14627586--14627842	44	5.9	44	82	5	290	39	19	16	24	1.92
14627581--14627842	130	2.0	132	87	3	377	39	19	16	24	1.91
14627612--14627885	130	2.1	130	82	3	336	40	18	16	24	1.90
14628406--14628464	22	2.7	21	86	5	73	33	20	8	37	1.83
14629700--14629728	15	1.9	15	100	0	58	6	10	0	82	0.83
14636227--14636271	6	7.7	6	81	18	51	82	0	0	17	0.68
14636225--14636270	10	4.8	10	82	17	62	82	0	0	17	0.67
14636224--14636270	14	3.3	15	94	5	80	80	0	0	19	0.70
14636214--14636271	19	3.0	19	82	14	66	77	3	0	18	0.91
14647843--14647890	24	2.0	25	84	12	64	72	4	4	18	1.17
14648956--14648981	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14649975--14650058	32	2.6	32	74	22	86	45	1	1	52	1.16
14650402--14650450	19	2.6	18	78	9	53	67	4	0	28	1.09
14650983--14651007	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14652367--14652420	21	2.5	23	82	14	78	75	3	0	20	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14652385--14652428	21	2.1	21	82	0	52	77	2	4	15	1.04
14653022--14653063	20	2.2	19	86	4	57	21	4	2	71	1.16
14653571--14653916	60	5.8	59	84	10	440	41	8	14	35	1.76
14653589--14653916	177	1.9	177	90	5	538	41	7	14	35	1.76
14656747--14656771	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14657102--14657153	7	7.4	7	82	10	54	84	0	13	1	0.70
14657110--14657160	10	5.0	10	88	9	68	86	0	13	0	0.58
14657103--14657150	24	2.0	24	91	0	78	87	0	10	2	0.62
14658383--14658577	41	4.6	42	89	3	277	25	15	22	37	1.93
14658383--14658577	43	4.6	41	91	3	291	25	15	22	37	1.93
14658512--14658635	66	1.9	66	98	0	239	25	15	18	40	1.90
14658578--14658796	42	5.2	41	80	8	228	23	16	21	38	1.93
14658429--14658727	151	2.0	148	87	8	426	24	16	20	38	1.92
14658578--14658796	84	2.6	83	83	10	293	23	16	21	38	1.93
14658389--14658767	192	2.0	190	87	7	543	24	16	20	38	1.92
14658867--14658901	17	2.1	16	94	5	61	91	5	0	2	0.50
14659174--14659236	20	3.2	19	75	16	56	22	3	1	73	1.07
14659428--14659467	18	2.2	18	90	0	62	42	7	37	12	1.71
14661903--14662362	59	7.8	59	83	8	562	44	6	13	36	1.69
14661899--14662362	119	3.9	121	86	7	614	44	6	13	35	1.69
14661899--14662362	178	2.6	177	86	4	639	44	6	13	35	1.69
14664487--14664537	18	2.8	18	74	14	50	49	0	1	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669407--14669436	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14674391--14674433	22	2.0	22	95	0	77	37	11	6	44	1.68
14681320--14681371	26	1.9	26	84	7	68	53	0	1	44	1.11
14683776--14683823	23	2.0	24	84	15	64	25	6	4	64	1.35
14684969--14684996	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
14696935--14696978	15	3.0	15	81	15	56	45	0	0	54	0.99
14708193--14708349	52	3.0	52	89	1	235	24	25	9	40	1.85
14708374--14708414	11	3.7	11	83	0	55	51	26	0	21	1.48
14708663--14708736	24	3.0	25	86	7	98	21	36	6	35	1.80
14708665--14708776	49	2.3	50	81	7	131	19	34	8	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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